Пока в Польше шли споры, царь сам пошел в Ливонию на шведов и взял с собою Магнуса. В декабре 1572 г. осадил он крепость Виттенштейн (в Эстляндии); при осаде был у бит его любимец Малюта. За то, когда крепость была взята, царь велел сжечь пленников, сам же вернулся в Новгород; а шведы пришли и разбили Магнуса. Дар послал переговариваться о мире; а Магнуса позвал в Новгород и здесь отпраздновал его свадьбу.
В разных переговорах и мелких сшибках тянулось все время, пока Баторий не укрепился на престоле. Иван Васильевич не считал его врагом опасным и видя, что от поляков ему ждать нечего, напал (в 1577 г.) на ту часть Ливонии, которую заняли поляки. Магнус тоже занял некоторые города и заставил их присягать себе, как ливонскому королю.
Царь был рассержен тем, как смел Магнус это сделать без его позволения и пошел отнимать те города, которые он занял. Сам Магнус был в Вейдене и не знал, что-ему делать. Царь подошел к Бендену; потребовал к себе Магнуса, тот пришел и поклонился царю в землю. Царь велел запереть его в какую-то хижину, но город не сдался: "Умрем и не отдадимся на муки - говорили начальники города: - умрем, если Бог несотворит для нас чуда". Три дня осаждали город и, наконец, ворвались. Воины, сидевшие в крепости, ушли в дом бывших магистров: здесь приобщились; потом подожгли порох, заранее положенный под дом, и взлетели на воздух. Царь взял еще несколько городов и, возвращаясь в Россию, отпустил к Стефану одного пленного поляка, приказывая сказать королю: "Видишь ли мое величие? мирись, если не хочешь погибнуть!"
Едва ушел царь из Ливонии, его воеводы не могли стоять против поляков, соединившихся со шведами, и города начали сдаваться один за другим. Сам Магнус, которого царь отпустил в Ливонию, перешел к полякам. В 1579 году в Москве узнали, что король польский выступает в поход сам и идет к Полоцку. Полоцкие воеводы больше трех недель держались в дубовой крепости и оборонялись храбро: когда загоралось где-нибудь, жители, даже женщины и старики, тушили пожар, спускались со стены по веревкам за водою; многих убивали, тогда другие становились на их место. Тяжело было и рати короля польского: трудно было добывать припасы в краю лесном, где людей мало и где еще недавно велась воина. Король придумал зажечь город с разных сторон; сделался пожар; жители гасили целый день и ждали помощи; помощи не приходило; пришлось сдаваться. После Полоцка Баторий взял Сокол, где перерезано было до 4,000 русских, и потом воротился в свою землю.
В 1580 году Баторий опять выступил в поход. Долго он собирался, потому что поляки не давали денег: по их обычаю, чтобы собрать деньги, надо было созвать выборных из дворянства (шляхты). Деньги Баторию нужны были и но тому, что войско у него было наемное: тогда были такие люди, которые нанимались на военное время; это были люди привычные к войне, а то войско, которое собиралось на военное время, а на мирное распускалось, было и своевольнее, и меньше привычное. Так польская шляхта не хотела служить у Батория в пехоте; по их обычаю конная служба была почетнее пехотной: в старинные годы все дворянство служило на конях, оттого воин и назывался по-немецки рыцарь (конник). Справился Баторий со своими поляками и пошел на Русь; взял несколько городов, опустошил землю и вернулся назад.
