Tässä entisessä suojelusvaltiossa oli, heti kun se oli julistettu riippumattomaksi, alkanut kiivas pikkusota venäläisen ja japanilaisen vaikutuksen välillä. Venäjän edustajana oli konsuli Weber Soulissa, jonka liian säännönmukaista ja sentähden menestymätöntä asiainhoitoa vastaan Pietarissa nousi tyytymättömyyttä. Silloin hänen puolisonsa tammikuussa 1896 pelasti hänen asemansa. Käydessään kerran hallitsijan palatsissa hän, japanilaisen vartion huomaamatta, kantotuolissaan vei hänen jalkoihinsa kyyristyneen Korean kuninkaan konsulitaloon, jota venäläiset merisotilaat suojelivat. Japanin juonista pelastettu hallitsija, Li Hui, allekirjoitti auliisti Weberin sepittämät hallituksen määräykset Japanin asettamien arvohenkilöiden mestaamisesta, uusien ministerien sekä venäläisten raha- ja sotaneuvosten nimittämisestä, satamien luovuttamisesta Venäjälle j.n.e. Vasta vuoden perästä hän tuli takaisin palatsiinsa, joka nyt oli venäläisten upseerien komentaman henkivartijajoukon suojelema, ja otti Weberin ehdotuksesta "riippumattomuutensa" merkiksi keisarinnimen. Venäjän suojelusherruus Koreassa näytti olevan saavutettu.
Japanin kansassa oli herättänyt suunnatonta suuttumusta, että Venäjä oli ottanut haltuunsa Japanin 1894 valloittaman Port Arthurin merilinnoituksen. Siihen tuli lisäksi Japanin vaikutuksen syrjäyttäminen Koreassa, jota pidettiin Niponin hyvin-ansaittuna ja luonnollisena siirtomaana. Ulkoministeriössä ei enää voinut olla mitään epäilystä aseman vakavuudesta ja Japanin sotavarustusten laajuudesta, sittenkuin Venäjä lähettiläästänsä, parooni Rosenista (16 p:stä elok. 1897) oli saanut yhtä kykenevän havainnontekijän kuin hyvän Itä-Aasian tuntijan. Siperian-radan rakennus ulottui vasta 1899 Baikal-jarvelle, ja sieltä Jablonoi- ja Hingan-vuoriston poikki Sungarin rannalla olevaan Harbiniin ammotti yli 2,000 kilometrin pituinen raiteeton taival. Japanin hallitus ehdotti Pietarin kabinetille maaliskuussa 1898 heidän etupiiriensä tarkkaa erottamista Jalu-joen muodostamaa linjaa myöten. Parooni Rosen puolsi innokkaasti Japanin tarjouksen hyväksymistä, joka Venäjälle Korean luovuttamisen vastineeksi jätti koko Mandshurian. Siihen kunnianhimoinen Muravjov ei voinut mukautua, vaikka hänen täytyi myöntyä. Huhtikuun 25 p. 1898 molempien valtojen kesken tehty Korean sopimus merkitsi Venäjän politiikan peräytymistä, koska sen mukaan venäläiset raha- ja sotaneuvokset oli kutsuttava takaisin ja keisari Li Huin lahjoittamat satamat luovutettava, mutta epäselvän sanamuotonsa tähden se jätti takaportin tulevaisuuden varalle. Ja erään toisen takaportin myöhempää maanvaltausta varten varasi samaan aikaan muuan valtiollinen seikkailija nimeltä Besobrasov. Tämä entinen kaartinupseeri ja "pyhän liigan" johtaja vuodelta 1882 oli isänmaallismielisillä mietinnöillä lähennellyt Nikolai II:ta ja saavuttanut hänen luottamuksensa. Muuan Vladivostokin kauppias oli 1896 Korean hallitukselta hankkinut luvan Jalu-joen metsien käyttämiseen. Besobrasov osti häneltä tämän myönnytyksen 80,000 ruplasta ja perusti joen vasemmalle, Japanin-puoliselle rannalle sahamyllyn. Witte kieltäytyi päättäväisesti kannattamasta tätä valtiollis-kaupallista yritystä. Mutta hovipiireissä heräsi sitä kohtaan mielenkiintoa, ja hankittiin isänmaallisista syistä ja voiton toivossa osakkeita tuossa "itäaasialaisessa teollisuusyhtiössä", miksi Besobrasov risti huijausyrityksensä, jolle hän Nikolai II:lta sai puijatuksi kahden miljoonan ruplan valtionkannatuksen.
