Неизвѣстно для чего донъ Джіованни пробылъ въ Неаполѣ десять дней. Наконецъ, получивъ отъ кардинала жезлъ главнокомандующаго и штандартъ лиги, присланные папою, онъ отчалилъ отъ неаполитанскаго берега и прибылъ въ Мессину. Испанскіе историки хотя и утверждали, что честь экспедиціи принадлежала Испаніи, но это не справедливо. Всѣхъ судовъ подъ командою донъ Джіованни было восемьдесятъ, изъ нихъ только тридцать были испанскія, остальныя пятьдесятъ принадлежали Сициліи, Неаполю, Генуѣ и были наполнены италіанскими солдатами и если къ нимъ прибавить галеры герцога Савойскаго, генуэзской республики, мальтійскихъ рыцарей, венеціанцевъ, римлянъ и тосканцевъ, то честь священной экспедиціи будетъ принадлежать, конечно, не Испаніи, а Италіи.
Въ Мессинѣ братъ Филиппа II былъ принятъ, какъ и слѣдовало ожидать, съ величайшимъ почетомъ. Вся пристань была устлана богатыми коврами и богатыми матеріями. Многочисленная толпа народа встрѣтила донъ Джіованни Австрійскаго на берегу и онъ торжественно въѣхалъ въ городъ верхомъ на лошади, сопровождаемый блестящей кавалькадой.
На другой день, на его кораблѣ былъ собранъ военный совѣтъ, въ которомъ приняли участіе всѣ командиры отдѣльныхъ частей экспедиціи, конечно, и главные изъ нихъ Маркъ Антоніо Колонна и Сабастьяно Вальеро. Испанцы въ душѣ были убѣждены, что не слѣдуетъ затѣвать борьбы, но только защищать христіанскіе государства, потому что турки, по ихъ мнѣнію, на морѣ были не побѣдимы. На военномъ совѣтѣ они воздержались громко высказать свою трусость. Колонна и Вальеро стояли за борьбу и доказывали, что христіанскій флотъ побѣдитъ и что слѣдуетъ поспѣшить отходомъ изъ Мессины. Большинство, присутствовавшихъ на совѣтѣ, одобрило это мнѣніе.
Но испанцы, вѣрные инструкціи своего короля, тайно интриговали противъ желанія большинства союзниковъ, замедляя отходъ изъ Мессины всевозможными средствами. Между тѣмъ, римляне и венеціанцы уговаривали донъ Джіованни поспѣшить сняться. Мнѣніе послѣднихъ было окончательно принято и донъ Джіованни произнесъ публично слѣдующую знаменательную рѣчь:
"Собравъ здѣсь подъ своимъ начальствомъ всѣ морскія силы, которыми могли располагать христіанскіе князья, я счелъ бы съ своей стороны преступленіемъ, если бы не оказалъ помощи нашимъ собратамъ и союзникамъ венеціанцамъ, страна которыхъ находится въ опасности. По этому мы сообща съ римскими и венеціанскими генералами рѣшили немедленно сняться, выйти въ море и при помощи Божіей сразиться съ врагомъ. Усердно прошу всѣхъ помочь мнѣ въ этомъ святомъ дѣлѣ".
Послѣ этого заявленія главнаго начальника, долѣе оттягивать экспедицію было уже невозможно. Чрезъ шесть дней по прибытіи испанскаго флота союзники вышли въ море. Авангардъ, состоящій изъ восьми кораблей былъ подъ командою Джіованни ди-Кордона; за нимъ слѣдовалъ въ боевомъ порядкѣ аріергардъ и, наконецъ, резервъ.
Въ такомъ порядкѣ союзники прибыли въ Корфу, гдѣ испанскіе интриганы снова пытались отклонить донъ Джіованни отъ намѣренія сразиться съ непріятелемъ. Но пылкій, юноша отклонилъ ихъ совѣты и отдалъ приказаніе двинуться изъ Корфу далѣе въ портъ Гоменице, чтобы приблизиться къ непріятельскому флоту, расположенному въ заливѣ Лепанто.
Въ Гоменицѣ христіане узнали, что турки уже нѣсколько мѣсяцевъ осаждали городъ Фамагоста и, наконецъ, взяли его. Послѣ продолжительнаго сопротивленія венеціанскаго гарнизона и горожанъ, потери траншей, рва, и тщетныхъ усилій заложить пробитую брешь, израсходовавъ всѣ жизненные припасы, городъ долженъ былъ наконецъ сдаться подъ условіемъ сохраненія жизни гражданъ и свободнаго выхода изъ города. Но турки во всѣ времена и вѣка отличались своимъ вѣроломствомъ и самымъ наглымъ нарушеніемъ трактатовъ и своихъ обѣщаній. Лишь только турецкій главнокомандующій Мустафа овладѣлъ городомъ, онъ отдалъ приказаніе арестовать и казнить губернатора города, храбраго Асторре Бальони; на другой день онъ былъ варварски зарѣзанъ. Съ поставщикомъ (provveditore) острова Маркомъ Антоніемъ Брагадино побѣдители поступили еще ужаснѣе. Обнаженнаго Брагадино они приковали къ столбу на площади, надѣвъ ему на шею желѣзное ожерелье, потомъ отрѣзали уши и, надругавшись вдоволь, содрали съ живого кожу.
Разсказы объ этихъ жестокостяхъ турокъ произвели сильное впечатлѣніе на солдатъ христіанскаго флота. Они поклялись отмстить злодѣямъ и настоятельно требовали немедленно двинуться на турокъ.