Joseph tog emot all denna hyllning med lugn och älskvärdhet, såsom något självfallet. Men i hans fantasi antog den oformligt stora proportioner, och med övertygelsen om att strax ha kunnat göra sig sällsynt populär och älskad återvände han till Neapel. Napoleon varnade honom upprepade gånger för att alltför mycket förlita sig på de vankelmodiga neapolitanarna, och i de många instruktioner han gav Joseph var omkvädet alltid detsamma: stränghet och åter stränghet. Joseph borde vara på sin vakt, förlita sig endast på fransmän och sörja för att den franska hären hade vad den behövde, låta skjuta spioner, massornas motsträviga ledare och så många som möjligt av lazzaronernas rövarband. Dessutom borde han vidtaga utomordentliga åtgärder: konfiskera emigranternas egendom, besätta fästningarna, placera kanoner utanför palatset, upprätta ett starkt garde samt definitivt förjaga engelsmän och ryssar. Men Joseph fogade sig icke i dessa kategoriska föreskrifter, han ville på inga villkor lyda sådana order, som ögonblickligen skulle göra honom impopulär — han var väl ingen barbar heller, och våldsåtgärder hade han alltid avskytt! Vad var för övrigt att frukta, fienden var förjagad, och undersåtarna älskade och vördade sin konung!
Joseph följde sin föresats och skötte sin regering efter eget huvud, oberoende av vad Napoleon föreskrivit, detta dock ingalunda för att göra sin kejserlige broder emot, utan helt enkelt därför, att han ansåg att en fransk militärdiktatur efter Napoleons recept aldrig skulle kunna vara lycklig varken för honom själv eller det land, vars krona plötsligt satts på hans huvud. Att i ett italienskt land stödja sig på italienarna var för honom det enda naturliga. Hans uppfattning var — liksom även de övriga syskonens — en helt annan än Napoleons, de ville styra såsom nationella regenter, Napoleon åter trodde, att riken, som blivit erövrade med våld, nödvändigtvis måste styras med våld, om de skulle kunna bibehållas.
Hela tragiken i Napoleons regeringssystem, man kunde säga hans familjesystem, ligger just i denna motsats i uppfattningen om sättet för styrandet av de riken, Napoleon bortgav. Efter att ha erövrat nya länder trodde Napoleon sig bäst kunna befästa sin makt över dessa genom att till styresmän över dem tillsätta sina egna syskon och därmed av sitt europeiska världsvälde göra ett familjevälde efter det mönster i mått som ständigt följts i denna urgamla corsikanska condottierfamilj, endast med den förändring, att i detta fall den äldste fått avstå sin förstfödslorätt till den främste. Han hoppades, att denna koncentrering av den europeiska världsregeringen i hans egen familjs händer skulle kunna bli en pålitlig maktförstärkning för hans välde, och han trodde sig kunna räkna på att familjesolidariteten hos alla vore lika vaken som hos honom själv, och att man med lika glädje skulle sluta ring kring Europas länder som förut engång kring det gamla hemmet på Corsika. Men så skedde icke. Dessa syskon, som han överhopat med ämbeten och furstendömen, ordnar och kronor, varken ville eller kunde anpassa sig i familjesystemet, de ville ej vara sin väldige broders vasaller, de kände sig jämnbördiga med honom och blevo därigenom icke ett stöd för hans makt utan medverkade tvärtom till att undergräva hans välde. Detta från Napoleons sida sett. Men är det säkert, att dessa förhållanden ej kunna ses med andra ögon? Napoleons syskon voro alla till karaktären humana. Medvetet eller icke voro de produkter av revolutionen, också hos dem hade insmugit sig något av revolutionens liberalism. De ville ingalunda härska med våld — tvärtom funno de det både angenämare och för sig fördelaktigare att, oberoende av både Napoleon och det franska väldet, såsom goda regenter styra sina nya folk, vara nationella konungar. Man frågar sig om det under några förhållanden hade kunnat lyckas för dem att bli populära och behålla sina länder. Det är utan tvivel ganska osäkert. Ty voro de ock män med goda avsikter och moderna ideal, de fruktansvärt koncentrerade resurser av genialitet, vilja och äregirighet, som lyft deras broder, örnen, rovfågeln, ägde ingen av dem. Och det som ej ens Napoleon i längden kunde bekämpa, de legitima traditionernas kompakta motstånd mot uppkomlingsväldet, gjorde att deras troner alla vilade på lerfötter. Dessutom förelåg en allvarlig konflikt gömd i det förhållandet, att Bonaparterna envar i sitt land genom sin nationella politik själva uppeggade sina undersåtar mot de franska truppförläggningarna och sålunda trädde i opposition mot Napoleon.