Muravjov oli vain lykännyt toistaiseksi aasialaiset valloitusaikeensa. Saadakseen aikaa niiden kypsyttämiseksi ja Siperian radan valmistamiseksi, hän tsaarin nimessä 24 p. elok. 1898 kääntyi kaikkien hallitusten puoleen, ehdottaen kansainvälistä konferenssia "liiallisten, kaikkia valtakuntia rasittavien varustusten vähentämiseksi". Sillä aikaa kuin Europan sanomalehdistö kantoi asianmukaisen kunnioituksen "jalomielisen tsaarin ihmisystävälliselle mielenlaadulle", puuhasi uusi sotaministeri Aleksei Kuropatkin (tammikuusta 1898) kaikessa hiljaisuudessa innokkaasti sangen huomattavaa armeijanlisäystä. Hän muodosti 33 uutta tykistödivisioonaa, kaksi uutta armeijakuntaa Aasiassa, kaksi uutta jääkäribrigadia Siperiassa ja aloitti kenttätykistön uudesti-aseistamisen uudenaikaisilla pikatulitykeillä. Samaan aikaan Itämeren ja Itä-Aasian sotalaivastoa suurten taistelulaivojen rakentamisella melkoisesti vahvistettiin, jota varten eräs tsaarin ukaasi 10 p:ltä maalisk. 1898 yli vahvistetun laivastomenoarvion vielä oli määrännyt 90 miljoonaa ruplaa. Pääsotasatamaksi Tyynessä valtameressä valittiin Port Arthurin jäätön lahti, jonka ympäri rakennettiin sikermä linnoituksia. Sotasataman viereen Witte tahtoi perustaa kauppasataman, mikä maatuneen, mutta tilavan merenlahden ruoppaamisella helposti oli aikaansaatavissa. Aito venäläinen virastojenvälinen kateus sai tuuman raukeamaan. Silloin rahaministeri 1899 perusti 30 kilometrin päässä koilliseen Port Arthurista olevan Talienvanin lahden rannalle kaupungin, jolle hän antoi nimen Daljni = etäinen. Äärettömiä summia heitettiin hukkaan talojen, kirkkojen, varastohuoneiden ja koulujen rakentamiseen sekä rantakatujen perustamiseen, jotka sitten tekivät japanilaisille mahdolliseksi suurten piiritystykkiensä laivaamisen lähtiessään Port Arthuria pommittamaan. Siperian sanomalehdistö ennusti jo 1900, että sodan sattuessa Daljni oli oleva tukikohtana läheistä merilinnoitusta vastaan toimivalle piiritysarmeijalle, ja antoi sille pilkkanimen "Lishni" = tarpeeton.
