Kumminkin, vaikkapa Beck iloisestikin ja Herraan luottaen antautui uuteen työhön, oli hänestä toiselta puolen taas vaikeaa erota Mergentheimistä ja tähänastiselta työalaltaan. Olihan tämä Mergentheimissä vietetty aika monessa suhteessa ollut hänelle hyvä ja onnellinen. Syvimmässä yksimielisyydessä puolisonsa kanssa, iloisen lapsijoukon ympäröimänä, seurustelussa uskollisten ystävien ja niiden perheiden kanssa, toimissaan kirkossa ja koulussa siunattuna ja monen näkyvän seurauksen ilahuttamana, täten oli hänen elämänsä siellä oikein toivottuun suuntaan muodostunut ja tämän kaiken jättäminen ei ollut hänestä eikä omistaan helppoa. Raskaaksi tuli hänelle ero kotimaasta vielä senkin tähden, että juuri tähän aikaan äitinsä, jonka tähden hänelle vanhempien koti oli käynyt niin kalliiksi, hänen, matkallaan Baseliin, Balingenissa viivähtäessä, kutsuttiin pois tästä elämästä. Miten hän tässä vaihteessa, johon niin eripuolilta oli joutunut, kärsi, sen ilmaisee kirje, minkä hän Balingenista tohtori Bauerin ystäväperheelle Mergentheimiin kirjoitti. Siinä kuuluu, että hän tuntee olevansa kuin haaksirikkoutunut laiva, joka ei enää koskaan voi karilta irtaantua. Sitten hän kertoo, miten erästä lempivirttänsä soittaessa, jota hän Jumalanpalveluksissa Mergentheimissä antoi useasti veisata, niin paljon muistoja oli tunkeunut hänen mieleensä, että hänen täytyi lopettaa soitto.
Miten raskaaksi hänelle muun ohessa juuri ero rippilapsistaan tuli, osottaa eräs kirjeensä Baselista, jossa hän sanoo, mitenkä hän, tavatessaan seurakuntiensa rakastamia ja ystäväinsä ympäröimiä pappeja, silloin ajattelee: 'voi te onnelliset — ja minulla oli enemmän kuin teillä — minä yksin tiedän, niitä minulla oli'.
Yli kesän viipyi Beck vielä Mergentheimissä; hän teki tällä välin jalkamatkan Baseliin, tutustuen siellä ihmisiin ja niihin uusiin olosuhteisiin, joissa nyt oli kutsuttu vaikuttamaan. Kaikkialla, tulevien opettajakumppanienkin puolelta tuli hän ystävällisesti vastaanotetuksi ja uudet ystävät Baselissa olivat innokkaimmassa puuhassa tasottamaan hänelle tietä ja helpottamaan muuttoa. Asunnostakin pidettiin huolta ja muuttokustannuksiksi lahjotettiin hänelle 600 frangia. Palkkaan, joka oli määrätty 2000 frangiksi, lisättiin heti ensi vuodeksi jo 350 frangia.
Näin ystävällisesti vastaanotettuna saattoi Beck, joka lokakuun 10 päivänä saapui perheineen Baseliin, tuntea kohtakin itsensä uudessa piirissä kotiutuvaksi eikä hänellä ollut syytä katua tapahtunutta muutosta. Myöskin suhde teologiian professoreihin oli ja pysyi aina loppuun asti ystävällisenä, vaikka juuri hänen kutsumisessaan olisi saatettu nähdä jossain määrin syytös tähänastisia teologiian edustajia vastaan. Mutta he kaikki ymmärsivät antaa Beckille niin hyvin miehenä kuin teologina arvon, samoin kuin hänkin puolestaan antoi sellaisen arvon heille. Niinpä professori De Wette, joka teologiseen kantaansa nähden erosi kau'immalle Beckistä, kuului hänen perhe-ystäviinsä ja pakeni monta kertaa omasta jotenkin rauhattomasta kodistaan Beckin lukukammariin, saadakseen siellä, sill'aikaa kun toinen levollisena pöytänsä ääressä työskenteli eteenpäin, syventyä jonkun teoksen tutkimiseen.