Medan Joseph var upptagen av att författa och utsända humanitära proklamationer, att inrätta rangordning vid sitt hov och att förläna detsamma en glans och storhet som icke skulle ge Napoleons mycket efter, erhöll han underrättelse om att engelsmännen landat på Capri, samt att hela den sydliga delen av riket stod i uppror, som hastigt utbredde sig. Joseph visade sig icke vara situationen vuxen, men till hans lycka hade Napoleon omgivit honom med män, som med sin herres raskhet och efter hans metoder i en handvändning organiserade försvaret och avvärjde faran. Det var generaler, diplomater och ämbetsmän, fostrade i Napoleons skola, som denna gång fingo stöda den nationelle konung Josephs vacklande tron. Masséna gick med franska trupper mot de upproriske, och de franska ministrarna införde fransk förvaltning och upptogo utomordentliga skatter. Engelsmännen förjagades, underhandlingar begynte, och snart var fred sluten, resulterande i att fransmännen icke allenast behöllo Neapel utan även förvärvade Sicilien. Av dessa tillsammans bildades ett rike under det gamla namnet de Bägge Sicilierna. Liksom vid Josephs äventyrliga och misslyckade ambassad i Rom, så var det även nu i Neapel det napoleonska svärdet, som räddade honom från komplett fiasko.
Det är svårt att säga huru Josephs regering skulle gestaltat sig i hans neapolitanska konungarike, och vilket Bägge Siciliernas öde skulle blivit under hans regering, om han länge burit Neapels krona. Nu lät han i stället trycka på sitt huvud en annan, som passade honom ännu sämre och som dessutom gjorde honom löjlig. Med Italien hade dock Bonaparterna något slags samband, de kände sig hemmastadda på denna jord, som deras fäder engång trampat, de talade språket, och folkkaraktären var i mycket lik den corsikanska. Men Spanien var dem fullkomligt främmande, och av alla de äventyr, i vilka Napoleon störtade sina syskon, blev därför det spanska äventyret det djärvaste — och det mest ödesdigra!
Spanjorerna voro ej som italienarna vana vid främlingsvälde. Under sju århundraden hade det spanska folket ordnat sina angelägenheter utan inblandning. Var man än missnöjd med den bourbonske Karl IV och hans minister Godoy, så var tanken på ett främlingsvälde spanjorerna i tusenfaldigt mått motbjudande. Därtill kom ännu en sak, som vägde tungt i vågskålen. Det av katolicism, bigotteri och rojalism genomsyrade spanska folket hatade franska revolutionen och allt som därtill hörde. Huru skulle det väl utan den största förbittring, avsky och fruktan kunna se, hurusom en den nya tidens man blev utropad till konung i det gamla förnäma landet! Också skydde man ej att visa sina känslor. När Joseph, efter att den 7 juni 1808 hava blivit proklamerad till konung av Spanien, begav sig till sitt nya rike, möttes han överallt av en isande köld. Där han färdades fram, drogo spanjorerna sig undan och gömde sig bak stängda dörrar och fönsterluckor för att ej vara tvungna att hälsa eller hylla den corsikanske uppkomlingens broder, och intet vänligt leende mötte Joseph vid hans intåg genom landet, vilket överhuvudtaget möjliggjordes endast genom den franska här, som åtföljde honom.
Under skydd av Bessières trupper anlände Joseph till Madrid den 20 juli 1808, men redan omedelbart därpå nådde honom ryktet om att ett uppror utbrutit i landet. Detta antog för varje dag allt större proportioner och utvecklades under årens lopp till en nationell resning, som i vidd och omfång, i djup och intensitet knappast haft sin like i historien. Efter att ha regerat i elva dagar var Joseph tvungen att uppgiva ställningen och hals över huvud fly från Madrid. Nu först förstod han det hopplösa i sin belägenhet och lät Napoleon veta att han ej vidare kunde uthärda den farliga situationen utan önskade lämna sitt nya rike och återvända till Paris. Napoleon svarade med att sända honom till hjälp en truppstyrka om 200,000 man. I början av januari 1809 lyckades man — mycket mot hans egen vilja — återinstallera Joseph i Madrid. Men här härskade den fullständigaste terrorism: Napoleons generaler styrde och ställde som de ville utan att taga några order från suveränen, landet förhärjades av de franska soldaterna, och officerarna gjorde sig skyldiga till utskrivningar och utpressningar, i synnerhet i de nordliga provinserna.
