Syftemålet med Josephs mission var sålunda klart. Han borde uppvigla befolkningen i påvens stater mot påven. Det var ett delikat värv. Skulle Joseph gå i land därmed? Hade han nog diplomatisk skicklighet? Napoleon trodde det utan tvivel. Men han överskattade Josephs förmåga, han var blind för Josephs medelmåttighet, liksom han i allmänhet var blind för sina egnas brister, han trodde att dessa bröder och svågrar som han överhopade med ansvarsfulla uppdrag och ämbeten voro lika driftiga, kloka, energiska som han själv, han förutsatte att händelserna och omständigheterna också hos dem skulle förmå driva upp förut oanade naturgåvor samt en oerhörd arbetskraft. Hade Napoleon fruktat för att Joseph ej skulle reda sig med de ansvarsfulla uppgifter han gav honom, så hade han, som själv värderade intet så högt som kapaciteten, utan tvivel nöjt sig med att ge Joseph, som han höll av, och även de andra inbringande sinekurer, men det att han gav dem arbetsdryga uppgifter att lösa visar till fullo, att han såg dem genom något slags färgat glas. Han hade säkerligen aldrig riskerat att skada Frankrike, om han tänkt sig att det kunde bli följden av hans familjepolitik.
Joseph flyttade genast med sin familj till Rom, han anlände dit redan den 31 maj 1797. Han åtföljdes av sin hustru och sin syster Caroline. Det dröjde något innan han kunde besluta sig för bostad men valde sedan Palazzo Corsini. Allt gick till en början bra. Joseph hade privat audiens hos Pius VI och blev erkänd av honom den 2 september. Påven var älskvärd och sände honom bland annat vackra hästar. Den 28 september ägde den stora officiella mottagningen rum, dit Joseph anlände med sin republikanska svit i galavagnar dragna av spannhästar och prydda med lakejer i hattar med stora trefärgade panacher. Samma kväll presenterades den franska diplomatiska kåren för påven; damerna föreställdes av påvens brordotter Donna Constanza Braschi i egen person. Några dagar senare blevo Julie och Caroline presenterade för påven.
Det liv som nu började tilltalade både Joseph och de bonaparteska damerna. Den ena festligheten och balen avlöste den andra och överallt voro den franska ambassadören, hans damer och hans svit föremål för uppmärksamhet. Omkring Julie och Caroline trängdes hela Roms fina värld, de uppvaktades av skalder och konstnärer som sjöngo och komponerade till deras ära, och från denna tid daterar sig de kvinnliga Bonaparternas segertåg i världen. Joseph som hade boende i Palazzo Corsini ej blott sin diplomatiska kår utan även en stor svit, kände sig i sitt rätta element. Han manövrerade med lätthet de olika slags människor han kom i beröring med, klarade varje situation och uppträdde hela tiden med en lugn självbelåtenhet, som ej lät sig rubbas av något. Det var honom på hans nya post till ovärderlig nytta att han talade italienska såsom en infödd.
Vänskapen med påven och det glada nöjeslivet i Roms societet togo emellertid en ända med förskräckelse. Bland de olika element som i Rom omgåvo Joseph funnos en del officerare som strax från början med alla krafter arbetade på att uppvigla Roms invånare mot påven. Deras mål därvid var att underlätta republikens införande i Kyrkostaten, och de trädde i sådant syfte i förbindelse med vissa revolutionära och missnöjda element som funnos i Rom — här fanns redan ett parti som arbetade på att med fullständigt lösgörande från påvens makt ombilda Rom till republik under franskt välde. Med detta parti som bestod av skriftställare, konstnärer och frigivna politiska fångar, till vilka sällat sig en del officerare, hade fransmännen ständiga möten och man kom därvid överens om att tillställa ett upplopp som kunde bli förevändning för den statsvälvning man ej trodde sig kunna på fredlig väg genomföra. Den mest ivriga bland fransmännen var en officer vid namn Duphot, bestämd att bli Désirée Clarys maka och Josephs svåger.
