Castrénin haudalle pystytettiin yleisellä rahainkeräyksellä muistomerkki, joka paljastettiin 20 p. toukokuuta 1858. Kuva siitä on tähän jäljennetty. Sen etusivulla on kullatuin kirjaimin M.A. Castrén ja vastakkaisella puolella:

Maansa rakastajalle surevilta suomalaisilta.

Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran haltuun jätettiin Castrénin marmorinen rintakuva, ja yliopiston luentosaliin tilattiin hänen öljymaalattu muotokuvansa. Toinen sellainen, aikaisemmilta ajoilta, maalari Budkowskin tekemä, on pohjalaisen osakunnan hallussa. Ja nyt vihdoin, Castrénin syntymän sadanneksi vuosipäiväksi valmistuu Castrénin muistopatsas, joka pystytetään Suomen uuden Kansallismuseon ja pohjalaisten osakuntain talon väliin Suomen kansan kiitollisuuden todistajaksi sille miehelle, joka on antanut tälle kansalle heimon ja suvun, ja avaimen sen menneisyyden valaisemiseksi. Mitä siitä, onko heimo suuri vai pieni, kunhan vaan on juurta? Eräässä kirjeessään Siperiasta Rabbelle Castrén itse tästä asiasta oli kirjoittanut humoristisesti: "Minä puolestani en tunne mitään kunnioitusta korkeita esi-isiä kohtaan, vaan pidän enempi semmoisista jätkistä, joiden isät ovat olleet mylläreitä, kivenhakkaajia, sukankutojia y.m.s. Onhan sitäpaitsi pienempi vaara olla suutarin kuin senaatorin poika. Jos meistä tulee ihmisiä — sitä suurempi kunnia! Torppareina voimme lohduttaa itseämme sillä, että isämmekin olivat torppareita."

Jälkimuisto. Tieteellinen merkitys.

"Kuka voi siinä kuolinpesässä suorittaa pesäkirjoituksen", sanotaan Runebergin kysyneen silmällä pitäen Castrénin käsikirjoituksia ja tieteellisiä muistiinpanoja, saadessaan sanan Castrénin kuolemasta. Ja se työ ei todellakaan ollut vähäinen eikä helpoimpia, sillä matkoillaan oli Castrén kerännyt valtavat ainehistot, joita hän ei ollut vielä ehtinyt muokata eikä painokuntoon valmistaa, ja kumminkin oli niillä tavaton arvonsa, joten ne tuli yrittää pelastaa tieteelle. Paitsi Kalevala-käännöstä, matkakertomuksiaan, kolmea väitöskirjaansa ja lukuisia pienempiä kirjoituksia oli Castrén itse eläessään ehtinyt julaista vain syrjäänin ja tsheremissin kieliopit. Samojedin kielioppi oli myös suurimmaksi osaksi valmiina, ja luentonsa oli hän myös kirjoittanut, vaikkakaan ei ollut pitänyt niitä painokelpoisina. Nämä kaikki kuitenkin painatettiin, saksaksi Castrénin ystävän, jo mainitun Schiefnerin toimesta Venäjän Tiedeakatemian kustannuksella ja ruotsiksi amanuenssi B.O. Schaumanin ja maisteri C.G. Borgin avulla suureksi osaksi yliopiston kustantamana erikoisena sarjana, jonka nimi Castrénin oman valinnan mukaan oli "Nordiska resor och forskningar". (Pohjoismaisia matkoja ja tutkimuksia). Mutta tutkijan rikkaissa kirjallisissa peruissa oli kuitenkin niin paljo muitakin aineksia, että väsymätön Schiefner niiden nojalla Castrénin nimissä voi julaista tunguusin, burjatin, koibalin, karagassin, jenisei-ostjakin ja kottin kieliopit saksan kielellä. Myöhemmin löydettyjen päiväkirjamuistiinpanojen nojalla on vielä julaistu hänen kertomuksensa hautatutkimuksista Minusinskin piirissä Siperiassa.

Jos nyt kysymme Castrénin tieteellisen työn laatua ja kestävyyttä, on meidän muistettava ensinnäkin, miten lyhyt aika hänen oli suotu elää ja miten ylen tukalissa olosuhteissa hänen oli työskenneltävä; lisäksi, että hän elämänsä lopulla työskenteli kuumeisella joutuisuudella saadakseen työnsä valmiiksi ja että sittekin suurin osa hänen julkaisuistaan jäi häneltä itseltään viimeistelemättä. Ja vihdoin on muistettava, että vertaileva kielitiede tällöin vielä oli nuori ja että se on romanttisen ajan lapsi, joka toivoi voivansa ratkaista suuria ja vaikeita kysymyksiä. Ja vihdoin, kun me tiedämme kaiken tämän, on meidän muistettava, minkälaisia kieliä Castrén todella tutki. Hän tuli Siperiassa tutustumaan kieliin ja kansoihin, joista useat tuskin nimeksikään olivat tunnetut, hän tunkeutui niiden kielten olemukseen ja antoi kullekin sijan ennen tunnettujen kielten joukossa. Hän sai luoda tyhjästä. Siperian tatarilaiskansoista ei mikään ollut kielitieteellisesti tunnettu, jenisei-ostjakeista ei ennen häntä ollut mitään tietoa, ja muista hänen tutkimistaan kielikunnista kuuluivat toiset mongolilaiseen, toiset aivan eroaviin mandshulaisiin kieliryhmiin.

