Волненіе между городскими жителями возрастало со дня на день. Противники Саванаролы могли смѣло разсчитывать на успѣхъ; они соединились и направились въ монастырю съ крикомъ: "Къ оружію! Идемъ въ Санъ-Марко!"
Мало-по-малу, вокругъ нихъ собралась многочисленная толпа, которую они повели за собой въ монастырь. Церковь Санъ-Марко была переполнена молящимися, такъ какъ въ это время совершалось богослуженіе. Всѣ они были почти безъ оружія, между тѣмъ какъ нахлынувшая масса напала на монастырь съ мечами, копьями и въ полномъ вооруженіи. Приверженцы Саванаролы защищали церковь. Мать и сестру его, въ числѣ другихъ женщинъ, спрятали въ ризницу. Монахи столпились около алтаря и окружили своего настоятеля; между ними были: Доменико Буонвичини, Сильвестро Маруффи и молодой Донато Руффоли. Они выступили впередъ въ надеждѣ покончить дѣло миролюбивымъ образомъ и оградить церковь отъ оскверненія; но вооруженная толпа съ яростью напала на нихъ.
Въ этотъ моментъ, живописецъ Бартоломео, бывшій въ церкви, далъ торжественный обѣтъ поступить въ монастырь въ случаѣ благополучнаго исхода борьбы. Марко Аврелій былъ въ числѣ монаховъ, защищавшихъ настоятеля цѣной своей жизни.
Донато Руффоли былъ неустрашимѣе всѣхъ своихъ товарищей и подвергся наибольшей опасности. Смертельно раненый копьемъ, онъ шатаясь добрался до алтаря, у котораго стоялъ Саванарола съ нѣсколькими монахами. Донато упалъ къ ногамъ своего учителя; этотъ благословилъ его со слезами на глазахъ, положивъ ему руку на голову. Послѣднія слова, которыя вырвались изъ устъ умирающаго юноши были:
-- Благодарю тебя Господи, что ты избралъ меня жертвой за правду!
Между тѣмъ, осаждающіе выломили всѣ двери и уже раскладывали огонь, чтобы поджечь монастырь, но монахи, видя, что дальнѣйшее сопротивленіе безполезно, рѣшились вступить въ переговоры съ непріятелемъ.
Разъяренная толпа не слушала никакихъ убѣжденій и требовала съ громкими криками выдачи Джиролано Саванаролы и его двухъ приверженцевъ: Доменико Буонвичини и Сильвестро Маруффи, чтобы немедленно отвести ихъ въ тюрьму. Джироламо изъявилъ готовность идти въ заключеніе, только просилъ дать ему время проститься съ монахами, и, получивъ согласіе, отправился съ ними въ библіотеку.
Саванарола не могъ сомнѣваться, что его ожидаетъ мученическая смерть; но онъ спокойно стоялъ среди доминиканцевъ Санъ-Марко, которые лучше, чѣмъ кто нибудь, могли знать безпорочность его жизни и. чистоту намѣреній. Хотя нѣкоторые изъ нихъ въ послѣднее время все болѣе и болѣе склонялись на сторону его противниковъ, но въ эту минуту чувство глубокаго уваженія къ настоятелю соединило всѣхъ. Они столпились около него, становились передъ нимъ на колѣни, цѣловали руки и одежду его и просили благословенія. Съ рыданіемъ выслушали они его послѣднія слова, которыми онъ убѣждалъ своихъ вѣрныхъ приверженцевъ быть выносливыми и терпѣливыми, а остальныхъ покориться волѣ Божьей.
Но въ тотъ моментъ, когда онъ хотѣлъ выйти изъ библіотеки, чтобы предалъ себя въ руки враговъ, неожиданно произошла раздирающая сцена.
Анна Саванарола съ смертельнымъ страхомъ слѣдила за тѣмъ, что дѣлалось въ церкви, и слышала рѣшеніе своего сына. Не помня себя отъ отчаянія, она бросилась изъ ризницы въ церковь и отсюда въ монастырскую библіотеку, гдѣ съ громкимъ воплемъ упала въ ногамъ Джироламо.