Juhana oli nainut Puolasta kuninkaan tyttären nimeltä Katariina, joka oli luonteeltaan hyvin vireä ja innokas nainen ja harras katolilainen. Hän sai miehensäkin kääntymään tähän uskoon. Katariinan nimeä kantaa vielä tänäpänä mainion kaunis lakso virstan matkaa linnan kaakkoisella puolella ja leveä paasi samassa paikkaa meren rannalla on ollut pöytänä hänelle, kun hän hovineitsyjensä kanssa oli täällä huvittelemassa itseänsä. Koska siis Juhana oli niin likeinen Puolan kuninkaan sukulainen, toivoi hän saavansa apua sieltä; joka hänelle luvattiinkin.

Mutta ennenkuin jatkamme sotaretkemme, käykäämme hetkeksi katselemaan linnan sisäpuolta ja oloja siellä. Jos olisit tähän aikaan tullut linnan saleihin, niin tuskin olisit luullut olevasikaan Suomessa. Huoneitten seinät, näet, olivat peitetyt kalliilla vaatteilla, laattiat monenkarvaisilla matoilla, huonekalut arvaamattoman komeat, useammat niistä tännetuodut kaukaisista maista. Ainakin hämmästyt, jos luettelen sinulle herttuan palvelioita, joita siihen aikaan kutsuttiin "virkamiehiksi". Wuonna 1559 luetellaan niistä ajoista säilytetyissä kirjoissa palkkaa saavia "virkamiehiä": 24 pyssymiestä, 13 nikkaria, 9 muurimestaria, 29 laivantekiää, 3 lasimestaria, 3 sahaajaa, 1 sorvari, 5 nuorantekiää, 2 teurastajaa eli lahtaria, 9 nuottamiestä, 3 pursimiestä, 8 seppää, 3 oluenpaniaa, 5 kokkia, 3 tynnyrintekiää, 3 tiilintekiää, 5 kintaitten (vanttujen) tekiää, 3 rahantekiää, 5 tavarain kirjoittajaa, 14 kamarikirjuria, 3 ankeriasten kalastajaa, 3 portinvartiaa sekä joukko yksityisiä, joista yksi oli — "koirien päämies". Ja ajatteleppas sitä hetkeä, jolloin vieraita likiseuduilta oli koossa. Silloinpa palvelioita vilskui joka tahoilla, ja pöydät oikein uupuivat herkkujen alle. Kerran esimerkiksi oli pöydällä vaan kalaruuissa "nahkiaisia, lohta, siikaa, lohen mätiä, silakkaa, säynäviä, lahnaa, ahvenia, särkiä, kuoreita ja ankeriaita". Ulkomaan viinat oikein tulvasivat virtoina. Usein pyöri myöskin musiikin soidessa mitä kalliimpiin vaatteisin puettuja naisia ja miehiä tanssin pyörteessä ympäri lattiaa. Kuultiinpa linnassa silloin Suomenkieltäkin. Tapahtuipa kerran niinkin, että herttua päätti kirjoituttaa Ranskan kuninkaalle — Suomeksi. Mutta nämät ilopäivät eivät kestäneet kauvan. Kanuunain pamaukset ja kuulain viuhu ajoivat ilon ja riemun pakoon ja tämän jälkeen ei linna milloinkaan enää ollut niin monen mahtavan miehen asuinsia eikä sen saleissa enää sellaista prameutta nähty.

Toukokuun keskipaikoilla rupesi Eerikin sotaväki sekä mereltä että maalta ahdistamaan linnaa, mutta linnan väki puolusti sitä urhoollisesti. Kuningas lähetti yhä Ruotsista lisäväkeä, mutta apua Juhanalle Puolasta ei kuulunutkaan, jotenka linna viimein joutui hyvin ahtaalle. Sanoma käy, että Eerikin sotaväki, turhain kauvan aikaa ahdistettuaan linnaa, keksi seuraavan petollisen sotakeinon. Wähän matkaa linnasta lounaan päin on pieni saari, joka nyt sai nimensä, jota tänäpänäkin vielä kantaa, Hepokari. Eerikin sotamiehet, näet, pikisivät ja tervasivat hevosen ja sytyttivät sen palamaan. Hevonen rupesi hädissänsä täyttä laukkaa juoksemaan ympäri saaressa. Linnanväki näki tämän ja juoksi kaikki yhdelle puolelle katselemaan tätä ihmettä. Mutta sillä aikaa karkasivat Ruotsalaiset maan puolelta linnaan ja saivat täten linnan valloitetuksi Elokuun 12:na. Herttua Juhana vaimoneen, palvelioineen ja puolustajineen joutui vangiksi ja vietiin Ruotsiin.

