Ростовский архиерей, узнав о службе и трудах Андрея, назначил его диаконом в Ярославль.
В скором времени стали в Москве обновлять соборы Успенский, Архангельский и Благовещенский, преимущественно художниками из духовенства. В числе их был вызван в Москву и Андрей, и оставался там до конца дела.
В Ярославле и Ростове есть образа, им писанные.
Вскоре по возвращении домой, Андрей потерял жену свою, после пятилетнего супружества. Не более года оставался он еще на диаконском месте. Поручив воспитание единственной дочери своему брату, он в 1777 году поступил в Ростовский Яковлевский монастырь, а 8 декабря 1779 г. был пострижен в монашество. При этом настоятель, против своего и общего обыкновения, дал ему свое имя, — Амфилохий.
— Никому, — сказал он, — не давал я этого имени. Тебе первому и последнему даю его, в надежде, что оно по смерти моей не только продолжится в тебе, но и прославится.
О. Амфилохию было назначено сродное ему послушание: расписывать стены в соборной монастырской церкви.
Однажды, когда он, стоя на подмостках, занимался этим делом, он услышал, во время службы у мощей святителя Димитрия, пение стиха "Житейское море воздвизаемое зря напастей бурею, к тихому пристанищу Твоему притек, вопию Ти: возведи от тли живот мой, Многомилостиве!"
Ему казалось, что это поют ангелы небесные слова, и он не мог не заплакать. Тут он почувствовал омерзение к благам этого мира, и благочестивое его настроение превратилось в живое пламенное чувство. Его любовь к Богу как бы унесла его от земли; он жаждал только одного — быть всегда с Богом.
Вскоре о. Амфилохий был рукоположен во иеромонахи, и на него возложено разом несколько должностей — ризничего, смотрителя благочиния, гробового и уставщика. Чтоб исполнять все это, требовалось крайнее напряжение всех сил. Его постоянные труды были тем изумительнее, что у себя в келлии он был постоянно занят молитвою.
Почти весь день и большую часть ночи он проводил на молитве. Отдыху давал себе не более пяти часов, да и то постоянно урезывал себя.