Det är ej att undra på att Joseph fortfor att tigga Napoleon om tillstånd att från sitt huvud få lyfta den besvärliga främmande kronan. Hans ställning var till ytterlighet prekär, förbisedd som han var av de franska generalerna och hatad av spanjorerna. När det i början av 1810 såg lugnare ut i landet, gjorde han ett försök att här införa en nationell regering, han förbjöd de franska soldaterna att fara våldsamt fram och klagade över deras grymhet för Napoleon — särskilt var det Soult och hans trupper som gjorde sig skyldiga till en hänsynslöshet utan like. För att vinna det spanska folket på sin sida vidtog han åtgärder, vilka voro ägnade att visa spanjorerna, att han skilde sin sak helt från de napoleonska truppernas och sålunda även från Napoleons, ja, ställde sig i opposition mot dessa. Han utgav den ena humanitära förordningen efter den andra, upphävde inkvisitionen, proklamerade alla samhällsindividers jämlikhet och utnämnde särskilda kommissioner, vilka skulle utarbeta förslag till en ny konstitution på folkfrihetens basis. Han förde dessutom ett lysande hov, lät anordna stora hovbaler och festligheter och bytte om mätresser, allt såsom det anstod en äkta spansk monark. Det var som om han med festernas larm velat överrösta krigsbullret omkring och inom sitt rikes murar.
Av vittnesbörd, som finnas från de kritiska åren 1814 och 1815 framgår med tydlighet, att Joseph ej var så alldeles impopulär hos sin närmaste omgivning i Spanien, vilken utan tvivel i honom såg den välvillige mannen och förstod den motsats, som förhållandena skapat mellan det napoleonska härskardömet och dess representant i Spanien. Men folket i sin helhet identifierade honom med detta förtryckarvälde, och av den sådd Joseph med välmenande hand utströdde i den karga spanska jorden skördade han blott hat.
När Marie-Louise den 20 mars 1811 nedkom med en son, samlades till firande av den betydelsefulla familje — för att att ej säga världshändelsen alla Bonaparter kring konungens av Rom dopfunt, utan tvivel med mycket olika känslor. Joseph skyndade dit med den förtröstansfulla baktanken att aldrig mer behöva återvända till det fruktansvärda Spanien. Men det gick ej som han önskade. Han återvände överhopad av guld men följd av Napoleons förfärliga vredesåskor, och den enda förmån han erhöll var att han i mars 1812 blev utnämnd till chef för alla franska trupper i Spanien, något som han länge eftersträvat. Denna utnämning förblev utan betydelse, Napoleons generaler utfärdade sina order med förbigående av högste befälhavaren och skrattade åt Josephs försök att göra sig åtlydd; de visste ändå vems ärenden de gingo. Joseph möttes sålunda vid sin återkomst av samma svårigheter som förut. Den franska hären i Spanien hade emellertid betydligt decimerats genom att de bästa trupperna blivit dragna bort för att gå mot Ryssland. Så kom den engelska invasionen, och nu gick det allt snabbare utför mot slutkatastrofen. Den 12 juli levererade Marmont batalj mot Wellington och blev slagen, nederlaget öppnade vägen till Madrid, och Joseph flydde åter — denna gång till Valencia — och var tvungen förödmjuka sig ända därhän, att han ställde sig under de hatade generalernas skydd. I slutet av år 1812 kunde han visserligen återvända till huvudstaden, men när Napoleon i början av följande år ånyo minskade truppstyrkorna här för att täcka luckorna efter den fruktansvärda åderlåtningen i Ryssland, gav troligen denne själv redan spelet om Spanien förlorat — den samtidigt givna ordern om att alla trupper skulle koncentreras och draga sig mot Pyreneerna röjer utan tvivel en sådan tanke. För dem som voro i hans stad och ställe i Spanien var det emellertid en krävande uppgift att ordna en god reträtt. Villervallan bland fransmännen blev större för varje dag, Joseph anklagade Soult för att genom sitt våldsamma uppträdande ha varit orsaken till spanjorernas hat mot honom, och han lyckades också få denne återkallad. Soult å sin sida ingick till Napoleon med klagomål över att Joseph förrått fransmännens sak. Avgörandet skedde vid Vittoria, där fransmännen ledo ett blodigt nederlag. Joseph förstod till slut att allt var förlorat, och lämnande både fransmän och spanjorer i sticket, flydde han, utan att ens ha kunnat rädda sin personliga egendom, så gott som alldeles ensam till Paris.