Elisa skulle i modern tid ofelbart blivit kallad en kvinnosakskvinna. Det finnes i hennes liv detaljer, som komma en att häpna över hennes målmedvetna feminism. Hon bildade en litterär kvinnoklubb, hon ivrade — enligt madame Junot — för en reformdräkt, som hon med ringa framgång men under mycket löje sökte lancera, och hon blev under sin mans frånvaro ej till namnet men till gagnet sekundchef för hans regemente: hon skötte med framgång regementsexpeditionen och lade sig även i befordringsfrågor. Det var första gången Elisa var i tillfälle att visa sin mäktige bror, att hon var i stånd att använda de manliga talanger hon av naturen erhållit. Hon fick snart en mera betydande användning för sin organisatoriska förmåga och sina diplomatiska gåvor.
Medan alla Bonaparter strävade att få taga del i parislivet, hyste Elisa intet intresse därför. Hon var alltför härsklysten för att nöja sig med att föra spiran endast i en salong, synnerligast sedan lederna i hennes beundrarskara glesnat i samma proportion som Fontanes' vänskap svalnat och Elisa ägnat sina omsorger åt en ung man, f. d. tidningsredaktör och sekreterare hos Berthier, sedermera deputeraden François Lespérut. Elisa visste, att hon aldrig vid hovet kunde få någon maktställning, därtill var konkurrensen för stor med Joséphine, Julie och Hortense. Därtill kom, att det knappast var möjligt att behålla Bacciochi i Paris. Han tog sig fatal ut var man än ställde honom, både såsom regementschef och senator! Men borta från Paris skulle han kanske ej väcka så mycken pinsam uppmärksamhet som här bland alla de många övriga, framstående familjemedlemmarna. Napoleon var ej heller missnöjd med att Elisa lämnade Paris, i grunden fruktade han alltid från hennes sida en gryende opposition, liknande den Lucien försökt, och han beslöt därför att skapa en avledare för hennes oroväckande företagsamhet genom att låta henne bli härskarinna i någon mindre stat.
År 1803 hade Murat med Frankrike förenat furstendömet Piombini i nordvästra Italien. Det lilla landet med sina 20,000 invånare föll nu på Elisas lott. Gåvobrevet, daterat den 28 mars 1805, fastställde, att prinsessan Elisa erhöll Piombini, som lydde under Frankrike, att furstendömet skulle gå i arv till den äldsta sonen i prinsessans släkt och att prinsarna av Piombini skulle vara uteslutna från alla anspråk på den franska tronen. Detta sistnämnda villkor visar att Napoleon i sitt familjesystem tillämpade principer, direkt hämtade från det förhatliga "ancien régime".
Elisa lämnade Paris den 29 germinal år XIII, visserligen ej fullt tillfredsställd med den handfull undersåtar man givit henne, men stark i medvetandet om att nu själv kunna forma sitt öde; och hon lyckades även göra det.
Vid samma tid som Elisa kom till Italien, arbetade i grevskapet Lucca corsikanen Salicetti för att förmå dess invånare att förklara sig oberoende och begära skydd av Frankrike. Elisa skyndade sig strax vid ankomsten till Italien att sträcka ut en lysten hand efter detta land, som låg tätt intill hennes eget, och vilket med sina rikedomar, sina historiska minnen och sina 130,000 invånare betydligt skulle stärka hennes maktställning. Elisa var så upptagen av de hemliga underhandlingar hon i detta syfte förde med Salicetti, att hon ej ens gav sig tid att taga sitt lilla rike i besittning, hon nöjde sig med att sända dit sin man och Lespérut med stor svit och hovstat och stannade själv kvar först i Milano och sedan i Genua. Hon behövde ej vänta länge. Ungefär en månad efter det hon anlänt, den 4 juni 1805, anhöllo invånarna i Lucca hos Napoleon att få under franskt beskydd bli regerade av en manlig medlem av det kejserliga huset och den 24 juni utnämnde Napoleon Bacciochi till prins av Lucca och Piombini under namn av Felix I. Bacciochi tog med glädje emot den lysande titeln — något annat kunde han ej göra anspråk på — och Elisa med ej mindre tillfredsställelse regentskapet. Bacciochi ansåg sig redan ha gjort ett storverk, då han visat sig för Piombinis trogna folk och — måhända tyckte invånarna detsamma, de som på 200 år ej sett någon av sina härskare! För övrigt befattade han sig varken med Luccas eller Piombinis angelägenheter. Han figurerade vid festligheter, mottog folkets hyllning, spelade på sin violin, skötte sina nöjen och jakter och var till och med ibland alltför upptagen för att hinna rita sitt namn under regeringshandlingarna. Det var Elisa, som ensam skötte regeringen.
