1830-luvun alkuvuosina oli tapahtunut viranomaisten ja ylioppilasten välillä pieniä rettelöitä, joilla aluksi näytti olevan hyvin vakavat seuraukset, mitkä kumminkin onneksi torjuttiin. Mielet olivat kuitenkin molemmin puolin ärtyneet ja nimenomaan väitettiin akatemisten isien vainoavan ylioppilasten luottamusmiehiä ja eritoten heikäläisiä kykyjä ja suosivan pelkästään keskitasoja. Niinpä sattui syksyllä 1834, että eräs nuorten mielestä huomatuimpia nuoria kykyjä, A.A. Laurell, oli julaissut dogmaatisen väitöskirjan, jota jumaluusopillisen tiedekunnan enemmistö ei ehdottanut hyväksyttäväksi. Tämä pani mielet kuohuksiin, ja nimettömillä lipuilla kutsuttiin ylioppilaita vastalausekokoukseen yliopistolle. Ylioppilaita kokoontui, puheenjohtajaksi valittiin Yrjö Aukusti Wallin, ja läsnä oleva Castrén kehotti tätä esittämään pohdittavaksi kysymystä Laurellin asiasta. Tarkotus näyttää olleen saada aikaan mielihyvälausunto Laurell'ille ja paheksumislausunto jumaluusopilliselle tiedekunnalle, mutta asiapa ei tullutkaan kokouksessa esille, vaan ryhtyivät osanottajat pohtimaan erästä toista kysymystä. Ennen pitkää saivat viranomaiset kuitenkin selville kokouksen alkuperäisen tarkotuksen, asia ilmoitettiin kurinpitolautakunnalle, ja seuraus oli että 7 ylioppilasta, joukossa useita myöhemmin mainehikkaita miehiä, erotettiin puoleksi vuodeksi yliopistosta. Niiden joukossa oli Lauri Stenbäck, jonka elämälle tämä erotus antoi uuden käänteen, ja myös M.A. Castrén, joka erottamisen johdosta myös menetti nauttimansa pienen yliopistollisen apurahan.
Yliopistosta karkotettuna oleskeli Castrén Lohjan pitäjässä jatkaen kandidaatilukujaan ja nimenomaan tutkien itämaisia kieliä, persiaa ja turkkia. Hänen poissa ollessaan vietti osakunta 17 p. helmik. 1835 vuosijuhlaansa, jossa m.m. C.R. Ehrström esitti karkotettujen toverien maljan ja Topelius luki Snellmanin kehotuksesta kirjoittamansa runon samasta asiasta. Näkee siis kenen puolella nuorison ja toverien mielet olivat. Sen näkee ehkä vielä selvemmin siitä pöytäkirjasta, jota olisi tullut pitää kokouksessa, missä osakunnalle ilmoitettiin erottamisasia. Pöytäkirja mainitsee ainoastaan: "kokous oli sen laatuinen, että siitä ei mitään pöytäkirjaa voi pitää". —
Ristiriidan aiheet akateemisen opettajakunnan ja ylioppilasnuorison välillä eivät kuitenkaan vielä suinkaan loppuneet. Tiedetäänhän päinvastoin, miten ne kärjistyneistään kärjistyivät nimenomaan pohjalaisten keskuudessa. Yliopiston viranomaiset pitivät pohjalaista osakuntaa levottomuuden pesänä ja päättivät jakaa sen kahtia, vaikka tiedettiin, miten vastenmielinen tällainen ajatus ylioppilaista oli ja vaikk'ei heille annettu tilaisuutta asiasta edes keskustella. Mielet olivat kuitenkin tavattomasti kiihdyksissä. Kun jakoasia osakunnalle ilmoitettiin, kysyi M.A. Castrén ainoana puheenvuoron käyttäjänä inspehtorilta, joka oli ollut jakopäätöstä tekemässä, luuliko tämä päästävän pitkällekin "hallitse jakamalla" periaatteellaan. Mitenkä monellaisiin ja pitkällisiin riitaisuuksiin yliopiston konsistorin onneton jakopäätös sittemmin antoi aihetta, nähdään Reinin suuresta Snellmanin elämäkerrasta.
Yksi huomattava ylioppilasrettelö 1830-luvulla ansaitsee vielä ajan kuvauksena tulla mainituksi, varsinkin sen vuoksi, että Castrénilla oli siinä osuutensa. Pohjalainen osakunta oli päättänyt toimeenpanna v. 1839 yhteisen ylioppilasjuhlan marraskuun 9 p:nä, H.G. Porthanin sadantena syntymäpäivänä. Juhlan viettämisen kielsi kuitenkin yliopiston silloinen varakansleri, kenraalikuvernöörin apulainen A.A. Thesleff. Lisäksi kutsuttiin pohjalaisten kuraatori Fredrik Cygnaeus hänen puheilleen, ja häntä uhattiin ankaralla vastuulla, jos juhla kumminkin pidettäisiin. Kun tämä tieto tuli pohjalaisten korviin, pitivät he kohta ylimääräisen kokouksen, jossa valittiin 18-henkinen lähetystö ilmoittamaan varakanslerille, että koko osakunta oli yksimielinen kuraatorinsa kanssa. Lähetystön hommaajana oli ja sen puheenjohtajaksi valittiin silloin jo sangen huomattu Castrén.
