Впослѣдствіи, когда онъ занялся чтеніемъ драгоцѣнныхъ рукописей монастырской библіотеки, его пытливому уму ясно представилась исторія развитія церкви.
Римская церковь, совмѣстившая въ себѣ христіанство съ остатками древней образованности, стремилась съ первыхъ временъ своего существованія соединить отдѣльныя секты и составить единый братскій союзъ всѣхъ націй. Эти стремленія должны были благотворно отразиться на развитіи человѣческаго общества и поколебать суровыя языческія воззрѣнія, съ ихъ основными принципами: наслажденіемъ и насиліемъ. Первое подавляло всѣ нравственные стимулы; второе, подрывая достоинство человѣческой личности, оправдывало рабство.
Молодой монахъ мысленно прослѣдилъ шагъ за шагомъ борьбу христіанства съ языческимъ міромъ, начиная съ того времени, когда неминуемая опасность побудила первыхъ адептовъ новаго ученія искать убѣжища среди могильнаго мрака катакомбъ до того дня, когда императоръ Константинъ, покровительствуя преслѣдуемой церкви, подарилъ папѣ Сильвестру Римъ и его окрестности. Съ этихъ поръ, христіанская церковь, не довольствуясь вліяніемъ, которое она оказывала на нравственность и развитіе человѣчества, стала вмѣшиваться въ область политики и заявлять сластолюбивыя стремленія.
Мечты о могуществѣ и славѣ начали все болѣе и болѣе смущать скромныхъ служителей церкви, которые стали съ презрѣніемъ относиться къ смиренной одеждѣ и суровой жизни кающихся грѣшниковъ. Рабъ рабовъ Божіихъ украсилъ свою главу короной и заставилъ людей преклонять передъ нимъ колѣна. Ѳиміамъ лести настолько отуманилъ его, что вмѣсто кроткихъ словъ увѣщанія, онъ рѣшился, подобно земнымъ королямъ, бороться съ своими противниками силой меча. Его предшественники, были мученики, тогда какъ онъ добровольно принялъ на себя роль палача. Епископы, которые нѣкогда молились на колѣняхъ за свою паству, поверженные въ прахъ, превратились мало по малу въ гордыхъ и недоступныхъ магнатовъ. Римъ утратилъ свою святость и сдѣлался такимъ же языческимъ городомъ, какъ во времена Калигулы и Нерона.)
Глубокая грусть охватила сердце Джироламо, когда онъ дошелъ до этого періода церковной исторіи. Не разъ у него являлось желаніе бросить старые пергаменты; но его останавливала мысль, что если онъ хочетъ вести борьбу противъ зла, то долженъ основательно познакомиться съ нимъ. Поэтому онъ съ двойнымъ рвеніемъ занялся изученіемъ исторіи свѣтскаго владычества папъ. Первые епископы были также независимы въ своихъ дѣйствіяхъ, какъ апостолы; затѣмъ они стали называться митрополитами, патріархами и, наконецъ, папами. Сначала было нѣсколько первыхъ епископовъ, пока Григорій VII на одномъ соборѣ, бывшемъ въ Римѣ, въ 1075 году, не издалъ постановленія, что только онъ и его преемники могутъ именовать себя папами. Цѣлый рядъ событій способствовалъ возвышенію римскаго патріарха надъ всѣми остальными. Такъ, напримѣръ: паденіе римской имперіи, возмущеніе геруловъ и ругіевъ при Одоакрѣ, остготовъ при Теодорикѣ, грековъ при Нарсесѣ, лангобардовъ при Альбоинѣ, а равно и опустошительныя войны,-- которыя повергли Италію въ бѣдственное положеніе,-- способствовали истребленію милліоновъ людей и опустошенію городовъ и земель. Въ то же время вопросъ о первенствѣ въ церкви рѣшился въ пользу римскаго духовнаго владыки, потому что константинопольскій патріархъ, благодаря присутствію императора въ столицѣ, игралъ жалкую роль; а патріархи въ Александріи, Антіохіи и Іерусалимѣ мало по малу окончательно подпали подъ власть персовъ и магометанъ.