Emellertid hade de romerska revolutionärerna genom en deputation utbett sig en audiens hos Joseph. Den 28 december blev deputationen, som anfördes av skulptören Cerrachi, mottagen. Revolutionärerna begärde nu av Joseph utfästelse om franskt beskydd och understöd för den blivande republiken Rom. Vad Joseph svarat på denna begäran är ej med visshet känt, det uppgives att han sagt sig ingenting kunna göra samt bett deputationen draga sig tillbaka. Men just då denna höll på att avlägsna sig, omringades ambassadhotellet av romerska polistrupper. Vid denna oväntade sakernas vändning förlorade fransmännen totalt fattningen och Joseph, Duphot och några andra drogo i hastigheten blankt mot polispatrullerna. Men ej nog härmed. Då dessa avlägsnade sig efter att hava avlossat några skott i luften, förföljdes de av en del franska officerare till vilka även sällat sig italienska revolutionärer, och vid Porta Settimania kom det till en strid, varvid Duphot blev skjuten.
Joseph förstod nu att han var ohjälpligt komprometterad och ej efter vad som hänt kunde stanna på sin post, och ännu samma natt gjorde han sig i ordning att lämna Rom. Han sände tre olika bud till statssekreteraren för att anhålla om sitt avsked, och efter att ha, likaledes om natten, anskaffat pass för sig och sin svit, avreste han med sin familj, sina sekreterare och sin svit klockan 6 på morgonen från Rom. Mindes han väl denna kulna vintermorgon en annan flykt som han varit med om fyra år tidigare, då han tillsammans med hela sin familj förföljd och i största elände i ilande hast måst lägga sin fäderneö bakom sig? Ånyo en äventyrlig flykt! Och dock hade mycket hunnit ske och blivit annorlunda sedan den dagen.
Det har blivit diskuterat huruvida Joseph själv deltagit i den misslyckade sammansvärjningen. Detta kan väl knappast förnekas. Ty bevisat är att om han också ej varit närvarande vid de sammansvurnas hemliga eller öppna möten, han dock haft personliga sammanträffanden med dem. Hans nära relationer med Duphot, hans uppträdande vid själva upploppet och hans hastiga avresa äro nog så tydliga tecken på att stämplingarna mot påven skett med hans samtycke om ock ej på hans initiativ. Han följde ju för övrigt endast den hemliga instruktion han erhållit — sättet var kanske alltför brådstörtat. Joseph erhöll emellertid intet klander för sitt uppträdande varken av Napoleon eller av direktoriet. Tvärtom talade Napoleon alltid gillande om Josephs mission i Rom. Men han hade kanske ej gjort det om icke kort efter Josephs avresa Berthier brutit upp från sitt läger och tågat mot Kyrkostaten! Berthiers metod, de blanka vapnens, lyckades bättre, ja, så väl att den romerska republiken redan den 15 februari 1798 kunde proklameras från den capitolinska kullen.
Joseph begav sig emellertid över Florens och Milano till Paris, där han slog sig ned, egentligen för första gången, och där han övertog sitt mandat såsom lagstiftare, det han för sin beskicknings skull ej hittills hunnit utöva. I de femhundras råd spelade Joseph ingen framstående roll, han var ingen politiker, han yttrade sig sällan och tog ej något initiativ.
I början levde Joseph och Julie tämligen indraget i Paris, de bodde i ett anspråkslöst hus och hade hos sig boende Julies syster Désirée. I detta hem funnos inga barn, först mycket senare — åren 1801 och 1802 — föddes deras två döttrar. Josephs uppträdande vann Napoleons gillande, och förhållandet mellan de båda bröderna var vid denna tid så gott, att när Napoleon begav sig på sin äventyrliga expedition till Egypten han visade Joseph det stora förtroendet att överlämna förvaltningen av sin egen, familjens och Joséphines förmögenhet i Josephs händer. När Napoleon rest, undergick Joseph en förändring. Han begynte använda den stora privatförmögenhet som han småningom skaffat sig till att leva såsom det anstod en furste eller minister. Han köpte för 66,000 livres ett hus i Paris, ett mycket vackert privathotell, uppbyggt med den största lyx av en operasångerska, och kort därpå för 258,000 livres ett av de största och förnämligaste lantgodsen utanför Paris, Mortefontaine, uppbyggt av en rik bankir, som blivit giljotinerad under revolutionen.
