Из всего собора только один епископ Коломенский Павел не согласился признать указанные Никоном обряды новинами, о чём и заявил в своей подписи под соборным уложением. Никон послал грамоту к царьградскому патриарху Паисию, с изложением признанных нашим собором новин, прося рассудить вместе с прочими патриархами и архиереями о замеченных в наших книгах разностях, причём упомянул, что неучёные люди считают эти новины истиной и тем производят смуту и возжигают ненависть. В то же время царь и патриарх приказали собрать из монастырских книгохранилищ древние харатейные рукописи и отправили Арсения Суханова на Афон и другие места востока за греческими книгами; тамошние монастыри, в том числе и русский, прислали с ним 500 книг; между ними были такие, которым было по 1050, 700, 600, 500 и 400 лет. Для сличения вновь привезённых книг с нашими, призваны были люди, хорошо знакомые со славянским и греческим языками: например, Иеромонах Епифаний Славеницкий -- из Киевобратского училища, келарь Сергиевской лавры Арсений Суханов, архимандрит Афонского Иверского монастыря Дионисий и старец Арсений Грек.
Никон созвал новый собор, на котором присутствовали два патриарха: Антиохийский Макарий и Сербский Гавриил.
На этом соборе Макарий заявил о недостатках и новинах в русской церкви и обрядах, причём занялись рассмотрением греческих и славянских рукописей и "обретоша древния греческия с ветхими славянскими книгами во всем согласующася; в новых же московских печатных книгах с греческими и славянскими древними -- многая несогласия и погрешности".
При этом собор постановил напечатать исправленный уже по древним книгам "Служебник", и приступил к исправлению прочих богослужебных книг, в которых находились погрешности.
Издатели "Служебника" 1655 года имели полное право сказать, что благочестивым повелением патриарха Никона и царя Алексея Михайловича, "лукавство исчезе, неправда отгнана бысть, лжа истребися, вместо же сих -- истина ликует, правда цветет, любовь владычествует".
Однако многие были недовольны исправлением книг. Кроме упомянутого выше епископа Павла, особенной привязанностью к старым книгам заявил себя Неронов, поп Лазарь, дьякон Фёдор и в особенности протопоп Аввакум.
Все они подозревали в новинах латинские тенденции. Многие из простонародья были также против Никоновских новшеств.
Антиохийский патриарх Макарий с дороги из Макарьевского желтоводского монастыря писал в Москву к патриарху Иосифу. "В здешней стране много раскольников и противников не только между невеждами, но и между священниками".
Что-нибудь исправить в церковно-богослужебной книге, значило: "загладить великий догмат премудрости". "Дрожь великая поймала и ужас напал на меня, -- говорит писец Михаил Медоварцев, -- когда преподобный Максим Грек велел ему загладить несколько строк в одной церковно-богослужебной книге".
Протопоп Аввакум, вопреки канонам церкви, устроил самовольно особую молельню и переманивал туда богомольцев из Казанского собора, говоря, что "в некоторое время и конюшня де иныя церкви лучше".