Castrén oli aikonut jonkun aikaa Obdorskissa oltuaan lähteä vielä idemmäksi jäämeren rantaa pitkin, tutkiakseen Aasian puolisia samojedeja Jenisein suupuolessa. Mutta toisin oli käyvä. Hänen terveytensä ei ottanut parantuakseen, vaan kuume ja rintatauti pakottivat hänet lähtemään Obia eteläänpäin pieneen Beresowan kaupunkiin, jossa oli lääkäri ja apteekki. Siellä viipyi hän kuukauden, mutta lääkäripä käski hänen henkensä pelastimeksi toistaiseksi luopumaan kaikista enemmistä tutkimusmatkoista ja palaamaan kotimaahansa. Castrén lopuksi päättikin tehdä niin, sillä vaikka lääkäri ei sitä suoraan sanonut, ymmärsi hän että lääkäri oli todennut hänessä keuhkotaudin. Vielä tallella olevissa Castrénin kirjeissä Sjögrenille hän kirjoittaa masentuneena: "Niin on siis tuomioni langetettu nuoruuteni keväimessä, ja hauta se päämäärä, jonka mukaan minun tästälähin tulee suunnitelmani tehdä — — Sen vuoksi riennän minä nyt ainaiseksi jättämään sen maan, jolle olen rakentanut elämäni liian aikaisin rauenneet suunnitelmat." Heikkona lähtikin Castrén Siperiasta, saapuen nopean matkan jälkeen Verhoturjen, Vologdan ja Petrosavodskin kautta Helsinkiin toukokuussa 1844, oltuaan sieltä poissa yhtämittaa 30 kuukautta Jäämeren rantamilla.

Kotimaassa 8 kuukautta.

Kotimaassa oli siis taas Castrén, mutta oleskelu siellä ei tullut pitkäaikaiseksi. Palavalla innolla halusi hän päästä rakkaita tutkimuksiaan jatkamaan, eikä hän kotimaassakaan suinkaan ollut toimetonna niitä kahdeksaa kuukautta, jotka hän nyt täällä vietti. Lääkärin hoidossa ja säännöllisissä oloissa, m.m. kesän Uskelassa toht. Bonsdorffin luona, hänen terveytensä ennen pitkää parani niin hyväksi, että hän sen vuoksi voi turvallisena katsoa tulevaisuuteen. Nytpä hän myös suoritti muutamat yliopistolliset tutkintonsa. Kuukauden perästä kotimaahan tulostansa hän suoritti filosofian lisensiaattitutkinnon ja vihittiin 21 p. kesäkuuta tohtoriksi. Latinankielinen väitöskirja, jonka vastaväittäjänä oli E. Lönnrot, käsitteli syrjäänin kielen nimisanojen taivutusta. Samana vuonna ilmestyi vielä hänen syrjäänin kielioppinsa, jonka ainekset hän oli Izhemskissa koonnut ja jonka hän oli Kolwan maanalaisessa kellarissa kirjoittanut, kuten ylempänä on mainittu.

Helsingissä olevan venäläisen sotaväen keskuudessa Castrén tapasi tsheremissin. Tätä hän Helsingissä ollessaan käytti kielimestarinaan sillä menestyksellä, että hän pani kokoon tsheremissin kieliopin, joka sitte seuraavan talven kuluessa painatettiin. Hän oli vähitellen tottunut työskentelemään sillä lailla, että hän sai nuo hitaat ja tällaiseen työhön tuiki tottumattomat muukalaiset käyttämään sanoja, muotoja ja lauseparsia, joita hän itse tahtoi, ja niiden nojalla pani hän kielivaistollaan kokoon kieliopin. On huomautettu, että nämä hänen tähänastiset julkaisunsa, lapin, suomen, viron, syrjäänien, tsheremissien ja ostjakkien kielioppinsa tietysti eivät ole niin etevät, kuin hänen myöhemmät teoksensa, mutta hänhän olikin vielä töittensä alussa.

Että Castrénin teoksille nyt jo annettiin erinomaisen suuri tunnustus, näkyy kumminkin siitä luottamuksesta, jota hänelle osotettiin. Hänen syrjäänin kielioppinsa palkitsi Venäjän Tiedeakatemia Sjögrenin esityksestä puolella n.s. Demidowin palkintoa eli 700 ruplalla ja antoi lisäksi hänelle 280 ruplaa painatusavuksi, mutta Suomalaisen Kirjallisuuden Seura katsoi kunniakseen saada sen omiin julkaisuihinsa, ja lunasti sen Castrénilta maksamalla sen painatuksen kokonaan. Lisäksi antoi yliopisto hänelle n.s. Aleksanterin stipendin, joka tekee n. 900 rpl., ja Venäjän Tiedeakatemia otti hänet edelleen palvelukseensa, määräten hänelle vuotuisen 1,000 ruplan suuruisen avustuksen Siperiaan tehtävää tutkimusmatkaa varten. Tästä näkee, miten suuria toiveita Castréniin kiinnitettiin ja miten korkea arvo annettiin hänen tieteelliselle työlleen, tunnollisuudelleen ja lahjoilleen.

