Mitt under allt detta utbröt gula febern. Leclerc, vars hälsa blivit ytterst medtagen av klimatet, hade begivit sig med Pauline till Sköldpaddsön för att söka bot och vila. Men vid underrättelsen om att den förfärliga sjukdomen utbrutit vände han tillbaka och bosatte sig mitt i sjukkvarteret. Oförtrutet bemödade han sig att vara de sjuka till tröst och hjälp och hindra spridningen av den hemska sjukdomen, som lämnade öns invånare i fred, men så mycket starkare härjade bland européerna. Men utan ordnad sjukvård och utan läkare var läget nästan förtvivlat.

Man kan med skäl fråga, huru den glada och lättsinniga Pauline fann sig i alla dessa prövningar, och hur hon förhöll sig gentemot de faror, som hotade från alla håll. Även med hennes liv på San Domingo hava skandalskrivarna sysselsatt sig och bland annat tilldelat henne flere älskare, såsom mulatthövdingen Alexandre Sabès och dennes rival Christoph, som år 1801 av de upproriska hade blivit smord med helig kakao-olja till konung av San Domingo, men även hit synes illviljan och avunden förföljt henne. Hennes hållning under denna svåra tid var verkligt beundransvärd. Det var nu som alltid hennes lyckliga temperament, som höll henne uppe. Hon sjöng och dansade, och med sitt glittrande humör livade hon även upp sin omgivning. Hon gav baler och festligheter, anordnade musikaliska soaréer, väl främst för att roa sig själv, men även för att få de andra att glömma alla vedervärdigheter. Gentemot sjukdomen, som dagligen skördade en massa offer, förhöll hon sig så lugn, som om det ej fallit henne in att hon själv ständigt hotades av den förfärliga smittan. Napoleon hade vid avskedet uppmanat henne att, vad som än hände, uppträda så, som det ägnade och anstod förste konsulns syster. Det är dock ej sagt att tanken på den beundrade brodern ensam kunnat hålla henne uppe — men också hon hade i sitt väsen något av Bonaparternas dristighet. Hon ägde detta sorglöshetens mod, som man ofta finner hos de människor, som världen stämplar såsom mera lättsinniga än andra, och vilket just genom denna kontrastverkan gör intryck av att vara så storslaget. När hon begav sig ut på sina promenader, hände det ofta, att hon i sin vagn tog upp sjuka, som hon mötte på gator och vägar, och förde dem med sig hem för att vårdas. För expeditionens övriga damer var hennes orädda uppträdande synnerligen obekvämt, ty de måste följa hennes exempel och stanna kvar. De sökte på allt sätt övertala Pauline att återvända till Frankrike, men Pauline förklarade för alla, som ville höra det, att hon ansåge sig ytterst feg, om hon reste bort just då hon bäst behövdes, samt att hon, Bonapartes syster, ej var rädd för något i världen och ej ämnade rätta sig efter någons råd — "här härskar jag lika enväldigt som Joséphine i Paris".

Hon fick även beröm av sin stränge broder. När Bonaparte hörde berättas om hennes orädda uppträdande, skrev han till Leclerc: "Jag är mycket nöjd med Pauline. Hon får ej frukta döden, ty det är en ära för henne att få dö, medan hon är sin man till hjälp i hans armé; allt i denna världen förgås utom det minne vi genom vara bragder inrista på historiens blad."

Men Leclerc själv var klen och de många motgångarna hade brutit hans motståndskraft. Den härjande sjukdomen angrep också honom, och natten mellan den 1 och 2 november 1802 dog han. Redan några veckor tidigare hade Fréron dukat under för sjukdomen, och det var först vid hans död, som Pauline och Leclerc fingo vetskap om att han befunnit sig på San Domingo — det var även genom dem, som underrättelsen om hans död kom till Frankrike. Efter att ha låtit med stor omsorg balsamera Leclercs lik — Frérons kvarlevor sänktes liksom alla andras, som dött i den hemska sjukdomen, i havet — begav sig Pauline hem, och den 1 januari 1803 landade hon i Toulon. Bonaparte var mycket bedrövad över Leclercs död — "jag har mist min högra hand", yttrade han — och han påbjöd en sorg på 10 dagar i hela Frankrike. Men denna sorg bars utan övertygelse; i denna tid, då händelserna avlöste varandra med en snabbhet utan like, hade Leclerc och hans tappra gärning redan blivit glömd.

