Sin embargo, la organización y atribuciones de la de Sevilla formó parte de la famosa Recopilación de las leyes de Indias y servían de base al libro de D. Joseph de Veitia y Linage, intitulado: Norte de la contratación de las Indias Occidentales.
Por Real Cédula de 1529 se permitió la salida de naves registradas de los puertos de la Coruña, Bayona de Galicia, Avilés, Laredo, Bilbao, San Sebastián, Málaga y Cartagena, a condición de que la vuelta se hiciese hacia Sevilla, bajo la pena de la vida y perdimiento de bienes; condición tan onerosa y dura, que el comercio no hizo uso de ella[728]. Tiempo adelante (1550) se suscitó acalorada polémica entre gaditanos y sevillanos acerca de cuál de los dos puertos tenía más ventajas como punto de partida para la carrera de las Indias. Diez años después, esto es, en 1560, los comerciantes prefirieron el puerto de Cádiz, ora para evitar los peligros de la barra de Sanlúcar, ora porque el fondeadero era mejor para los bajeles de más porte. Aunque era conveniente que los tribunales de Contratación y del Consulado se mudasen a la plaza donde acudían los comerciantes, todavía tardó el gobierno más de siglo y medio para decretarlo, pues hasta el 1717 no acabó la prosperidad de Sevilla[729].
«Fué, pues, la Casa de la Contratación—escribe Danvila—un poderoso auxiliar del poder central, con una organización sencilla, honrada e inteligente, y con bien pocas leyes; pero con mucho deseo contribuyó al fomento de los nuevos intereses que España iba creando en las apartadas regiones de las Indias»[730]. «No comprendemos—dice D. Mario Méndez Bejarano en su Historia Literaria—que se pueda historiar la cultura española, sin hablar, antes que de nuestras inútiles Universidades, de aquella singular institución creada por Cédula de 14 de enero de 1503, y que con el impropio nombre de Casa de la Contratación[731], participaba de Tribunal, de Escuela, de Centro Mercantil y de Ministerio de Indias.
«El docto personal de la Casa organizaba y dirigía expediciones, hizo los primeros mapas del nuevo continente[732], mapamundis, el islario general del mundo, el célebre Libro de las longitudes, realizó importantes trabajos para determinar los límites entre los dominios de España y de Portugal en América, inventó las cartas esféricas, y al calor de tan vitales enseñanzas, Andrés de Morales estudió las corrientes del Atlántico, siendo, como dice el Sr. Fernández Duro, el fundador de la teoría de las corrientes pelásgicas, y Felipe Guillén inventó el primer aparato destinado a medir las variaciones de la aguja imantada (Humboldt)».
«La enseñanza se daba por pilotos mayores y catedráticos de Cosmografía, y los exámenes se verificaban con extraordinaria solemnidad.»[733].
Si en los primeros años del descubrimiento no hallaron los españoles el Vellocino de oro que esperaban, andando el tiempo, encontraron metales preciosos, esmeraldas y perlas, abundante ganado en aquellas vírgenes praderas, grandes cantidades de trigo, cebada, centeno, arroz y maíz, como igualmente moreras y toda clase de árboles frutales, en aquellos extensos campos y en aquellas ricas huertas. Gran desarrollo alcanzaron las industrias fabriles y mecánicas, no llegando á mayor prosperidad por las trabas que les puso la metrópoli, creyendo favorecer con ello mezquinos intereses españoles. Todavía la torpeza fué más grande cuando se dispuso—y de ello nos hemos ocupado al tratar de la Casa de la Contratación—que los españoles, para comerciar con las Indias, habían de sujetarse a la inspección en el puerto de Sevilla, lo mismo a la ida que a la vuelta. Si a la Coruña y a otros puertos se les habilitó para comerciar con las Indias (1529), luego se derogó dicha disposición (1591), volviendo a quedar las cosas en su primitivo estado.
Tampoco estuvieron acertados nuestros monarcas al prohibir a los extranjeros el comercio con las colonias españolas. Permitióse únicamente a los extranjeros residentes en España, a condición de servirse de agentes españoles, lo cual trajo consigo que poco a poco el comercio de otras naciones penetrase en nuestras colonias. Ocurría que fabricantes de allende los Pirineos remitían sus productos a España, donde sus compatriotas, por mediación de agentes españoles, los exportaban a las Indias. Es de notar que gran número de productos, como tabaco, pólvora, azogue, etc., estuvieron estancados o fueron monopolizados por el Estado, prohibiéndose su venta por los particulares.
Si en los primeros años del siglo xvi se hacía el comercio colonial en expediciones sueltas que mandaba comerciante o armador, luego, a causa de los muchos contrabandistas y corsarios que recorrían los mares, se formaron flotas o conjunto de embarcaciones comerciales destinadas a conducir efectos de España a las Indias y desde las Indias a España. Dos expediciones salían anualmente de Cádiz, una para Tierra Firme (la flota) y otra para Nueva España (galeones). A veces la Armada Real hacía escolta a las citadas expediciones y castigaba a los enemigos o piratas que intentaban robar las mercancías. Tanto la flota que iba a Tierra Firme como la que se dirigía a Nueva España, derrotaban a Santo Domingo y luego a otras partes; pero el punto principal de parada era Porto Bello, emporio del comercio sud-americano entonces.
La prohibición a los extranjeros de comerciar con nuestras colonias, trajo consigo, además de otras causas, el contrabando. Ingleses, holandeses, franceses y otros, introducían géneros en los puertos del Nuevo Mundo, burlando las disposiciones de las leyes. Los comerciantes americanos, contando con la complicidad de las autoridades, recibían los citados géneros, obteniendo pingües ganancias. De modo que con el contrabando ganaban vendedores y compradores, extranjeros y americanos. Desde mediados del siglo xvii aumentó el contrabando de una manera alarmante. Hasta los concesionarios de los galeones y las flotas, protegidos por venales gobernadores, no tenían reparo alguno en dedicarse al contrabando. Favoreció mucho a tales gentes que las pequeñas Antillas fuesen colonias de ingleses, franceses, etc., porque dichas posesiones extranjeras constituyeron centros donde los contrabandistas podían a sus anchas ejercer su lucrativa ocupación.
Además de las flotas y galeones, se autorizó a los navíos de aviso (así llamados porque tenían encargo de avisar a los virreyes de México y el Perú la feliz arribada a Sevilla de la flota y galeones), para cargar mercancías, eludiendo de este modo legales disposiciones. También se eludían, enviando desde las islas Canarias o de otros puntos «expediciones sueltas que desembarcaban sus cargamentos en Indias, ya ocultamente, ya pretextando arribadas forzosas por averías o falta de víveres»[734].