Muravjovin viimeinen menestys — hän kuoli 21 p. kesäk. 1900 — oli kirkkovaltion Tibetin saattaminen Venäjän suojelusherruuden alaiseksi. Vuodesta 1720 asti oli Pekingin ja Lhassan hallitusten kesken konkordaatti olemassa, jonka mukaan Kiina sitoutui suojelemaan Tibetin riippumattomuutta, jotavastoin Dalai Lama, kirkkovaltion päämies ja kaikkien buddhalaisten paavi, lupasi käyttää hengellistä vaikutusvaltaansa Kiinan mandshudynastian hyväksi. Vuonna 1899 englantilaiset sotajoukot miehittivät Tibetin maakunnan Sikkimin, eikä Kiina sitä estänyt. Seuraavana vuonna perintöruhtinas Nikolai, sittemmin tsaari, Aasian-matkallaan astui Intian maaperälle. Hänen seuraajansa ja neuvonantajansa oli ruhtinas E. Uhtomski, joka myöhemmin runsaasti kaunistetussa koruteoksessa kertoi matkasta ja samalla saattoi julkisuuteen haaveelliset tuumansa Aasian tulevaisuudesta. Uhtomskin mystillisen käsityksen mukaan "Aasia tämän sanan täydessä merkityksessä ja koko laajuudessaan ei ollut mitään muuta kuin kappale Venäjää, joka puolestaan pyrki veljellisessä syleilyssä yhtymään Aasiaan". Sitävastoin "Länsi-Europan suhdetta Itään kuvasi tykkiin sidottu kapinallinen sipoy (intialainen brittiläisessä sotapalveluksessa)". Uhtomski koetti siihen aikaan saada aikaan kohtauksen Dalai Laman ja tulevan tsaarin kesken Darjilingissa Himalaja-vuoriston etelärinteellä, mutta Englannin hallitus esti sen. Perintöruhtinaan palatessa Siperian kautta Uhtomski aloitti suhteita Baikalin-takaisella alueella hallitsevan sikäläisten burjatien Suur-Laman kanssa ja sai aikaan, että Tibetin paavi sanoi irti vuoden 1720 konkordaatin ja alkoi etsiä uutta suojelijaa. Pietarin ja kaukaisen Lhassan väliset neuvottelut hoiti burjati Dordshiev, joka käytyänsä Irkutskin kymnaasin oli ruvennut munkiksi. Uhtomskin suosituksesta hän 1897 tuli Dalai Laman neuvonantajaksi ja ilmestyi tämän lähettiläänä syyskuussa 1900 tsaarin luokse Livadiaan, mukanaan valmis sopimusehdotus. Tsaari puolestaan lähetti edustajanaan toisen venäläistyneen burjatin nimeltä Tsibikovin Lhassaan, missä marraskuussa 1900 tsaarin ja buddhalaisen paavin välinen sopimus lopullisesti päätettiin. Nikolai II otti sen mukaan suojellakseen kirkkovaltiota, jonka vastineeksi Dalai Lama lupasi kaikissa buddhanuskoisissa maissa edistää Venäjän etuja. Heinäkuun 6 p. 1901 Nikolai II Pietarhovissa juhlallisesti vastaanotti tibetiläisen lähetystön, jota johti Dordshiev, joka toi hänelle Dalai Lamalta lahjoja ja käsikirjeen. Siinä buddhalainen paavi koroitti tsaarin "uskon lahjojen mestariksi ja hoitajaksi".
Uhtomski näki haaveellisen aatteensa, että "Aasian olemukseltaan venäläisille läheiset kansat vapaaehtoisesti alistuisivat valkoisen tsaarin valtikan alle", olevan toteutumaisillaan. Venäjän sanomalehdistö tervehti innostuneesti "molempien maiden läheistä yhteyttä". Kun Englannin lähettiläs kysyi, mitä tibetiläinen lähetystö tarkoitti, niin hänelle syötettiin juttuja. Kun Venäjän Tibetissä saaman suojelusherruuden seurauksena oli, että Kiinan hallitus osoitti usein selittämätöntä myöntyväisyyttä Venäjän vaatimuksiin nähden, niin Englantikin marraskuussa 1903 lähetti Dalai Laman luo lähetystön, joka vei hänelle lahjoja ja mukanaan — konekiväärejä. Venäjän Lontoossa oleva lähettiläs kyllä teki sitä vastaan vakavia huomautuksia. Mutta lordi Lansdowne torjui ne 17 p. marrask. 1903 jyrkässä muodossa: "hänestä näytti ylenmäärin kummalliselta, että nämä vastaväitteet tekee valta, joka ei missään maailmassa koskaan epäröi koskea naapurien oikeuksiin, kun olosuhteet näyttävät sitä vaativan". Sillävälin lähetystö kulki Himalajan lumipeitteisten solien läpi, ajoi hajalle tibetiläisen, venäläisten upseerien johtaman nostoväen ja saapui 3 p. elok. 1904 pyhään kaupunkiin Lhassaan. Venäläisen suojelusherruuden sijaan astui brittiläinen.
