Det var emellertid ingeniörens, Johans föregångare och samtidas naturdyrkan, som upptäckte kultursamhällets brister och banade väg för den nya åsigten om menniskans härledning. Redan 1859 hade Darwins »Arternas Härledning» utkommit, men ännu hade den icke hunnit tränga igenom och ännu mindre blomstra och befrukta. Det var Moleschott som då predikades, och, materiens kretslopp var slagordet. Ingeniören plockade med den och sin geologi ner den Mosaiska skapelsehistorien. Han talade ännu om skaparen, ty han var teist, och såg hans visdom och godhet i de skapade verken.
Under det de promenera framåt Gamla Haga börja klockorna i staden att ringa samman. Johan stannar och lyssnar: der var Klara förfärliga klockor, som ringt in hans sorgliga barndom, der var Adolf Fredriks, som skakat honom in till Jesus den korsfästes blodiga famn, der var Johannis, som om lördagarne förkunnat Jakobs skola att veckan var slut.
En sakta, sydlig vind förde larmet ut ur staden och det genljöd under de höga tallarne, manande, varnande.
— Ska du gå i kyrkan? — frågade vännen.
— Nej, — sade Johan. — Jag går aldrig i kyrkan mer.
— Ja, följ ditt samvete, — sade ingeniören.
Det var första gången Johan uteblef från kyrkan. Det gälde att trotsa både faderns befallning och sitt samvetes röst. Han exalterade sig och for ut mot religion och familjetyranni och han talade om Guds kyrka i naturen; talade med hänförelse om det nya evangeliet som förkunnade salighet för alla, lif och lycka för alla. Men så tystnade han.
— Du har ondt samvete, — sade vännen.
— Ja, — sade Johan. — Antingen icke göra hvad man ångrar, eller också icke ångra hvad man gör!