Kun lähetystön puheenjohtajan piti varakanslerille esittää lähetystön tarkotus ja hän alotti esityksensä sanoilla: "sen johdosta että ylioppilaskunta oli aikonut viettää juhlan Porthanin muistoksi", keskeytti hänet varakansleri kiivaasti: "minä sanon herroille, että ei käy laatuun, että herrat toimeenpanevat juhlia ja kalaaseja; hänen majesteettinsa ei sitä tahdo. Herrat pitäkööt kalaaseja kirjojensa kanssa. Eivätkä herrat saa täällä pitää julkisia kalaaseja ja ivata ja pilkata opettajiaan." Castrén koetti puolestaan vastata ja keskustelun kuluessa selitti Porthanin merkitystä ja asemaa maan sivistyselämässä, jolloin varakansleri kysyä tokasi: "No, tuntevatko herrat Porthania? Ovatko herrat nähneet häntä?" Kun selitettiin, että hän oli syntynyt 100 vuotta sitten ja aikoja sitten kuollut, sanoi varakansleri Topeliuksen muistelmien mukaan: "mitä herrat siis hänestä välittävät? Silloin eivät edes herrojen isät, vaan isoisät ovat hänet nähneet. Hän eli toisissa olosuhteissa ja herroilla on paljo julkisempia aikajaksoja juhlittavana". Mitenkä olikaan, lupaa yleiseen ylioppilasjuhlaan ei saatu, mutta sen sijaan pidettiin kuuluisat ja innostuneet pohjalaiset ylioppilasjuhlat, jollaisia osakunta on vuosittain pitänyt Porthanin päivänä. Mitään suurempaa merkitystä ei ylläkuvatulla estely-yrityksellä myös tullut olemaan, mutta se kuitenkin kaikitenkin kuvaa yleistä asemaa ja kuvaa myös toverien luottamusta Castréniin ja hänen osanottoansa osakunnan yhteisiin harrastuksiin. Mitenkä suurta luottamusta Castrén muutenkin toverien keskuudessa nautti, selviää m.m. siitä, että hän 1835 toimitti osakunnan lehteä ja että kun syksyllä 1837 oli valittava 10 sensoria osakuntalaisten elämätä valvomaan, Castrén sai enimmät äänet, ja että hän talvella 1836, kun osakunta kuraatorikseen oli valinnut J.L. Runebergin, oli yksi niistä 4:stä edustajasta, jonka tuli käydä Runebergin luona hänen suostumustaan pyytämässä. — V. 1840 ja 1841 hän vihdoin toimi valittuna pohjoispohjalaisten kuraatorina.
Lienee syytä tässä yhteydessä johtaa mieliin Castrénin harrastusta varsinaisti suomenkielen asiaan. Kuten mainittu ei siihen aikaan vielä ollut varsinaista suomenkirjakieltä, ja tunnettuahan on, että etenkin virkamiessivistyneistä kodeista lähteneet osasivat suomen kieltä joko hyvin puutteellisesti tahi eivät lainkaan. Mitään virallista pakkoa osata suomea ei ollut. Tämä seikka sai C.R. Erhströmin 1 p. toukok. 1834 esittämään pohjalaisosakunnassa keskusteltavaksi ehdotuksen: koska virallisesti ei vaadita taitoa suomenkielessä, kysytään, eikö jotain voitaisi voittaa sellaisen sopimuksen kautta ylioppilasten kesken että kukaan ei saisi erotodistusta osakunnastaan, ell'ei hän ole suorittanut koetta suomenkielessä. Ehdotusta yleisesti kannatettiin ja listalle, niihin saisivat merkitä nimensä ne, jotka sitoutuivat tutkinnon suomenkielessä suorittamaan, kerääntyi koko joukko nimiä. Toisena niistä on Mathias Aleksanteri Castrénin nimi, hänen, josta sitten tuli ensimäinen suomenkielen professorin viran hoitaja Suomen yliopistossa. Teko ei hänelle enempää kuin kellekään muullekaan merkinnyt mitään valtiollista mielenosotusta. Se oli puhtaasti elävän innostuksen ja nuoren mielen isänmaanrakkauden ilmaisu, todistus ylioppilasten kangastelevista tulevaisuuden tehtävistä.
Olemme edellisessä seuranneet sitä osuutta, joka Castrénilla oli osakuntansa ja toveripiirinsä harrastuksissa ja toiminnassa. Me näemme, mitenkä hänen harrastuksensa suuntautuivat eri aloille ja miten hänen kykyänsä käytettiin toverien kokouksissa. Mutta kaiken tämän ohella oli hän jatkanut varsinaisia tutkintolukujansa sillä menestyksellä, että hän 2 p. toukokuuta v. 1836 suoritti kandidaattitutkintonsa, joka siihen aikaan käsitti lukuisia aineita. Castrénilla oli arvosanat latinassa, kreikassa, itämaisissa kielissä, historiassa, kirjallisuudenhistoriassa, filosofiassa, matematikassa, fysikassa, kemiassa, kasvi- ja eläintieteessä. Näistä oli hänellä perinpohjaiset tiedot filosofiassa ja kielissä, joissa hänen tuntemuksensa oli paljoa laajempi kuin tutkintoa varten olisi ollut tarpeen. Hänen ahkeruutensa kuvauksena mainittakoon, että kun hänen ja hänen huonetoverinsa oli määrä jouluiltana v. 1832 saapua Runebergin luo klo 7, ja kun heitä ei vielä klo 8:kaan näkynyt, niin Runeberg meni heitä hakemaan ja palasi ilmoittaen nauraen: "he lukevat kreikkaa!"