Pauline kom hem sorgsen och angripen av en sjukdom, som hon ådragit sig på San Domingo, och man ansåg bäst för henne att till en början bosätta sig hos Joseph i Hôtel Marbeuf. Men hon trivdes ej länge hos brodern och såg sig snart om efter ett eget hem. Hon fann också snart ett sådant i Hôtel Charost vid Faubourg-Saint-Honoré, det nuvarande engelska ministerhotellet, och installerade sig där. Men det dystra och ensamma liv hon levde på grund av sitt änkestånd passade henne icke. Hon vantrivdes och visste ej med vad hon skulle fylla sin tid. Och så kom snart — alltför snart tyckte hennes samtid — de vanliga förströelserna: kläder, fester, mottagningar, där hon presiderade som skönhetens drottning med de vackra, eleganta väninnorna som passande omgivning, och slutligen även älskarne.

Här är platsen för några ord om Paulines lyxbegär, nöjeslystnad och många erotiska upplevelser. Detta hade ej enbart sin grund i lättsinne. Hon förblev hela sitt liv ett barn, nyckfullt, men i grunden godhjärtat, i faddergåva hade hon nu engång fått en remsa ur Venus' gördel, och lusten att smycka sin skönhet hade hon i blodet. Att hon därför rycktes med i det stormande nöjesliv, som efter terrorismens fasor blev det nödvändiga uttrycket för den nyvaknande livskänslan hos den tidens människor, är ej att undra över. Dessutom var hon en uppkomling med en dyliks starka aptit på livet. Hon fröjdade sig av uppriktigt hjärta över att ha blivit prinsessa, och Napoleon själv, angelägen om att bilda ett lysande hov omkring sina nyskapade värdigheter, underblåste hennes och systrarnas lyxbegär. Dessutom fanns kanske hos henne något av broderns härsklystnad, och hans exempel smittade både bröderna och hans vackra systrar. Även kände hon ett ständigt behov av att ha människor omkring sig, likt ett barn fruktade hon mörker och ensamhet, vågade aldrig sova utan att ha ljus tänt i sin sängkammare, och som ett barn törstade hon också efter ömhet och smekningar. Hennes sjuklighet gjorde även sitt till. Det var som om hon burit på en känsla av att hon själv förtärdes inifrån, och att hon måste njuta av livet och inhösta all den ömhet och kärlek hon kunde få, innan hennes skönhet vissnade bort. Slutligen var denna epoks moraliska ståndpunkt lägre än någonsin, och man tog, kuriöst nog, mera anstöt av att Pauline såsom änka hade älskare, än då hon bedrog sina män med dylika.

Den som under hennes änketid stod hennes hjärta närmast, och som även tyckes ha förtjänat det, var skådespelaren Lafon vid Comédie-Française. Hon hade sammanträffat med honom bland Luciens konstvänner på Plessis-Chamans, där Lafon skrev sina komedier och spelade dem samman med Lucien, Elisa och någongång Pauline. Hans vackra röst och underbara sätt att tala om kärleken tjusade alla damer. Pauline hade redan före sin resa till Domingo ett kärleksförhållande med Lafon, och hon återtog det, när hon kom därifrån, men detta förhållande var på grund av Lafons för den tiden ovanliga diskretion föga känt, och det är troligt, att det upphörde redan år 1805.

