Men det var ej sådan corsikanerna ville ha kvinnan. Napoleon, som först imponerats av systerns förnäma och stela apparition, kände sig alltid på sätt och vis främmande för henne. Han insåg väl, att hon var klok och intelligent, kanske förstod han även instinktivt, i vilken grad hon besatt de karaktärs- och lynnesegenskaper, som hos honom själv voro skarpast framträdande: härsklystnad, häftighet, självkänsla och intellektuell överlägsenhet. Han hyste också en viss rädslans respekt för henne. Men när han hörde henne diskutera filosofiska och litterära teser eller då hon var djärv nog att åtminstone ännu under hans konsulatstid lugnt våga gendriva hans åsikter, i synnerhet i litterära och teaterfrågor, retade han sig på hennes tvärsäkerhet. Hon kom att för honom representera en typ, som han grundligt hatade: den lärda kvinnan, man-kvinnan, mot vilken han hyste all den aversion, som atavismen och hans corsikanska uppfostran givit honom, och vilken skarpare än i något annat förhållande kom till synes i den lidelsefullhet, med vilken han förföljde en kvinna, vilken alltid stod för honom såsom en naturens abnormitet — madame de Staël.
Redan tidigt närmade sig Marianna Lucien. När hon kom hem till Ajaccio stod Luciens stjärna högt, och det dröjde ej länge, innan hon blev hans vän och medarbetare. Man kan icke utan skäl förvånas över att de rojalistiska åsikter och den aristokratism Elisa förvärvat i Saint-Cyr kunde förlikas med Luciens revolutionära entusiasm. Men Elisa bländades av Luciens intelligens, av hans vältalighet och säkra uppträdande och kände väl ock, att hon på Corsika fick vara tacksam över att hava någon, som hon med sin förnäma uppfostran kunde umgås med. Lucien ägde liksom hon förmågan att föra en teoretisk diskussion, och hon kände, att han var den enda i hennes omgivning, som såg ting och förhållanden under en bredare synvinkel. Elisa blev Luciens mest trofasta vän och arbetskamrat under ett decennium framåt. För henne läste han upp sina tal, innan han gick upp i talarstolen, och sina pamfletter, innan han utgav dem. Hon blev för honom den intelligenta och förstående lyssnerska, som varje man är i behov av, och vad som var förmer — den skarpa och kloka kritikern.
År 1792 i december hade Elisa en upplevelse, som något bröt av det enformiga livet på Corsika. Dit anlände nämligen i syfte att pacificera ön en eskader under befäl av den unge amiralen Truguet och med konventsmedlemmen Sémonville ombord. Ingendera av dem kunde italienska, och med undantag av öns deputerade, vilka då befunno sig i Paris, och kanske några unga handelsresande, voro Bonaparterna de enda, som kunde franska, och det föll sig sålunda helt naturligt, att Lucien blev främlingarnas oumbärlige vägledare. När Sémonville från talarstolen uttryckte sin fägnad över att befinna sig bland Frankrikes vänner, corsikanerna, och ingen i den samlade menigheten förstod ett ord av vad han sade, var Lucien till hands för att strax tolka hans ord till corsikanska, och det var han, som svarade med att överbringa en hälsning från jakobinerna på ön till jakobinernas klubb i Paris. Bland damerna fanns ingen annan än Marianna, som talade främlingarnas språk, och vid de festligheter, som tillställdes för fransmännen, var hon den enda, som egentligen kunde uppskatta den hyllning, som de galanta främlingarna ägnade corsikanskorna. Hon blev föremål för deras uppmärksamhet, och snart hade den eleganta amiralen lidelsefullt förälskat sig i Marianna, som även besvarade hans böjelse med hela styrkan av sitt hetsiga temperament. Det blev till och med fråga om giftermål. Men deras samvaro blev blott en kort kärleksidyll — efter tre veckors vistelse måste eskadern återvända, den unge revolutionären drog bort på en expedition till Sardinien, och hon återsåg honom aldrig. Marianna sörjde djupt sin första kärlek. Hennes eget liv blev emellertid icke mindre äventyrligt än hans — med överflyttningen till Frankrike gick hon nya öden till mötes.
Huru de första åren i Frankrike förflöto för Elisa, är ej känt. Samtida tala visserligen om, att även hon var med om det oerhört lättfärdiga liv, som Pauline och Caroline i Marseille skulle hängivit sig åt, och på grund varav de ej fingo komma med i den så kallade fina världen, men det är knappast möjligt att den hedervärda madame Letitia så illa tagit vara på sina döttrar, vilka liksom bröderna hade mycken respekt för henne. Därifrån gjorde dock Elisa ett undantag; hon visade gentemot modern både trots och hårdhet.
