У Иосифа с Иваном III возникло и еще одно разногласие по вопросу о монастырских недвижимых имуществах, так как Иосиф оказался одним из главных противников секуляризации этих имений. На соборе 1503 г. вопрос был решен вопреки предположениям государя, и он подчинился этому решению. Хотя попытка секуляризации не удалась, а самый вопрос не имел никакого отношения к правоверию и его охране, однако на этой почве возникла серьезная оппозиция правительству, резко выдвинувшая вопрос об отношении властей церковной и государственной. В 1505 г. появилось "слово кратко" в защиту монастырских имуществ, в котором развивается теория двух мечей, духовного и вещественного, находящихся в распоряжении пастырей церкви. Последние должны действовать сначала духовным мечом, т.е. убеждением и наказанием (поучением), до предания анафеме включительно. Если же и после третьего наказания "непослушны не створять повиновенiя и спротивни пребудуть, не хотяще наказатися, ни вый своихъ гордыхъ пастыремъ подклонити", тогда пастыри помощью "плечiй мiрьскыхъ (brachium secutare) действовати могутъ мечемъ вещественнымъ, на отвращеше силы спротивныхъ, в защищение церкви своея даже и до своего кровопролитiя". В подкрепление этого правила анонимный автор приводит теорию отношений между авторитетами духовным и светским. Обе власти происходят от Бога, но "толико мирьская власть подъ духовною есть, елико отъ Бога духовное достоинство предположено есть" (ЧОИДР. 1902. Кн. 2). Последняя мысль неоднократно повторялась как в литературных памятниках (повесть о белом клобуке, Константинове вено), так и видными представителями духовенства, как то: Максимом Греком, митр. Макарием. Так, Максим Грек учил, что "святительство и царя мажетъ и венчаетъ и утверждаетъ, а не царство святителехъ... Убо больши есть священество царства земскаго, кроме бо всякаго прекословiя меньша отъ большаго благословляется".
Однако в XVI в. никакого принципиального столкновения между властями не произошло, так как государственная власть по всем вопросам, касающимся интересов церкви, действовала в согласии с представителями церкви. Опасность обострения отношений усугубилась со времени учреждения патриаршества. Представитель церкви, в качестве заместителя превысочайшего престола патриаршеского, еще более импонировал своим авторитетом государю и всему обществу. С возведением в патриарший сан отца Михаила Федоровича, Филарета Никитича, последний присоединил к своему титулу, "святейшаго патрiарха московскаго и всея Руси" еще титул "великого государя". В Москве таким образом оказалось два государя, светский и духовный. Фактически патр. Филарет явился главным руководителем правительственной политики. Современники называли его столь властолюбивым, "яко и самому царю боятися его", и указывали, что он не только "слово божие исправляйте, но и земская вся правляше" (Изборн. С. 316; ПСРЛ. СПб., 1910. Т. XIV. С. 149; РИБ. СПб., 1891. Т. XIII. С. 468). Но духовный государь все же был новостью, и в придворном ритуале еще не успели приспособиться к такому двоевластию. В 1621 г. назначенный потчевать Кизильбашского посла от имени патриарха кн. Петр Репнин усмотрел, что ехать от патриарха менее почетно, чем от государя, и возбудил местнический спор. Этот спор судил сам светский государь и определил, что никакого повода к счету о местах вовсе нет: "каковъ онъ государь, таковъ и отецъ его государевь... ихъ государское величество нерозделно" (Дворц. разр. СПб., 1850. Т. I. С. 491). Но такое единение властей было возможно лишь при условии, что государь-сын во всем подчинялся государю-отцу.
