Съ тѣхъ поръ какъ флорентинская "Signoria" примкнула къ лигѣ противъ Франціи, она употребляла всѣ усилія, чтобы поддержать хорошія отношенія съ папой. Поэтому хотя она сдѣлала попытку оправдать письменно Саванаролу въ глазахъ его святѣйшества, но въ то же время потребовала отъ настоятеля монастыря Санъ-Марко, чтобы онъ прекратилъ свои проповѣди.
Саванарола повиновался нѣкоторое время, но не могъ долѣе устоять противъ своего призванія. Въ праздникъ Рождества Христова онъ служилъ обѣдню въ церкви Санъ Марко, пріобщился съ своими монахами и значительнымъ числомъ приверженцевъ и во главѣ торжественной процессіи обошелъ церковь. Послѣ этого онъ объявилъ во всеуслышаніе, ссылаясь на авторитетъ папы Пелагія, что неправильное отлученіе отъ церкви не дѣйствительно, и что тотъ, противъ кого оно направлено, не нуждается въ оправданіи. Въ заключеніе онъ добавилъ, что наитіе свыше побуждаетъ его ослушаться недостойнаго судилища.
На слѣдующій день онъ появился въ соборѣ и началъ свою проповѣдь при большемъ стеченіи народа, нежели когда либо.
-- Истинно говорю вамъ, сказалъ онъ громкимъ голосомъ,-- что тотъ, кто признаетъ законность этого отлученія отъ церкви и находитъ, что я не имѣю права проповѣдывать передъ народомъ, долженъ считаться еретикомъ и достоинъ церковнаго проклятія! На чьей сторонѣ истина? На нашей, хотя мы отлучены отъ церкви, а не на сторонѣ тѣхъ, которые предаются пьянству, обжорству, скупости, сластолюбію, лжи и всѣмъ порокамъ. Христосъ сказалъ: "Поклоняющіеся Богу должны поклоняться въ духѣ и истинѣ"... Поэтому Господь стоитъ среди насъ, преданныхъ проклятію, а съ тѣми, которыхъ благословляетъ папа, пребываетъ дьяволъ. Мое ученіе согласно съ св. писаніемъ, кто не хочетъ принять его, тотъ жаждетъ, чтобы наступило царство зла...
Борьба принимала все болѣе и болѣе ожесточенный характеръ. Флорентинскій архіепископъ обратился съ особымъ возваніемъ къ народу. Въ этомъ возваніи говорилось, что облученіе отъ церкви будетъ распространено на всѣхъ тѣхъ, которые будутъ слушать проповѣди Саванаролы, и что они не получать ни разрѣшенія грѣховъ, ни св. причастія, ихъ тѣла не будутъ лежать въ освященной землѣ. Но "Signoria", которая все еще милостиво относилась въ Саванаролѣ, приказала немедленно архіепископу выѣхать изъ города.
Въ продолженіе слѣдущихъ недѣль Саванарода проповѣдывалъ съ той же неустрашимостью и съ неизмѣннымъ успѣхомъ. Когда наступилъ карнавалъ, онъ опять собралъ значительное число дѣтей, которые ходили по городу изъ дома въ домъ и отбирали нечестивыя книги и картины, игорныя карты, кости, лютни, мандолины и другіе музыкальные инструменты, накладные волосы, румяна, духи и пр. Всѣ эти вещи были сложены на площади въ большой костеръ, по примѣру прошлогодней церемоніи, и преданы пламени среди пѣнія псалмовъ и духовныхъ пѣсенъ.
Вліяніе Саванаролы на флорентинцевъ проявилось въ послѣдній разъ, во время этого своеобразнаго торжества, введеннаго по его иниціативѣ. Живописецъ Бартоломео и Лоренцо Креди сами принесли ему модели, снятыя ими съ полныхъ людей, и сложили ихъ на востеръ. Но противники мрачнаго міровоззрѣнія Саванаролы, съ плохо скрытымъ негодованіемъ, смотрѣли на ряды поющихъ дѣтей, монаховъ и женщинъ. При этомъ замѣтно было по общему настроенію зрителей, что число приверженцевъ Саванаролы сильно уменьшилось и что къ нему уже не относятся съ такимъ уваженіемъ, какъ прежде.
Но чѣмъ долѣе удерживалось значеніе Саванаролы, тѣмъ больше увеличивалось недовольство и гнѣвъ папы, поджигаемый приверженцами Медичисовъ, которые были убѣждены, что Пьетро давно былъ бы властелиномъ Флоренціи, если бы настоятель доминиканскаго монастыря не возбуждалъ противъ него жителей. Папа издалъ новую буллу, по которой флорентинская "Signoria" должна была строжайшимъ образомъ запретить проповѣди Саванаролѣ, потому что въ противномъ случаѣ республика подвергнется отлученію отъ церкви и папская армія принудитъ ее въ выполненію требованія его святѣйшества. Кромѣ того все имущество флорентинскихъ купцовъ будетъ вывезено изъ города.
Флорентинскія власти были поставлены въ большое затрудненіе; но такъ какъ дружба папы была нужна республикѣ, то Саванаролѣ послано было требуемое запрещеніе Онъ торжественно простился съ своей паствой и вмѣсто себя назначилъ проповѣдниками двухъ доминиканскихъ монаховъ: Маруффи и Доменико изъ Пескіа, которые были ревностнѣйшими приверженцами его ученія.
Вскорѣ послѣ того, францисканскій монахъ Публіо говорилъ въ церкви Santa Croce противъ Саванаролы и торжественно объявилъ, что настоятель Санъ Марко обѣщалъ подтвердить свое лжеученіе чудомъ. По его словамъ, Саванарола предложилъ одному изъ францисканцевъ сойти вмѣстѣ съ нимъ въ церковный склепъ, гдѣ находились гроба; и если который нибудь изъ нихъ воскреситъ мертваго, то это будетъ служить доказательствомъ правоты его ученія.