Convienen los cronistas en que D. Melchor de Liñán y Cisneros, arzobispo de Lima, que gobernó desde 1678 al 1681, asistía frecuentemente a los Acuerdos de la Real Audiencia «y en particular en las causas y pleitos que las partes lo piden, porque tengan este consuelo; pues aunque es de creer que los ministros obrarán con justificación, influye mucho hallarse el presidente en el Tribunal»[462]. Ocupóse detenidamente en arreglar los asuntos de la Real Hacienda y, especialmente, los de las minas, que andaban algo desordenados y castigó enérgicamente a los corsarios que infestaban aquellos mares, logrando que en un combate fuese muerto el capitán Juan Guarlen. Gloriosa victoria se consiguió (7 agosto 1680) por el gobernador de Buenos Aires, peleando contra los portugueses del Brasil, mandados por el general D. Manuel Lobo, pues éstos se atrevieron a penetrar en los términos de la Corona de Castilla. Lobo fué hecho prisionero, y entre sus papeles se encontró importante instrucción original del príncipe regente de Portugal.
Acerca del duque de la Palata, que tomó posesión el 7 de noviembre de 1681, haremos notar que comenzó su gobierno mandando dar muerte a Carlos Clerque y a los compañeros del famoso corsario. Cuando en el año 1683 llegó al Perú la noticia de que los piratas habían entrado y saqueado a Veracruz (Nueva España), se pensó rodear de murallas la hermosa ciudad de los Reyes, obra que se llevó a feliz término mediante las acertadas disposiciones del Cabildo, Justicia y Regimiento de dicha capital. En la representación que el conde de la Palata hizo al Rey con fecha 18 de mayo de 1688 dice, entre otras cosas, lo que sigue: «que la Real Hacienda está muy empeñada...»; y más adelante añade: «Las calamidades de este Reyno son tan grandes y se pueden temer tan repetidas, que obligan á prevenir los remedios»[463]. Advierte el virrey que las Audiencias subordinadas al gobierno del Perú son cuatro: la de Panamá, la del Reino de Chile, la de Quito y la de las Charcas, y que las dos últimas se hallan más subordinadas y atentas que las dos primeras «aunque alguna vez se propassan...»[464]. No deja de tener cierta curiosidad la relación hecha por el virrey acerca de la ruina de la ciudad de Lima (desde el 20 de octubre hasta el 2 de diciembre de 1687) con la repetición de temblores de tierra[465]; pero lo que más preocupó al conde de la Palata fué la entrada de los piratas en el mar del Sur por el año de 1684 y siguientes. Cuando las sacudidas violentas de los terremotos arruinaban comarcas en la América Meridional y parecía que los elementos se encargaban de destruir lo que perdonaban los filibusteros, la madre de Carlos II se ocupaba de cosas asaz importantes. Desde su palacio del Buen Retiro, con fecha 5 de abril del año 1687, pidió a Su Santidad rótulo y remisoriales para que se hiciesen informaciones de las virtudes del P. Francisco del Castillo, de la Compañía de Jesús; fallecido en Lima, su patria, con el objeto de proceder en seguida a su beatificación[466].
Después de gobernar ocho años el Perú el duque de la Palata, vino a ocupar cargo tan elevado el conde de la Monclova. El último virrey, nombrado por Carlos II, se ocupó principalmente en defender la colonia contra los ingleses durante la guerra de sucesión española. Citaremos, aunque de escaso valor, otra clase de hechos. Carlos II, desde Madrid y con fecha 18 de septiembre de 1696, decía al virrey del Perú que había resuelto trasladar, contando con la aprobación de Su Santidad, la iglesia Catedral de San Lorenzo de la Barranca a la villa de Mizque[467]. A la citada villa, con la misma fecha, la hizo merced del título de Ciudad[468]. Al mes siguiente y por Real decreto dado en Madrid (15 octubre 1696) hizo presente al virrey del Perú que había dado cuenta al Papa de la traslación de la iglesia catedral que se hallaba en Santiago del Estero a la ciudad de Córdova en la misma provincia[469]. Pero sobre todo, daremos cuenta de lo que parecía interesar más a Carlos II. Por Real Cédula del 24 de julio de 1698, dirigida al virrey del Perú, se mandaba que se remitiesen a España 40 o 50 alectos (pájaros de volatería para la Real Casa), «en inteligencia—decía la Cédula—que sería de su Real desagrado cualquier omisión que tuviese en este encargo»[470].
Poco después de la muerte de Carlos II, cuya afición a los pájaros era tan manifiesta, Felipe V, con fecha 17 de abril de 1703, se dirigió a los arzobispos y obispos del Perú, diciéndoles que aliados ingleses y holandeses preparaban sus navíos y 15.000 hombres para conquistar a América; pero que él no podía acudir a la defensa por la pobreza del Real Erario. En este caso les rogaba le concediesen un subsidio para defender dichos dominios de los enemigos de la religión[471]. El mismo Rey, en Real Cédula, dada en Madrid (26 enero 1706), decía que el conde de la Monclova, virrey del Perú, le había notificado, en carta del 8 de octubre de 1704, cómo por el mar del Sur entraron dos bajeles ingleses con patentes de corso de la reina de Inglaterra, y en su seguimiento tres navíos franceses, al mando del conde de Tolosa, almirante de Francia[472].
