När Runeberg öfverflyttade till Helsingfors, var det i afsik att vid universitetet söka sin framtida bärgning. År 1830 speciminerade han för docenturen, som dock ej medförde annan ekonomisk förmån än den privatundervisning, som då för tiden, då privatvägen till studentexamen stod öppen, var för yngre akademici en vanlig biförtjänst. Samma år erhöll han vid universitetet en amanuensbefattning, som gaf honom obetydlig lön och betydligt skrifarbete. Det var på den han gifte sig. Härtill kom 1831, då Helsingfors Lyceum öppnades, lektioner därstädes. Hans hustru, från hemmet van vid sträng hushållning, hjälpte till med pension för studenter och studentkandidater; bland de sistnämnde var den fjortonårige Topelius. Men trots all sparsamhet förslogo dock ej de knappa tillgångarna, helst Runeberg regelbundet hemsände bidrag till sin mor i Jakobstad. Besluten att hvarken skuldsätta sig eller annars anlita andras hjälp, öfvertog han från början af år 1832 den ena af hufvudstadens två tidningar, "Helsingfors Morgonblad", som egdes af bokhandlaren J.C. Frenckell. Årslön för redigeringen var 2 rubel banco för hvarje prenumereradt exemplar med en garanterad minsta inkomst af 800 rubel. Första året, med 493 exemplar, blef den rbl 942:50 eller i nuvarande mynt Fmk 1,077:15 som ansågs för ett godt resultat.
Vid redaktionen skulle Runeberg biträdas af Nervander, som dock efter några nummer drog sig tillbaka, kanske emedan han ogillade den skarpt polemiska ton, Runeberg inslog i sina litterära recensioner. Nervander begaf sig sedermera på sin långa utrikesresa, och deras vägar skildes. Af ett bref från Runeberg 1848 vid Nervanders plötsliga frånfälle ser man, att de gamla känslorna för ungdomsvännen dock fortlefde.
Den litterära fejden i Sverige mellan akademiker och romantiker hade i Finland följts med lifligt intresse, särskildt i akademiska kretsar. Runeberg kunde ej tilltalas af de förres reflexionspoesi, som på felfria, väl kadenserade alexandriner gick ärenden åt tidens moralfilosofi och nyttighetssträfvanden; men än mindre gillade han fosforisterna, som förlade dikten och idealet till en fjärran blå rymd, där skalden besjöng blott sin egen fantasis drömmar, förgudande sin konst och sitt jag, medan verkligheten blef för honom låg, simpel och prosaisk. För Runeberg var verkligheten, naturen såväl som människolifvet, poesins och all konsts grund, som hon hvarken finge försköna, emedan den i sig själf var skön, eller ringakta, emedan den var hög och helig: hennes uppgift var blott att förklara verkligheten. I dess helgedomar inför hon tusen sinom tusen hjärtan, uppenbarande för dem de dolda tankar, de idéer, som verka under ytans mångfald och förvirring. Men han framställer ej idén begreppsmässigt, som vetenskapen, utan i åskådningar: den innebor och genomstrålar de gestaltningar, som ur verkligheten afspeglas i skaldens ande och dem skalden återger i sin dikt. Så är konsten hvarken akademikernas tjänarinna åt andra ändamål eller fosforisternas själfändamål: fritt, vid vetenskapens och religionens sida, tjänar hon de makter, som leda mänskligheten på dess bana genom tiderna. Denna konst är realistisk såtillvida, som hon har sin grund i verkligheten, men blir, då hon i denna verklighet söker idén, för att i diktens form göra den tillgänglig för alla, därigenom idealistisk.
Dessa åsikter hade Runeberg funnit vid studiet af antiken, men framför allt hade de framgått ur hans eget väsen. Han hade förverkligat dem i sin egen diktning, såvidt den hittills framträdt; sin tidning hade han väl till stor del öfvertagit för att där få förfäkta dem i en mera direkt form.
Redan i sin första nummer utlägger Runeberg sin konstuppfattning i en artikel, som riktar sig mot Svenska akademins valspråk, "snille och smak". Därpå tillgriper han parodins vapen. Hans första offer är Dahlgrens poetiska kalender "Freja", hvars pratsamma verskonst han eftergör med en lätt öfverdrift, som än godmodigt, än burleskt blottar den i all dess ytlighet. I Projekt till en poetisk förening måttas ett hugg mot den götiska skolans nordiska kraftpoesi, medan i Försök till en naturalhistorisk beskrifning öfver den poetiska örnen den gängse poesins osanna förhållande till naturen prisgifves åt löjet. Slutligen lämnar han skämtet och går fienden direkt på lifvet, då han i uppsatsen En blick på Sveriges nu gällande litteratur företager en omvärdering af alla gängse litterära värden, från kalendrarna och Eufrosyne upp till själfva Tegnér, affärdande dem en efter annan med korta, snäfva, nedsättande omdömen. Han erkänner Tegnérs öfverlägsna form och stolta kraft och låter gärna hans dikter gälla som "lyckade produkter af en diletterande förmåga"; men sedda ur poesins högsta synpunkt sakna de sanning och nödvändighet. Till en slutlikvid framdrages v. Beskows poem "Sveriges anor", som söndertages och nagelfaras bit för bit, tills ingenting återstår af detta tomma praktstycke, som Svenska akademin belönat med sitt stora pris och allmänna opinionen upptagit bland den svenska litteraturens klassiska mästerstycken; det har aldrig hämtat sig från detta slag. För öfrigt bör tilläggas, att Runeberg med lika stränga omdömen nedsatte Victor Hugo, de franska romantikernas firade chef. Bellman, fru Lenngren, Franzén och Almqvist äro inom den svenska vitterheten de enda, han erkände som verkliga poeter.