Att Elisa icke var nöjd med sitt liv i Marseille, visar emellertid det äktenskap, som hon utan någon djupare böjelse år 1797 ingick. Félix Bacciochi, den man, med vilken Elisa förenade sitt öde, var kapten vid ett infanteriregemente och 35 år gammal. Han utmärkte sig ej genom begåvning och ännu mindre genom militär duglighet, — han hade behövt femton år för att avancera till kapten. Men han var en oförarglig man och kunde kallas en vacker karl, om man såg bort från det uttryck av dumhet, som präglade hans regelbundna ansikte. Dessutom var han den enda aspiranten på Elisas hand. Det sistnämnda skälet blev antagligen avgörande för både fru Letitia och Elisa. Detta var ett tillfälle, som ej fick försummas — Elisa var 20 år, nära nog över giftermålsåldern! För fru Letitia fanns dessutom en annan orsak att med välvilja upptaga Bacciochis anbud, han var corsikan och hemma från Ajaccio, något som hos henne alltid var en stor rekommendation. Bacciochi blev sålunda fästman i huset — någon hänsyn till att Napoleon hade vägrat att erkänna honom som svåger, tog man icke — och giftermålet ingicks inför de civila myndigheterna i Marseille den 1 maj 1797. Om man får tro Masson, hade de båda kontrahenterna gjort vissa retuscher i namn och data: den 29- årige Félix Bacciochi sammanvigdes med den 19-åriga Marianna-Elisa Bonaparte. Det var första gången namnet Elisa förekom i ett officiellt aktstycke, — ett namn som hade givits henne av Lucien, som ju hade en formlig mani att döpa om folk — han kallade sin egen hustru Christine och Eleonore i stället för Catherine, som hon egentligen hette, och det var även han, som för den yngsta systern Maria-Annonziata uppfann namnet Caroline.
Vid den tid då den forna Marianna Bonaparte blev Elisa Bacciochi, vistades Napoleon på Mombello, ett gammalt praktfullt och förnämt italienskt slott, med stora trädgårdar och breda alléer: där höll han för första gången hov. Här infann sig nu madame Letitia med sin dotter Elisa, sin nya måg och sina yngre barn: det gällde att blidka Napoleon för att förskaffa Elisa en hemgift och hennes man ett avancemang. Efter ett första stormigt utbrott lade sig Napoleons vrede; i grunden var det honom rätt likgiltigt med vem Elisa gifte sig — han fann det endast oerhört, att hans familj alltid handlade mot hans vilja, då dess medlemmar dock voro beroende av hans givmildhet och förord. Joséphine, som under denna vistelse i Mombello var idel älskvärdhet mot sina reserverade svägerskor, talade också varmt till Elisas förmån, och då Elisa själv intog en till det yttre ödmjuk hållning gentemot Napoleon — ett diplomatiskt uppträdande, som hon alltid praktiserade gentemot denne — gav Napoleon sin höga förlåtelse och sin sanktion till giftermålet; dock begärde han i utbyte, att modern skulle ge sitt bifall till Paulines giftermål med Emmanuel Leclerc. Enligt Napoleons önskan ägde nu en kyrklig dubbelvigsel rum i Milano den 14 juni 1797.
De första åren av sitt äktenskap tillbragte Elisa på Corsika — Bacciochi hade nämligen i juli 1797 blivit bataljonschef och strax därpå utnämnts till kommendant på citadellet i Ajaccio. Det förefaller, som hade förhållandet mellan de nygifta varit gott, åtminstone lät Elisa aldrig någon ana motsatsen. Hon var emellertid ej hänvisad ensamt till Bacciochis sällskap, ty på Corsika fann hon flere medlemmar av sin familj: Joseph, som just beredde sig för avresan till Paris och de femhundras råd, modern Letitia, som tillsammans med sin bror Fesch, den blivande kardinalen, var sysselsatt med att så modernt och utsökt som möjligt inreda det nyuppbyggda gamla hemmet, och Lucien med familj. Vad Elisa saknade hos Bacciochi, det erhöll hon hos Lucien: det intellektuella umgänget, lyftningen, entusiasmen och den nästan passionerade vänskap, som gjorde syskonen oumbärliga för varandra — och som ofta vantolkats — befästes ytterligare under denna samvaro på hemlandsön. När Lucien i sin tur lämnade Corsika, var Elisa upptagen av helt andra omsorger, närmast tanken på det barn hon väntade — den lilla Napolione, som föddes i juli 1798 och dog några månader därpå. Medan de andra syskonen samlades i Paris under Napoleons expedition till Egypten, levde Elisa ett stilla och tillbakadraget liv i bitter sorg över förlusten av sin son.
