Encargóse D. Lope García de Castro del mando el 21 de septiembre de 1564, y lo desempeñó hasta el 26 de noviembre de 1569. Gobernó el Perú con el título de presidente de la Audiencia, conferido por Felipe II. Estableció la casa de la moneda, intentó colonizar las islas de Chilve y confió a Alvaro de Mendaña una expedición que dió por resultado el descubrimiento de las islas de Salomón, en la Oceanía. No concedió ninguna encomienda.

De la prudente y sabia administración de D. Francisco de Toledo quedan muchos e importantes recuerdos, si bien su gobierno se halla afeado con la nota de crueldad. La visita general que hizo por el virreinato y que emprendió el 23 de octubre de 1570, fué beneficiosa a los indios, porque el virrey logró corregir algunos abusos de los encomenderos y fundó muchos pueblos de indígenas, a los cuales concedió el derecho de juntarse en cabildos para tratar de los asuntos que creyesen necesario.

Consideremos otro asunto de no escaso interés. Gozaba de independencia la ciudad de Vilcabamba y en ella habían tomado la borla imperial, después de Sairi-Tupac, Titu-Cusi y Tupac-Amaru. Queriendo el virrey acabar con aquel ridículo imperio, entró en negociaciones con Tupac-Amaru, que no dieron resultado favorable. Lo que no pudo conseguir por medio del consejo, lo conseguirá por la fuerza. Encargóse de ello D. Martín de Loyola que, al frente de 200 soldados, penetró en el país, donde encontró cortados los caminos y rotos los puentes. Sin embargo, pudo llegar de improviso a Cochabamba y habiéndose apoderado del Inca, le hizo llevar prisionero al Cuzco, donde fué condenado a muerte. Cuando marchaba al cadalso, como oyese que gritaba el pregonero: A este hombre matan por tirano y traidor á su Magestad, replicó: No digas eso, pues sabes que no es verdad; yo no he hecho traición, ni pensado hacerla, como todo el mundo sabe. Dí que me matan porque el virrey lo quiere y no por mis delitos. En el momento de entrar en la plaza, sitio destinado a la ejecución, aparecieron muchas coyas e hijas de caciques clamando tristemente: Inca, ¿por qué te van á matar? ¿Qué traiciones has hecho para merecer tal muerte? Pide á quien te la da, que nos mande matar á todas, pues somos todas tuyas por la sangre y por la condición, y más dichosas seremos en tu compañía que quedando siervas de los que te matan. Tupac-Amaru recibió con resignación la muerte; pero la opinión pública acusó de cruel al virrey, y hasta el mismo Felipe II, tiempo adelante, le hechó en cara semejante hecho, diciéndole: «Idos á vuestra casa, que yo no os mandé al Perú para matar reyes.» Deseoso de quitar a los indios toda idea de insurrección, puso el virrey en el Cuzco fuerte guarnición de españoles y llevó a Lima las momias de los Incas, a cuya presencia se arrodillaba la muchedumbre en los caminos.

Intentó conquistar el país de los chiriguanos, en el cual entró y tuvo que retroceder escarmentado. Enemigo de los jesuítas, desde Los Reyes, con fecha 7 de octubre de 1578, mandó a Martín García de Loyola, corregidor del Potosí, que cerrase las puertas de la casa que allí tenían los Padres y les embargara los bienes temporales de que eran dueños. En virtud de la orden del virrey fueron arrojados de dicha casa los PP. José de Acosta, Baena, Medina y los HH. Santiago, Tomás y Domingo[438]. No escatimaremos nuestros aplausos a la gestión administrativa de D. Francisco de Toledo. Mejoró el estado de la Hacienda y publicó sabias ordenanzas.

Antes de terminar la reseña de este virreinato, hagamos un descanso para registrar dos hechos realizados por Felipe II, digno de censura uno y digno de alabanza otro. Refiérese el primero a que por Cédula de 25 de enero de 1569 estableció la Inquisición en el Perú. Vid. tom. 33 del Ced.º, fol. 357 v.º, núm. 289[439]. Consiste el segundo en que desde Badajoz (23 septiembre 1580) mandó a decir al presidente de la Audiencia de los Charcas que en la Universidad, fundada por el mismo Rey, se estudiase la lengua general de los indios «para que los sacerdotes que les han de administrar los Santos Sacramentos y enseñar la doctrina» tuviesen «el medio principal para poder hacer bien sus oficios»[440].

El 23 de septiembre de 1581 entregó D. Francisco de Toledo el mando a su sucesor, «embarcándose para España, dejando hecha la tasación de tributos que había practicado en la visita general, en la cual se encontró haber en las 19 provincias de las Audiencias de Lima, Quito y Charcas 695 encomiendas con 325.899 indios, cuyos tributos anuales importaban un millón quinientos seis mil doscientos noventa pesos de oro, de los que trescientos un mil doscientos cincuenta y ocho pesos correspondían al Rey por el derecho de quintos, quedando de renta para los encomenderos un millón doscientos cinco mil treinta y dos pesos...»[441].

Al breve gobierno de D. Martín Enríquez sucedió el virreinato de D. Fernando de Torres y Portugal, conde de Villar Don Pardo. Protegió a los indios y tuvo la desgracia de que en su tiempo el inglés Drake devastase las costas del Perú.

D. García Hurtado de Mendoza, marqués de Cañete, defendió el Perú de los ataques de Hawkins y otros piratas ingleses. Introdujo la contribución de alcabalas, que fué causa de muchos tumultos. A la sazón floreció en el Perú Santo Toribio Mogrovejo, arzobispo de los Reyes (Lima), quien reunió un concilio en el año 1591 y cuyas actas remitió a Felipe II[442].

Por lo que a las encomiendas respecta «muchas y repetidas cédulas se expidieron desde el reinado de Felipe II para que las encomiendas se convirtieran en pueblos; se dispuso que los encomenderos residiesen en sus encomiendas; que no se dieran dos de ellas a una misma persona si no podía formar un solo pueblo, en cuyo caso por la aceptación de la última se tenía por renunciada la primera, leyes que sólo tuvieron cumplimiento en parte, pues en España se proveyeron muchas a favor de personas que ni estaban ni habían estado nunca en el Perú»[443].

Merece, por último, no pocas alabanzas la Real Cédula que, con fecha 29 de diciembre de 1593, se dirigió a los presidentes y oidores de las Audiencias de Lima y de las Charcas, mandándoles que castigasen con mayor rigor a los españoles que injuriasen a los indios[444].