Через семь лет после пугачевского бунта Оренбург едва не потерял своего значения в смысле административного пункта. Двадцать третьего декабря 1781 года последовал Высочайший указ об упразднении Оренбургской губернии и открытии Уфимского наместничества. Оренбургская губерния, переименованная в область, вошла в состав этого наместничества, при чем резиденция главных начальников края, под именем симбирских и уфимских генерал-губернаторов, перенесена была сначала в город Симбирск, а потом в Уфу, где и оставалась до 1784 года.
Отсутствие в Оренбурге главного начальника в лице губернатора ― этой грозы для киргизов, по всей вероятности было причиной того, что неспокойствие в киргизской степи в 1782―1784 годах, по сказанию местных летописцев, достигло крайних пределов или, выражаясь языком того времени: «воровство и продерзости встречались на каждом шагу»; особенно от киргизских набегов с похищением людей пострадала в то время дистанция от Оренбурга до Верхнеуральска[22].
К счастью, такое сиротское состояние Оренбургского края и, в частности, города Оренбурга продолжалось всего несколько более двух лет, так как 14 января 1784 года указом Императрицы Екатерины II в Оренбурге открыта была пограничная экспедиция, вследствие чего сюда же перенесена и резиденция генерал-губернатора.
В конце XVIII столетия по мысли и ходатайству главных начальников Оренбургского края, с целью приручения киргизов чрез посредство родственных им по языку и религии татар, устроены были в Оренбурге, около менового двора, и в городах Верхнеуральске, Троицке и Петропавловске магометанские мечети.
С тою же целью в Оренбурге при мечети менового двора открыта была татарская школа, в которой в 1782 году обучалось 12 киргизских мальчиков.
На донесение генерал-губернатора барона О. А. Игельстрома по делу об устройстве мечетей Императрица 4 сентября 1785 года между прочим ответила: «Не сомневаемся, что такое сооружение мест для публичной молитвы привлечет и прочих в близости кочующих или обитающих на границах наших, а сие и может послужить со временем способом к воздержанию их от своевольств лучше всяких строгих мер».
В 1786 году весною в Оренбурге было три огромных пожара, истребивших почти все казенные постройки и чуть ли не весь город ― 340 домов. Императрица Екатерина II оказала городу щедрую поддержку, три раза присылала она на имя генерал-губернатора Игельстрома по 10 тыс. рублей.
К тому же 1786 году относится выселение некоторых городских обывателей за крепостной вал, казаков ― в Форштадт, где, по свидетельству Пушкина, после пугачевской осады оставалось всего лишь одна изба и Георгиевская церковь, а разночинцев ― в Старую слободку (на запад), называвшуюся «Голубиною».
В 1788 году для духовного управления магометанами в городе Уфе учреждена должность высшего управителя ― Оренбургского муфтия.
В 1796 году (12 декабря), за упразднением Уфимского наместничества, вторично восстановлена Оренбургская губерния, и в марте 1797 года Оренбург вновь стал губернским городом. Тогда же Оренбургским губернаторам присвоено было звание военного губернатора.