Beck alkoi yliopistollisen opetustoimensa virkaanastujaispuheella "kristinopin tieteellisestä käsittelemisestä", jonka hän piti marraskuun 7 päivänä yliopiston juhlasalissa, muinaisen augustiinolaisluostarin ruokasalissa. Vakavalta ja ylevältä kannalta käsitti hän heti alussa opetustoimensa tulevien pappien neuvojana ja yhdeksänvuotinen kokemus käytöllisen papin toimesta oli hänellä hyvänä pohjana. Itse hän oli viran vaikeuksissa oppinut, miten suuri asia on olla pappina ja sielunhoitajana ja ettei sen varustukseksi riitä vielä hurskas tunne, ei synnynnäinen lahjakkuus eikä juuri oppikaan, vaan ainoastaan omantunnon vakavuus ja Raamatun tunteminen. Mitä hän tarkotti viimemainitulla, osottakoot seuraavat lauseet sanotussa puheessa.
"Pyhä Raamattu ei sisällä mitään kouluopetuksen tapaista jo valmisten tietojen kokoelmaa, mutta yhtä vähän myöskään muotoa kokonaan puuttuvaa ainekokousta vasta valmiiksi tehtäviä tietoja varten. Se on yhtä täydellisesti kehittynyt kuin lujasti yhdistetty elämänjärjestelmä, tosi kuva siitä ilmestyksestä, minkä ilmoittaja se on. Kumminkin käyttävät toiset Raamatun sisältöä kuten alusta aina loppuun saakka liikahtamatonta oppilausejoukkiota, johon tarvitsee vain kätensä pistää poimimaan kaikkialta samaa sisältäviä lauseita. Toiset menettelevät niin kuin heillä olisi edessään monenlaisten esitysten ja opetusten kirjava kokoelma, joka selittäjän sysäyksillä antaa luontevasti siirtää itseään sinne, tänne. Ensimmäisten mielestä täytyy Mooseksen sanoa esim. uskosta tahi Jumalan armosta puhelleen aivan samaa kuin Paavalin ja kaikki todistelukohdat ovat vain jonkun jo valmiin oppilauseen yksiääninen kaiku. Toisten mielestä ajattelee ja kirjoittaa Paavali samasta aineesta aivan eri lailla kuin Mooses, ja Jaakoppi eri lailla kuin Paavali, niin että toinen lyö toistaan vasten suuta, sill'aikaa kun kumminkin ihmeellisellä tavalla kaikkien todistuksessa, yhteisyydeksi käsitettynä, tulee olla vielä sama jumalallinen totuus sellaisena jumalallisena sopusointuna, kuin ikänä ajateltavissa on. Ensimmäiset sekottavat yhteyden ja yhtäläisyyden. Kehityksen jokainen erotus samenee tiedottomaan kohdallaan olemiseen. Toiset kärjistävät erotuksen vastakohdaksi ja aineen yhteys erittyy kemiallisten yhdistysten sotkokseksi, muodostuu iankaikkisesti ratkaisemattomaksi tehtäväksi, kuten ympyrän neliöksi muodostus. Tuollainen yhtä tieteetön kuin epäkristillinen Raamatun sisällön rääkkäys loppuu, kun Raamattu käsitetään elävänä järjestelmänä, sen todistus totuuden alkuna, jossa opin ole tosin on vain yksi, mutta oman jumalallisesti ilmestyvän muodostustyyppinsä mukaisesti vähitellen kehittyy mitä moninaisimpaan, totuuden siemenestä aina sen kypsään hedelmään asti; jossa siis aikaisempi ja vanhempi tosin jo itseensä sulkee saman sisällön kuin viimeinen, mutta ainoastaan idun tavoin ja jossa välillä oleva on elämä ja oleellinen välijäsen, tuon varhaisemman enempää ominaista muodostumista varten aina uudestaan itseensä sulkeva ja seuraajalleen juuri sitä varten sen taas jättävä, niin että viimein tuo kaikki yhdessä keskittyy täydelliseksi muodostumaksi tahi täydellisyyteensä viimeisissä, apostolien jättämissä kirjoissa, joiden totuudet nyt kypsinä hedelminä kasvavat koko puusta ja sellaisina taas sisältävät täydellisen siemenen-ituvoiman, s.o. elämänvoiman, kerratakseen sisällyksensä uusissa ja kuitenkin oleellisesti samanlaisissa kehityksissä, minkä juuri tulee tapahtua teologiiassa tieteellisesti."
