Келейным трудом для него было переплетание книг.
К храму он питал особое влечение, неопустительно ходил на все службы, являлся первым, оставлял церковь последним. Всегда старался о сохранении между братиею мира и соблюдал, как и в миру, молчание.
Он хранил строгий пост, не имел у себя ничего съедобного и довольствовался лишь тем, что подавали на трапезе.
Одевался бедно и, когда родные прислали ему меховую шубу, вовсе не стал носить ее. В келлии у него было убого, — деревянная кровать с ватным одеялом, даже не было шкафа для одежды, а ряса висела на гвоздике.
Денег он у себя не держал, а все относил старцу. И ценных икон у него не было.
Когда его одели в рясофор, потом постригли — он увеличил еще суровость к себе и свою сосредоточенность.
Тут он оставил и те шутки, которые раньше говорил.
Постриженный в 1854 г. (5 октября), он в 1858 году посвящен в иеромонахи, хотя умолял не возвышать его.
Все с большею настойчивостью шел о. Исаакий к своей цели — нравственного обновления. И оптинские старцы — о. Макарий и склонявшийся к своему концу настоятель о. Моисей — оба желали видеть его преемником о. Моисея, что и совершилось.
С величайшею скорбью, сознавая себя недостойным, неспособным, принял о. Исаакий в 1862 году бремя настоятельства.