Castrénin käsitys oli se, että samojedit, jotka puhuivat useita eri kieliä ja murteita ja nyt pääasiassa asuivat pitkin Jäämeren rantaa, ennen olivat asuneet Jenisein latvoilla likellä Sajaanisten vuorten juuria. Ja kun hän kielellisesti katsoi todistaneensa suomalaisten ja samojedilaisten kielten heimolaisuuden, ja näiden kielten sukulaisuuden altailaisen kieliryhmän kanssa, arveli hän voivansa puhua ural-altailaisesta kielikunnasta, jossa hän erotti 5 eri kansakuntaa: tunguusit, mongolit, turkkilais-tatarilaiset, samojedit ja suomalais-ugrilaiset, hahmoittelipa hän indoeuroppalaistenkin sukulaisuutta mongolien kanssa, kuten hänen eräs sangen merkillinen kirjeensä Snellmanille Siperiasta talvella 1846 esittää. Turkkilais-tatarilaisten alkukodiksi otaksui hän Altain vuoret, ja kun kerran suomalais-ugrilaisilla kansoilla kielensä, tapojensa, tarujensa ja laulujensa puolesta on paljon yhteistä samojedein ja turkkilais-tatarien kanssa, on näiden kansojen aikanaan ollut asuttava lähekkäin, niiden alkukoti on siis ollut Keski-Aasiassa Obin ja Jenisein yläjuoksun varrella. Tuo Castrénin otaksuma, että Altain seutu on ollut Suomen suvun alkukotina, on meille melkein syöpynyt veriin Suonion "tarinan", Oksasen "sadun", Koskisen historian ja J.R. Aspelinin muinaistutkimusten kautta. Otaksumaansa perusteli Castrén monella eri tavalla (ks. esim. hänen kirjoitustaan: "Missä oli suomen kansan kehto?"), mutta nykyinen tutkimus on tuosta käsityksestä luopunut sekä kieli- että muinaistieteen perustuksella. Suomen kielen heimolaisuus ainakaan altailaisten kanssa ei ole todistettu, joskin kyllä samojedilais-kielten kanssa ja Suomen suvun alkukotia etsitään nyt Itä-Venäjältä Uralin ja Volgan välimailta suurten metsien, vuorten ja jokien maantieteelliseltä alueelta.

Mutta jos kohta tämä Castrénin suuri isänmaallis-romanttinen ajatus jäänee erehdykseksi, ei se vähennä sitä suurta kansallista merkitystä, joka tuolla aatteella meidän maassa oli siihen aikaan, kun nimenomaan tarvittiin jotain, mikä pystyisi antamaan työkykyä ja uskoa tulevaisuuteen. Ja Castrénin tieteellisiä ansioita se ei muuta. Jokainen ihminenhän on aikansa lapsi, tiedemieskin, ja Castrén korotti joka tapauksessa suomalais-ugrilaisen vertailevan kielitieteen yhtä korkealle, kuin oli uudenaikainen vertaileva kielitutkimus ulkomaiden nerokkaimpain tiedemiesten teoksissa.

Ansaitsee lopuksi erikoisesti muistaa, mitä Castrénista Siperiaan nähden Sjögren kirjoitti Venäjän Maantieteellisen seuran julkaisuissa. Kirjoitus on lyhennellen otettu Suomi-sarjaan 1854. "Kuten Jermak pienen kasakkalauman avulla pani varman pohjan Venäjän Siperian vallalle, niin oli samoin Castrénin suotu huolimatta heikosta ja horjuvasta terveydestään harvinaisten sielun ja järjenlahjojensa avulla ikuisiksi ajoiksi valloittaa tieteelle läntinen ja keskinen Siperia."

Castrénin raivaamalla työmaalla versoo nyt rikas laiho. Suomen ja suomalais-ugrilaisten kansojen entisyyden ja nykyisyyden tutkimus on edistynyt pitkälle ja edistyy yhä. Castrénin perintöä hoitavat Suomalais-Ugrilainen Seura, jonka vuosipäivänä on Castrénin syntymäpäivä, ja Suomen Muinaismuistoyhdistys, joka vuosipäivänään viettää Castrénin kuolinpäivää. Ja Suomen kansallismuseo ja Suomen yliopiston suomalaisten kielitieteitten edustajat kasvattavat yhä uusia tutkijapolvia kartuttamaan sen entisyyden selvittelyä, jonka ensimäisenä suurena tietoniekkana Mathias Aleksanteri Castrén uhrasi nuoren ja hehkuvan henkensä.