"Sen tähden tiede ei saa eikä voi käsitellä pyhää Raamatun tekstiä liikahtamatonna vaikkapa jumalallisen arvoisena ulkonaisena kirjaimena, jossa ajattelu vain yksinäisiä lauseita ja tapahtumia, opin ja historian ulkopuolta oppineesti ja tutkeilevasti muokkaa ja Raamatun uskontotuudet tulevat yksitellen dogmaattisten tai filosoofisten lausumien todistelu-esimerkeiksi; mutta ei ole teksti myöskään käsiteltävä vasta selittäjän hengestä selviytyvänä ja henkiytyvänä kirjaimena, jossa kaikenlaisten erottelujen ja sovittelujen avulla jokin niin kutsuttu puhdas totuus tai aate ylenee näkyville ja Raamatun uskontotuudet kokonaan muutetaan ehdotonta uskottavuutta puuttuviksi selittäjän mietelmiksi, isättömiksi holhokeiksi. Molemmat puolet, väärän Jumala-autoriteetin sitovat kirjainniekat niin kuin väärän järkiautoriteetin sokaisemat henkiniekat eli keikarihenget, jollaisiksi Luterus heidät nimittää, erottavat taas niin hyvin ilmestyskäsitteessä kuin myös ilmestyksen sanassa sen, mitä Jumala on yhdistänyt, sen jumal-inhimillisen luonnon. 'Minun sanani ovat henki ja elämä', sanoo Herra, eivät siis ole haihtua henkäys eivätkä liikahtamattomaksi jähmettynyt lauselma, vaan sisälle ja ulospäin elämää ilmaiseva totuus, henkeä ulos ja sisälle hengittävä elämänsana, eivät tule siksi vasta selittävän järjen avulla, jota varten, eikä järjettömyyttä varten, sana totuushenkineen tosin on olemassa, vaan jonka kautta se ei vasta saa totuuden henkeä, kun päinvastoin järjen itsensä vasta sanan kautta täytyy saada se."