Kuusi vuotta on taas kulunut, kuusi kovaa vuotta. Matalassa ja ahtaassa huoneessa Turun linnan muurien sisässä, johon päivän valo ei paljoa pääse sisälle, koska huonessa on ainoastansa yksi pieni akkunareikä ja sekin soukkaa käytävää päin, käy rauhatonna edes takaisin pitkäläntä mies, jonka siniset silmät ja yksivakaisen otsan milloin epälyksen ja kalvavan omantunnon pilvet peittävät, milloin hartauden ja toivon säteet valaisevat loistain näiden pilvien läpitse ja vähäksi aikaa karkoittain ne. Käytävässä olevan vartian asetten ja askelten ääni kaikuu yhä korvissaan ja muutama auringon säde, joka käytävän muurista heijastaa matalaan kamariin, muistuttaa vapaudesta, jota kerran hänkin nautitsi. Uskotkos minua lukiani, jos sanon, että tämä mies oli — kuningas Eerikki 14:sta. Niin ajat muuttuvat. Kuninkaan korkealta kunniaistuimelta linnan pimeyteen on usein vaan yksi askel. Woitko aavistaa, mitkä tunteet kuohuvat miehen rinnassa, jonka käskyjä yhtenä päivänä kuulevat tuhannet ja jota toisena päivänä valtakunnan alhaisin sotamies käskee, jota yhtenä päivänä prameisin vaatteisin puetut palveliat joka taholla kumartavat ja mairielevat, mutta joka toisena päivänä on niin hylättynä, ettei hänellä ole ainoatakaan, jolle voisi mielensä ilmoittaa, jolta voisi tuskissaan lohdutusta saada, ei kirjaa, jonka lukemisella voisi aikaansa kuluttaa, ei kynää, jolla voisi piirtää kuohuvat tunteensa ja ajatuksensa. Kun Eerikki elokuun lopussa v. 1563 sai kuulla, että veljensä Juhana oli vangiksi joutunut Turun linnassa, aavistiko hän silloin, että muutaman vuoden perästä Juhana oli kuningas, hän vaivainen vanki — Turun linnassa? Tuskin kyllä.

Kun Juhana oli viety vankina Ruotsiin, suljettiin hän kuninkaan käskystä "Gripsholm" nimiseen linnaan, jossa 4 pitkää vuotta istui. Eerikki, joka luonnoltaan oli äreä ja pikainen vihaan, kuulteli myöskin usein huonojen neuvonantajien puhetta ja teki sentähden monen työn, joka ei hallituksellensa kunniaa tuottanut, vaan sitä vastaan vieroitti yhä enemmän kansan mielen hänestä. Wihdoin antoi hän miekkansakin maistaa viattoman miehen verta. Pikainen katumus seurasi nyt niinkuin usein ennenkin työtänsä, jonka vihan vimmassa teki. Raskasmielinen luontonsa muuttui tästä niin synkäksi, että hän muutaman ajan mielipuolena kuljeskeli milloin missäkin, jättäen hallitustoimet sikseen. Herättyänsä näistä hourauksista antoi hän mahtavien sukulaisien pyynnöstä Juhanalle vapauden ja sovinto tehtiin veljien välillä, joka kuitenkaan ei kestänyt kauvan. Eerikki heittäysi taas malttamattoman luontonsa valtaan ja entiset julmuudet uudistettiin. Seurauksena siitä oli, että veljensä Juhana ja Kaarlo nostivat kapinan häntä vastaan, ottivat hänen vangiksi ja panivat hänen pois hallituksesta, johon hänen siaansa Juhana nousi. Tämä tapahtui v. 1568. Ensin salvattiin Eerikki Tukholman linnaan, mutta muutettiin sitte Turkuun v. 1569. Täällä hän oli kaksi vuotta, kunnes hän taas muutettiin Oolantiin Kastelholman linnaan ja sieltä muutaman kuukauden perästä Ruotsiin, jossa oli vangittuna milloin missäkin linnassa, kunnes häntä veljensä käskystä vaadittiin ottamaan myrkkyä, josta kuoli 1577. Juhanan julmuus veljeänsä kohtaan on inhoittava. Eerikki, näet, pidettiin hirmuisen kovassa vankeudessa. Päällikkö Turun linnassa esimerkiksi pyysi rautaa ja kuparia Ruotsista, saadaksensa niistä teettää kahleita Eerikille. Eerikki oli hyvin mieltynyt soitantoon ja lukuun, mutta kaikki soittokalunsa ja kirjansa, jopa pyhä raamattukin, vtettiin häneltä pois. Hänen täytyi kirjoittaa tikulla ja musteena hänellä oli vettä, johon nokea oli sekoitettu; ruokansa oli usein aivan huono ja monasti sai hän maata kipeänä ilman hoidotta ja lääkkeittä.