Felipe V de Borbón nombró en el año 1705 virrey del Perú a don Manuel de Oms y Senmenat, marqués de Castells Dos Ríus, hombre de energía, hábil cortesano y cultivador de las bellas letras. Fiel al nuevo Rey, levantó empréstitos y sin reparo alguno echó mano a obras pías y a cajas de censos, reuniendo millón y medio de pesos, para mandarlos a Felipe V, que bien los necesitaba para los gastos de la guerra de sucesión. Castells Dos Ríus castigó a los corsarios ingleses Roglos y Dampierre, quienes, con dos buques, saqueaban las costas del Perú, llegando a exigir del puerto de Guayaquil crecido rescate. Un terrible terremoto, en 1707, destruyó el pueblo de Capi y ocasionó otras desgracias en las provincias del Cuzco, siendo digno de contar que la granja de San Lorenzo fué lanzada de una a otra banda del Apurimac con casas y gente. El fanatismo católico vió en el terremoto un castigo divino por las secretas idolatrías de los indios. Además, como si el castigo de Dios fuese poco, los hombres dispusieron autos de fe contra supersticiosos indios. Aunque de dudosa moralidad el virrey—pues según de público se decía, especulaba en todos los ramos de la administración e iba a la parte en los contrabandos—continuó desempeñando su importante cargo hasta que murió en 1710.
Dicen los cronistas que don Diego Ladrón de Guevara, obispo de Quito, natural de Cifuentes (Guadalajara), fué excelente virrey. Ampliáronse los estudios universitarios, se prohibió la elaboración de aguardiente de caña por el abuso que hacían de ella los indios, castigó sin consideración alguna a un hijo natural del conde de Cartago por el robo de un copón y el sacrilegio cometido con las sagradas formas, y reprimió las insolencias de los negros cimarrones que desde los montes de Huachipa hacían frecuentes correrías. Fué reemplazado en el año 1716, y no consintió que se le dispensase del juicio de residencia.
Nombrados también por Felipe V fueron D. Nicolás Caracciolo, príncipe de Santo Bono y Fr. Diego Morcillo, arzobispo de Lima. Durante el gobierno de Caracciolo se agregó la provincia de Quito al virreinato de Santa Fe, creado en el año 1717. Protegió el virrey las misiones de Chanchamayo, descollando entre los religiosos Fray Francisco de Santa Fe. Aunque no pudo acabar con el mal, hizo mucho para reprimir el contrabando que hacían los corsarios, especialmente los holandeses. Por entonces, como llegase a oídos del gobierno de la metrópoli los excesivos gastos que hacía el cabildo de Lima al recibir los virreyes a su llegada de España, vino Real cédula (1718) fijando en doce mil pesos el gasto obligatorio para la ciudad, si bien particulares o corporaciones podían, por cuenta propia, agasajar al representante del monarca. El cabildo, pues, debía ajustarse al siguiente presupuesto:
| Pesos. | |
| Cama para el virrey, con colgadura de damasco, sábanas y almohadas guarnecidas de encajes y sobre cama de medio tisú. | 1.400 |
| Dos vasos de plata para uso ordinario | 180 |
| Escribanía de plata | 170 |
| Carruaje | 3.000 |
| Tiro de caballos con herrajes y arneses | 1.725 |
| Música, iluminación y limpieza de arañas | 360 |
| Las dos comidas del día en que entra el virrey y el siguiente, y refrescos para ambas noches | 3.700 |
| Para manteles, marcar y devolver la plata labrada, que se busca prestada para estas funciones, y para pagar pérdidas y daños | 850 |
| Propinas a la guardia, porteros de la Audiencia y criados de librea | 88 |
| Para fuegos artificiales y gastos menudos o imprevistos, no designados | 527 |
| 12.000 |
Fray Diego Morcillo, arzobispo de Lima, desempeñó el cargo de virrey desde el 1720 al 1724. Tuvo la satisfacción de que en su tiempo se verificase la canonización de Santo Toribio de Mogrovejo. Por lo demás, sólo disgustos tuvo en su gobierno. Nada pudo hacer contra el corsario inglés Chiperton, que amenazaba las costas del Pacífico; ni contra la Gran Bretaña, que abusando de un tratado hecho con Felipe V, introducía mercancías en el Perú, ocasionando la ruina del comercio español; ni contra el Paraguay, donde ocurrían desórdenes originados por el gobernador Antequera; ni contra los araucanos de Chile, que invadían las poblaciones fronterizas.
Con aplauso de gran parte del clero y con gran contento del Rey y de la corte, ocupó el virreinato D. José Armendariz, marqués de Castel-Fuerte. Comenzó su gobierno el 1724 y terminó el 1736. Hombre de severas costumbres, quiso, con exageración manifiesta, restablecer la disciplina eclesiástica en el Perú, ocasionándole su manera de obrar varios conflictos, entre ellos el del mismo obispo de Guamanga. A la sazón recibió Real cédula (13 febrero 1727) ordenándole que llamase secretamente a los prelados de las Órdenes y les dijese que el Rey tenía noticia de los muchos sacerdotes regulares y seculares «que con escándalo mantenían familias enteras de mujeres e hijos, tolerándolo los prelados, por las utilidades que de ello percibían en visita.» Disponía el Rey que el prelado—«si resultase delincuente en descuido tan culpable—se mandara a España, encargando también que los ministros reales castigasen con todo rigor a las mujeres prostitutas»[473].