На третий год Баторий занял денег и вытребовал от своей шляхты, чтобы она собрала деньги за два года вперед, потому что неудобно всякий раз останавливать войну и просить денег. На этот раз Баторий пошел ко Пскову. Псков был крепость сильная, потому что псковичи, которым так часто приходилось драться с ливонцами, только и думали о том, как бы укрепить свой город. Боеводою в городе был князь Иван Петрович Шуйский; войска сидело в городе до 12,000 человек; но у Батория было до 100,000 человек. Когда король подступил к крепости, то увидел, что крепость эта сильнее, чем он думал, и что у него мало военных запасов, но делать уж было нечего. 1-го сентября начали осаду, а 8-го пробили стену и пошли на приступ: неприятели ворвались в пролом и взяли две башни. Русские начали было отступать, тогда князь Шуйский стал уговаривать их стоять крепко. Пришел печерский игумен со крестом и ратные люди прогнали войска польские; одну башню взорвали, из другой прогнали венгров, служивших у Батория. После этой неудачи, король долго не мог ничего делать: у него не было пороху; послал он за ним к Кетлеру. Привезли порох, стали еще делать приступы, подкапывать подкопы; но все напрасно: приступы отбивали; узнавали где подкопы, пробирались туда, и резали неприятелей. Когда подходили польские войска, то стали их убивать из окон, прорезанных в стене; обливали со стен горячею смолою и кипятком. В войске польском начался ропот, потому что припасы к ним не шли, а чтобы город сдался, этого и надеяться скоро было нельзя: сколько ни посылал Баторий грамот во Псков, сколько ни обещал льгот, воеводы и слышать не хотели о сдаче. Королю надо было ехать на сейм (шляхетское собрание), но у него правою рукою были Замойский. Замойский остался подо Псковом и строгостью успел заставить замолчать тех, которые роптали; он был справедлив: одинаково наказывал и знатных, и незнатных. Полякам оставалось только стоять: они не взяли не только Пскова, но и Печерского монастыря. Пока русские храбро отстаивали Псков, шведы вели войну в Ливонии. Их воевода Делагарди взял Гапсаль, потом Нарву, Иван-город, даже старые русские города Ям (теперь Ямбург ) и Копорье.
Тяжела была двойная война царю: он хотел по крайней мере помириться с Польшею. Все попытки, которые он делал, до сих пор были не успешны: Баторий требовал всей Ливонии и не мог забыть, что в начале царь не хотел назвать его "братом" (государи обыкновенно зовут друг друга братьями), а называл соседом. Он писал царю обидные письма. Но теперь царь захотел мириться и стал искать посредника: Баторий был католик, должен был послушаться папы. Вспомнил это царь и написал папе, что готов воевать с турками, только бы освободил его от войны польской. Обрадовался этому случаю папа и послал в Москву ученого монаха Антония Посевина, которому поручил и посредником быть, и об соединении церквей говорить (а соединение церквей у папы значило подчинение ему). Начались эти переговоры еще до псковской осады. Посевин приехал в Москву и начал говорить о вере; царь ответил ему, что прежде надо заключить мир. Сошлись послы в Запольском Яме (Псковской губернии, порховского уезда). Послам нашим князю Елецкому и Алферьеву велено было стоять за Ливонию до последней крайности; но в переговорах Посевин больше стоял за поляков: ему казалось выгоднее, чтобы Ливония была за польским королем католиком; потому он и говорил царю, что несмотря на неудачу, Баторий до тех пор будет стоять подо Псковом, пока не возьмет город; а Баторию так или иначе приходилось кончить войну: поляки на отрез отказали давать и денег, и людей. Царь, когда Посевин обманул его, велел послам быть уступчивее, оттого Посевин грубил им на каждом шагу, когда они говорили не по нем: князя Елецкого он взял за воротник шубы, перевернул его, пуговицы оборвал и кричал: "Подите от меня из избы вон! я с вами не стану ничего говорить!" Так велись переговоры и кончились тем, что 6-го января 1582 года заключили перемирие на десять лет: царь уступал Полоцк и Ливонию, а король все, чтС он взял во Псковской области. Когда Посевин вернулся в Москву, он опять заговорил о вере, но царь долго не хотел говорить с ним, а потом заспорил. "Папа не Христос - сказал он ему - престол, на котором носят его - не облака, а те, кто носят - не ангелы. Если папа живет не по учению христову, то он волк, а не пастырь!" - "Если папа-волк (сказал Посевин): так что уж мне и говорить!"
