Por muerte de Rivera en 1617, llegó a ocupar el gobierno Hernando Talaverano, y diez meses después López de Ulloa, vencido varias veces por el indígena Lientur. Habiendo fallecido Ulloa el 20 de noviembre de 1620, le sucedieron sucesivamente D. Cristóbal de la Cerda Sotomayor, D. Pedro Sorez de Ulloa y Lerma y D. Francisco de Alava y Noruena. Ulloa y Alava, además de la guerra con los indios, tuvieron que vigilar los movimientos de escuadra holandesa, mandada por Jaime el Ermitaño, que causó grandes perjuicios al gobierno español. D. Luis Fernández de Córdoba, sobrino del virrey del Perú, conservó la autoridad hasta 1630. Fué el primero que permitió a los criollos, descendientes de españoles, ejercer cargos públicos. Con el toqui Putapichún continuó la guerra.
Don Francisco Laso de la Vega no cesó un momento de luchar con sus valerosos enemigos. Hasta el año 1640 los sucesos belicosos no ofrecen interés alguno, porque se hallan reducidos a una serie de sitios, sorpresas, emboscadas y asesinatos, en los cuales la fortuna, unas veces se ponía al lado de los españoles y otras de los araucanos.
Terrible terremoto destruyó la ciudad de Santiago (diez y media de la noche del 13 de mayo de 1647). «A muchos—escribe un testigo del suceso—cogió ya dormidos, los cuales fueron a despertar a la otra vida, y a otros, que al susto despertaron, al querer salir, les cerraba la puerta más la turbación que la llave, o por no dar con ella, quedaban sepultados de las paredes o ahogados del polvo.» Refiere luego que, por gracia de Dios, algunos conventos quedaron en pie, añadiendo: «No fué así en otras casas, que no merecieron esta singular protección que estos santos conventos, porque cayendo las paredes hacia adentro, a unos mataban y a otros quebraban las piernas y a otros los brazos, y con la obscuridad de la noche, el espanto del temblor, el asombro del repentino ruido de terribles ruinas, la ceguedad del polvo y la confusión del inopinado suceso, los unos atropellaban a los otros y perecían muchos atropellados, encontrando la muerte donde huían presurosos a buscar la vida. Era lamentable espectáculo ver tantos cuerpos muertos, tantos destrozados, tantos que debajo de las ruinas daban lamentables voces, y a los que escapaban, andar ciegamente tropezando, y con gemidos del alma, pidiendo a voces misericordia y llorando la madre al hijo, la esposa al marido y el padre a la familia.» Murieron—según cálculos aproximados—más de mil. Sucedió al terremoto fuerte lluvia y después terrible epidemia. El gobernador Mugica, que se hallaba en Concepción al tiempo de ocurrir la catástrofe, se trasladó a Santiago, solicitó recursos del virrey del Perú y logró que por el término de seis años se eximiera de impuestos a la ciudad arruinada. Digno de toda alabanza fué el obispo fray Gaspar de Villarroel, agustino, varón de singular piedad, que en aquellos días tristísimos, prestó toda clase de auxilios a los pobres. Poco tiempo después comenzó la reconstrucción de la ciudad.
Al prudente gobernador Martín de Mugica sucedió D. Francisco López de Zúñiga, marqués de Baides, que concluyó un tratado de paz con Lincopichún, en virtud del cual se señalaba el río Biobio límite divisorio entre los araucanos y los españoles, reconociendo a los primeros su independencia, y ellos, por su parte, la soberanía del rey de España, permitiendo a los misioneros el libre ejercicio de su ministerio y obligándose también a oponerse al desembarco de súbditos de aquellas naciones europeas que a la sazón estaban en guerra con España.
Refieren los historiadores que don Antonio de Acuña y Cabrera (1650-1656) estuvo dominado por dos oficiales, cuñados suyos, de apellido Salazar. Celebró Acuña un armisticio con los indios en Boroa y mandó una expedición contra los cuncos, que fué completamente destruída (1655). El pueblo de la Concepción se sublevó a los gritos de ¡Viva el Rey! ¡Muera el mal gobierno! viéndose obligado el virrey de Lima a destituir al débil gobernador.
Sucediéronse otros gobernadores; pero adquirió fama por sus desaciertos D. Francisco de Meneses (1664-1668), conocido por sus subalternos con el apodo de Barrabás. Convirtió en granjería todos los destinos civiles y militares, castigó severamente a los araucanos y cometió toda clase de tropelías. Sostuvo ruidosas polémicas con fray Diego de Humanzoro, obispo de Santiago, siendo al fin depuesto por el virrey del Perú.