Такое двоевластие повторилось еще раз во время патриаршества Никона, которого в 1653 г. сам тишайший царь Алексей Михайлович назвал "великим государем", а Никон усвоил себе этот титул. В предисловии к изданному в 1655 г. по его повелению служебнику сказано, что "Богъ даровалъ Руси два великихъ дара: благочестиваго и христолюбиваго великаго государя царя Алексея Михайловича и великаго государя святейшаго Никона патрiарха", и далее оба великие государи именуются "богоизбранною, богомудрою и благочестивою двоицею". На этот раз, однако, два государя не ужились мирно, и дело кончилось столкновением. Недовольный действиями государя, Никон в июле 1658 г. оставил патриаршество и уехал в Воскресенский монастырь. В начале 1660 г. созван был собор для решения трудного вопроса о том, как быть с Никоном и с замещением патриаршеского престола. Хотя собор постановил, что надлежит избрать преемника Никону, а самого Никона лишить сана, но государь не решился привести этот приговор в исполнение. Между тем Никон выступил с резкими возражениями, обличал государя в неправильных действиях и даже в уклонении от правоверия, и при этом высказал свою точку зрения на отношения между духовным и светским авторитетами. По его мнению, уже много раз было доказано, что священство выше царства. Он со своей стороны приводит два довода: 1) "не от царей начальство священства приемлется, но от священства на царство помазуются", и 2) "Господь Бог всесильный когда сотворил небо и землю, то повелел двум светилам, солнцу и месяцу, светить, и чрез них показал власть архиерейскую и царскую, солнцем - власть архиерейскую; месяцем - царскую; архиерейская власть сияет днем, власть эта над душами; как месяц заимствует свет от солнца, так и царь приемлет помазание и венчание от архиерея и властвует в вещах мира сего. В частности, по требованию архиерейства царский меч должен быть готов на врагов веры православной" (Соловьев С.М. История России с древнейших времен. М., 1861. Т. XI. С. 272 - 273; Макарий. История русской церкви. Т. XII. С. 235, 410, 417 - 418; Каптерев Н.Ф. Патриарх Никон и царь Алексей Михайлович. М., 1912. Ч. II. С. 127 - 129, 181 - 184, 187 - 189, 195).
Возникшее столкновение, однако, надо было устранить. Собственною властью, даже опираясь на постановление местного собора иерархов, царь не решился на этот шаг из справедливого опасения, что Никон не подчинится этому распоряжению и учинит еще больший соблазн в церкви. Алексей Михайлович обратился за содействием к вселенским патриархам. Лишь в 1667 г. состоялся собор с участием восточных патриархов для суда над Никоном. Его признали виновным в самовольном, без всякого понуждения, оставлении патриаршества, в помехах к замещению кафедры и в несправедливых обвинениях "христианнейшего самодержца". На основании этого собор осудил Никона, лишил его сана и простым монахом отправил в заточение. Но вместе с тем собор признал, что "царь имеет преимущество в политических делах, а патриарх - в церковных". Если на этот раз царская власть и вышла победительницей, то вовсе не в силу признания ее превосходства. Двойственность власти оставлена неприкосновенной и даже подчеркнута постановлением собора. Повторение подобных конфликтов в будущем ничем не было предотвращено и являлось неизбежным каждый раз, когда налицо оказалось бы два неуступчивых представителя двух независимых одна от другой властей. Только преобразования Петра в области церковного устройства сделали невозможным "подобные замахи". Другое оппозиционное течение шло из светской среды и возникло на почве неудовольствий теми или иными переменами, какие проводились московским правительством. Недовольство шло из разных общественных слоев, иной раз резко обострялось под влиянием взаимной борьбы за насущные интересы, но до активных действий против правительства дело не доходило и ограничивалось выражением недовольства в частных беседах, анонимных памфлетах, повестях, сказаниях и т.п. Правительство не стеснялось в мероприятиях по отношению к своим заподозренным оппонентам, а последние лишь в редких случаях спасались от грозящих им кар за пределами отечества.
Слабые отражения оппозиционного настроения можно отметить, например, в новгородско-псковской письменности. То были или радужные воспоминания о былой вольности этих земель, или горькая критика вновь заведенных московских порядков. Автор позднейшей переделки сказания о празднике иконы Знамения по поводу нашествия на Новгород Андрея Боголюбского в 1169 г. вспоминает, что новгородцы еще со времени Ярослава "почтени быша самовластiемъ... и данемъ и послушанiю положиша урокъ, еже не преходити пределъ прежде уставленныхъ". Такой порядок "въ зависть многiе грады сподвиже". Андрей Боголюбский, названный лютым фараоном, собрал на разорение Новгорода почти всю Русскую землю, и "вси завистью взимающеся на разоренiе богатейшаго града". Это процветание и богатство города автор объясняет тем, что "самовласпемъ управляющеся и ни единому изъ прежде бывшихъ князей обладати собою попущающе, но уставленная и умеренная дающе имъ" (Тихонравов Н.С. Летописи русской литературы и древностей. М., 1862. Т. IV. С. 19). Нельзя не заметить, что автор сказания всего сильнее почувствовал тяжесть нового московского тягла, противополагая ему прежние умеренные дани.