Castrén oli aikaisemmin, luovuttuaan aikomuksestaan ruveta papiksi, suunnitellut omistautuvansa itämaisten kielten tutkimukseen. Hän olisi luultavasti päässyt näitten kielten dosentiksi, mikä toimi kyllä olisi ollut palkaton, vaan kumminkin olisi antanut jotain epämääräisiä tulevaisuuden toiveita. Mutta Kalevalan ilmestyttyä suunnitteli hän omistautumista Suomen kansanrunoudelle, muinaisuskonnolle ja kansantieteelle.
Yhtä varmaan kuin Snellman, joka tähän aikaan oli osakuntansa johtava sielu, vaikutti näet Elias Lönnrotin elämäntyö ratkaisevasti Castrénin elämänuran valintaan. Lönnrothan oli keksinyt ne vaatimattomat kultuurimuistot, lahjoittanut kansalle sen kansanrunouden aartehiston, joka kenties voimakkaammin kuin mikään muu pystyi tai olisi pystynyt näyttämään, että Suomen kansan henkisiin kykyihin ja mahdollisuuksiin kävi uskominen, että se ei ollut vain "ihmiskunnan puunrungosta karsittu hengetön ja kuivettunut oksa", joka jo oli tehtävänsä tehnyt raivattuaan viljelyskelpoisiksi Pohjolan karut ja hallanarat maat. Mutta jos kerran, tai sanokaamme: kun kerran asia oli tämä ja kun lisäksi ajanhenki kehotti tutustumaan kansallishenkeen, eikö silloin ollut suuri isänmaallinen tehtävä koettaa etsiä tämän kansan sielua ja muinaisuutta, sen sukulaisia ja heimoa sen kielen ja kielellisten muistomerkkien avulla? Eikö isänmaa nimenomaan tarvinnut tuollaisen työn tekijää, joka olisi välikappaleena antamassa sille sitä uskoa itseensä ja tehtäväänsä, jota aina tuo mukanaan tietoisuus siitä, että on tehnyt jotain, että on ammoin hävinneitten ajanjaksojen vaiheissa kansana suorittanut oman osuutensa ja siis on oikeutettu ja velvoitettu elämään vast'edeskin? On jo itsessään luonnollista, että tällaiset ajatukset epäselvinä tai tarkkapiirteisempinä kajastivat Castrénin tapaisen runollisen miehen mielessä tuossa suurten ajatusten innostuttamassa, isänmaanrakkauden elähyttämässä nuorisopolvessa, ja me tiedämme sen Castrénin omista teoista ja kirjoituksistakin. Mutta varsinaisen suunnan hänen elämälleen antoi kumminkin Kalevalan ilmestyminen. Kirjoituksessaan Kalevalasta Helsingfors Morgonbladissa v. 1836 sanoo hän m.m.: "Millä tavoin ilmenee kiintymyksemme siihen suuripiirteisyyteen ja jalouteen, joka piilee isänmaamme kultuurin hämärissä, ellei sellaisten muistomerkkien pelastamisessa kuin Kalevalan?" Ja vielä v. 1851, muutamia kuukausia ennen kuolemaansa, jolloin hän yliopistossa luennoi Kalevalasta, hän sanoi tunteneensa tarvista taas palata "tähän ihanaan lauluun, joka minun sielussani sytytti ensimäisen liekin isänmaan kieleen ja kirjallisuuteen".
Tuon harrastuksen tuloksina syntyivät muutamat lyhyet esitykset Kalevalasta, joissa hän tutustutti nuoria tovereitaan monelle ehkä vaikeasti ymmärrettävään Kalevalaan, ja sen tulos oli v. 1841 ilmestynyt ja Suomalaisen Kirjallisuuden Seuran 500 ruplalla palkitsema oivallinen Kalevalan ruotsinnos, joka kauvan aikaa sekä koti- että ulkomailla välitti Kalevalan tuntemusta. Castrénin oivallinen suomen- ja ruotsinkielen taito ja hänen syvä runollinen vaistonsa tekivät hänen käännöksensä mestarilliseksi. Mutta niin olikin Castrén sitä mieltä, kuten hänen eräs kirjoituksensa v:lta 1838: "yleiskatsaus suomalaisten jumalaisoppiin ja taikuuteen pakanuuden aikana" todistaa, että "Kalevala ei vain isänmaallisista syistä, vaan kirjallisella arvollaankin oli hankkinut Suomelle sijan Europan kirjallisuudessa".