Tanto interés inspiraba al Rey el estado de los trabajos de la mina de cinabrio de Huancavelica, que el virrey dispuso visitarla en persona, saliendo de Lima a mediados de julio de 1643, dejando encomendado el gobierno durante su ausencia a D. Andrés de Villela, decano de la Audiencia. Por último, el marqués de Mancera organizó el servicio de correos (chasques), y en su tiempo, conforme a la Real Pragmática de 28 de diciembre de 1638, se introdujo en el Perú, año de 1641, el uso del papel sellado, siendo de cuatro clases: el del sello 1.º, que valía seis reales; el del 2.º, tres; el del 3.º dos, y el del 4.º, uno. Terminó el marqués de Mancera su virreinato (20 septiembre 1648), sucediéndole el conde de Salvatierra. La memoria que dejó escrita dicho marqués, fué entregada a su sucesor el 28 de octubre de 1648, según lo indican León Pinelo, y Cerdán, oidor de la Audiencia[454].
También fueron nombrados virreyes por Felipe IV, Don García Sarmiento de Sotomayor Enríquez de Luna, segundo conde de Salvatierra; D. Luis Enríquez de Guzmán, conde de Alba de Liste; y don Diego de Benavides y de la Cueva, conde de Santisteban. Llegó al Callao el conde de Salvatierra (28 agosto 1648) y se hizo cargo del gobierno el 25 de septiembre. Antes fué virrey de Nueva España, y en el Perú, como en México, se mostró demasiado amigo de los jesuitas. A los hijos de Loyola dió el encargo de convertir al catolicismo a los indios de la provincia de Mainas, y a otros religiosos les ordenó que hiciesen lo mismo con los indios parataguas, motilones, etc. En la contienda que tuvieron los jesuitas con Fr. Bernardino de Cárdenas, obispo del Paraguay, se puso el virrey al lado de aquellos. Cumpliendo una orden del Rey, él y los Tribunales del virreinato prestaron juramento, en manos del arzobispo Villagómez, de defender la creencia de la Inmaculada Concepción de la Virgen María. Sumamente religioso, mostró especialmente su devoción a Nuestra Señora de la Soledad, al apóstol San Pedro y a San Francisco de Asís. No pasaremos en silencio un hecho que enaltece la memoria del piadoso conde de Salvatierra y fué la multitud de células publicadas con el objeto de aliviar la suerte de los indios, a quienes todos procuraban esquilmar.
El 24 de febrero de 1655, entregó el virreinato al conde de Alba de Liste, virrey antes de Nueva España. Alba de Liste gobernó con bastante tino y prudencia.
El conde de Santisteban tuvo que apaciguar algunas sublevaciones interiores. Felipe IV, desde Madrid (6 marzo 1662) ordenó al citado virrey, que, habiendo el Papa Alejandro VII declarado el santo misterio de la Inmaculada Concepción de la Virgen, dispusiera él que en la ciudad de los Reyes se hiciesen solemnes fiestas religiosas[455]. Algunos meses después (7 octubre 1662) quejóse el Rey acerca del estado en que se hallaba el gobierno del Perú, lo mismo en lo político que en lo judicial y administrativo[456].
Durante la menor edad de Carlos II, la reina gobernadora (desde Madrid el 14 de mayo de 1668), habiendo hecho saber que Su Santidad había ordenado despachar el Breve de la beatificación de la Madre Rosa de Santa María, que nació y murió en la ciudad de Lima, mandó que se celebraran fiestas en dicha población y en toda la diócesis[457].
Debieron su nombramiento a Carlos II los virreyes D. Pedro Fernández de Castro y Andrade, conde de Lemos; D. Baltasar de la Cueva Henrríquez y Saavedra, conde de Castellar; D. Melchor de Liñán y Cisneros, arzobispo de Lima; D. Melchor de Navarra y Rocafull, duque de la Palata, y D. Melchor Portocarrero Laso de la Vega, conde de la Monclova.
El conde de Lemus fundó las casas de las Recogidas de Lima, con el nombre de las Amparadas de la Purísima Concepción de Nuestra Señora, y castigó duramente a los revoltosos de Puno.
El conde de Castellar llegó a Lima el 15 de agosto de 1674 y fué exonerado el 7 de julio de 1678. Se le acusó de favorecer el contrabando, aunque el duque de la Palata afirma «que era en todo diligentísimo, y en las materias de Hacienda Real, con singular aplicación...»[458] En esta época, el Rey, desde Madrid (29 marzo 1678) se dirigió al virrey, presidente y oidores de la Audiencia, a los arzobispos y obispos de las iglesias del Perú, pidiendo un donativo voluntario, pues con ocasión de la guerra, estaba muy pobre la Real Hacienda[459].
Mandó el virrey misioneros jesuitas y franciscanos a los confines de Cajamarquilla, Tarma, Guanuco, Carabaya y otras partes, atrayendo muchos indios a la religión católica. «Me dediqué inmediatamente al expediente de los negocios, asistiendo continuamente a los Acuerdos, Real Audiencia, Sala del Crimen y Tribunal de Cuentas, a la vista y determinación de diferentes pleitos graves de Hacienda Real y entre partes, consiguiendo tuviesen fin, después de muchos años que estaban pendientes, etc.»[460].
El suceso de más importancia que ocurrió durante el gobierno del conde de Castellar, fué el terremoto o temblor de tierra acaecido el 17 de junio de 1678 en la ciudad de Lima, en el Callao y en algunas leguas en contorno de dichas poblaciones. Hundiéronse muchos edificios y terminó catástrofe tan grande—según el vulgo—por los ruegos de Santa Rosa, patrona de Lima, cuyo cuerpo y reliquias se llevaron en procesión solemne, desde el convento de Santo Domingo a la Capilla de Nuestra Señora de la Soledad de San Francisco. Mandó el virrey celebrar un novenario, y confiesa con tristeza que sólo pudo asistir el primer día «por haber llegado aquella noche la noticia de mi exoneración»[461]. Justa o no justa su exoneración, no puede negarse que con toda diligencia procuró aumentar los rendimientos de las minas y, por consiguiente, la mayor recaudación de la Real Hacienda. Por último, en su tiempo fueron castigados los indios uros y uruitos, los cuales se habían retirado y hecho fuertes en los totorales y ciénagas del desagüe de la laguna de Chucuito. El virrey quiso reducirles por medios suaves, y como esto no fué posible, se dió el encargo de que los desalojasen, al corregidor de Chucuito y al corregidor de Pacajes, cuyas autoridades cumplieron su cometido, aunque con más rigor del que debían.