Зимою 1582 г. против шведов послан был Мстиславский, который и разбил их. Сам Делагарди пошел к Орешку (теперь Шлиссельбург), узнал, что идет Мстиславский и поворотил от города. Вдруг царь велел переговаривать о мире и заключено было перемирие на три года, по которому царь уступал Иван-Город, Ямь, Копорье.
Около этого же времени обрадован был царь вестью о покорении третьего татарского царства - Сибирского. Случилось это так: в Пермском краю издавна поселились промышленники Строгоновы, завели соляные варницы и получили от государей грамоты на пустые земли, которых в том краю было много. Сюда стали сходиться люди со всех сторон России, и край начал заселяться. Богаты были Строгоновы и от соли, и от торговли пушным товаром; не раз они своим богатством служили государям русским: так дали денег на выкуп Василия Васильевича из татарского плена. Богатство их завидно было разным народцам, жившим в окрестностях: вогулам, татарам, киргизам, которые только и жили, что грабежом. Чтобы оборониться от них, Строгоновым дано было позволение собирать ратных людей и строить крепости. Самый опасный их враг был царь сибирский. Его царство, которое называлось Сибирским от города Сибири (в нынешней Тобольской губернии), не было так велико, как то, что мы называем Сибирью: у него была только одна Тобольская губерния; но другие народы были еще слабее и царь сибирский был опасен тем, что часто нападал и тревожил. Задумали Строгоновы начать войну за Уралом в самой земле Сибирской и выпросили на то царское разрешение. Стали они для этого дела искать ратных людей и подумали, что но Волге ходят казаки и грабят, что этих грабителей можно обратить на доброе. Задумали и послали на Волгу переговариваться с казаками. Посланный Строгоновых нашел на Волге атамана Ермака Тимофеева, который и пришел в Чердынь к Строгоновым с 540 чел. казаков. Это было в 1579 году. Этих-то казаков Строгоновы снарядили для похода в Сибирь; прибавили к ним еще 300 чел. своих ратных людей, дали жалованье, одежду, пушки, пищали, проводников.
Узнал царь, что Строгоновы наняли разбойников казаков, прислал к ним гневную грамоту, грозил Строгоновым опалою и велел воротить казаков; но их воротить уже было нельзя: они уплыли далеко. Ермак переходил из реки в реку и вступил в Туру, где начиналась Сибирская Земля. Несколько татарских городков сожгли казаки и захватили пленных. Один из пленных был приближенным сибирского царя Кучума. Ермак отпустил его домой. Этот пленный в страхе сказал своему царю: "Русские воины сильны: когда стреляют из луков своих, то огонь пышет, дым выходит, стрел не видать, а уязвляют разными ранами и до смерти побивают; ущититься от них ничем нельзя: все на вылет пробивают". Это он говорил о ружьях; татары тогда знали только луки. Испугался Кучум, послал царевича Маметкула на встречу русским, а сам укрепился над рекою Иртышем, Ермак разбил Маметкула и шел на царя. Задумались казаки и хотели бежать; нашлись храбрые и сказали юг: "Братцы! куда нам бежать? время осеннее, в реках лед смерзается: не побежим, худой славы не примем, укоризны на себя не положим; а будем надеяться на Бога: он и беспомощным по может". Тогда и другие ободрились, пошли на ханское укрепление и взяли его. Царь бежал в свой город, забрал сокровища и бежал дальше. Казаки взяли Сибирь; но богатырь Маметкул был еще на свободе: он тревожил казаков. Его разбили на реке Вагае и взяли в плен. В 1582 г. Ермак известил Строгонова о своем счастье и послал своего товарища Ивана Кольцо (когда-то осужденного на смерть за грабежи на Волге, но бежавшего) с вестью к царю, что "он, Ермак, счастьем великого государя Ивана Васильевича, Сибирское царство завоевал". Государь допустил к себе Кольцо, простил его и милостиво принял; велел служить молебны в соборе и раздавать милостыни нищим. Казаков, пока они жили в Москве, содержали на казенный счет и дарили деньгами. К Ермаку послал царь милостивую грамоту и богатые дары: два панциря, серебряный ковш, шубу с своего плеча и велел править Сибирью, пока не приедет воевода.