В 1778 году учреждена в Оренбурге городская полиция.
В 1799 году 27 мая Оренбургская пограничная экспедиция переименована в пограничную комиссию, а 16 октября того же 1799 года учреждена первая в Оренбургском крае епископская кафедра в городе Уфе, причем епископу новоустроенной епархии присвоен титул Оренбургского и Уфимского[23]. Первым епископом Оренбургским и Уфимским был Амвросий Келембет. Тогда же открыты в Уфе консистория и духовная семинария.
XIX столетие
Из событий последующего времени в истории Оренбурга и Оренбургского края отметим следующие.
В 1801 году открыта первая в Оренбургском крае типография в Уфе, при губернском правлении.
В 1803 году состоялось Высочайшее повеление о сооружении в Оренбурге на казенный счет каменной мечети (первой по времени), которая существует и поныне в 1-й части города, сделавшись соборною.
В 1804 году опять возник башкирский бунт, вскоре усмиренный.
В 1811 году основана Илецкая, или Ново-Илецкая, линия, которая начиналась от устья реки Илека, шла вверх по этой реке и соединялась с Оренбургской пограничной линией.
В 1812 году для управления киргизами, кочевья которых были расположены от верхней Оренбургской линии до реки Сыр-Дарьи и далее по направлению к Хиве и Бухаре, избран был султан Ширгазы Айчуваков, возведенный с Высочайшего соизволения в ханское достоинство. Двадцать второго августа того же года, при Оренбургском военном губернаторе князе Г. С. Волконском, за Оренбургским меновым двором происходила торжественная конфирмация названного Ширгазы, причем даны были ему приличные ханству знаки отличия: жалованная грамота за Императорскою печатью, сабля с надписью, соболья шуба и шапка чернобурой лисицы. Празднество по этому случаю обошлось казне свыше 10 тыс. рублей.
Тогда же возведен в ханское достоинство и другой киргизский султан Букей Нуралиев для приволжских киргиз. Ширгазы, назначенный первоприсутствующим в Оренбургской пограничной комиссии, вскоре оставил этот пост и бежал в киргизскую степь.