Juhana, joka Eerikin jälkeen tuli kuninkaaksi, sai kuolinpäivänsä saakka v. 1592 istua kuningasistuimella, mutta hänen kuoltuansa syntyi taas sisällinen sota ilmituleen. Juhanan poika Sigismund oli jo ennen isän kuolemaa valittu Puolan kuninkaaksi ja isän kuoltua oli hän siis kahden valtakunnan kuningas. Hän oli nuoruudestansa asti kasvatettu katolilaiseen uskoon ja oli sentähden mieltynyt siihen. Ruotsin papisto ja ylhäiset, peläten, että tästä oli syntyvä suuria vahingoita ja haittoja uskonnolle, päättivät kokouksessa, että luteerilainen usko aina oli oleva pysyväinen Ruotsissa ja että kuninkaan oli lupaaminen myöntää tämä, ennenkuin hän kruunattaisiin kuninkaaksi. Sigismund teki kauvan vastusta, ennenkuin hän suostui siihen, ja sittekin osoitti hän perästäpäin, ettei hän aikonut pitää lupaustansa. Muutenkin olivat hallitustoimensa sellaiset, että ne loukkasivat Ruotsalaisia, niin että hän tuli vihatuksi. Setänsä herttua Kaarlo hiilutti myös tätä tytymättömyyden valkeata, niin että viimein Sigismund, ollessansa Puolassa, eroitettiin hallituksesta ja Kaarlo herttua valittiin kuninkaaksi. Sigismundilla oli kuitenkin monta puolustajaa, niin että Kaarlon oli ensin heidät voittaminen, ennenkuin hän sai kaikki valtakunnan osat valtaansa. Pahin ja väkevin vastustajansa oli Klaus Fleming, jonka Sigismund oli määrännyt Suomen maaherraksi. Tämä oli urhoollinen mutta kova mies, joka itse kohteli Suomen talonpoikia julmasti, eikä estänyt sotamiehiänsä heitä vielä julmemmasti kohtelemasta. Talonpojat valittivat usein Ruotsin neuvoskunnalle ja Kaarlo antoi käskyjä Flemingille tämän estämiseksi, mutta Fleming, hän kun oli uljas mies, ei ottanut näitä käskyjä korviinsakaan, vaan sanoi ainoastansa tottelevansa kuningasta, jonka nimi oli Sigismund. Wihdoin ottivat talonpojat onnensa omiin käsiinsä ja nostivat kapinan Flemingiä vastaan. Hirmuinen sota syntyi, joka on tuttu Nuijasodan nimellä. Sodassa luullaan kaatuneen noin yksitoista tuhatta talonpoikaa. Fleming, jolla oli tottuneita sotamiehiä, pääsi voitolle ja Suomen talonpoikien täytyi siis väkisenki myöntyä Flemingin käskyihin. Tämä tapahtui v. 1597. Samana vuonna kuoli Fleming. Sanoma kävi kansassa, että joku oli noitunut hänen kuoliaksi. Hänen kuoltua määräsi Sigismund Arvid Stålarmin sotaväen päälliköksi. Hän vetäysi sotamiehineen Turun linnaan ja rupesi sitä varustamaan. Härkiä ja lehmiä tuotiin linnaan likiseudulta, ynnä rukiita, olkia y.m. jopa myllynkiviäkin, jotenka voitaisiin jyvät jauhaa. Kaikki väki kutsuttiin kokoon ja kysyttiin, tahtoivatko olla kuningas Sigismundille uskollisia ja urhoollisesti puolustaa linnaa. Suullansa tosin melkein kaikki tämän lupasivat, mutta monen sydän oli herttuan puolella. Yksi, joka ei luvannut sotia herttuaa vastaan, tapettiin, jonkatähden muut eivät uskaltaneet ilmoittaa ajatuksiaan.

