Mutta taantumus väijyi. Metternich ja Itävalta kuristivat rautaisin käsin sen ensimäiset taimet. Paavin täytyi perääntyä, ja kaikki näytti palaavan entiselleen.
Näitä tapauksia Mazzini kaukaa tarkkaili kiihtyvällä innostuksella. Apostolato Popolare-lehdessään ennusti hän tulevia myrskyjä ja osoitti paaville hehkuvan kirjeen, vaatien häntä asettumaan Italian vapausliikkeen etunenään. Ja Mazzini oli ennustanut oikein. Saapui vuosi 1848, ja taas jyrähti Ranskassa vallankumouksen ukkonen, kiirittäen kaikuansa kaikkiin Euroopan kulmiin. Joka paikassa nousi kansa vaatimaan vapautta, vaatimaan perustuslakeja. Näytti siltä kuin Itävalta, taantumuksen vanha päävarustus, olisi alkanut horjua. Metternich pakeni, Unkari kapinoi, Pohjois-Italian kaupungit vapautuivat.
Nyt tuli Mazzinille kiire. Hänen täytyi päästä Italiaan, vieras maaperä poltti hänen jalkojensa alla. Nopeasti Lontoosta Pariisiin ja sieltä Milanoon, missä innostunut väkijoukko otti hänet riemuiten vastaan. Mutta jo nyt syntyi eripuraisuutta. Ennenkuin voittoa oli saatukaan, alettiin riidellä Italian hallitusmuodosta, ja sillaikaa voitti Itävallan sotamarski Radetzky horjuvan ja epäröivän Kaarlo Albertin taistelussa toisensa jälkeen.
Roomassa oli voitto kuitenkin ollut varma. Paavi oli paennut vaunuissa Gaetaan, ja oli valittu väliaikainen hallitus, joka kävi yleisen äänioikeuden perustalla valituttamaan Kansalliskokousta. Edustajiksi tulivat myöskin Garibaldi ja Mazzini. Kansalliskokous julisti suurella äänten enemmistöllä tasavallan. Nyt tunsi Mazzini unelmiensa käyvän toteen, nyt näki hän jo innoitetussa näyssä Italian yhtyneenä, Rooman sen pääkaupunkina, kaikki kansat veljinä. Nyt oli keisarien ja paavien Rooman sijaan tullut kansan kaupunki, joka aatteillaan ja siveellisellä voimallaan hallitsisi maailmaa mahtavana ja suurena kuin ennenkin.
Hän puhui kuin triumfaattori kansan juhlivien huutojen kaikuessa, kansan, joka tuskin ymmärsi mitä hän puhui, mutta jonka hän kaunopuheisuutensa tulisella teholla tempasi mukaansa. Ja Mazzini uskoi, uskoi kaikella ihanteellisen sydämensä voimalla kansansa kykyyn, asiansa ja aatteittensa lopulliseen voittoon. Ja nyt ryhtyi hän kokoamaan tasavaltalaisten muualla jo hajonneita voimia. Hän sai Kaarlo Albertin vielä kerran marssimaan Itävaltaa vastaan, mutta Radetzky löi tämän taas perin pohjin Novaran luona, ja hänen täytyi luopua kruunustaan poikansa Viktor Emmanuel II:n hyväksi.
Tapaus teki järkyttävän vaikutuksen Roomassakin, ja siellä valittiin "triumvirit" Mazzini, Saffi ja Armellini valtiota johtamaan. Paavikin, joka tähän saakka oli ollut vaiti Gaetassaan, päästi nyt hätähuudon, kutsuen katolista maailmaa vapauttamaan hänet "lurjusjoukon" vallasta. Ranska, joka juuri äsken oli julistanut kunnioittavansa toisten kansojen vapautta, marssitti sotajoukkonsa rajan yli nuorta tasavaltaa vastaan.
Mutta Mazzini ei hämmästynyt. Nyt oli hänen puolustettava ihanteitaan vereen ja henkeen. Nyt oli hänen näytettävä mitä usko ja ihanteet voivat. Roselli ja Garibaldi valittiin hoitamaan kaupungin puolustusta, mutta kaiken sieluna oli Mazzini. Sanotaan, että Rooman puolustus nosti italialaista luonnetta. "Epäitsekkäänä, väsymättömänä, yksityisestä mukavuudestaan välittämättä, helläsydämisenä kuin lapsi, suurenmoisine uskoineen jumalalliseen tehtäväänsä osoitti tuo 'myrkyllinen vehkeilijä' paavin alamaisille sellaista sielun suuruutta, ettei moista ollut nähty yhdessäkään Kristuksen sijaisessa koko sinä aikana kuin Rooma oli ollut kristitty."
Toinen merkillinen piirre hänessä oli se, ettei hän ollut vähääkään kostonhaluinen. Kukaan ei saanut koskea kirkon omaisuuteen eikä sen palvelijoihin. Kun kansanjoukot esim. kantoivat rippituoleja katusulkuihin, käski Mazzini viedä ne pois. "Hallituksen velvollisuus on säilyttää uskonnon koskemattomuus", sanoi hän.
Kun kaupungin puolustajat, torjuessaan hyökkäyksen, saivat joukon ranskalaisia vangiksi, vietiin heidät Pietarin kirkkoon, jossa Mazzini lausui heille: "Ranskalaiset ja italialaiset, rukoilkaamme yhdessä tässä pyhässä paikassa Kaikkivaltiasta kansan vapauden ja yleisen veljeyden puolesta." Sitten saatettiin heidät kadulle ja lähetettiin pois, mukanaan suuria sikaarikääryjä lahjaksi tovereilleen.
Triumviri asui Quirinalilla pienessä huoneessa, jonne kaikilla oli vapaa pääsy. Hän söi halvassa ravintolassa kahdella frangilla päivässä ja eli koko piiritysajan leivällä ja rypäleillä, jakaen suuren palkkansa kokonaan muille. Hänen ainoa ylellisyytensä oli kukkakimppu, jonka tuntematon käsi joka päivä toi hänelle.