Según el cronista Antonio de Herrera, el Rey tuvo sus ojos fijos en la Casa de la Contratación de Sevilla, y con frecuencia dió pruebas de la estima en que la tenía. «Iban creciendo—dice—los negocios de las Indias, y pareciendo al Rey que el buen gobierno de ellos dependía de la Casa de la Contratación de Sevilla, determinó de autorizarla: y así mandó al Almirante, que de todo lo que le escribiese diera parte a los oficiales de aquella Casa, y que con ellos tuviese buena correspondencia. Y a los oficiales mandó que de todas las provisiones que diesen para las Indias tomasen la razón y que practicasen con las personas que tenían noticias de tierras descubiertas, sobre lo que convenía proveer para saber el secreto de ellas»[716]. Añade Herrera que el Rey encargó que se guardase su jurisdicción a los oficiales de la Casa de la Contratación, esto es, que ninguna persona, ni justicia, se pueda entrometer en cosa que a los negocios de las Indias corresponda. El poderoso Tribunal de la Casa de la Contratación constaba de un presidente, un contador, un tesorero, un factor, tres jueces letrados, un fiscal, un relator, etc. Los oficiales tesorero y factor llevarían lo que entonces se llamaba el cargo y data, y hoy se denomina contabilidad. Se valieron de toda clase de medios para que nunca pudiera haber fraude ni engaño. Encargóse a dichos oficiales tesorero y factor exacta y completa información de las mercaderías que pudieran ser provechosas, recomendándoles también cuidado y habilidad para no ser engañados en las cosas que se pidiesen fiadas o debieran comprarse a plazos. Debían buscar capitanes y escribanos que fuesen personas de confianza; concertarían los fletes; darían por escrito las instrucciones para la navegación; se enterarían de todas las cosas de allá; llevarían cuenta y la darían de todo el oro que se importase, cuidando que se acuñara dicho oro en la Casa de la Moneda de Sevilla; pedirían noticias de todo lo que se necesitara en la Mar pequeña o Cabo de Aguer, y en las islas Canarias; tomarían nota de lo que debería hacerse, lo mismo en la tierra que descubrió Bastida que en las islas donde se hallaban las perlas y en las tierras que descubriese Colón, averiguando las mercaderías existentes en ellas. Por último, declararon los reyes que las mercaderías que se sacasen o se trajesen a dicha Casa serían francas de almojarifazgo y de todos los otros derechos, así de entrada como de salida, y por una vez del impuesto de alcabala[717].
La Casa de la Contratación se estableció en el Alcazar viejo, que antiguamente llamaban el cuarto de los almirantes—según Real cédula de 5 de junio de 1503—y no en las Atarazanas. La declaración de puerto franco por un lado, y las importantes operaciones que se le confiaron, por otro, hicieron de Sevilla el centro del comercio de España, así como de su Casa de la Contratación, establecimiento de compras, ventas, depósitos, almacenes de abastecimiento y contratación, que le permitía concertar con Juan de la Cosa, entre otros, su expedición al Urubá, para ir a descubrir las tierras e islas de las perlas, no visitadas aún por Colón ni por el rey de Portugal[718].
No pasó mucho tiempo sin que los mismos oficiales, que eran a la sazón Matienzo, Pinelo y Juan López de Recalde expusiesen a la reina doña Juana que la experiencia aconsejaba, no sólo conservar sino aumentar el trato con las Indias, siendo indispensable tomar alguna medida acerca de los cambios, pues sin ellos los maestres de los navíos no podrían realizar sus viajes. Doña Juana, después de afirmar que la malicia en los hombres no cesaba, dispuso que los que pidiesen dinero a cambio, debían probar antes la propiedad de la nave o la autorización para obligarla, bajo la pena de perder el buque y 100 ducados de oro aplicables al fisco[719].
Si hasta entonces la Casa de la Contratación sólo se ocupó en asuntos comerciales de carácter práctico, pronto se convirtió en un centro científico para promover los progresos de la marina y de la navegación. Fernando el Católico llamó a la corte a Juan Díaz de Solís, Vicente Yáñez Pinzón, Juan de la Cosa y Américo Vespucio, y, después de oirles, mandó que los tres primeros, como hombres prácticos, se embarcasen para descubrir hacia el Sur por la costa del Brasil adelante, nombrando al cuarto piloto mayor de la Casa de la Contratación con 50.000 maravedís de salario[720].
El dicho piloto mayor tuvo, entre otros cargos, el de examinador de todos los pilotos de la carrera de las Indias y el de censor del catedrático de Cosmografía y del cosmógrafo encargado de fabricar los instrumentos náuticos. Las oposiciones se hacían en la Casa de la Contratación, adquiriendo por ello el citado establecimiento, concepto de centro científico.