Europan suurvaltojen maidenryöstö Kiinassa sekä kristillisten lähetyssaarnaajien sekautuminen Taivaan valtakunnan lainkäyttöön ja hallintoon synnytti 1900 isänmaallisen muukalaisvihamielisen liikkeen, joka Englannissa sai nimen boksarikapina. Se antoi Venäjälle toivotun tilaisuuden koko Mandshurian sekä Pohjois-Mongolian sotilaalliseen miehittämiseen. Vaikk'ei rauhallinen kiinalainen väestö tällöin tehnyt mitään vastarintaa, niin Amur-maakunnan kuvernööri, kenraalimajuri Gribski, "turvallisuuden tähden" ryhtyi raakamaiseen tekoon. Venäläisen rajakaupungin Blagoveshtshenskin koko kiinalainen väestö, noin 10,000 miestä, naista ja lasta, ajettiin 2 p. heinäk. 1900 poliisi- ja sotilasvoimalla Amur-jokeen. Tunnettu maalari Vereshtshagin, joka neljää viikkoa myöhemmin kulki jokea alaspäin, kertoi 1903 "Vjestnik Jevropyssa", kuinka hukutettujen kiinalaisten turpuneet ruumiit estivät hänen höyrylaivansa kulkua, hiljaa ajautuen merta kohti, ilmaa saastuttaen ja tsaarillista hallitusta syyttäen. Venäjän lehdet eivät silloin saaneet mitään siitä kertoa. Sen sijaan ruhtinas Uhtomski "Kiinan kirjeissään" kuvasi saksalaisten, brittiläisten ynnä muiden länsieuroppalaisten sotajoukkojen "barbaarista sodankäyntiä ja raakaa ryöstämisraivoa" Kiinan sotaretkellä ja asetti sen vastineeksi venäläisten sotamiesten "inhimillisen käyttäytymisen", jotka tarkasti pysyttäytyivät erillään rosvouksista ja murhista. Kun europpalaiset lähetystöt Pekingissä oli vapautettu, niin Venäjän hallitus Uhtomskin toimesta kieltäytyi enemmästä osanotosta Kiinan-retkeen ja tyytyi Mandshurian valloitukseen, jonka tähän asti kaupalle "avoin ovi" nyt pantiin lukkoon venäläisellä tullimuurilla. Suunnitelmista Korean valtaamiseksi ei luovuttu, mutta niiden toteuttaminen tehtiin riippuvaksi Siperian-radan valmistumisesta, jota kuumeentapaisella kiireellä joudutettiin. Besobrasovin itäaasialainen teollisuusyhtiö nousi suureen kukoistukseen. Monet suuriruhtinaat ja tsaari itse tulivat tuon Jalun vasemmalla rannalla sijaitsevan valtiollisen puunsahauslaitoksen osakkaiksi, jonka suojelemiseksi muodostettiin "metsävartiosto" venäläisistä sotajoukoista.