Det var för övrigt en orosfylld tid, detta år 1798-99 då Napoleon var borta från Paris. Stämningen i Frankrike var nervös och irriterad. Då kommunikationerna voro dåliga och underrättelserna om den bonaparteska expeditionen blevo allt mera sällsynta för varje månad som gick och under våren 1799 så gott som alldeles upphörde, vande man sig slutligen vid tanken på att Napoleon ej skulle återvända. Ofta utspredos rykten om hans död och berättelserna om de öden som denne nye Alexander gick till mötes på sitt tåg till österns sagoländer voro så fantastiska och varierande att ingen kunde förlita sig till dem. Och allt som tiden led började man småningom försiktigt förbereda sitt avståndstagande från denne Bonaparte som man redan under ett par år hade blivit van att räkna med då det gällde republikens ära och ställning i Europa. Så småningom började man allmänt politisera och intrigera såsom om Napoleon icke alls funnits till. Joséphine roade sig bäst hon kunde, hon hade förälskat sig i en ung man vid namn Hippolyte Charles och visade sig så ogenerat och ihärdigt i hans sällskap att ingen kunde misstaga sig om arten av förhållandet dem emellan. Dessutom stod hon väl med den trio i direktoriet som tänkte och handlade gemensamt: Barras, Rewbell och Gohier; instinktivt sträckte hon en hand mot dessa ledande män för att ha ett säkert stöd till hands, ifall det skulle inträffa som i grunden alla väntade och många hoppades på. Envar hade nu som alltid sin äregirighet och sina planer, och många trådar spunnos ännu så länge i mörkret. Det är på sätt och vis ett långt ögonblick av spänning och berusning, denna väntetid, alla fråga sig vad som skall komma sedan, varje klick har sina förhoppningar. Men nu är tidsandan bliven an annan; det är ej mera fråga om att fortsätta kampen för det som varit kärnan i revolutionens idéer, tvärtom ser man lysa fram ur så gott som varje partis program diktaturens tanke, militarismens ideal, förhoppningen att en enda man skall i sin hand taga alla trådar och med kraft återställa lugn och ordning i riket. Ingen medger kanske ännu öppet att så är fallet, men i den riktningen sträva alla medvetet eller omedvetet. Barras arbetar för Bourbonerna, Sieyès för Moreau. Vilken ställning intaga nu Napoleons bröder till denna tids strömningar? Det är svårt att säga. Men man misstar sig helt säkert icke om man tänker sig att även de buro på ärelystna planer. Joseph utgav under Napoleons frånvaro en roman med titeln "Moïna eller bondflickan från Saint-Denis", i sig själv en fadd, tråkig och obetydande berättelse, vilken emellertid var betydelsefull därigenom att nästan på varje sida i denna bok det civila idealet ställdes framom det militära, och ämbetsmannens värv prisades såsom den upphöjda motsatsen till den råa krigarens. Vid denna tid då Napoleon just personifierade soldatandan kunde det ej vara utan betydelse att Joseph, som själv var ämbetsman, högt och offentligt prisade de fredliga medborgardygderna. Ett annat tecken på att Joseph ämnade skilja sin sak från broderns kan man finna däri, att han vid denna tid gifte bort sin svägerska Désirée Clary med den franske generalen Bernadotte. Detta är visserligen endast en händelse, men man kan finna tanken där bakom i fall man minnes att Bernadotte både inom den italienska armén och under beskickningen till Wien samt vid olika tillfällen hade uppträtt såsom Napoleons motståndare. Och ännu mera om man vet, att Bernadotte näst Bonaparte var den man som starkast drog samtidens blickar till sig, en framstående general och en god och skicklig organisatör. Bernadotte blev ännu mera synlig när han, vilket också inträffade under denna tid, blev utnämnd till krigsminister. Dessutom var Josephs ställning för tillfället rätt prekär, så tillvida att han ej innehade någon post, där han kunde synas och lysa. I mars 1799 vid nyvalen till den lagstiftande kåren föll han igenom, och då han numera var varken minister eller deputerad, fann han det antagligen vara hög tid att söka något nytt. Han hade redan vant sig vid att spela en roll, han var rik, både på ägodelar och inflytande, hade varit ambassadör och lagstiftare. Vad var naturligare än att han strävade ett steg högre, att också för honom hägrade målet att bli den förste. Han var den äldste i familjen och i sitt eget tycke självskriven att fortsätta Napoleons verk, ifall denne ej kom tillbaka. Joseph uppträdde vid denna tid liksom de övriga syskonen furstligt, han samlade i sin salong allt vad Paris i dessa dagar hade förnämt och märkvärdigt, och ministrarna voro hans nära umgängesvänner.