Ne runsaat apurahat, mitkä Castrénin osaksi tulivat, poistivat myös toistaiseksi kokonaan hänen hartioiltaan sen raskaan taloudellisten huolten taakan, joka tähän asti oli häntä rasittanut. Huoletonna, terveenä, hyvin varustettuna ja valmistuneena oli hän niin muodoin v. 1845 alussa valmis lähtemään elämänsä tärkeimmälle matkalle Siperiaan, jossa hän tuli viipymään 4 vuotta. Hän oli kyllä aikonut ennen matkalle lähtöään käydä Torniossa vanhoja sukulaisiaan tervehtimässä, mutta halu kiirehtiä velvollisuutensa mukaan Siperiaan pidätti häntä sitä aikomustaan täyttämästä.

* * * * *

Sinä aikana, jonka Castrén oli ollut poissa Suomesta, oli täällä tapahtunut joltisiakin muutoksia. Tärkein ehkä oli Snellmanin julkinen esiintyminen. "Saima" oli alkanut ilmestyä ja siinä Snellman oli täällä ennen tuntemattomalla tarmolla ja rohkeudella esittänyt kansallisuus- ja kieliohjelmansa. Suomen sivistyneistö oli herätetty kuin unestaan, ja korkeina kävivät ajatusten mainingit ajattelevain henkilöiden mielissä.

Mikä Castrénin käsitys oli maan asujamien velvollisuuksista suomen kieltä kohtaan, siihen olemme tutustuneet ylempänä hänen Kalevala-luentojensa yhteydessä. Mutta Snellmanin taistelutapaan hän ei ollut tyytyväinen. Hänen luonteensa oli toisellainen kuin Snellmanin, ja hänen kokemuksensa tundrojen kansojen parissa olivat olleet toiset kuin Snellmanin Skandinaviassa ja Saksassa. Se ilmenee siinä merkillisessä kirjeessä, jonka hän lähetti Snellmanille Helsingistä vastaukseksi erääseen Snellmanin kirjeeseen, jonka sisältö melkein kokonaan oli koskenut tätä kysymystä. Castrénin kirje on päivätty 18 p. lokakuuta 1844.

Kirje koski oikeastaan Snellmanin toimintaa Saima-lehdessä, ja Castrén oli varoittanut ystäväänsä olemasta liika raju, jotta lehteä ei lakkautettaisi, jolloin Snellman menettäisi välikappaleen herätystyölleen. Mutta tuo herätystyöhän edellytti vastustushengen kasvattamista, ja kun valtiollista vastustushenkeä silloisissa oloissa ei ollut ajateltavissa, oli se siis suunnattava sivistyselämän alalle, lähinnä siis germanisuutta tai oikeammin ruotsinkielistä sivistystä vastaan Suomessa. Sellainen vastustushenki oli Castrénista vastaisuudessa oikeutettu, kun oli omintakeinen sivistys pantavissa vieraan sivistyksen sijalle. Mutta ei vielä. "Pääasia nykyisessä asemassamme oli kehittää ja ylläpitää vasta herännyttä rakkautta tähän suomaahan. — — Mutta nykypolvi on jätettävä sikseen. Nuorissa ovat isänmaalliset harrastukset heränneet; niitä on pidettävä hengissä ja estettävä mätänemästä. Mutta siihen tarvitaan vähemmän lakia kuin evankeliumia, vähempi epätoivoa kuin rohkeutta, toivoa ja luottamusta. Suomalainen osaa kyllä joutua epätoivoon, mutta hän rohkenee harvoin toivoa ja siinä on onnettomuutemme. Jokahinen, nuori ja vanha tietää, että täällä haisee palaneelta, mutta vanhat ajattelevat: palakoon, ja nuoret tuumivat: me emme voi tulta sammuttaa. Sano heille, että he pystyvät siihen, ja pojat saavat rohkeutta ja pelastavat talon melkein itsestään. Lapsia tulee meidän saada, kirjoja tulee meidän kirjoittaa, isänmaanrakkautta tulee meidän hoitaa ja suojata; meidän tulee jokaisen työskennellä omassa asemassaan parhaan kykynsä mukaan, ja Jumala ei ole meitä hylkäävä. Mutta ennen kaikkea tulee meidän pelastaa kieli, kansallisuutemme elinehto. — — Meidän tulee tehdä työtä ja viljellä kieltämme, että sitä kerran voidaan käyttää komeana valtakunnankielenä. Kaikella on ja tulee olla historiallinen kehityksensä." Ja tämän kirjeen alussa ovat nuo kauniit ja tuliset sanat, joilla Castrén selittää, mikä hänen mielestään on hänen elämäntyönsä: "On vain yksi asia, joka syvästi ja mahtavasti on minut vallannut, vain tätä varten voin minä elää, kaikki muu on minulle syrjäseikkana. Minä olen päättänyt näyttää Suomen kansalle, että me emme ole mikään maailmasta ja maailman historiasta irti temmattu suokansa, vaan että me olemme heimolaissuhteissa ainakin ihmiskunnan kuudennen osan kanssa. Kieliopit eivät ole pääasiallisin tarkotukseni, mutta ilman kielioppeja ei päämäärää saavuteta. — Jos suomalaista kansallisuutta tämän avulla jossain määrin voidaan edistää, on se hyvä; muuta en minä voi tehdä, enkä tietysti tätäkään viedä perille, vain panna alkuun."