Hallándose el Rey en Monzón, con fecha 15 de junio de 1510, dió nuevas Ordenanzas, añadiendo a las facultades de la Casa de la Contratación, otras de carácter puramente judicial, como también le concedió el derecho de intervenir las comunicaciones del Almirante, construir una casa de armas y otros asuntos de menos importancia. Como surgiesen dudas sobre ciertos casos, en virtud de reclamación de los oficiales (que eran a la sazón, además de los citados Matienzo y Recalde, el comendador Ochoa de Isasaga) se declaró en 1511, cuándo y en qué forma debían reunirse los mencionados oficiales, los cuales, además de los asuntos de hacienda y de justicia, resolverían si las mujeres, los hijos de los reconciliados y de cristianos viejos podían pasar a las Indias. Encargóles, por último, guardasen secreto y fidelidad en todas las cosas referentes a la navegación, no escribiendo particularmente al Rey ni a otras personas[721].
En el año siguiente, esto es, el 20 de marzo de 1512, la reina doña Juana, desde Burgos, determinó que los debates y diferencias que pudiera haber entre los mercaderes, comerciantes, maestres y marineros que iban a las Indias fuesen resueltos por los jueces de la Contratación, breve y sumariamente, sin forma de juicio, en cuyas prescripciones pudieran fácilmente distinguirse los primeros gérmenes de los tribunales españoles[722]. Por tanto, las atribuciones mercantiles, administrativas y de intervención, que fueron la base de la Casa de la Contratación se extendieron a lo judicial, abarcando desde entonces todos los asuntos que se relacionaban con las Indias. «A sus certificaciones debía darse toda fe y crédito, y el 17 de octubre de 1511, estando en las gradas de la iglesia de Nuestra Señora de Sevilla, junto a la pila de hierro, los oficiales de la casa pregonaron, por voz de Francisco Ramos, para que cada día se ennoblecieran más las dichas Indias, que pudieran llevarse libremente mantenimientos y mercaderías a las islas Española y San Juan, que entonces se poblaba, llevando las armas que quisieren, quitando la imposición del castellano que pagaban anualmente por cada cabeza de indio que se les daba por repartimiento, y sirviéndose libremente de los que cogiesen en otras partes, sistema vergonzoso de cautividad que contribuyó con las encomiendas y los rigores de los encomenderos a crear antagonismos profundos entre dos razas que estaban destinadas a fundirse y a ser hermanas, como pregonaban las misiones y enseñaba el Evangelio»[723]. Tantas atribuciones llegó a tener la Casa de la Contratación, que, habiendo tenido noticia de que los corsarios amenazaban las costas de Cuba, pudo, con sólo sus esfuerzos, fletar dos carabelas para guardar dichas costas[724]. Fijándose el monarca, ya en las continuas piraterías, ya en el olvido que se tenía la revisión de las cartas de marear y otras cosas propias de la marinería, dirigió (1515) severas censuras a los oficiales de dicha Casa de la Contratación.
«Sevilla—decía Moneada—es el puerto principal de España: allí van todas las mercaderías principales de Flandes, Francia, Inglaterra e Italia... Sevilla es la capital de todos los comerciantes del mundo. Poco ha la Andalucía estaba situada en las extremidades de la tierra; pero con el descubrimiento de las Indias ha llegado a estar en el centro.»
Sevilla, a causa de la Casa de la Contratación, era el foco del movimiento mercantil de España y el emporio del comercio. Abastecida la nación, lo restante se mandaba a las Indias. En las Cortes reunidas en Santiago y la Coruña (1520), los procuradores suplicaron a Carlos I que los oficiales de la Casa de la Contratación fuesen naturales de estos reinos y no se mudasen de Sevilla en ningún tiempo: contestó Carlos I «que ni había innovado ni entendía innovar en ello cosa alguna.»[726].
A los dos años escasos, se presentó al Emperador una solicitud, y en ella se enumeraban las ventajas que resultarían de establecer en la Coruña una Casa de la Contratación para el comercio de las especias. Decíase que la cantidad mayor de especiería se gastaba en Flandes y muy poca en Levante. Al mismo tiempo hacíanse notar los inconvenientes que ofrecía el río de Sevilla y su barra, señalándose las ventajas que presentaba la Coruña para el embarque y desembarco de las naves que hacían la carrera de las Indias[727]. Tales razones influyeron en el ánimo de Carlos V, que en 22 de diciembre de 1522 concedió lo que le pedía la Coruña; concesión—como puede suponerse—muy perjudicial para la Casa de la Contratación de Sevilla.