Wielä samana vuonna suvella tuli herttua itse sotaväen kanssa laivoilla Suomeen. Stålarm, joka ei voinut uskoa, että Kaarlo, jolla ainoastansa oli huonoja ja pieniä sotalaivoja, uskaltaisi niillä tulla Suomeen, oli laiminlyönyt kaiken laivastonsa varustamisen. Kaarlon laivat purjehtivat sentähden estämättä likelle Turun linnaa, mutta linnasta ampuminen esti häntä viemästä laivansa jokeen. Hän pani sentähden väkensä maalle vähän matkaa kaakkois-puolla linnaa ja aikoi maata myöden mennä linnaa hätyyttämään. Linnanväki, joka näki hänen aikomuksensa, lähetti sotamiehiä kanuunilla häntä ottamaan vastaan Turun kaupunkiin. Arvid Stålarm johti niitä. Nykyisessä Uudenmaan tullissa tulivat sotaväet yhteen, mutta Kaarlon väki ei kauvan ampunutkaan, ennenkuin Stålarm miehineen vetäyi takaisin ja rupesi matkaamaan Hämettä päin. Herttuan sotaväki marssi yhä linnaa päin. Linnassa oli päällikkönä Fleming vainajan leski, joka oli hyvin urhoollinen nainen, eikä ensinkään ajatellut antaumista, vaan kehoitti sotaväkeä urhoollisuuteen ja uskollisuuteen kuninkaalle. Herttuan väki teki linnoituksia Korpilahden ja Myllymäen vuorelle ja ampua räjähytti niistä linnaa, mutta turhain. Linnan muurit eivät olleet millänsäkään ampumisesta. Waikka Flemingin leski sai kuulla, että kuninkaalta apua ei ollut odottamistakaan, niin hän oli yhtä rohkea. Wihdoin sai herttua linnan kavaluudella. Eräs ylioppilas Taneli Hjort rupesi yllyttymään sotaväkeä pakenemaan herttuan leiriin ja onnistuikin hyvin toimessaan. Kun tämä tuli tutuksi, kutsutttin linnan väki kokoon ja luvattiin suuri palkinto niille, jotka pysyivät kuninkaalle uskollisina, mutta niille, jotka tahtoivat, annettiin lupa mennä herttuan leiriin. Suurin osa sotaväestä olikin halukas menemään ja jälkeenjääneet eivät kauvan sen jälkeen voineet tehdä vastusta. Päästyänsä linnaan meni herttua linnan kirkkoon, jossa Klaus Flemingin ruumiinarkku oli. Koska hän oli kuullut arveltavan, että Fleming vielä oli Puolassa ja että ruumiinarkussa vaan oli kiviä, käski hän ottaa arkun kannen auki, ja kun hän näki vanhan vihollisensa kuolleena, veti hän häntä parrasta ja lausui: "jos sinä olisit nyt elänyt, ei pääsi olisi ollut vakavana". Flemingin rouva vastasi: "jos minun autuas herrani olisi elänyt, niin teidän armonne ei milloinkaan olisi tullut tänne sisälle".

Kaikki parhaat kanuunat ja Suomen laivasto sekä joukko sotavankia, joista yksi oli Flemingin leski, vietiin Ruotsiin.