Före brytningen hade emellertid Pauline bytt både titel och namn. Napoleon, som med oro såg den brokiga skara av män, som samlades kring Pauline, ansåg, att det enda var att skaffa henne en ny make, och han trädde nu i underhandling med dem, som han fann lämpliga för ändamålet. Den första var viceguvernören i Toscana, Melzi, en klok och framstående man, som Napoleon skattade mycket högt. Men Pauline ville ej gå in därpå. Han vände nu sina blickar åt ett annat håll. I Paris vistades vid denna tid en man, som väckte uppseende genom sitt gamla namn, sitt sköna yttre och sin rikedom, det var den italienska fursten Camillo Borghese. Han var ej framstående genom intelligens, men han var en boren furste, och Napoleon ansåg det vara av stor vikt, att Pauline genom detta giftermål kom in i Roms högsta aristokrati. Efter många underhandlingar beslöt man att giftermålet skulle firas i november 1803, men då förberedelserna för bröllopet voro avslutade, hugnades Napoleon med underrättelsen, att Pauline och Borghese redan två månader tidigare låtit kyrkan helga sitt förbund, och han blev till den grad förbittrad däröver, att han ej alls infann sig till bröllopet. Pauline var nöjd med det nya äktenskapet och sin nya titel, ja till och med lycklig, åtminstone under de veckor då hon var sysselsatt med att studera alla de gamla härliga konstskatterna i det ryktbara Palazzo Borghese och lära känna Roms högsta societet. Dessutom var hon stolt över det uppseende hon väckte vart hon än kom och över all den hyllning man bringade hennes skönhet, som dock, enligt madame Junot, efter vistelsen på San Domingo aldrig blev densamma som förr. Som flicka, tillägger samma sagesman, var hon så vacker och beundrad, att hennes kamrater i pensionen på kvällarna samlades för att se Pauline kläda av sig och gå till sängs. Det goda förhållandet mellan de äkta makarna räckte ej länge, och därtill var även fursten själv skuld. Han kan helt kort karakteriseras såsom dum, fåfäng och utlevad, en på samma gång likgiltig och svartsjuk äkta man. Pauline började vantrivas och vinnlade sig ej mera om att visa sina älskvärda sidor, tvärtom, hon väckte ofta förargelse genom sitt nonchalanta uppträdande och genom att driva gäck med den stränga etikett, som rådde inom den romerska societeten. Hon började längta tillbaka till Paris, och upprepade gånger tiggde hon Napoleon om att få komma hem. Men Napoleon ansåg, att var och en av hans syskon hade sin uppgift och sina plikter och skrev till henne den 6 april 1804: "Älska er man och hans familj, var älskvärd mot alla, rätta er efter sederna i staden Rom och tänk allvarligt på, att om ni vid unga år börjar lyssna till dåliga rådgivare, ni ej mera kan räkna på något stöd av mig. För övrigt finnes här i Paris ingen som tar hand om er, och av mig kan ni räkna på att bli mottagen endast såvitt ni kommer i er mans sällskap. Om någon brytning uppstår mellan er och honom, så är felet ert, och då är Frankrike stängt för er, och ni går i så fall miste om er lycka och min vänskap."

För att i någon mån trösta Pauline sände Napoleon modern Letitia till Rom på besök. När modern rest, kunde hon ej mera härda ut, i synnerhet då hon fått klart för sig, att hennes man ej blott, såsom hon uttrycker sig, "har ett adonishuvud, som är dumt och tomt", utan i det äktenskapsdrama hon hoppats uppleva ej var annat än "en ynklig statist". Och nu börjar den del av hennes liv, som hon ägnade åt badresor. Hon befann sig i Plombières, då den 14 augusti 1804 hennes enda barn med Leclerc, Dermide, dog i en häftig sjukdom i Frascati nära Rom. Hennes sorg var mycket häftig, men gick hastigt om liksom alla hennes känslor, och mindre än ett år därpå hade hennes liv återgått i sina förra gängor.

I slutet av år 1805 erhöll furst Borghese en befälspost i Frankrike, och Pauline nådde nu sitt mål att få bo i Paris. Nu är hennes tid inne att spela en roll. För första gången börjar också hon hålla hov och salong, och kring henne samlas allt vad den tiden ägde av förnämt och märkvärdigt. Men Paulines umgängeskrets skiljer sig från de övriga Bonaparternas därigenom, att den är förnämare och mindre. Pauline var i mycket olik syskonen, hennes person bar aldrig prägeln av uppkomlingslyxen, och hennes liv var icke braskande och bullersamt som de andras. Hon hade en passion, som man vid denna tid mycket litet förstod sig på, hon led av renlighetsmani. Hon yttrade själv, att hon ville, att i hennes hem renligheten skulle vara lika stor som elegansen; i hennes palats rådde en ordning, som föll i ögonen, och det var alltid väl luftat och ventilerat i hennes små rum och stora salar. Hon trivdes väl i Paris, i synnerhet sedan Napoleon givit hennes man en chefspost i Boulogne, och hon begärde ej bättre än att få leva på sitt vis, upptagen av att sköta sin hälsa och sina nöjen, uppfinna toiletter och odla sin skönhet. Hennes hälsa kom med tiden att vara den viktigaste faktorn i hennes liv, hon blev hälsopedant till det yttersta, ständigt orolig att förkyla sig eller taga någon skada. Hon var så rädd för drag, att var hon än befann sig och i synnerhet när hon, vilket ofta hände, låg till sängs, lät ställa ljus i rummet för att kontrollera, om lågorna rörde sig eller ej. Hennes ständiga resor voro besvärliga både för dem, som utgjorde hennes sällskap, och för dem hon besökte. Såsom ett exempel kan nämnas, att hon alltid tog mjölkbad, vilket ofta nog kunde vara svårt att anskaffa.