I den kamp mellan nya idéer och gammal tradition, som från och med år 1787 utkämpades, fick Bouillé även tillfälle att taga del. Han var medlem av båda notabelförsamlingarna, och till följd av sina personliga relationer till politikens ledande män — Calonne, Brienne och Montmorin, ja även Necker — kom han i tillfälle att intaga en position, utan att dock kunna göra något inflytande gällande.
Efter det en vittsyftande plan att ombetro Bouillé med anförandet av en expedition med mål att fråntaga engelsmännen Indien, till följd av den mellan de tilltänkta allierade inträffade brytningen förfallit, hade Bouillé blivit stationerad i Metz såsom kommendant. I denna tid av oro gällde det framför allt att upprätthålla ordning inom militären. "Jag var", skriver Bouillé själv, "under de första tiderna i Metz och medan oroligheter förekommo både i huvudstaden och i provinserna, nästan uteslutande upptagen av att hålla ordning bland folket i den provins, där jag förde befälet, att upprätthålla disciplin och söka stärka kärleken till konungen. Jag förverkligade mina föresatser i båda dessa avseenden. Under hela den tid som jag skötte kommandot i Metz, förekom här ej ett enda mord, den personliga egendomen hölls i helgd både i städerna och på landsbygden, intet slott brändes, inga egendomsägare eller adelsmän blevo utsatta för folkets raseri, vilket här endast fick uttryck i tomma hotelser, och under hela första året av revolutionen var jag lycklig nog att bibehålla bland de 25,000-30,000 man som jag hade under mitt kommando fullkomligt samma anda, som härskat här tidigare." Den ställning Bouillé intog med sina absolutistiska åsikter mitt bland ett svältande folk som yrkade på reformer och på rättigheter, om vilkas vidd och natur de själva knappast hade en aning, var emellertid redan i slutet av år 1789 svår att upprätthålla. "Jag var hatad av folket men säker på mina soldater, vilkas hat till bourgeoisien och förakt mot pöbeln jag livligt underblåste." Bouillé hade också redan nu gärna lämnat Frankrike för att i likhet med så många andra söka sig ett nytt fädernesland, så mycket hellre som hans ställning var ganska isolerad och regeringen lämnade honom helt och hållet utan instruktioner. Emellertid stannade han på sin post, därtill övertalad av krigsministern Latour-du-Pin, en man för vilken Bouillé hyste den största veneration dels för hans hederlighet, dels emedan hans ställning till konungadömet var densamma som hans egen, och på dennes uppmaning svor han till och med den nya ed som nationalförsamlingen hade påbjudit — en omständighet som för ögonblicket något mildrade invånarnas hat till honom.
Bouillé var dock ej en person som männen vid styret glömde bort. Redan i början av revolutionen hade Sveriges minister i Paris Staël von Holstein framställt — såsom han påstod på Gustav III:s vägnar — ett förslag om att Bouillé skulle lämna Frankrike för att ingå i svensk militärtjänst. Detta förslag upprepades ej officiellt, och Bouillé ansåg det därför såsom en intrig i syfte att avlägsna honom, emedan han vid en mottagning hos madame de Staël öppet klandrat Necker för dennes lättsinne att vilja sammankalla de franska ständerna. I slutet av år 1789 vederfors Bouillé äran att få mottaga av sin nära släkting Lafayette, vilken i sin dubbla egenskap av nationalförsamlingens förnämste ombud och konungaparets förtrogne intog en så stark ställning, att han kunde anse honom för Frankrikes faktiska styresman vid denna tid, ett förslag om att samarbeta med honom i och för monarkiens skyddande och bibehållande. En underhandling öppnades genom en av Lafayettes vänner, greve de Châtelet, men den slutade med att Bouillé på ett till formen hövligt sätt avslog anbudet — han kände Lafayette ända från barndomen, och fastän han var övertygad om att denne var en hedersman, trodde han sin unge "cher cousin" ej äga den begåvning, som hade fordrats, samt därtill vara alltför ärelysten och intresserad av revolutionen för att kunna oegennyttigt arbeta i denna uppgifts tjänst. Lafayette underhöll dock en långvarig korrespondens med Bouillé — och det ej endast i ämbetsangelägenheter. I syfte att locka Bouillé att omfatta den franska konstitutionen förmådde han till och med Ludvig XVI att skriva tvenne egenhändiga brev till denne.
I trots av sina åsikter och mot sin vilja blev emellertid Bouillé ett verktyg i nationalförsamlingens och även i Lafayettes tjänst, genom vissa händelser, som inträffade i hans provins under året 1790, och vilka beredde honom en egendomlig konflikt: den mellan hans åsikter och hans plikt såsom kommenderande överbefälhavare.