Det var först efter brumaire-statskuppen, sedan Bacciochi erhållit chefskapet över ett regemente i Paris, som Elisa flyttade hit. Det intima förhållandet till Lucien återknöts, hon var en trägen gäst på Plessis-Chamans, en av stödjepelarna i Luciens salong och efter Christines död den som här skötte värdinneskapet. Lucien och hon hade gemensamma intima vänner, som de beundrade och understödde — så bildade de tillsammans med Fontanes en oskiljaktig trio. Den didaktiske och korrekte Fontanes utövade på Elisa ett stort inflytande och var under flere år hennes älskare, till stor häpnad för många, som ej kunde förstå vad en man som Fontanes kunde finna hos denna kvinna med så föga yttre charm. När Lucien blev sänd till Madrid, uppstod ett stort tomrum för Elisa, så mycket mer som Bacciochi hörde till dem, som av Napoleon utvalts att följa med honom dit. Men Elisa tröstade sig med Fontanes och samlade den närmaste kretsen hemma hos sig vid rue Verte, medan både hon och Fontanes livligt korresponderade med Lucien och höllo honom au courant med allt vad som skedde: "Jag lever mycket tillbakadraget", skriver Fontanes till Lucien, "och går bort endast för att tala om er med den, som älskar er mer än någon annan. Tro nu ej, att jag menar någon av de tusen Ariadner, som ni skapat genom er frånvaro, det är mera än så: det är en kvinna med en själ och ett snille, värdigt ert eget. Mina böcker, rue Verte och Madrid taga alla mina tankar i anspråk. Madame Bacciochi kan säga er, huru varmt jag är er tillgiven. Hon har haft den godheten att emellanåt taga emot mig. Hon är lycklig, när hon får tala om sin bror."
Elisa var vid denna tid klen till hälsan och tog föga del i den mondäna världens liv, hon gjorde blott då och då en resa till Joseph på Mortefontaine eller till Plessis, i synnerhet då Lolotte hade ferier, men besökte sällan Tuilerierna och Malmaison. Hon var i grunden lika förbittrad över Luciens förvisning som han själv, liksom hon var lika oppositionell mot Napoleon som han, men hon var en större diplomat än Lucien och undvek alltid skickligt sådana spörsmål, som kunde väcka Napoleons vrede. Dessutom var hon mycket upptagen av sitt förhållande till Fontanes. Trots all okvinnlighet, som samtid och eftervärld tillskrivit henne, hade Elisa många av de svagheter, som en gång för alla blivit kallade de evigt kvinnliga. Hon hade lätt både till tårar och löje, hon kunde vara både häftig och ömsint, älskade att ställa till scener och kunde samtidigt våga det omöjliga för den hon skänkt sin kärlek. Utan betänkande offrade hon principer, tid och krafter för att vara Fontanes bevågen, hon skydde intet besvär och ingen förödmjukelse för att förvärva honom och hans neokatolska vänner allt vad de eftersträvade: platser, rikedomar, hederstecken, och hon skydde ej ens att lägga i vågskålen sina förböner för att få emigranter återkallade till Frankrike, sådana nämligen som voro Fontanes' vänner.
När Lucien återkom från Spanien, bodde Elisa en tid hos honom i hans vackra palats vid Rue Saint-Dominique, där hon tog vård om hans döttrar, och var i trots av alla hans förbindelser värdinna i hans hem. Men då madame Jouberthou kom in i Luciens liv, var vänskapen med systern bruten. Schismen med Lucien kom emellertid Napoleon väl till pass, och han beviljade nu Elisa ett anslag om 60,000 livres, som sedan höjdes till 120,000, samt diverse gratifikationer; så t.ex. bidrog han med 100,000 livres till inköp av ett eget palats åt henne, det praktfulla och eleganta hotel Maurepas beläget Rue de la Chaise N:o 7, mitt emot Rue de la Planche. Elisa började nu för första gången själv hålla salong och samlade i sitt nya hem den gamla välkända kretsen. Fontanes var alltjämt den intimaste vännen, och hon fortfor att sörja för hans karriär: genom henne avancerade han till president i den lagstiftande kåren, universitetskansler, hon skaffade honom 5,000 livres i extra månadsanslag och gjorde honom slutligen till kejserlig greve. Det egendomliga är för övrigt, att han sedermera under bourbonerna lyckades så skickligt dölja vem han hade att tacka för denna lyckade start, att Ludvig XVIII fortsatte att göra honom till pär av Frankrike, markis och statsminister. Genom bekantskapen med Fontanes erhöll Elisa en ny skyddsling, Chateaubriand, som hon föreställde för Napoleon vid en fest till dennes ära i Neuilly, där hon var bosatt på sommaren och hösten 1803 på ett gods tillhörigt hennes syster Caroline. Chateaubriand blev genom hennes förmedling ambassadsekreterare i Rom, och trots hennes sjuklighet och sorgen över brytningen med Lucien behöll hon sitt intresse för den nya skyddslingen, ordnade hans ekonomi och ställde tillrätta för honom på hans nya plats, något som Chateaubriand var varmt tacksam för och — i motsats till Fontanes — hade sin glädje i att erkänna.