Redan då ryktet om segern vid Abukir når Paris i mars 1799 bli alla häpna och förvirrade. Sedan gå sju månader och man hör ingenting från kampen därborta. Men den 13 oktober sprides nyheten att Bonaparte landstigit vid Fréjus i södra Frankrike och är på väg till Paris. Hur än alla andra politiska spekulanter betraktade denna händelse, om de läto sig dragas med av sin entusiasm eller ställde sig avvaktande — för Bonaparterna fanns det endast ett parti att taga: att hälsa honom som segraren, återvunnen till dem som behövde honom, Frankrike och — familjen. Så snart Joseph fick höra att Napoleon landat, reste han till Rivieran för att taga emot honom. Och under den månad som följde på Napoleons återkomst var han liksom Lucien ivrigt sysselsatt med att förbereda Napoleons statskupp, och de voro båda till stor nytta genom sina relationer till medlemmarna i både de femhundras och de gamlas råd.
Josephs deltagande i statskuppen medförde för honom en mångfald goda håvor. Den första var utnämningen till medlem i Conseil d'État. Dessutom ombetroddes han med en mängd diplomatiska värv. År 1800 tog han del i fredsunderhandlingarna mellan Frankrike och Förenta staterna, och kort därpå presiderade han vid de konferenser som medförde freden i Lunéville, 9 februari 1801, samt vid dem som utmynnade i Konkordatets införande 15 juli 1801. Han signerade också freden i Amiens mellan England och Frankrike 25 mars 1802. Napoleon önskade utnämna honom till president i den Cisalpinska republiken trots det vicepresidenten därstädes Melzi d'Éril tydligt nog ej ville veta av honom. Josephs ärelystnad hade emellertid väckts och han vägrade att resa till Italien, då han på inga villkor vid denna tid ville vara borta från Paris. Han köpte i stället ett av de vackraste privathotellen i Paris, Hôtel Marbeuf, och flyttade in där. Detta palats hade förut tillhört general Marbeuf, som under lång tid var guvernör på Corsika och som — om med rätta eller — ej säges ha varit Letitia Ramolinos älskare. Vad som är säkert är emellertid att han var Charles Bonapartes välgörare, och allt vad denne ernådde för att betrygga sin ekonomi, för att få sina barn uppfostrade på statens bekostnad och för att få sitt gamla adelskap erkänt, hade han haft den franske guvernören att tacka för. Och nu drog Joseph in i detta féslott, som Charles Bonaparte berättat om för sina barn och som deras fantasi sysslat med såsom höjden av allt förnämt och lysande, en värld, oändligt mycket bättre och skönare än deras egen. Joseph samlade kring sig i Hôtel Marbeuf liksom på Mortefontaine ett litet hov av aristokrater och hög militär, av ministrar och lagstiftare, av sköna damer, skalder, författare och konstnärer — Napoleon förargade sig dock ständigt över att Joseph aldrig kunde välja sitt umgänge såsom han själv gjorde utan tog emot hos sig en mängd frånskilda fruar, liberala och protestantiska element, litteratörer av alla slag. När Joseph vägrade att mottaga de befattningar som Napoleon erbjöd honom och såsom orsak angav att han förde en idealisk tillvaro och trivdes med sin värld sådan han inrättat den, var han utan tvivel uppriktig. Men när han därjämte framhöll, att han ej var det ringaste ärelysten och ej eftersträvade någon hög post, så var detta säkerligen ett svepskäl. Tvärtom torde hans envisa vägran att avlägsna sig från Paris varit dikterad av hans intensiva strävan att erhålla en företrädesrättighet vilken ingen annan kunde göra anspråk på, nämligen att bli Napoleons efterträdare eller åtminstone hans ställföreträdare när Napoleon var borta. Napoleon ville ej alls höra talas om att skaffa sig en sådan förmån framför sina kolleger, och ännu mindre önskade han att Joseph skulle utnämnas till denna viktiga post. En samtida berättar i sina memoarer, att det ofta i denna sak kom till häftiga scener mellan de båda äldsta bröderna, och att det under ett sådant samtal engång gått så våldsamt till att Joseph kastade på Napoleon en bläckflaska som han höll i handen.
För Napoleon kändes det besvärligt att ha Joseph i Paris, så mycket mera som denne samlade hos sig oppositionella element, madame Staël, Benjamin Constant, Bernadotte och andra. När livstidskonsulatet, för vilket både Lucien och Joseph mycket ivrigt agiterade, skulle inrättas, bearbetade Joseph Napoleon för att få intagen i den nya konstitutionen en klausul om att Napoleon borde få utnämna sin efterträdare. Men när den tiden kom då Napoleon erhöll rätt att välja sin efterträdare, vägrade han att låta Joseph komma i åtnjutande av denna förmån. På inga villkor ville han såsom designerad efterträdare hava en person som i vilket ögonblick som helst kunde uppträda såsom tronpretendent och samla ett parti omkring sig. Han hade nu ett skäl att anföra för sin vägran, vilket t. o. m. Joseph måste acceptera. I familjen hade äntligen fötts en gosse, den lille Napoleon-Charles, son till hans bror Louis och Hortense Beauharnais, och Napoleon hade strax utnämnt honom till arvinge. Joseph hade sålunda förlorat alla förhoppningar om att nå det mål han föresatt sig. Kort därpå blev Julie visserligen för första gången havande, men när det otåligt väntade barnet kom till världen var det en flicka, och Josephs planer på något slags tronföljarskap voro denna gång tillintetgjorda.
