Въ 1628 г. онъ былъ отправленъ на воеводство въ Тобольскъ, что могло состояться и въ честь ему, а также и по интригамъ тогдашнихъ временщиковъ, съ цѣлью удалить отъ царя лишняго близкаго къ нему человѣка, особливо достойнаго по своимъ дарованіямъ. Однако въ 1631 г. онъ возвратился изъ далекой стороны въ Москву, но въ слѣдующемъ 1632 г. снова удаленъ на воеводство въ Астрахань, гдѣ оставался до 1635 г. Въ его отсутствіе въ 1633 г. погорѣла въ Кремлѣ вся сторона, гдѣ находился его дворъ. Отъ его двора и пожаръ начался.
Заслуги, оказанныя на этихъ дальнихъ воеводствахъ, по всему вѣроятію выдвинули его впередъ передъ другими, какъ добраго полководца, а потому, когда въ 1640 г. въ Москву пришли вѣсти, что идетъ къ столицѣ Крымская гроза, Алексѣй Никитичъ былъ отправленъ въ Тулу главнымъ воеводою надъ всѣми собиравшимися тамъ полками. Съ половины марта до половины сентября, до тѣхъ поръ, пока Крымцы не ушли восвояси, онъ оберегалъ Москву отъ обычнаго Татарскаго нашествія. Въ 1642 г., опять по такимъ же вѣстямъ, онъ снова былъ отправленъ главнокомандующимъ на Тулу же и въ сентябрѣ 15, по минованіи опасности, возвратился въ Москву. Въ эти и послѣдующіе годы со стороны Крыма постоянно грозила опасность Татарскаго нашествія, почему въ Тульскихъ мѣстахъ по разнымъ городамъ безотходно стояли наши полки.
Въ 1645 г., при вступленіи на престолъ царя Алексѣя Мих., князь Трубецкой былъ посланъ въ эти полки приводить ко кресту на государское имя воеводъ и всю рать.
Такія важныя государственныя порученія онъ исполнялъ, бывши только въ простомъ званіи дворянина, т.-е. не имѣя особаго служебнаго чина.
7 сентября 1645 года, за три недѣли до своего коронованія (28 сент.), молодой царь явилъ свое пожалованіе изъ всѣхъ первому Алексѣю Никитичу, возведя его прямо въ санъ боярина, какъ человѣка родовитаго, иначе ему было бы дано только окольничество. Передъ коронованіемъ царь пошелъ къ Троицѣ (10 сент.) и тамъ 13 сент. на обѣдѣ за монастырскою трапезою угощалъ новаго боярина, посадивши его на первое мѣсто.
Зимою того же года пришли подъ Курскъ Крымскіе царевичи; тотчасъ Алексѣй Никитичъ былъ посланъ попрежнему главнокомандующимъ на Тулу. Назначался сильный походъ противъ нихъ къ Бѣлгороду, но Татары вскорѣ ушли домой и вся рать также была распущена по домамъ.
1 мая 1646 г. Алексѣю Никитичу было поручено завѣдываніе Сибирскимъ приказомъ, который и оставался въ его вѣдомствѣ до самой его кончины въ 1662 г.
Въ 1647 г., съ титуломъ ближняго боярина и намѣстника Казанскаго, Алексѣй Никитичъ велъ переговоры съ послами Литовскими и Шведскими во главѣ другихъ, назначенныхъ къ тому лицъ. Такіе же переговоры онъ велъ съ Литовскими послами въ 1649 г.; въ 1650 г. съ Кизылбашскимъ (Персидскимъ) посломъ и Англійскимъ посломъ. На свадьбѣ царя въ 1648 г. генв. 16 онъ состоялъ въ сидячихъ боярахъ первымъ съ государевой стороны[96]. Первымъ всегда присутствовалъ за столами и у царя, и у патріарха, и первымъ же назначался, по случаю выѣздовъ государя изъ Москвы, оберегать столицу и царскій домъ.
Такимъ же образомъ онъ первенствовалъ при торжественныхъ встрѣчахъ мощей патріарха Іова въ 1652 г. апр. 5 и св. митрополита Филиппа іюля 6 того же года, а потомъ встрѣчалъ пріѣзжавшихъ въ Москву Грузинскаго царевича Николая Давыд. въ 1654 г. и Грузинскаго царя Теймураза въ 1658 г.
Само собою разумѣется, что во время начавшейся войны съ Польшею въ 1654 и 1655 гг., проведенной царемъ Алексѣемъ Мих. съ большимъ успѣхомъ и съ большою славою, бояринъ Алексѣй Никитичъ въ собранныхъ полкахъ занялъ попрежнему первенствующее мѣсто и былъ отправленъ впередъ на Брянскъ и тамошніе города: Рославль, Мстиславль, Шкловъ, Дубровну и прочіе, которые затѣмъ были взяты или приступомъ или сдавались добровольно.