Автор повести "О Псковскомъ взятш" так же рисует сначала прежние псковские порядки. Псковичи жили по своей воле и не имели "князя державнаго, владущаго ими", но избирали князей "ово отъ Москвы, ово отъ Литовсюя земли" и держали такого князя, "яко наемника, а не яко князя, по закону своему". А если увидят от князя "что прискорбно", то отсылали его "въ отечество свое ему, откуда взять бысть". Но вот взят был в Псков по давнему обычаю с Москвы кн. Ив. Оболенский Репня, который жил у них "грозно и свирепо по наказу государя своего, по московскому обычаю, а не по обычаю ихъ и закону". Жалоба на него московскому государю лишь вызвала у государя мысль "превратити Псковъ на своя пошлины". Рассказав обстоятельства псковского взятия, автор замечает: "кто сего не восплачетъ и не возрыдаеть?" и затем приводит аллегорическую жалобу славнейшего града Пскова, как на него налетел многокрылый орел с львиными ногтями и взял у него "три кедра Ливанова", и красоту его, и богатство, и чада его восхити. Новые московские пошлины вызвали у автора едкую их характеристику: "у московскихъ намъстниковъ, ихъ тiуновъ и дьяковъ правда ихъ, крестное цъловаше, взлетела на небо", а начала в них ходить кривда, и от них было много зла, так как они были немилостивы к псковичам. А бедные псковичи так и не узнали правды московской. От таких порядков все иноземцы разошлись из Пскова по своим землям, так как было "не мочно во Псковъ жити". Остались одни псковичи и то потому только, с горькой иронией замечает автор, что "земля не разступится, авверхъ не взлетъть" (ПСРЛ. Т. IV. С. 287 - 288).
Но и эти немногие оппозиционные голоса скоро совершенно замолкли в сфере чисто политической и продолжали еще некоторое время раздаваться в сказаниях и повестях о местных святынях, не без успеха конкурировавших с московскими.
Большее значение имела оппозиция, идущая из среды высших служилых классов. Недовольство этой среды стало выясняться и обостряться уже с прибытием греческой царевны Зои Палеолог. В настоящее время не удается выяснить многих подробностей в тех преследованиях и казнях, какими сопровождалась опала, постигшая назначенного наследником внука Ивана III Димитрия. Несомненно, что при этом разыгралась борьба разных придворных партий. Известно, что недолго спустя служилая молодежь жаловалась на новые порядки, заведенные при московском дворе. Собираясь у Максима Грека, как у человека бывалого, много видевшего и знающего, некоторые из недовольных новыми порядками расспрашивали его, как следует государю устроить свою землю, как людей жаловать и как жить митрополиту. Один из собеседников жаловался, что государь старые обычаи переменил, и, ссылаясь на авторитет разумных людей, утверждал: "которая земля переставливаетъ обычьи свои, и та земля недолго стоить. Ино на насъ котораго добра чаяти?" Перемена обычаев приписывалась главным образом царице Софье: до ее прибытия "земля наша русская жила въ тишине и въ миру; а какъ пришли сюда грекове, ино и земля наша замешалася, и пришли нестроенiя великiе"; одним словом, Софья, "какова ни была, а къ нашему нестроенью пришла". И позднее кн. А.М. Курбский перемену нравов предобрых русских князей объяснял влиянием "злыхъ женъ, паче же которыхъ поимовали отъ иноплеменниковъ". Софью же он прямо называл "греческою чародейницею".
Но в чем же перемена нравов или старых обычаев? Собеседники Максима Грека, Берсень-Беклемишев и Федор Жареный, говорили про Василия III, что "государь пришелъ жестокъ, людей мало жалуетъ, к людямъ немилостивъ", и что "государь упрямъ, встречи противъ собя (возражений) не любить, и кто противъ него говорить, и онъ на того опаляется". Берсень вздумал ему возразить по поводу смоленского похода, но государь на него крикнул: "пойди, смердъ, прочь, не надобенъ ми еси". Самого Максима Грека правительство обвиняло в том, что он называл Василия III "гонителем и мучителем нечестивым". А Курбский этого князя называл "великимъ паче же въ прегордости и лютости княземъ". Недовольные Василием III совсем иначе отзывались об его отце: Иван III Васильевич "былъ добръ и до людей ласковъ, и противъ себя стречю любилъ, и техъ жаловалъ, которые противъ его говаривали". От этого и результаты были благие: "пошлеть людей на которое дело, ино и Богь съ ними". Курбский утверждал, что политические успехи Ивана III произошли "воистину многого его совета ради съ мудрыми и мужественными сигклиты его: бо зело глаголютъ его любосоветна быти и ничтоже починати безъ глубочайшаго и многаго совета". Берсень жаловался еще, что Василий III отстраняет от своего совета многих слуг и, "запершися самъ третей у постели, всякiе дела делаетъ". И Курбский упрекает Грозного за то, что он особенно верит дьякам, которых избирает не из шляхетских и благородных родов, а из поповичей и простого всенародства, и делает это, "ненавидяще вельможъ своихъ, хотяще единъ веселитися на землъ".