I början av år 1790 uppkom tanken på att i hela Frankrike fira en stor allmän förbrödringsfest. Lafayette, som var en av initiativtagarna och med värme omfattade den tanke, som låg till grund för festens firande, hoppades att man därigenom även skulle någorlunda lyckas utjämna den schism som existerade mellan den mångenstädes ännu rojalistiskt sinnade stående militären samt nationalgardets trupper i städerna — just denna schism som Bouillé i sin provins satt sin ära i att underblåsa. En förberedande federationsfest ägde även rum i Metz i början av maj och vid den såg sig Bouillé — den i nationalförsamlingen i Paris, i revolutionsklubben i Metz för brist på patriotism anklagade, den av folket hatade generalen — tvungen att högtidligt upprepa den nya eden, och han kunde ej heller vägra sina trupper att sända delegerade till den egentliga federationsfesten i Paris på Bastiljdagen den 14 juli.
Förbrödringen erhöll emellertid de oangenämaste efterspel i många trakter, i synnerhet där rojalistiskt sinnade officerare ännu stodo i spetsen för trupperna. Soldaterna, som redan förut lutat åt revolutionen, anslöto sig nu definitivt därtill och mångenstädes gav deras förbrödring med proletariatet i städerna, vilket genom tvång hade skaffat sig vapen, anledning till oordningar. Men upphetsningen var kanske ingenstädes så stor som i Bouillés område, och den slog ut i ett flammande uppror i Nancy i början av augusti. Bouillé lyckades kuva detsamma — själv försvarade han med några trogna under flera timmar porten till det hus där arméns standar och kassa voro förvarade — men vilken lek av ödet!! Han kuvade detta uppror därigenom att nationalgardisterna, dessa samma, mot vilka han förut uppviglat sina nu avfallna trupper — ställde sig på hans sida för att återställa ordningen!
Men oron skulle fortsätta, och då nationalförsamlingen utfärdade ett strängt påbud till soldaterna i Nancy att återinträda i tjänst och förhålla sig lugna, framkallade detta påbud blott ännu allvarsammare konflikter. Under hela augusti månad brann upprorslågan, tills den slutligen på denna månads sista dag slog ut i full blodig inbördes fejd, vilken om ock kanske ej med så mycket skäl blivit kallad "Nancys blodbad" — ett av de första hemska förebuden till det brödrakrig, genom vilket Frankrike skulle köpa revolutionens vinningar. Även nu var det med nationalgardets trupper som Bouillé kuvade upproret — och icke blott av konungen och Lafayette, utan även från denna nationalförsamling, som han själv ej erkände, fick Bouillé emottaga de varmaste och hjärtligaste tacksamhetsbetygelser för att med så mycken kraft ha återställt ordningen. Det brev nationalförsamlingen genom sin president tillställde honom var av följande lydelse:
"Nationalförsamlingen har på det högsta lovordat det om mod och patriotism vittnande uppförande, som ni ådagalagt, då ni tvang garnisonen i Nancy och de andra brottsliga att göra sin plikt. Edra krigarbedrifter kunna ej förvåna nationalförsamlingen, men den förstår och delar den smärta ni känner över att ha tvungits att använda er militära förmåga för att kuva rebelliska soldater, vilka ni vant eder att besegra med edra befallningar. Äran av att ha hämnats lagarna och gjort slut på dessa upproriska som vågat trampa dem under sina fötter är större än den att flera gånger besegra Frankrikes fiender: det har tillhört eder att förena båda. Nationalförsamlingen har givit mig i uppdrag att betyga eder sitt gillande och sin aktning, och jag känner mig lycklig över att få till eder överbringa dessa dess känslor."
Och Bouillé svarade med att försäkra att nationalförsamlingens gillande för honom varit den största trösten i den bittra sorgen över att ha varit tvungen att använda franska stridskrafter mot franska rebeller, och att, även om man kunde tvivla på hans känslor, hans uppförande tydligt borde ge tillkänna, att han letts av riktiga principer och att det allmänna bästa — "la chose publique" — och lagarna ej hade någon så ivrig och varmt tillgiven anhängare som han!
Med kännedom om Bouillés karaktär och hans rättframhet och frispråkighet, måste man väl antaga att dessa ord ej voro endast en nödvändig formalitet — säkerligen var han, om ock blott för stunden, angenämt berörd av att se sig som föremål för nationalförsamlingens tacksamhet.