Kreivi Ito, uudenaikaisen Japanin luoja, huolestuneena isänmaansa tulevaisuudesta, jos se joutuisi sotaan Venäjän ja Ranskan kanssa, päätti henkilökohtaisesti puhuttelemalla Pariisin ja Pietarin johtavia valtiomiehiä päättää ratkaistavana olevan riidan rauhallisella sopimuksella Kiinan kustannuksella. Pariisissa hän ei saanut osakseen ymmärtämystä eikä kannatusta Pietarissa toimitettavaa diplomaattista tehtäväänsä varten. Marraskuun 30 p. 1901 hän Muravjovin seuraajalle, kreivi Lamsdorffille, teki saman ehdotuksen, jota Tokion kabinetti jo maaliskuussa 1898 oli tarjonnut: Venäjän ja Japanin etupiirit Itä-Aasiassa olivat tarkasti ja lopullisesti erotettavat Jalu-virran muodostamalla linjalla. Selvänäköisenä valtiomiehenä Venäjän ulkoministeri oli siihen valmis, hienovaistoisena hovimiehenä hänen täytyi tässä määrätyssä muodossa hylätä tehty tarjous, sillä Besobrasovin sahamylly oli Jalun vasemmalla rannalla ja tsaari oli osakkaana Korean metsien hakkuuliikkeessä. Lamsdorffin vastaehdotus Pohjois-Korean luovuttamisesta raukesi Iton salaiseen valtakirjaan. Venäjän hovipiireissä ja määräävissä sotilaspiireissä ei otettu tuota "pientä keltaista japanilaista" vakavalta kannalta. Olihan Kuropatkin tsaarille 27 p. maalisk. 1900 antamassaan kertomuksessa suosittanut, "että Japanilta, veristen selkkausten estämiseksi Kaukaisessa Idässä, oli riistettävä oikeus pitää sotalaivastoa". Pettyneenä Ito lähti Lontooseen. Täällä hän kohtasi asiantuntemusta ja ymmärtämystä. Tammikuun 30 p. 1902 Suurbritannia ja Japani tekivät liiton viideksi vuodeksi. Sen julkaiseminen 12 p. helmik. osoitti, että venäläis-japanilaisen sodan syttyessä Englanti lähinnä oli velvollinen antamaan vain diplomaattista ja rahallista kannatusta, mutta aseellista apua vasta silloin, jos jokin kolmas valta — Ranska — sekautuisi taisteluun Venäjän puolella. Muuan sopimuksen salainen pykälä vakuutti sen tapauksen varalle, että Japanin sotajoukko kärsisi tappion Koreassa, että Englannin laivasto estäisi mannermaasodan siirtämistä saarivaltakuntaan.
Sodanuhka, mikä sisältyi liittosopimuksen julkaisemiseen, pakotti hallituksen myöntyväisyyteen. Se sitoutui eräässä 8 p. huhtik. 1902 Kiinan hallituksen kanssa tehdyssä sopimuksessa miehittämänsä Mandshurian asteittaiseen tyhjentämiseen puolentoista vuoden kuluessa, s.o. ennen 8 p. lokak. 1903.