Особенно обострились отношения у царя Грозного с боярством. Отчасти болезненная мнительность царя, уязвленная династическими опасениями, отчасти разыгравшиеся партийные страсти, - все это преувеличенно рисовало нервозному правительству грозящие отовсюду измены и тайные заговоры. Борьбу с ними и искоренение их и поставило правительство Грозного одною из главных задач своей политики. Недаром в похвальном слове Василию III, по поводу рождения у него сына Ивана, радостный автор утешает читателя, что теперь нечего сетовать и смущаться мыслью о судьбе царства, о православии; нечего восклицать с горечью: "кто да посрамить еретическое гнилословiе, кто да управитъ исконное въ отечестве его любопренное и горды иное о благородствъ мятежное шатайте". Значит, Грозный как бы от рождения предназначался искоренить гордынное и мятежное шатание среди благородных. Отсюда опалы, казни, наконец, опричина. Князь А.М. Курбский со своей стороны взялся объяснить причины "пожара лютости въ земле Святорусской". Гонения начались удалением Сильвестра и Адашева и членов избранной рады. По объяснению Курбского, это произошло вследствие советов царю Вассиана Топоркова - не держать советников мудрее себя, а также доносов злых ласкателей, царских шурьев и других нечестивых, которые про избранную раду говорили: "худые люди, чаровницы, тебя государя, столь великаго и мудраго, боговенчанного царя, держали аки въ оковахъ, не дающе тебъ ни въ чесомъ же своей воли,... хотяще сами царствовати и нами всъми владети". Курбский же утверждает, что злые ласкатели все это делали для того, "да невозбранно будетъ имъ всеми нами владети". Отсюда вскрывается, что речь идет о борьбе двух партий, борющихся за влияние и власть при дворе. Что же это за партии? Курбский указывает, кто были эти ласкатели, губители царства Святорусского. Бассиан Топорков был "мнихъ отъ юсифлянсюя лукавыя четы". Затем упоминаются "прелукавые мнихи" Мисаил Сукин и Левка Чудовской. Все это постриженники и последователи Иосифа Волоцкого. Курбский очень много и с горячей ненавистью говорит об этих вселукавых иосифлянских мнихах, в том числе и о прегордом и лютом митр. Данииле. У каждой партии свое знамя. Политические взгляды иосифлян изложены выше, и Курбский довольно точно их передает. Вассиан Топорков советует царю, если он желает быть самодержцем, не держать при себе мудрейших советников: "такс будеши тверд на царстве и все имети будеши в руках своих". Злые ласкатели утверждали, что царь, когда отогнал от себя мудрейших советников, то воистину образумился "зряще свободно на все свое царство, яко помазанець божiй, и никто же инъ, точiю самъ одинъ, тое управляюще и имъ владеюще". Приводя слова Вассиана царю: "ты лучше всехъ и не достоить ти никого имети мудраго", Курбский их сопровождает таким толкованием: "аки бы реклъ: понеже еси Богу равенъ". Эта ссылка на иосифлянскую теорию обожествления власти приводит Курбского к сравнению этой теории с гласом падшего ангела, задумавшего сравняться с превышним. Так ядовито иронизирует Курбский над доктриной теократического абсолютизма. Ей он противоставит другую: "самому царю быти яко главъ и любити мудрыхъ советников яко свои уды". Порядок, существовавший во время господства избранной рады, когда царь не мог "безъ ихъ совета ничесоже устроити или мыслити", кажется Курбскому единственно правильным. Он подтверждает его и ссылкой на княжение Ивана III, ничего не починавшего без глубочайшего и многого совета с мудрыми и мужественными своими сигклиты, и другими примерами и указывает, что принесло царю Давиду "непослушаше сигклитскому совету", какую беду навел на него Бог, когда он, вопреки мнению советников, предпринял счисление израильского народа. Таким образом, Курбский считал обязательным для царя наличность совета из мудрых сигклитов, указаниям которого царь и должен следовать.