Por el contrario, D. Juan Henríquez (1670-1682) vivió siempre en cordiales relaciones con el prelado y con los hijos de Loyola. Realizó algunas obras de utilidad pública. Fortificó a Valparaíso y La Concepción y formó en Santiago pequeño parque militar. Dictó algunas ordenanzas de policía y de comercio. Sus buenas obras fueron afeadas por la venalidad, norma de todas sus acciones. En sus relaciones exteriores haremos notar que en el año 1680 el pirata Bartolomé Sharp se apoderó de la ciudad de Coquimbo y la entregó al saqueo. Por su enemiga a la Real Audiencia, tribunal fiscalizador de los gobernadores, se originaron no pocos conflictos. Después de doce años de gobierno, fué relevado del mando.
Los gobernadores que inmediatamente le sucedieron, como D. Tomás Marín de Poveda, sólo pensaron en la guerra con los araucanos.
Tiempo adelante, D. Juan Andrés Ustáriz (1709-1717), según de público se dijo, hubo de comprar el gobierno de Chile por la suma de 24.000 pesos. Como era de esperar, Ustáriz no se distinguió por su probidad administrativa. Habiéndose probado la inmoralidad que reinaba en todos los ramos de la administración, fué destituído por el virrey del Perú y condenado a pagar 54.000 pesos de multa. D. Gabriel Cano de Aponte (1717-1733) hizo la paz con los naturales del país, siendo aquélla ratificada en Negrete, ciudad situada entre los ríos Duqueco y Culabi, afluentes del Biobio. Dicha paz, como otras anteriores que se llevaron a cabo, no dió resultado alguno. Sucedió a Cano D. Manuel Salamanca, sobrino del virrey del Perú; esta elección no fué confirmada por el Rey, que nombró a D. José Antonio Manso de Velasco (1737-1745). Pocos gobernadores tan buenos como Manso de Velasco ha tenido Chile. En una conferencia que tuvo con los indígenas y a la que asistieron unos 400 caciques y 6.000 ciudadanos, se adoptaron acuerdos pacíficos de mucha importancia. Receloso el virrey del carácter voluble de los indígenas y teniendo poca confianza en las promesas de paz, organizó fuerte ejército, recorrió el país, fundó varias poblaciones (San Felipe, Los Angeles, Rancagua, Melipilla, San Fernando y Copiapó y otras) y construyó el canal de Maipo. También durante su gobierno se fundó la Universidad de Santiago y la Casa de Moneda. D. Domingo Ortíz de Rozas siguió las huellas de su predecesor, fundó varias poblaciones y mandó una colonia a la isla desierta de Juan Fernández. Regresó a España el gobernador Ortíz de Rozas el año 1754. De D. Manuel Amat y Juniet (1755-1761) sólo diremos que fundó la población de Santa Bárbara cerca del nacimiento de Biobio, fomentó los trabajos de las minas y reunió, como otros varios gobernadores, una asamblea en Santiago, y como siempre, los indios prometieron vivir sumisos. Porque los presos de la cárcel de Santiago intentaron evadirse, Amat se puso al frente de la tropa que debía contenerlos, lo cual logró, haciendo castigar a once de ellos con la pena de horca. A él se debe la creación del primer Cuerpo de policía, que acuarteló detrás de su palacio y pagó con fondos del Erario real: le dió el nombre de Dragones de la Reina (1758).
El gobernador y presidente D. Antonio Guill y Gonzaga (1762-1768) repobló la ciudad de Angot[493], hizo conducir a Santiago aguas potables y mandó construir mesones en los caminos de la cordillera. En los comienzos de agosto de 1767 recibió un pliego cerrado con una carta del Rey y otros papeles. Se le mandaba arrojar de Chile á los jesuítas. Aunque con profundo sentimiento—pues los hijos de Loyola eran sus amigos y consejeros—expulsó en la mañana del 26 de agosto del año citado a los jesuítas de Chile, en número de 300, figurando entre ellos el P. Manuel Lacunza, profundo teólogo, y el nunca bastante alabado P. Juan Ignacio Molina (historiador y naturalista). Los araucanos, bajo el pretexto de que Gonzaga les quería obligar a residir en poblaciones, se declararon en completa insurrección, durando la guerra diez y siete años. Murió Gonzaga en 1768, sucediéndole D. Francisco Javier de Morales ([Apéndice H]).