Тѣмъ не менѣе глаза римской церкви не былъ пока облеченъ свѣтской властью и только въ восьмомъ столѣтіи совершилось событіе, которое привело къ этому печальному объединенію. Папа Стефанъ II, уступая желанію Питана, помазалъ его на царство, а равно и двухъ его сыновей: Карла (названнаго впослѣдствіи Великимъ) и Карломана, и за эту услугу получилъ отъ Пипина земли, отнятыя имъ у лангобардовъ. Послѣдующіе папы еще больше увеличили могущество св. престола и расширили папскія владѣнія; Григорій VII въ свою очередь оказалъ существенную услугу римской церкви, обогативъ ее наслѣдствомъ дочери тосканскаго герцога.
Джироламо, читая имя папы Григорія VII, невольно вспомнилъ многознаменательный день 23-го января 1077 года. Воображеніе живо нарисовало ему на горѣ Реджіо скалу Канооса, съ мрачными стѣнами уединеннаго замка, окруженнаго глубокимъ снѣгомъ; онъ видѣлъ босаго юношу въ рубищѣ, который съ трудомъ поднимался на холмъ; голова его была открыта; длинные волосы падали на плечи; толстая веревка служила поясомъ. Этотъ юноша былъ германскій императоръ Генрихъ IV, помазанный въ римскіе короли папой Николаемъ II, зять маркграфини сузской Адельгейды и кузенъ графини Матильды, владѣтельницы замка Каносса, гдѣ въ то время находился папа. Генрихъ предпринялъ трудное путешествіе въ Италію черезъ Альпы, чтобы вымолить прощеніе у папы и теперь стоялъ какъ нищій, дрожа отъ холода среди глубокаго безмолвія, изрѣдка прерываемаго ревомъ бури. Хотя блѣдное лицо съ любопытствомъ выглядывало изъ-за гардины окна, но Генрихъ напрасно молилъ о прощеніи; дверь замка долго оставалась закрытой, пока наконецъ папа, уступая просьбамъ графини Матильды, сжалился надъ кающимся грѣшникомъ.
Джироламо Саванарола, взглянувъ на распятіе висѣвшее на стѣнѣ, невольно сравнилъ Спасителя съ его представителями на землѣ. Затѣмъ, перебирая одинъ за другимъ листы рукописи, онъ остановился на исторіи Болоньи и Феррары. Папа Николай III предложилъ себя жителямъ Болоньи въ качествѣ миротворца во время кровавой борьбы между Джеремеи я Ламбертацци; но едва открыты были ворота, какъ онъ поспѣшилъ овладѣть городомъ. Только въ 1401 году Болонья освободилась отъ папскаго деспотизма: народъ поднялъ знамя возстанія и провозгласилъ своими предводителями Бентиволіо. Что касается Феррары, то папа Павелъ И превратилъ въ герцогство эту часть земель, пожертвованныхъ Пипиномъ церкви и продалъ ихъ въ 1471 году Борзо д'Эсте, второму сыну Николая III д'Эсте. Причина подобныхъ событій коренилась въ невѣжествѣ народа, который былъ убѣжденъ, что не только науки, но и грамотность должна быть достояніемъ одного духовенства. Владѣтельные князья были слишкомъ слабы и суевѣрны, чтобы обезпечить себя отъ насилія; они уступали свои земли папѣ, чтобы снова получить ихъ на правахъ леннаго владѣнія, такъ что каноническое право, очутилось въ рукахъ людей, которые не должны были бы знать другихъ уставовъ, кромѣ тѣхъ, какіе заключались въ Библіи.
Джироламо невольно задумался надъ прочитаннымъ. Несмотря на свой монашескій санъ онъ чувствовалъ глубокое отвращеніе къ тѣмъ представителямъ духовенства, которые старались поработить народъ бичомъ покаянія. Онъ мысленно поставилъ задачей своей жизни разорвать сѣти, которыя опутывали націю и, путемъ мученій, пытокъ и жестокихъ приговоровъ, отвлекали вниманіе общества отъ безстыдной торговли церковными должностями и имуществами. Вмѣстѣ съ тѣмъ онъ рѣшилъ освободить своихъ соотечественниковъ отъ интригъ духовенства и безграничной все болѣе и болѣе охватывавшей его страсти ко всякаго рода наслажденіямъ.