Wilhelm unzufrieden mit den kirchlichen Einrichtungen in Schottland.
Der König war mit der Art und Weise, wie die kirchliche Verfassung Schottland’s geordnet worden, nur theilweis zufrieden. Er meinte die Episkopalen seien hart behandelt worden, und fürchtete sie könnten noch härter behandelt werden, wenn das neue System erst vollständig organisirt sei. Er hatte dringend gewünscht, daß die Acte, welche die presbyterianische Kirche als Staatsreligion einführte, von einer andren Acte begleitet sei, welche Nichtmitgliedern dieser Kirche gestattete, ihre religiösen Versammlungen ungehindert zu halten, und er hatte Melville speciell beauftragt, dafür zu sorgen.[114] Einige populäre Prediger aber haranguirten in Edinburg so heftig gegen die Gewissensfreiheit, die sie das Mysterium der Unbilligkeit nannten, daß Melville den Instructionen seines Gebieters nicht nachzukommen wagte. Der Entwurf einer Toleranzacte wurde dem Parlamente durch ein Privatmitglied vorgelegt, aber kalt aufgenommen und fallen gelassen.[115]