На всѣхъ этихъ должностяхъ А. П. Агапѣевъ проявлялъ столько интереса къ военному дѣлу, столько энергіи, что бывшій начальникъ штаба Варшавскаго военнаго округа, недавно скончавшійся, генералъ-отъ-инфантеріи Пузыревскій, скоро выдѣлилъ своего талантливаго подчиненнаго и, какъ часто говорилъ самъ покойный профессоръ, своими высокоавторитетными указаніями, своимъ опытомъ, своими учеными трудами, своею библіотекою много помогъ ему въ дѣлѣ изученія исторіи военнаго искусства, въ соотвѣтственной оцѣнкѣ значенія "стратегическихъ вензелей".
Въ Варшавѣ, именно, и принялся Александръ Петровичъ за первыя свои военно-литературныя работы: "Арколе" и "Война навѣрняка", изданныя подъ редакціею А. K. Пузыревскаго; здѣсь же написанъ имъ и рядъ замѣтокъ и статей въ различныхъ военныхъ періодическихъ изданіяхъ. Много способствовало ему при этихъ работахъ прекрасное знаніе языковъ французскаго, нѣмецкаго, англійскаго, польскаго и отчасти -- итальянскаго.
Одновременно съ этими, такъ сказать, теоретическими работами по военному дѣлу, Александръ Петровичъ настойчиво стремился удовлетворить и отличительной потребности своей недюжинной личности: учиться на практикѣ. Не ограничившись постояннымъ участіемъ во всѣхъ полевыхъ поѣздкахъ нашего важнѣйшаго пограничнаго округа, во всѣхъ сколько-нибудь значительныхъ маневрахъ, онъ выхлопоталъ въ 1895 г. разрѣшеніе на прикомандированіе его безъ расходовъ отъ казны, къ 39-му пѣхотному полку французской армія на время лагерныхъ сборовъ; тогда же онъ участвовалъ и въ большихъ маневрахъ на восточной границъ Франціи. Возникшія войны, испано-американская и англо-бурская сильно привлекали къ себѣ вниманіе Александра Петровича, но принять участія въ нихъ ему никакъ не удалось.
Въ 1899 г. А. П. Агапѣевъ задумалъ выступить кандидатомъ на каѳедру воѳннаго искусства въ нашей Николаевской академіи генеральнаго штаба, поощряемый къ этому генералами Пузыревскимъ и Сухотинымъ. Тема, избранная имъ для диссертацій, была: "Исторія развитія стратегіи и тактики наемныхъ и постоянныхъ армій новыхъ государствъ". Въ январѣ 1900 г. онъ былъ назначенъ штабъ-офицеромъ, завѣдывающимъ обучающимися въ Николаевской академіи генеральнаго штаба, и здѣсь сразу же явился авторитетнымъ руководителемъ практическихъ занятій по тактикѣ и военной статистикѣ, а въ февралѣ того же года имъ закончена и диссертація.
Но вотъ раздались орудійные выстрѣлы на Дальнемъ Востокѣ, заволновался Китай, и Александръ Петровичъ, не заботясь уже о результатахъ диссертаціи, твердый въ своей вѣрѣ въ войну, какъ въ лучшую военную школу, со свойственной ему быстротой и рѣшимостью, безъ всякихъ предварительныхъ разговоровъ, 21-го іюня получилъ разрѣшеніе ѣхать въ Квантунъ, а 23-го числа и выѣхалъ изъ Петербурга. Все это сдѣлано было имъ совершенно просто, безъ всякой рисовки, безъ всякихъ возраженій на указываемыя ему невыгоды и неудобства такой поѣздки. Его интересовало только военное дѣло.
На пути въ Квантунъ, онъ попалъ по Амуру въ Благовѣщевскъ, какъ разъ наканунѣ атаки и взятія нашими войсками Айгуна. Онъ тотчасъ же стадъ хлопотать о разрѣшеніи ему принять участіе въ предполагавшемся боѣ, и на отговоры своихъ спутниковъ, ссылавшихся на отсутствіе верховыхъ лошадей, заявилъ, что онъ пойдетъ и пѣшкомъ при одной изъ ротъ. И въ концѣ-концовъ былъ въ бою, и даже верхомъ; нашелся добрый человѣкъ изъ артиллеристовъ, уступившій ему лошадь. Подъ Айгуномъ Александръ Петровичъ принялъ свое боевое крещеніе. По прибытіи въ Портъ-Артуръ, онъ былъ назначенъ на отвѣтственую и въ высшей степени копотливую должность дежурнаго штабъ-офицера полевого штаба командующаго войсками Квантунской области и за свои труды, энергію и добросовѣстость получилъ особую благодарность; въ его вѣденіи сосредоточилась и инспекторская, и хозяйственная, и госпитальная часть, и все это онъ успѣвалъ дѣлать со свойственной ему прямотою, ясностью и опредѣленностью. Въ сентябрѣ 1900 г. онъ, въ качествѣ начальника штаба въ отрядѣ генералъ-лейтенанта Церпицкаго, участвовалъ при взятіи крѣпости Бейтана и Лутая.
Воспоминанія объ этихъ событіяхъ частью напечатаны были имъ впослѣдствіи на страницахъ "Военнаго Сборника" {См. No 1 "Военнаго Сборника" за 1902 г.} и отличаются большою правдивостью и скромностью.
Боевыя награды за его труды были: золотое оружіе и ордена съ мечами св. Станислава 2-й степени, Владиміра 4-й степени, прусскій Краснаго Орла 3-го класса и французскій Почетнаго Легіона.
Возвратившись въ маѣ 1901 г. въ Петербургъ, Александръ Петровичъ охотно и скромно дѣлился своими впечатлѣніями о минувшей войнѣ, много было высказано имъ правильныхъ взглядовъ на общее военное положеніе наше на Дальнемъ Востокѣ, на значеніе и силы Японіи. Осенью онъ былъ назначенъ военнымъ агентомъ въ Вашингтонѣ, но затѣмъ отправленіе его туда не состоялось, и онъ возвратился къ своимъ занятіямъ по изученію военнаго дѣла и по руководству обучающимися въ академіи офицерами.
Въ маѣ 1902 г. диссертація его была допущена къ защитѣ и печатанію. Напечатанъ былъ только выпускъ I: "Эпоха возрожденія наукъ и искусствъ". Покойный хотѣлъ довести свой трудъ до великой французской революціи, а затѣмъ, по мѣрѣ возможности, и по современной намъ эпохѣ, но осуществить ему этого не удалось, хотя многое уже было въ этомъ направленіи сдѣлано и находится въ рукописяхъ. Съ начала 1903 г., еще до назначенія на должность экстраординарнаго профессора, А. П. Агапѣеву поручено было чтеніе отдѣла о войскахъ вспомогательнаго назначенія изъ курса элементарной тактики. Отдѣлъ этотъ читался впервые, и надо было имѣть талантъ, энергію и добросовѣстность Александра Петровича, чтобы, не щадя своихъ силъ, успѣть выдатъ къ маю мѣсяцу того же года свои записки по прочитанному курсу.