Из "Росписи книгам, печатавшимся в университетской типографии Новикова" видно, что число названий простиралось до 455.
В 1791 году типографская компания должна была прекратить своё действие вследствие того, что Новиков замечен был в связях с масонским обществом, проникнувшим к нам с Запада.
В 1792 году Новиков был с большими предосторожностями арестован. В подмосковное селение Авдотьино был послан для этого целый эскадрон гусар. Новиков был отвезён в Петербург и заточён в Шлиссельбургской крепости.
Несколько лет провёл Новиков в крепости, скучая бездействием и страдая от болезней. Единственным развлечением для знаменитого русского журналиста были куры, которых он разводил в своём тесном жилье.
Освобождён был Новиков из своего заточения в 1796 году. Сотоварищ его по Дружескому обществу С. Гамалея так описывает приезд Новикова на родину: "Николай Иванович отправился отсюда (из Тихвина, куда Новиков на пути из Шлиссельбурга заехал к своему товарищу Гамалее) в С.-Петербург, получа третьего дня чрез московского главнокомандующего, по письму генерал прокурора Его Императорского Величества, повеление быть в С.-Петербурге. Он прибыл к нам 19 ноября поутру, дряхл, стар, согорбен, в разодранном тулупе и проч. Доктор и слуга его крепче его. Дивны дела милосер даго Господа Бога нашего. Да будет Ему честь, слава и благодарение за вся вечно. Некоторое отсвечивание лучей небесной радости видел я на здешних поселянах, как они обнимали с радостными слезами Николая Ивановича, вспоминая при том, что они в голодный год великую чрез него помощь получили; и то не только здешние жители, но и отдалённых чужих селений. Вы желали знать, как дети встретили Николая Ивановича? Сын в беспамятстве подбежал, старшая дочь в слезах подошла, а меньшая нова, ибо она не помнила его, и ей надобно было сказать, что он -- отец ее. Высочайший указ уже воспоследовал об отдаче всего имения Николая Ивановича, сколько оного в казенном ведомстве находится. P. S. По написании сего я получил письмо Н. И-ча, что он 5 декабря представлен был Монарху и весьма милостиво принят, так что описать не может -- слава Богу!"
После освобождения своего императором Павлом, Новиков не является уже на литературном поприще; однако в 1805 г. у него снова возникло желание возобновить типографскую деятельность, именно он предложил на торгах за содержание типографии московского университета ежегодную плату и 000 рублей, но дело это не состоялось.
Новиков умер в 1818 году.
Ещё при жизни Новикова, Карамзин писал в 1802 году "о книжной торговле и любви к чтению в России". В своей небольшой, но интересной статье, он воздаёт похвалу просвещённой деятельности Новикова. "За 25 лет перед сим, -- пишет он, -- были в Москве две книжные лавки, которые не продавали в год на 10 тысяч рублей. Теперь их 20, и все вместе выручают около 200 000 рублей. Сколько же в России прибавилось любителей чтения? Господин Новиков был в Москве главным распространителем книжной торговли: умножил книгопечатание, отдавал переводить книги, завёл лавки в других городах... угадывал общий вкус к чтению... Прежде расходилось московских газет не более 600 экземпляров, г. Новиков сделал их гораздо содержательнее, прибавил к политическим разные другие статьи, выдавал при ведомостях безденежно "Детское чтение", которое новостью своего предмета и разнообразием материи, несмотря на ученический перевод многих пьес, нравилось публике. Число пренумерантов ежегодно умножалось, и лет через десять дошло до 4000".
При Новикове впервые возникли книжные лавки в провинции, именно он завёл их в следующих городах: в Ярославле, Смоленске, Вологде, Твери, Казани, Туле, Богородске, Глухове, и Киеве; так что Новиков является организатором русской книжной торговли.
"Московские Ведомости", издание которых Новиков принял на себя в 1779 году, с 1780 года увеличили свой формат и установили новое распределение содержания. Политические известия извлекались из гамбургских, ирландских, кёнигсбергских, немецких, французских и лейденских газет. Редакция просила сообщать обо всех замечательных естественных явлениях по всей России, равно и об открытиях в науках и художествах. Обращались с особенной просьбой к архипастырям о сообщении числа новорождённых, умерших и сочетавшихся браком в каждую треть года, что весьма часто и исполнялось.