Sitt omdöme om Tegnér har Runeberg senare rättat, med vidhållande af de öfriga. Men om man icke erkänner någon poesi utan en lefvande gestaltbildning, så blir det svårt att göra rättvisa åt den Tegnérska tankens eldiga flykt och blixtrande bildprakt, som faller mera inom odens och dityrambens kategori. Den djupa motsatsen mellan Tegnér och Runeberg har blifvit anmärkt som bevis på den bestämda åtskillnad, som då redan uppstått mellan de bägge af dem företrädda nationerna, en åtskillnad som dock fanns äfven före den politiska skilsmässan.
Af Runebergs vittra bidrag till Morgonbladet är det värdefullaste hans Smärre berättelser, fem korta prosastycken, och dock i sin koncentrerade framställning innehållande en mängd betydelsefulla, skarpt markerade gestalter, dem han framkallade bland minnena från det österbottniska kust- och småstadslifvet. Dessa berättelser äro så mycket märkligare, som det är förnämligast i dem Runeberg tecknat några bilder ur borgareståndets lif i våra städer. Hans prosastil löper här tyngre och mera ansträngd än versen; också var det ej mycken tid att arbeta på den, då ofta nog tryckerigossen satt i tamburen och väntade på manuskript. År 1854 utgåfvos dessa prosaberättelser i en skild samling.
Därjämte strödde Runeberg med fulla händer omkring sig för sin tidning dikter, estetiska uppsatser, romanfragment, fabler och reflexioner: och då detta dock icke fyllde en tidning på en tid, som kände hvarken notisafdelning eller politiska artiklar, frågar man sig huru, midt under hans öfriga sysselsättningar, redaktionsarbetet blef honom möjligt? Därpå kunde hans hustru gett besked. Medan hon i sitt hushåll för pensionärerna föreföll tyst, tillbakadragen och trött, var hon i all stillhet sin mans outtröttliga medarbetare, kunde språk, läste snabbt, öfversatte och skaffade litterära meddelanden, biografier, berättelser m.m. "Uti en årgång", säger hon senare i bref till Snellman, "hade jag verkeligen största andelen". Så började detta äktenskap och förblef så deras sammanlefnad igenom. Därtill kommo bidrag af Stenbäck, Nordström, Lönnrot, Cygnaeus och Ahlstubbe, hvarför Morgonbladet kan betecknas som ett sammanhållande organ för landets yngre skriftställare.
Runebergs angrepp i Morgonbladet ådrogo honom skarpa genmälen från svensk sida; man fattade icke att Runeberg åsyftat göra gällande en ny, djupare uppfattning af skaldekonsten, hvarför öfverdrifterna borde skrifvas på hans hänförelse för en sak, som var för honom helig. Franzén blef, förmodligen på landsmanskapets vägnar, högst uppbragt och har sedan dess ej yttrat ett ord om Runebergs skaldskap, ej heller, när de 1840 träffades i Helsingfors vid universitetets jubelfest, sökt hans närmare bekantskap.
I hemlandet sades intet i tryck; men sinsemellan lät man talet gå, och då det är de små andarnes sed att förutsätta små motiver äfven hos de stora, menade man nog allmänt, såsom ock i Sverige, att Runeberg velat göra rent hus i den svenska vitterheten för att sedan ställa fram sig själf som den kommande profeten. Störst var oviljan bland den äldre generationen, hvars beundran för Tegnér var obegränsad. Prenumerantsiffran för Helsingfors Morgonblad nedgick år 1832 både i landsorten och i Helsingfors; från 493 till 329, och ville ej sedermera stiga, så länge Runeberg kvarstod vid redaktionen. Vid universitetet blef han förbigången 1831 vid utdelningen af det litterära understödet och höll på att bli det äfven 1834, då understödet åter var ledigt. Året förut hade han blifvit förbigången vid besättandet af adjunkturen i grekisk och romersk litteratur, ehuru både Sjöström och Linsén, de två professorer, hvilkas adjunkt han skulle blifva, satte honom i första rummet och Linsén därvid framställde sin önskan med en saklighet och en vältalighet, som bort öfvertyga de andre; endast två af kollegerna förenade sig med dem. Med pliktskyldiga komplimanger åt magister docens Runebergs poetiska talang och förhoppningar om hans kvarblifvande vid universitetet, sågo sig de öfriga tvungna att rösta på hans äfven i rent vetenskapliga meriter underlägsne medtäflare.