I gengäld för dessa grusade förhoppningar överhopade Napoleon Joseph med höga poster och ämbeten. Ar 1802 blev han senator, medlem av hederslegionens statsråd, av Institutet och av allehanda framstående och lärda sällskap. Dessutom erhöll han en ståtlig lön och några hundratusen i handräckning för varje gång han visade sig missbelåten. Men det var icke platser och ämbeten Joseph eftersträvade, det enda han önskade var att bli broderns efterträdare, och han visade sitt missnöje bl.a. genom att vägra att emottaga senatskanslersämbetet, som Napoleon hade erbjudit honom, och genom att hetsa upp Louis som för Napoleon förklarade att han ansåg sig förbigången därigenom att hans son och icke han själv blivit utnämnd till efterträdare. När arvsföljden sedermera år 1804 definitivt ordnades blev Joseph visserligen förklarad för eventuell tronföljare, men först efter Napoleons egna barn och de syskonbarn som han ville adoptera. Därmed var det slut med Josephs förhoppningar; han erhöll ej ens den förmån som han så ivrigt eftersträvat, nämligen att bli utnämnd till Napoleons ställföreträdare då denne var borta.
Napoleon hade emellertid ansett lugnast att avlägsna Joseph från Paris. Och för detta ändamål styrde han ånyo ut Joseph i uniform, i det han år 1804 förskaffade honom en utnämning till befälhavare för ett regemente som var förlagt i Boulogne. Liksom när Joseph skulle bli krigskommissarie vid italienska armén, uppfann Napoleon åter nya militära meriter för honom, bland dem särskilt en som var mer kuriös än de andra: Joseph skulle hava varit med vid Toulons belägring och blivit lätt sårad vid detta tillfälle! Napoleon fick emellertid ingen heder av den nye regementschefen, Joseph vistades för det mesta i Paris, där han levde furstligt såsom det anstod en fransk prins av blodet, en grand-électeur och förmögen man — Joseph lyfte nämligen utom andra inkomster och tillfälliga gåvor 330,000 livres om året såsom grand-électeur, och han stod med en miljon på statens civillista i sin egenskap av fransk prins. När han på Napoleons upprepade förbittrade befallningar begav sig till sitt regemente, passade han på att på vägen göra små utflykter till Brüssel, Liège, Coblenz och Strassburg. Överallt både vid regementet och på sina resor uppträdde han med stor ståt, ställde till trupprevyer, kritiserade, berömde och delade ut penningar till soldaterna, i sitt läger uppträdde han ej som en hög militär i tjänstgöring utan ständigt som den franske prinsen, och han hade ej ens tillräckligt intresse att sätta sig in i militärlivets elementäraste grunder. Napoleon skrev till Berthier den 20 maj och bad denne underrätta Soult att han var mycket missnöjd med prins Joseph emedan denne vid trupprevyer bott annanstädes än i sitt eget läger, hade uppträtt såsom prins och ej såsom befälhavare. "Prinsen kan visserligen, heter det i detta brev, ordna en revy såsom han själv behagar, men om det dagen före en revy ges en middag, så bör den ges för befälhavaren och ej för prinsen, ty den hör ihop med tjänsten. Vid en revy är prinsen intet annat än överste. Han kan ej lämna Boulogne utan tillstånd av sin chef. Ni skall skriva till Joseph att jag fått reda på att han lämnat Boulogne strax efter att ha anlänt dit och att jag är missnöjd däröver, ty den militära disciplinen är orubblig; den som befaller betyder allt. Min önskan är att han genast beger sig tillbaka till sitt läger och försöker fylla sina åligganden. Låt honom veta att han misstar sig mycket om han tror, att han redan kommit så långt att han kan kommendera en armé."
