Niinkuin katolinen, niin myöskin evankelinen kirkko halveksimalla lakeja ja kansainoikeudellisesti vakuutettuja sopimuksia alennettiin pelkäksi suvaituksi lahkokunnaksi. Sen mukaisesti virkavalta usein 20. vuosisadalla kirjoitelmissaan evankelisen kirkon virkahenkilöille kielsi siltä laillisen nimityksen "tserkov" (kirkko) ja käytti sen sijaan halveksivaa kansankielen sanaa "kirka". Valtakunnan sisäosissa hallitus jätti monet pikku seurakunnat rauhaan, koska niissä oli vain vähän jäseniä ja niiden papit periaatteellisesti välttivät käännytystyötä. Sen sijaan Pobedonostsev 1883, kumoamalla hänen tiellään olevia Aleksanteri II:n aikuisia määräyksiä, aloitti likaisin keinoin käydyn sodan Itämeren-maakuntien evankelis-luterilaista kirkkoa vastaan. Hän sai tässä kannatusta myöskin Venäjän sivistyneistöltä, joka kansallisista syistä halusi näiden maiden, nykyisten Viron ja Latvian tasavaltojen, venäläistyttämistä ja väestön pakollisessa kääntämisessä oikeauskoisuuteen luuli näkevänsä sopivan apukeinon siihen. Oikeuden päätöksillä tuomittiin sadat luterilaiset papit ajaksi tai kokonaan virkansa menettäneiksi taikka rangaistiin vankeudella tai karkoituksella, koska he olivat palvelleet seurakuntiensa jäseniä virkatoimituksilla, joita oikeauskoinen kirkko vaati suoritettavikseen, koska heidän esi-isänsä 1840-luvulla, siinä turhassa toivossa, että saisivat maata ilmaiseksi, olivat "kirjoittautuneet" oikeauskoiseen kirkkoon. Oikeuden päätöksillä vanhemmat, jotka eivät tahtoneet luopua uskontunnustuksestaan, heitettiin vankeuteen ja heiltä riistettiin heidän lapsensa, annettaviksi vieraille kasvatettaviksi oikeauskoiseen oppiin. Nämä keskiajan inkvisitsionia muistuttavat tuomiot langettivat sivistyneet venäläiset juristit, jotka enimmäkseen olivat vapaa-ajattelijoita. "Venäläisen sivistyksen esitaistelijoina toisheimoisessa rajamaassa" he kantoivat oikeus- ja omantunnonvakaumuksensa uhriksi natsionalismin epäjumalalle, tai sitten he tekivät sen virkaylennystä saadakseen. Sellaisten tuomioiden käytännöllinen seuraus, jotka eivät olleet venäläisen rangaistuslakikirjan, mutta kyllä venäläisen kirkko-oikeuden vastaisia, oli: seurakunnat vailla sielunhoitajaa, protestanttisen ehtoollissakramentin kähveltäminen "oikeauskoisille", villit avioliitot, oikeusepävarmuus ja laillistettu kaksiavioisuus.
Elokuussa 1887 evankelisen allianssin edustajat Kööpenhaminassa oleskelevalle tsaarille antoivat anomuksen, että Itämeren-maakuntien luterilaisille myönnettäisiin uskonvapaus. Aleksanteri III jätti vastauksen antamisen pyhän synodin yliprokuraattorille, joka ylpeästi julisti, että uskonvapauden periaate Venäjällä jo vallitsi, mutta että balttilais-luterilaisen papiston vihamielistä propagandaa ei voitu suvaita.
Vuoden 1905 huhtikuun 30 päivän suvaitsevaisuusedikti teki vainosta lopun. Sota sai sen uudestaan alkamaan. Monella paikkakunnalla sotilasviranomaiset kielsivät saksankielisen jumalanpalveluksen ja karkoittivat luterilaisia pappeja heidän "saksalais-ystävällisten mielipiteidensä" tähden Siperiaan.
Eräs valtakunnanneuvoston jäsenen ja arkkipiispan Nikonin lähetyskirje 15 p:ltä elok. 1915 julisti, että luterilaiset eivät olleet kristityitä vaan talmudilaisia.
VII. Armenialaisen kirkon asema.
Vuonna 302 perustetulla armenialaisella kirkolla, joka uskonopissaan on lähellä oikeauskoista, on keskipisteensä Etshmiadsinin luostarikaupungissa, Erivanista länteen, missä patriarkka (Katolikos) hallitsee. Yhteydessä kenraalikuvernöörin, ruhtinas Galitsinin venäläistyttävän sortopolitiikan kanssa takavarikoitiin 1903 kirkon koko omaisuus Pobedonostsevin toimesta. Sitä oli siihen asti etupäässä käytetty armenialaisten kirkkokoulujen kannattamiseksi, jotka Galitsin oli sulkenut, koska ne muka olivat ajaneet vallankumouksellisia tarkoitusperiä. Omaisuus annettiin Pietarissa sijaitsevan pyhän synodin hallittavaksi. Patriarkka pani vastalauseensa tätä päätöstä vastaan, joka loukkasi 1836 laillisesti säädettyä kirkon itsehallintoa. Hänet erotettiin virastaan ja asevoimin kirkko pakotettiin luovuttamaan omaisuutensa viranomaisille. Armenian kansa, jolle kirkko ja kansakunta merkitsi samaa, joutui kauhean suuttumuksen valtaan, joka ilmeni siinä, että useat virkamiehet murhattiin. Galitsiniakin vastaan tehtiin murhayritys, jonka johdosta hän haavoittui. Uusia murhahankkeita peläten hän 1904 jätti paikkansa. Hänen seuraajansa, kreivi Vorontsov-Dashkov, aloitti sovinnollisen politiikan ja sai Pobedonostsevin kukistumisen jälkeen aikaan, että armenialaisen kirkon omaisuus annettiin sille takaisin.