Tsaarin ministerien ja neuvonantajien joukossa Wittellä yksin oli selvä käsitys Kaukaisessa Idässä nousevasta vaarasta. Oppiakseen henkilökohtaisesti tuntemaan Mandshurian oloja hän 26 p. syysk. 1902 lähti sinne. Tsaarille antamassaan kertomuksessa hän kuvasi venäläisen sotilasvallan raakaa menettelyä Mandshurian rauhallista kiinalaista väestöä ja kiinalaisia hallitusvirastoja kohtaan. Hän suositti Korean luovuttamista ja Mandshuriassa vallitsevan sapelivallan lopettamista; sen sijaan tämä maa voitaisiin valloittaa rauhallisella tavalla. Tämän Witten kuvauksen tarkistamiseksi tsaari tammikuussa 1903 lähetti suosikkinsa Besobrasovin Itä-Aasiaan. Tämä seikkailija, oikea vastuuttoman neuvonantajan perikuva, näytteli kahden kuukauden ajan Mandshuriassa hallitsijan osaa, sekautuen kaikkiin ylipäällikön, amiraali Aleksejevin. (erään Aleksanteri II:n äpäräpojan) toimenpiteisiin, jakeli anteliaasti rahaa oikeauskoisten kirkkojen ja venäläisten sanomalehtien perustamiseksi, osti hiilikerrostumia ja hankki kauppalupia. Niin suuttunut kuin Aleksejev alussa olikin tsaarillisen suosikin röyhkeästä käyttäytymisestä, niin hän kuitenkin omien tuumiensa edistämiseksi teki hänen kanssaan läheisen liiton. Sen teki Plehwekin, kun tuo onnenonkija hyvin menestyneeltä liikematkaltaan oli palannut Pietariin. Itä-Aasiassa noudatettavaan politiikkaan nähden syntyi toiselta puolen Plehwen, Besobrasovin ja Aleksejevin, toiselta puolen Witten ja Lamsdorffin kesken katkera taistelu, johon vedettiin myöskin vastakkaiset käsitykset valtakunnan sisällisestä tilasta. Pobedonostsev kannatti Plehweä. Kuropatkin horjui, luonteensa mukaisesti, päättämättömänä sinne tänne. Hänen mieskohtaisen kunnianhimonsa määränä ei ollut voitollinen sota Japania vastaan, vaan Saksan sotilaallinen musertaminen. Kesällä 1903 Kuropatkin teki tiedusteluretken Port Arthuriin ja edelleen Japaniin, tutkiakseen sotilaallista ja valtiollista asemaa itse paikalla. Tokiossa hän kuuli parooni Rosenilta, että sota oli välttämätön, jollei lopetettaisi Besobrasovin Jalu-yritystä; että Japanin sotajoukkoa ja laivastoa ja sen kansan sotaista henkeä ei ollut tuomittava niin halveksivasti, kuin Venäjän sotilasasiamies, eversti Vannovski Kuropatkinille lähettämissään kertomuksissa oli tehnyt.[7] Siitä huolimatta hän Pietariin palattuaan lyöttäytyi Plehwen puolelle, joka piti voitollista sotaa Japania vastaan välttämättömänä kansan vallankumouksellisen mielialan kääntämiseksi pois hallituksen väärinkäytöksistä. Tai, niinkuin hänen äänenkannattajansa Novoje Vremja sanoi: sota oli ainoa keino tehdä villit Gorki-ainekset isänmaallisiksi. Kuropatkin liittyi sotapuolueeseen pysyäkseen ministerinä. Valtiosihteriksi koroitetun tsaarillisen suosikin vaikutusvalta oli suurempi kuin koskaan. Hänen ystävyytensä aiheutti arvonkoroitusta, hänen vihamielisyytensä virkaeron.
Heinäkuun 30 p. 1903 Japanin lähettiläs antoi nootin, joka toisti jo 1898 ja 1901 tehdyn ehdotuksen: koko Mandshuria Venäjälle, koko Korea Japanille. Kreivi Lamsdorff, jota Rosen ja Witte ahdistelivat, oli nyt siihen valmis. Ratkaisu tapahtui elokuussa, tsaarin palattua pyhiinvaellusretkeltään pyhän Serafimin luiden luokse: kreivi Lamsdorff jäi virkaansa, mutta vapautettiin venäläis-japanilaisten keskustelujen johtamisesta ja sai toimekseen Makedonian kysymyksen selvittelyn. Witte sai eronsa raha-asiain ministerinä ja syrjäytettiin nimittämällä hänet ministerikomitean puheenjohtajaksi. Itä-Aasian ulkopolitiikan johto uskottiin Pietarissa valtiosihteeri Besobrasoville, joka tuli erään vastaperustetun "Kaukaisen Idän komitean" johtajaksi, sekä samaan aikaan Port Arthurissa amiraali Aleksejeville, joka koroitettiin "Kaukaisen Idän käskynhaltijaksi" Baikal-järvestä aina Jalu-jokeen saakka.