Poco tiempo después Felipe III, desde la ciudad de Valladolid (13 noviembre 1604) se dirigía al presidente de la Audiencia de los Charcos, diciéndole que «entendiendo el mucho distrito que tiene el Obispado de esa provincia, y lo mal que se puede visitar y administrar el pasto espiritual por un Prelado solo» acuerda erigir otras dos, una en la ciudad de La Paz de la provincia de Chuquiago, y la otra en la ciudad de la Barranca de la provincia de Santa Cruz de la Sierra, habiendo presentado a su Santidad las personas que han parecido más convenientes para ello...»[445].
Pasó del virreinato de México (1607) al del Perú D. Juan de Mendoza y Luna, marqués de Montesclaros. Entre otras medidas de buen gobierno, estableció el Tribunal del Consulado, suprimió el Rey por consejo suyo el servicio personal de los indios e hizo construir un gran puente en Lima para comunicar con el arrabal de San Lázaro.
Por aquellos tiempos, Felipe III, desde Madrid con fecha 13 de diciembre de 1608, escribió a su embajador en Roma, haciéndole presente que el arzobispado de la ciudad de los Reyes y el obispado de la ciudad de Cuzco tenían muy grandes distritos, por lo cual había acordado que «del arzobispado de la ciudad de los Reyes se saque una iglesia catedral que tenga su asiento en la ciudad de Trujillo de las dichas provincias del Perú, y que del obispado del Cuzco se saquen otras dos iglesias catedrales, la una que tenga su asiento en la ciudad de Arequipa y la otra en la ciudad de Guamanga de las dichas provincias»[446]. Encargaba el Rey al embajador que rogase a Su Santidad la creación de las nuevas iglesias. El mismo monarca, desde San Lorenzo (20 agosto 1611) dijo al marqués de Montesclaros que habiendo vacado el arzobispado de la ciudad de los Reyes por fallecimiento de D. Toribio Alfonso de Mogrovejo, había dispuesto, contando con Su Santidad, la creación de una iglesia catedral en Trujillo[447].
D. Francisco de Borja y Aragón, Príncipe de Esquilache (1615-1621), realizó obras importantes, entre ellas la fortificación del puerto del Callao y la fundación de la ciudad de San Francisco de Borja. Creó el Real Convictorio de San Bernardo para la educación de los hijos de los conquistadores, y el Colegio de San Francisco de Asís para los hijos de indios nobles. Bajo su mando fueron rechazados los piratas que asolaban aquellas costas, y Jacobo le Maine descubrió el Estrecho que lleva su nombre y que exploraron luego los hermanos Nodales. Dicen algunos escritores que fundó una Academia literaria en su palacio. Reuníanse allí los ingenios más distinguidos de Lima y con ellos discutía el virrey sobre materias científicas y literarias. De su inspiración poética dió señaladas pruebas el príncipe de Esquilache. Parece que el ánimo descansa cuando en el árido campo de la historia se hallan gobernadores como D. Francisco de Borja. ¿Tuvieron en su tiempo demasiada influencia los hijos de San Ignacio de Loyola? Es posible.
Poco tenemos que decir del virrey D. Diego Fernández de Córdoba, marqués de Guadalcázar. Defendió la colonia de las agresiones del pirata Clerck, el cual, llegando al Pacífico por el Cabo de Hornos, puso sitio al Callao. Bajo su gobierno se publicaron las Nuevas Leyes de la Recopilación de Indias.
D. Jerónimo Fernández de Cabrera y Bobadilla, conde de Chinchón, comenzó su virreinato el 14 de enero de 1629, cesando el 18 de diciembre de 1639, en cuyo tiempo un terremoto destruyó la mayor parte de Lima. Desde la ciudad de los Reyes se dirigió el virrey a Su Majestad dándole cuenta del fallecimiento (5 febrero 1630) de Fray Francisco de Sotomayor, en la villa de Potosí, antes de tomar posesión del arzobispado de los Charcas; además el conde de Chinchón proponía personas para suceder a Fray Francisco.
En situación tan pobre se hallaba la monarquía (primeros años de Felipe IV) que por Real Cédula del 27 de mayo de 1631, fechada en Madrid, se autorizó al virrey para que pusiese en venta todos los oficios de Alcaldes provinciales de la Hermandad, y los de Alguaciles y «que se rematen en las personas que más por ello dieren...»[448]. También con la misma fecha mandó el Rey al conde de Chinchón que vendiese algunas hidalguías, porque era muy malo el estado de la Hacienda[449]. Por último, en igual fecha ordenó Felipe IV al virrey que vendiese la pimienta por cuenta de la Real Hacienda[450]. Sin embargo de la penuria en que se hallaba el Estado, todavía tenía gusto para pedir al citado virrey los animales fieros que hubiese en todo el distrito de su gobierno, como leones, tigres, osos y otras clases[451].
No pasaremos adelante sin hacer notar que por reales cédulas de 1618 y 1625 se declaró que sólo el Consejo de Indias podía conceder encomiendas, revocándose así el poder que para ello tenían los virreyes. Posteriormente, o sea el 11 de febrero de 1637, por Real Cédula se autorizó a los virreyes para que continuasen concediéndolas[452].
Del mismo modo debió su nombramiento a Felipe IV el virrey don Pedro de Toledo y Leiva, marqués de Mancera. Llegó al Callao el 22 de noviembre de 1639 y saltó a tierra el 23. Entró en Lima con toda la pompa acostumbrada, recibiendo el poder de manos del conde de Chinchón (18 diciembre 1639). Fortificó el Callao, cuyas obras comenzaron en 1640 y tuvieron término en 1647; hizo levantar un fuerte en Arica, otro en Puná y un tercero en Guayaquil; también fortificó la plaza de Valdivia. Con verdadero empeño procuró defender el virreinato de las incursiones de los piratas, aumentó los ingresos de la Real Hacienda y mantuvo la paz pública y el prestigio de su autoridad.
Si de los indios se trata, reformó la tasa excesiva de los tributos e hizo una estadística de aquellos indígenas. En la Memoria o Relación que publicó acerca del gobierno se hallan las siguientes palabras: «Tienen por enemigos estos pobres indios la cudicia de sus corregidores, de sus curas y de sus caciques, todos atentos á enriquecer de su sudor: era menester el celo y autoridad de un virrey para cada uno; en fee de la distancia se trampea la ubediencia, y ni hay fuerza ni perseverancia para proponer segunda vez la quexa»[453]. Para reprimir la embriaguez de los naturales, dictó una provisión prohibiendo venderles vino, la cual sólo era una especie de copia de otras órdenes y provisiones publicadas sobre el mismo asunto; pero que no las hacían cumplir los corregidores, sus tenientes, caciques y curas párrocos. Teniendo necesidad de barcos, mandó construir en Guayaquil dos galeones: La Capitana Real y La Almiranta. A causa de los apuros del monarca, pudo remitirle un donativo de 500.000 $.