Men Runeberg hade tänkt i saken djupare än den gamle trädgårdsmästaren. I sitt mästerliga genmäle, som ej i språkets skönhet, men väl i tankarnas djup och bildernas klarhet öfverträffar själva brefven, vänder sig Runeberg främst mot pietisternas mörka förkastelse af världen och människolifvet. För dem ett dystert andens fängelse, är detta lif för Runeberg en ljus och härlig uppenbarelse af Skaparens tanke. Bredvid uppenbarelsen i naturen erkänner Runeberg äfven det uppenbarade bibelordet, men söker i dess läror människolifvets förklaring,—ej dess förkastelse. Mellan materie och ande, mellan världen och Guds rike ser han en enhet, som kristendomen blott befäst, då "försonaren söndertrampade ormens hufvud". Runeberg erkände äfven nödvändigheten af en omvändelse från själfviskheten och de onda böjelser, som sitta rotade i den jordiska delen af vår tillvarelse, något som ej sker oss af vår egen makt, utan som en nåd ofvanifrån. Men denna omvändelse kan försiggå äfven annorlunda än enligt pietismens normaliserade "Nådens ordning". Den kan vara en stilla utveckling, en beständig sträfvan mot Gud, fortgående, för den enskilde som för mänskligheten, icke språngvis, utan stegvis, organiskt, genom det jordiska till det himmelska. Runeberg varsnar den öfver allt i människolifvet, äfven hos den mest förtappade, i palatset lika väl som i kojan, hos den ena nationen lika som hos den andra. Inför denna tanke ljusnar tillvaron för hans blick, såsom den svartnar för pietistens.
Med tillrättavisande af pietisternas själfviska bekymmer för den egna saligheten summerar Runeberg slutligen sin religiösa uppfattning i följande ord: "En kristen lefver sitt sanna lif i sin tro, sin kärlek, sina tankar och handlingar. I den lefvande tjusningen öfver deras öfverensstämmelse med det rätta glömmer han lätt och ljuft, att det är han som tänker och gör. Och denna glömska af vårt eget själf är det milda offer, vår lära bjuder oss att nedlägga på den Högstes altare".
Runeberg var blott några och trettio år, då han träffade kristendomens anda i dessa satser, hvilkas sanning, säger Strömborg, ingen erfarenhet skall kunna jäfva. Att skalden pröfvat dem på sig själf, i sitt eget lif, det bevisar det sätt, hvarpå han bar sina motgångar först och sina framgångar sedan. De bildade klasserna höllo i allmänhet med Runeberg; till allmogen trängde hans tankar väl endast medelbart, genom dem.
Huru innerligt de religiösa spörsmålen på denna tid fyllde Runebergs lif äfven i hemmet, visar ett bref från hans hustru, som på tal om pietisterna skrifver: "Jag ville att en af dem en gång kunde höra Runeberg tala i saken, då han är (ja, jag måste nyttja det ordet) riktigt inspirerad. Klar och ljus, liksom blickade jag in i Guds anlete, är mig vår religion i all sin kärleksfullhet och härlighet, då jag hör honom så, och som ett mörkt, betydelselöst stoft nedfalla dessa på Skriftens förvrängning grundade olyckliga läror.——Nu först", tillägger hon, "har jag rätt och fullt lärt mig inse, hvad jag eger i min man".
Stenbäck lämnade Runebergs genmäle obesvaradt, vare sig han redan sagt vad han ville, eller att han ej kunde bestrida sanningen i Runebergs framställning. I alla fall har han stannat vid pietistens brinnande kamp om sin salighet, utbytande lyran mot harpan, tills äfven dess toner förstummades i de religiösa lidelsernas stormar. Han utgick ur dem luttrad såsom människa, men med sin poetiska åder bruten. Hans sista betydande dikt, vid österbottningarnas Porthansfest 1839, är tillegnad Runeberg; polemiken hade ej hos honom kvarlämnat minsta skymt af personlig misstämning.
Den religiösa polemiken har lämnat spår äfven i Runebergs tredje och sista dikthäfte, en efterskörd från den lyriska diktningens fält, utkommen sommaren 1843. Här ingår en afdelning legender, dels bearbetningar efter Kosegarten, dels egna motiv. Bland de sistnämnda är dikten Krysantos, i hvilken Runeberg gifvit konstens form åt hvad han på tankens väg framställt i sitt genmäle till Stenbäck. Den gamle trädgårdsmästarens ensidiga och bittra häftighet är här öfvervunnen, och äfven den unge fördömande ifraren omfattas nu med samma milda försoning, i hvilken lifvet ligger ljust för skaldens blick.
När Krysantos uppstod, hade planen till KUNG FJALAR redan legat och grott hos Runeberg. Huru under Försynens osynliga ledning lifvet verkar till människans förbättring och omvändelse, det är hvad Runeberg vill visa i denna sin mäktigaste diktskapelse, som han själf kallat "ett litet epos, hvari gudarnes storhet och nåd utgör ämnet". För denna uppgift erbjöd antiken ej den nödiga känslan af personlig själfständighet, men dess mera den skandinaviska forntiden, till hvilken dikten därför är förlagd.
Fjalar, Gauthiods kung, hör till dessa vikingatidens storslagna men själfviska gestalter, som, trotsande på sin viljas kraft, lefva blott för egen storhet och ära, åsidosättande för dem hvarje annan hänsyn. Men därjämte bo i detta kämpabröst äfven känslor af en ädel mänsklighet, som röjer sig redan i hans beslut att, om ock blott till egen tillfredsställelse och ära, från ett stamhåll för vikingar omskapa Gauthiod till ett fridlyst rike, blomstrande under lagarnas fredliga hägn. När nu Dargar, siaren, tolkaren af gudarnes bud, förkunnar den blygd, som förestår Fjalar och hans ätt, då
———hans son, den ende, sluter som brud sin syster i eldad famn,
så går Fjalar, med uppbjudande af all sin viljestyrka, till strid med gudarne: till den storhet, han vunnit med kufvade riken och länder, vill han yttermera lägga den, att hafva besegrat äfven gudarne, i sin skoningslösa själfviskhet redo att för detta mål offra det ena af sina barn, sin dotter, och höja svärdet mot det andra, mot sin son.