Sangen tarkattava on myös puheen loppu: "Varmaan, pyhä vakava kutsumus on nykyiselle teologiialle annettu, ja Hän, joka niin avaralti on vienyt sen sivu vaarallisinten kallioiden ja kautta tuskallisten synnytysvaivain, on sen viepä päämääräänkin asti. Mutta voi-huudon huutaa henki samoin kuin sen historia kevytmielisyydelle, joka juuri tällä iankaikkisen totuuden alalla, nopeana puhumaan ja hitaana kuulemaan, kuvittelee voivansa paljaalla järjen taidolla suorittaa kaikki, käsittelee maailmanhistorian sisimpiä arvotuksia tavallisena joka-miehen-asiana, hengen syvimpiä salaisuuksia ravintolan ruokalaitteena, mikä kaikista keittiötemppujen ponnistuksista huolimatta pysyy pyhyydenloukkaamisena. — Niin ylenkatseellisesti kuin tieteen kilven juojassa muutoin vieläkin kristillistä uskoa vastustetaan, emme me tuomitse itseään tiedettä; ei tieto, kuten jo huomautettu, ole uskon kanssa ristiriidassa, vaan usko uskon kanssa, oma-usko Jumalan-uskon kanssa. Viimemainittu ei ole joka-miehen-asia niin kuin ensinmainittu on, koska se, mitä se edellyttää, ei ole jokamiehelle mieluista — mutta Jumalan-usko on se, joka maailman voittaa ja juuri sen tähden ei sillä ole syytä peljätä taistelun mitään tuoksinaa. 'Oratio', rukouksessa korkeamman maailman kuultavissa hengen avoinna oleminen, 'meditatio', hengen miettivä syventyminen sisäiseen maailmaan ja 'tentatio', hengen käytöllinen muodostuminen ulkoisen maailman kautta, — nämä uskonharjotukset, sanoo eräs totinen Jumalanmies, kasvattavat oikean teologin, jossa papin, ajattelijan ja käytöllisen kristityn tulee yhtyä yhdeksi. Ei niin, että me teologiiamme taivaallisen kutsumuksen helmen jo olisimme käsittäneet, vaikkakin se pyhällä vetovoimallansa on meidät jo käsittänyt; mutta sen perään kaikin voimin pyrkiminen on nimenomaisena tehtävänä ajallamme, jolle niin monet edelliset omat aarteensa perinnöksi jättäneet; niin monta kuin meistä siis tahtoo täydellisiä olla, ajatelkaamme näin."
Niiden kolmentoista lukukauden aikana, joina Beck Baselissa opetti, ahkeroi hän neuvoa kuulijoitaan teologisen tieteen useissa eri haaroissa. Tärkeimpänä aineenaan luennoi hän useammat lukukaudet kristillistä uskontiedettä ja näki juuri tällä alalla itsensä pakotetuksi omalla tavallaan käsittelemään Raamattua tieteellisesti, jättämään kokonaan nuo muutoin tavalliset uskon- jaa siveysopin esitykset ja kulkemaan omia teitänsä likeisemmästi itsehensä Raamattuun liittymällä. Siten syntyi tämän työn hedelmänä kirjansa "Kristillisen opin järjestö, I osa", teos, joka täytyy sanoa käänteen tekeväksi, suurenmoiseksi kokeeksi esittää raamatullinen oppi läpiajateltuna ja yhtenäisenä järjestönä. Valitettavasti on teos tähän ensimmäiseen perustamaan osaan pysähtynyt eikä tekijälle niiden suurten vaatimusten takia, joita toimensa yhä edelleen hänen ajalleen ja voimilleen pani, ole ollut mahdollista alkuperäistä aijettansa loppuun saattaa. Hänellä oli ajatuksena antaa tätä ensimmäistä osaa, joka sisältää uskonopin, seurata toisen ja kolmannen, kristillisen siveysopin ja kristillisen elämänopin. Vielä kaksi muuta julkaisua tällä alalla syntyi Baselissa oloajalla, luennoiden yhteydessä, nimittäin "Johdanto kristillisen opin järjestöön" ja "Raamatullinen sieluoppi."
Samalla aikaa kun Beck näitä aineita selitti, jotka häneltä itseltään vaativat pitkittävää perusteellista työtä lukupöydän ääressä, mutta jotka samalla syvämielisyytensä ja jotenkin vaikeasti ymmärrettävän kielenkäytännön takia panivat ei vähiä vaatimuksia nuorekkaalle kuulijakunnalle, tarjosi hän heille erinäisten vanhan ja uuden testamentin kirjojen selityksissään helpompaa ruokaa ja johti heitä hänen tapaiseensa Raamatun käsittelemiseen. Hän selitti vieretysten ja perätysten profeetat Miikan, Joelin, Naahumin ynnä valituita paikkoja vanhassa testamentissa ja sitten epistolat Roomalaisille, Efesiläisille, Kolossilaisille, Timoteukselle ja Pietarin epistolat.