VIII. Oikeauskoinen lähetys muhamettilaisten ja pakanain keskuudessa.
Valtiokirkon lähetystoiminta muhamettilaisten keskuudessa ei menestynyt, huolimatta kaikista keskiaikaisen ajatustavan mukaan laadituista Kasanin ja Kiovan lähetyskongressien päätöksistä sekä rahallisesta kannatuksesta. Tatarit rankaisivat jokaista luopiota syvällä ylenkatseella ja taloudellisella boikottauksella. Kirgiisit, jotka 18. vuosisadan lopussa vahingossa oli valtion kustannuksella käännetty islamin uskoon, oli sataa vuotta myöhemmin valtion kustannuksella käännettävä siitä kristinuskoon. Käytännössä lähetyssaarnaajien toiminta kirgiisiarolla kohdistui lapsiveroon, jonka poliisi jakoi tasan eri heimojen osalle. Luovutetut pienet pojat ja tytöt kasvatettiin oikeauskoiseen oppiin ja esiytyivät sitten pyhän synodin tilastossa käännytettyinä muhamettilaisina. Kirgiisit säästyivät näin uskonsorrosta, vanhemmat saivat joka lapsesta lampaan korvaukseksi, lähetyssaarnaajien ei tarvinnut vaivautua tuloksettomilla saarnoilla heille vieraalla, vaikeasti opittavalla kielellä, ja hurskaat sielut Pietarissa ja Moskovassa voivat täydestä sydämestä iloita "oikeauskoisuuden valtavasta leviämisestä muhamettilaisissa maissa".
Europpalaisessa pakanalähetyksessäkin valtiokirkko saavutti sangen vähiä tuloksia. Vain muutama tuhat buddhalaista ja kalmukkia "kirjoittautui" oikeauskoiseen kirkkoon, mikä ei estänyt heitä kotona jurtassaan edelleen pyörittämästä tibetiläistä rukousmyllyään. Tsheremissit ja votjakit oli poliisi jo 18. vuosisadalla "käännyttänyt" ja sitten jättänyt paikallisten venäläisten pappien sielunhoidollisen toiminnan varaan. Mutta kun nämä eivät osanneet alkuasukasten kieltä, eivät he voineet huolehtia seurakuntalaistensa uskonnollisten tarpeiden tyydyttämisestä, vaan tyytyivät kirkkokymmenysten perimiseen. Näin jatkui aina 20. vuosisadalle saakka keskisen Volgan ja sen sivujokien Vetljugan, Vjatkan ja Kaman varsilla vanha shamaaniuskonto loitsuineen ja eläinuhreineen salaa edelleen. Hämäriä tietoja siitä toivat tilapäiset kertomukset erään kerettiläisjutun käsittelystä Vjatkan piirioikeudessa, kunnes vuonna 1906 vuoden 1905 huhtikuun 30 päivän suvaitsevaisuusediktin perustuksella tapahtui noin puolen miljoonan "oikeauskoisen kristityn" joukkokääntymys takaisin kansalliseen pakanuuteen.
Vielä huonommin oli laita "oikeauskoisen kirkon valistustoiminnan" Siperian laajoissa metsissä ja aroilla. Venäläinen kirjailija Ptitsyn kuvaa erästä kohtausta, jonka hän 1891 oli nähnyt Baikal-järven luona. Joukko poliisin toimesta kastettuja burjateja oli pyytänyt erästä lamaa (buddhalaista munkkia) muutamalla etäisellä paikalla kaikessa hiljaisuudessa pitämään hartaushetken. Silloin ilmestyi ratsain rukoilevien keskelle paikallinen kruunun-lähetyssaarnaaja, jolle muuan urkkija oli asian ilmiantanut. Kauhu valtasi burjatit. Hitaasti lähetyssaarnaaja astuu alas ratsunsa selästä, sitoo sen puuhun ja lyö vaikuttavin ilmein taskuansa. Merkkikieli ymmärretään. Seurakunta panee toimeen rahankeräyksen, jonka tuloksen vanhin syvään kumartaen antaa valtiovallan edustajalle. Tämä lukee hyvänsävyisesti rahat, nyökäyttää armollisen suostumuksensa ja ratsastaa pois.