Valtiokansleri ei voinut muuta kuin hymyillä, kun hän vanhoilla päivillään muisteli tätä kuulustelua ja kertoi, kuinka Rudbeckius astui esiin sellaisella vauhdilla kuin hänen olisi ollut taitettava peitsensä kilpakentällä, kun määrätty rehtori, herra Johan Lenaeus oli maininnut Messeniuksen nimittäneen häntä "aasiksi". Hän sieppasi kiihkeästi taskustaan kirjan, joka oli heprealainen raamattu, paljo vaikeampi lukea kuin tavallinen, koska se oli painettu ilman pisteitä.
Tämä kirja kädessään astui hän pöydän luo kaikkien piispojen ja neuvosherrojen eteen, avasi sen, pani sen pöydälle ja sanoi kääntyen vastustajaansa ja viitaten avattuun raamattuun:
"Lue, jos sinussa on miestä, mutta jollet voi, niin olet itse aasi!"
Herrat pöydän ympärillä voivat tuskin pidättää nauruaan professorin kuumaverisyyden tähden, mutta tämä ei nähnyt enempää kuin Messeniuksen eikä kuullut muuta kuin suututtavan sanan "aasi" korvissaan. Hän kopaisi käsillään taskujaan ja näytti vielä tahtovan ottaa esiin jonkun kirjan, jota hän ei kuitenkaan löytänyt, ja silloin kävi hän vielä kiihkeämmäksi, sanoi että hän etsi muuatta matemaattista kirjaa, ja jos hänellä olisi se ollut mukanaan, olisi hän osottanut, että Messenius oli siinäkin tieteessä taitamaton.
Kuitenkin onnistuttiin paljon puheen ja monien esitysten jälkeen saada molemmat katkeroituneet miehet malttamaan mielensä, niin että he lopuksi sopivat ja pyysivät toisiltaan anteeksi. Mutta sittenkin saattoi olla eri mieliä siitä asiasta, eikö kurjuus olisi alkanut uudelleen, jollei kuningas olisi erottanut heitä akatemiasta, vaikkakin siten, että he sieltä muuttivat korkeammille kunniasijoille. Rudbeckius tuli kuninkaan hovisaarnaajaksi ja Messenius asessoriksi äsken perustettuun Tukholman hovioikeuteen.
Niin tuli vihdoinkin loppu levottomuuksista ja oppineiden nyrkkitaisteluista Upsalassa. Rudbeckius meni yhä eteenpäin ja pääsi vihdoin piispaksi Vesteroosiin, mutta Messeniuksen asiat menivät taapäin. Kaksi vuotta Tukholmassa tapahtuneen oikeudenkäynnin jälkeen vietiin hänet vankina Kajaanin linnaan Suomeen. Sanottiin, että hän oli ollut salaisessa kirjevaihdossa kuningas Sigismundin ja Puolan jesuiittain kanssa.
Kuinka sen laita oli, en tiedä; mutta varmaa on, että kauneimmankin kukan, ja sellainen oli autuas kuningas, ympärillä voi kasvaa rikkaruohoa, ja siihen lajiin luen minä herra Erik Yrjänänpoika Tegelin, niin oppinut kuin hän olikin ja niin hyviä historiakirjoja kuin hän onkin kirjottanut. Hän oli saita mies, ja onneton oli se, joka osui heittämään katseensa maatilaan, johon hänkin oli iskenyt silmänsä. Silloin ei hän jättänyt käyttämättä mitään keinoa saavuttaakseen tarkotuksensa. Koettipa hän mustata itse Jaakko de la Gardietakin Kaarle kuninkaan aikaan, vaikka se epäonnistui, ja sen hän teki ainoastaan päästäkseen hänen tiluksiinsa käsiksi.
Samantapaiset olivat nyt myös hänen ja Messeniuksen välit. Herra Erik Yrjänänpoika oli nimittäin saanut valtaansa ne maatilat, jotka Arnold Grothusen oli omistanut Ruotsissa, ja Messenius, koska hän oli nainut Grothusenin tyttären, vaati myöskin niitä, joten siitä syntyi oikeudenkäynti, joka suoritettiin suurimmalla katkeruudella ja joka oli Messeniukselle vielä vaarallisempi sentähden, että hän sai vaikutusvaltaisen herra Erik Yrjänänpojan leppymättömäksi vihollisekseen. Vuonna 1616 syytettiin häntä salaisesta yksituumaisuudesta valtakunnan vihollisten kanssa ja tuomittiin elinkautiseen vankeuteen. Tämä tapahtui samana vuonna kuin autuas kuningas istui niin suruissaan Kyminkartanossa ja sepitteli säkeitään onnettomasta rakkaudestaan.
Jaakko ratsumies oli silloin sattumalta Tukholmassa ja kuuli puhuttavan kohtalosta, joka odotti hänen entistä opettajaansa. Se kävi hänen sydämelleen, ja hän päätti tehdä jotakin vainotun puolesta. Eikä ollut hänen tapojaan ajatella, kuinka se tapahtuisi tai voiko hän edes tehdä jotakin. Jotakin oli tehtävä, se oli selvää, ja se oli hänen itsensä tehtävä, sillä ketään muuta ei hänellä ollut käskettävänään.
Muuanna hyvänä päivänä, vähän ennen tuomion langettamista, meni hän Messeniuksen luo ratsusaappaissaan ja miekka sivulla. Hänet tunnettiin heti. Sellaista jättiläistä ei helposti unhota.