Joseph lät intet rubba sin tillvaros lugn, Napoleons vredesyttringar tycktes föga ha berört honom. När engång under hans resa till Paris den kejserlige brodern vid ett besök på Mortefontaine förebrådde honom den vanvettiga idén att omge sig med furstlig prakt när han befann sig i sitt läger, svarade han helt lugnt att han fann det löjligt att uppträda på annat sätt då han var fransk prins och hade en bror som var kejsare. Detta svar behagade Napoleon och vänskapen återknöts. Den bröts visserligen ånyo för en tid, då Joseph tillrådde Napoleon att ej låta kröna Joséphine — detta främst på grund av att Julie liksom också Napoleons systrar ansågo det kränkande för deras värdighet att bära Joséphines släp under ceremonien — men försoning kom snart åter till stånd. I grund och botten voro dessa tvister av ringa betydelse, ty Joseph var Napoleon mycket tillgiven och Napoleon å sin sida hyste dock alltid för Joseph en viss respekt och en känsla av solidaritet som ej kom de andra bröderna till del. Napoleon invigde också Joseph i sina planer och förhoppningar, och när han på hösten 1805 reste tillbaka till krigsskådeplatsen, överlämnade han en del av regentskapet åt Joseph, den del som innefattade skyldigheten att representera, statsaffärerna anförtroddes åt andra. Joseph var emellertid själv tillfreds med att få spela rollen av kejsarens ställföreträdare och begagnade sin ställning till att uppträda med mycken yttre ståt samt giva lysande fester. Men liksom alltid var han icke så nogräknad med vilka personer han mottog vid sitt hov, och hans intima vänskap med preussiska ministern Luccesini väckte uppmärksamhet, emedan man visste att Fredrik Wilhelm just vid denna tid stod i underhandling med Österrike för att få till stånd en ny koalition mot Frankrike.
Då Napoleon invigde Joseph i sina närmaste framtidsplaner hade han sagt honom att han beslutit förjaga huset Bourbon från Neapel och själv bemäktiga sig detta konungarike. Dessutom hade han givit Joseph ett halvt löfte att bliva Ferdinand IV:s efterträdare på Neapels tron.
När därför kort efter segern vid Austerlitz underrättelsen kom att en engelsk-rysk här hade landstigit i Neapel, insåg Joseph genast att denna nyhet var av största vikt för honom själv. Den 31 december 1805, på årets sista dag blev också Joseph utnämnd till högste befälhavare över trupperna i Syditalien med befallning att bege sig dit två dygn efter att ha mottagit utnämningen. Joseph tvekade ej, ty han förstod det egentliga syftet med resan, och denna gång hade Napoleon lovat att ej inskränka hans arvsrättigheter i Frankrike, även om han blev konung över Neapel.
Joseph lämnade sina barn och sin hustru i Paris och skyndade till sin nya post. Här var det väsentligaste motståndet redan brutet. Drottningen hade flytt till Sicilien med sin svit, engelsmännen dragit sig tillbaka till Castellamare, ryssarna till Corfú, och endast några orter i Apulien, särskilt städerna Civitella och Gaëta, gjorde ännu motstånd. Svårigheterna voro sålunda åtminstone till synes undanröjda, Napoleon hade i en handvändning skaffat sin broder en tron och Joseph kunde vid ankomsten uppläsa Napoleons proklamation till den tredje italienska stat som han hade underkuvat: "Min bror går i spetsen för eder, han känner mina planer, jag har till honom överlåtit min makt här, han åtnjuter mitt fulla förtroende, given I honom också edert."
Den 15 februari 1806 gjorde Joseph sitt intåg i Neapel. Han blev hälsad och hyllad med entusiasm, i synnerhet sedan han i en ny proklamation, denna gång av egen hand, försäkrat invånarne att intet skulle rubbas i stadens styrelse, ämbetsmännen behålla sina platser, inga krigsskatter upptagas och all offentlig och privat egendom skyddas. Han visade också sina goda avsikter genom att sammansätta sin första ministär huvudsakligen av italienare och endast två fransmän samt genom att medels stränga krigslagar skydda befolkningen mot truppernas övervåld, rofferi eller olagliga rekvisitioner. Joseph visade sålunda från första stund mycken hänsyn för italienarnas känslor, och intet i hans uppträdande tydde på att han var ett verktyg åt sin broder, han som i sin stora krigskvarn malde sönder nationer och folk. Tvärtom framträdde han inför neapolitanarna som en regent, av sitt folk ombetrodd med hedersuppdraget att vara deras konung. I stället för att vara överbefälhavare över de franska trupperna i Syditalien, blev han en civil styresman, helt upptagen av att ordna förvaltningen, sammansätta ämbetsmannakåren och upprätta ett hov med all den prakt och noggranna etikett som därtill hörde. Italienarna, som väntat sig franskt förtryck, voro eld och lågor av tacksamhet och hängivenhet, och när Joseph företog sin eriksgata, redan innan han blivit utsedd till konung, erfor han för första gången i sitt liv vad popularitet ville säga, han hyllades överallt med jubel. Den entusiasm som strömmade honom till mötes kallade fram Josephs älskvärdaste sidor, och hans fåfänga — om intet annat — drev honom att söka förvärva folkets kärlek och beundran. Det var den 13 april 1806 under sin resa till Calabrien, på vägen till Reggio, som han erhöll utnämningen till konung av Neapel. När han gjorde sitt intåg i Reggio emottogs han därför med särskild högtidlighet, han hälsades med kanonsalut och klockringning, och invånarna föllo till marken och kysste hans fötter.