Såsom härskarinna över sina furstendömen var hon i sitt rätta element. Nu först framträdde fullt hennes manliga läggning och hennes likhet med Napoleon. Hon visade sig i besittning av sin broders rastlösa verksamhetslust och arbetsintensitet, hon fann sin största glädje i att göra upp projekt till nyorganiseringar eller förbättringar i administrationen. Hon visade sig äga samma djärvhet, samma avsaknad av skrupler, samma starka tro på eget värde och på äran — la gloire! Utan betänkande och utan hänsyn förde hon sin vilja igenom. Hon hade visserligen avlagt ett heligt löfte på att hålla furstendömet Luccas konstitution i helgd, men det hindrade henne ej att, när hon fann den obekväm, sätta sig över densamma. Lucca fick ej ens behålla sitt gamla vapen; såsom riksvapen införde hon ej det bacciochiska men det bonaparteska, två bjälkar och två stjärnor på blå botten. Vid sitt hov införde hon en etikett, som i minutiöst detaljerande ej gav efter den, som Napoleon infört i Tuilerierna, och vilken passade väl med hennes eget i Saint-Cyr danade väsen.
Man kan med skäl fråga om Elisa dock icke vid sin sida såsom hjälp och stöd hade någon man, förfaren i statssaker. För sin premiärminister hade hon visserligen förtroende men lät honom icke handla på egen hand. Men ej heller hennes älskare hade något inflytande på hennes regering. Den anspråkslöse Lespérut fick efter aderton månaders furstlig nåd vika för en av hennes nya undersåtar, den oemotståndlige Bartolomeo Cenami, som Elisa från stallmästare genom olika grader upphöjde till generaldirektör över undervisningsväsendet, och som hon ej blott dekorerade med hederslegionens gyllene örn och överhopade med gods och guld utan även använde i hemliga beskickningar. Men han var blott en vacker favorit — makten behöll Elisa svartsjukt för sig själv. Överhuvud var Elisa alltför härsklysten för att i sin närhet tåla någon, som ej blint underkastade sig.
Att Elisa, trots sitt rätt hänsynslösa sätt att regera detta lilla folk, som egentligen från början strävat efter oberoende och självständighet, vann sina undersåtars bevågenhet, berodde i främsta rummet på att hon från början anlade en nationell politik. Hennes omgivning bestod huvudsakligen av medlemmar ur landets gamla familjer, som hon visade en speciell uppmärksamhet. Av alla Napoleons syskon var hon den som mest konsekvent fasthöll vid nationalitetsprincipen, och hon var den enda för vilken det lyckades att genomföra den, vilket utan tvivel berodde mest på hennes egen dristighet och uthållighet, men även därpå, att hon ej såsom de andra syskonen ställts inför den olösbara konflikten att samtidigt tillgodose folkens och det napoleonska militärväldets intressen.
Naturligt var att Elisa även skulle uppehålla sina gamla intressen och i sitt land uppmuntra konster och vetenskap. I Lucca fanns en nära hundra år gammal akademi, I'Accademia del oscuri, berömd i hela Italien. Den blev nu av Elisa ombildad och omdöpt till Accademia Napoleone och snart anordnades i densamma litterära pristävlingar. Hon inrättade två teatrar: en italiensk balett och en fransk talscen, själv spelade hon gärna komedi vid de mindre, intimare fester, som gåvos, och alltid i högtragiska roller. Paganini var hennes musikdirektör och Tofanelli direktör för hennes konstakademi. För att inlära den yngre generationen hovseder och etikett grundades en skola för pager, och för unga flickors uppfostran ett institut i stil med Saint-Cyr.
Men Elisas intresse och verksamhet sträckte sig även till andra områden. Hon var outtröttlig, då det gällde att uppdriva landets industri. Med praktisk blick utnyttjade hon sina furstendömens rikedomar, hon drev stora affärer med alun och järn, som i myckenhet fanns i Lucca, hon införde silkesodling och lät inrätta storartade silkes- och sammetsfabriker efter franskt mönster. Men hennes intresse blev än större sedan hon av Napoleon genom dekretet av den 30 mars 1806 fått med sitt rike förena nya områden: Massa, Carrara och en del av Garfagnana — det var åter 40 à 50,000 undersåtar att härska över. Men Napoleons nya gåva hade en vida större betydelse. Den berömda Carraramarmorn blev i hennes hand en storartad exportartikel, men icke såsom råvara. Elisa startade nämligen — praktisk såsom alltid — en blomstrande industri av byster och statyer i alla storlekar av Napoleon och de övriga familjemedlemmarna. Prospekt och kataloger utsändes över hela Europa, beställningar inkommo snart i riklig mängd och från hamnstäderna avgingo skepp, lastade med dessa tvivelaktiga konstprodukter. Marmorindustrin blev också för Elisa personligen en stor besparing: under det att hennes syskon årligen offrade stora summor för gåvor åt furstliga vänner skänkte Elisa helst bort en marmorbyst av sig själv, Bacciochi eller Napoleon, tillverkade i de inhemska fabrikerna.