Herttuan lähdettyä pois ei pitkiä aikoja kulunutkaan, ennenkuin linna taas joutui Sigismundin palveliain valtaan. Stålarm, näet, palasi Hämeestä sotavoimineen ja koska parhaimmat tykit olivat viedyt Ruotsiin, niin herttuan sotaväki ei voinut paljo vastustaa. Niin oli linna taas kaksi vuotta kuninkaan vallassa. W. 1599, jolloin Sigismundin valta kokonansa oli hävinnyt, tuli herttua taas Suomeen. Entisellä kertaa lähteissänsä linnasta uhkasi hän kovasti rangaista kapinoitsioita, jos vielä uskaltaisivat hänestä luopua. Hän täyttikin lupauksensa. Herttuan määräämä päällikkö Scheel ahdisti Turun linnaa. Herttua itse sotamiehineen nousi maalle likellä Helsinkiä, voitti siinä Sigismundin sotaväen, lähti sitte Wiipuriin, valloitti Wiipurin linnan ja kosti hirmuisesti linnan päälliköille. Kun hän sitte tuli Turkuun, oli Scheel jo valloittanut Turun linnan ja oli siis koko maa vallassansa. Stålarm oli urhoollisesti kokenut vastustaa Turun linnassa, mutta kun hän ei saanut vähintäkään apua kuninkaalta, oli hänenkin antauminen. Täälläkin oli herttua hirvittävän julma. Linnan päälliköt, jotka olivat kuninkaallensa olleet uskolliset ja hänelle panneet henkensä alttiiksi, tuomittiin kuolemaan. Kun tuomio luettiin vangille, pyysi Stålarm yksin saada kuolla toisien edestä, mutta herttua ei ottanut sitä jaloa pyyntöä korviinsakaan. Perjantaina Marraskuun 11:nä 1599 julistettiin, että mestaus seuraavana päivänä oli tapahtuva. Wäkeä kokoontuikin sinä päivänä suuri joukko Turun torille. Mestattavien joukossa oli myös Klaus Fleming vainajan poika Juhana, joka vielä oli nuori. Hän oli rukoillut jo ennen herttualta armoa, koska ainoastaan sattumalta oli Suomeen tullut Puolasta ja tuskin kertaakaan oli laukaissut pyssynsä herttuan väkeä vastaan. Herttua lupasi sen hänelle, jos Fleming tästä lähin lupaisi palvella herttuaa. Fleming ei luvannut, vaan sanoi, että hän oli vannonut ainoastansa kuninkaallensa uskollisuuden valan, mutta pyysi kuitenkin armoa, samassa notkistaen yhden polvensa. Herttua sanoi: "mikset edessäni notkista molempia polviasi?" Fleming vastasi: "sen kunnioituksen säästän Jumalalle ja kuninkaalleni". Kun herttua kuuli nämät sanat, näkyi vihan leimaus silmissänsä ja hän määräsi Flemingin kuolemaan. Kun Flemingiä lauvantaiaamuna vietiin mestauspaikalle, oli hän jo joksikin rauhoittunut ja tervehti ystävällisesti kaikkia, jotka seisoivat tien ympärillä, jota hän kulki. Tultuansa mestauspaikalle jätti hän ensin hyvästi ystävillensä ja tutuillensa, lankesi sitte polvilleen rukoukseen, teki synnintunnustuksensa, jossa tunnusti olevansa vikapää Jumalan edessä moneen syntiin, mutta vakuutti olevansa syytön siihen rikokseen, jonka tähden oli tuomittu kuolemaan. Puheensa lopetettua sanoi hän mestaajalle: "tee virkas", veti paitansa kaulasta alaspäin, lankesi polvilleen ja samassa eroitettiin päänsä ruumiista. Kun nuoren syyttömän Flemingin pää kaatui, niin kyynelvirta juoksi monen silmistä, jotka surkuttelivat onnettoman miehen kohtaloa. Monen muun miehen pää kaatui samassa tilaisuudessa. Kaikki muut tuomitut paitsi Fleming teilattiin ja heidän päänsä ripustettiin raastuvan eteen. Stålarm jätettiin henkiin ja vietiin Ruotsiin, jossa hän oli tutkittava ja tuomittava.

Tämä oli viimeinen kerta, jolloin Turun linna valloitettiin. Wähittäin kadotti se kuuluisuutensa ja sen annettiin hävitä. Huhtikuun 20:na v. 1614, kun silloinen Ruotsin kuningas, yllämainitun Kaarlon poika, ylen jalo ja mainio Kustaa Aatolvi juuri söi ehtoollista Turun linnan suuressa salissa, syntyi tuli salin päällä olevassa kamarissa ja levisi niin äkkiä, ettei enää saatu sammutetuksi, vaan vanha-linna paloi suureksi osaksi. Sitte sitä ei enää korjattu ja laitettu entiseen tilaansa, vaan Turun linnan päälliköt muuttivat uuteen linnaan.