Samoina vuosina kuin tämä romaani muodostui Rousseaun päässä ja sydämmessä, syntyivät myös hänen toiset pääteoksensa: Contrat social ja Emile. Perusaine niissä kaikissa on sama. La Nouvelle Heloïsessa rakkaus ja luonnonidylli asetetaan "sivistystä" vastaan. Contrat socialissa taistellaan luonnollisen vapauden puolesta. "Ihminen on syntynyt vapaaksi, ja kaikkialla hän on kahleissa", niin alkaa kirja. Emilessä luonnollinen hyvyys asetetaan vastakohdaksi sosiaaliselle ja sivistyneelle turmellukselle; kirjan ensimäiset sanat ovat: "Kaikki on hyvää joka johtuu luonnon alkuunpanosta; kaikki turmeltuu ihmisten käsissä." Näissä lauseissa kaikuvat vielä Rousseaun ensimmäiset paradoksit; mutta itse teosten tuli nyt antaa niille lähempi selitys ja rajoitus.
Aina siitä saakka kuin hän oleskeli Venetsiassa, oli Rousseau harjoittanut historiallisia ja politillisia opintoja. Genevessä käydessään oli hän saanut uusia aiheita ja uusia historiallisia aineksia. Kirjoituksessaan politillisesta taloudesta, suuressa ensyklopediassa, oli hän jo pääsuunnissa käsitellyt ainettaan. Contrat social, joka ilmestyi 1762, on näiden tutkimusten lopputulos. Tässä teoksessa on luonnonoikeutta [15] jyrkimmässä muodossaan noudatettu, johdonmukaisesti pitämällä kiinni ajatuksesta, että valta ei koskaan voi tulla oikeudeksi, joka onkin kirjan pääajatus. Jokaisen vallan käyttämisen tulee, ollakseen oikeutettu, olla kansan tahdon ilmauksen, ilmaista todellista tai hiljaisuudessa hyväksyttyä sopimusta. Kansan tahdolla ei tarkoiteta kaikkien samaan aikaan elävien yksityisten tahtoja yhteensä, vaan sitä tahtoa, joka kannattaa kansan elämää sukupolvien vaihdellessa. Kansa ei voi luovuttaa valtaansa, sillä eivät minkään ajan yksilöt voi sitoa koko kansaa, jonka elämä ei koskaan pääty. Rousseau kehittää oppia kansan herruudesta, joka polveutuu keskiajalta, ja etenkin oppia tämän herruuden riippumattomuudesta, jossa hän perustuu oman synnyinkaupunkinsa historiaan. Geneven, vapaakirjassa vuodelta 1387 lausutaan tämä riippumattomuus hyvin voimakkain sanoin, ja tällä vapaakirjalla oli vielä Rousseaun aikana suuri merkitys politillisissa keskusteluissa Genevessä. Suunnitelmasta Contrat socialiin, jota säilytetään Geneven kirjastossa, nähdään, että Rousseau suunnitellessaan kuuluisaa teosta etenkin on ajatellut synnyinkaupunkiaan.[16]
Suuressa määrässä on liioiteltu Contrat socialin tietopuolista luonnetta. Ranskan vallankumouksen aikana käyttivät kirjaa etenkin Robespierre ja St. Just, ikuisten politillisten totuuksien katkismuksena, joka suoraan muka voitiin paperilta siirtää elämään. Ja monet vallankumouksen vastustajat ja arvostelijat, vieläpä Tainekin suuressa historiallisessa teoksessaan, myöntävät heidän siinä olevan oikeassa. Ne jotka siitä luulevat löytävänsä ainoan politillisen opin, luulevat ymmärtävänsä sitä paremmin kuin Rousseau itse. Hän ei ollut siihen tyytyväinen. Kun kerran, hänen jo vanhana ollessa, kertoo Dusaulx, hänelle näytettiin hänen eri kirjojaan, määritteli hän niitä kutakin lyhyesti, ja kun hän tuli Contrat socialiin, sanoi hän: "Ne jotka luulevat ymmärtävänsä sen täydellisesti, ovat minua taitavampia; se kirja olisi kirjoitettava uudestaan; minulla ei siihen enää ole voimia, eikä aikaa." Kirjasta käy kyllä selvästi näkyviin, ettei Rousseaun tarkoitus ollut, että a priori voitaisiin kyhätä kokoon valtiomuoto, joka soveltuisi kaikkialla. Se olisikin ristiriidassa hänen yleisen ajatustapansa kanssa. Samoinkuin hän kieltää ainoan autuaaksi tekevän sivistyksen olemassaolon, joka soveltuisi kaikille asteille, niin hän kieltää ainoan autuaaksi tekevän valtiomuodon. (Katso etenkin Contr. soc. II. 8 ja 12 ja III, 9). Kun häntä itseään myöhemmin pyydettiin suunnittelemaan valtiomuotoa Korsikalle ja Puolalle, menetteli hän sen ajatustavan mukaan. Hän selitti korsikalaiselle kirjeenvaihtajalleen, että hän kenties, jos hän kauvemmin aikaa olisi asunut maassa, voisi kirjoittaa maan historian, mutta hän kieltäytyi valmistamasta hallitusmuotoa sille. Kirjoituksessaan Puolan hallitusmuodosta selittää hän, ettei muukalainen voi säätää lakia maalle, ja että kansalliset tavat ovat tärkeämmät kuin käskevät ja kieltävät lait. Hän kehoittaa varovaisuuteen uudistuksissa, — niin sanoo hän maaorjuudesta: älkää vapauttako ruumiita ennenkuin sieluja! Ja hän teroittaa mieliin, että maa aina on heikko siihen aikaan, kun se vaihtaa hallitusmuotoa.
Jos vertaa Contrat socialia teokseen Discours sur l'inégalité, näkee selvään, kuinka Rousseau on muuttanut käsitystään luonnontilan ja sosiaalisen tilan suhteesta. Vanhemmassa teoksessa johduttiin välttämättömästi tyranniuteen. Contrat socialissa saattaa ainoastaan väärinkäytöksen kautta syntyä vapauden puutetta, — nimittäin kun hallitus panee oman erityisen tahtonsa yleisen kansantahdon sijaan, jonka ilmituojana jokaisen hallituksen tulee olla (III, 10). Itsessään suuria etuja saavutetaan luonnontilasta yhteiskunnalliseen elämään siirtyessä. Oikeudenmukaisuus tulee vaiston sijaan, oikeus ja velvollisuus välittömän aiheutumisen sijaan. Jos vapautta rajoitetaankin, niin on sen sijaan voimilla, tunteilla ja ajatuksilla suurempi mahdollisuus kehittyä. Lyhyesti, ihminen muuttuu tylsästä eläimestä henkiseksi olennoksi. Mutta sen pahempi, lisää Rousseau, alentavat uuden tilan väärinkäytökset usein ihmisen alemmaksi luonnontilaa! (I, 8.) Tämmöisenä on esitys ajatukseltaan vallan toinen, kuin aikaisemmassa teoksessa.
Kaikista Rousseaun varokeinoista huolimatta oli kirja kuitenkin periaatteiltaan niin radikaali, että hallitukset sekä monarkisessa Ranskassa että Geneven ja Bernin tasavalloissa ryhtyivät ankariin toimiin sitä ja sen tekijää vastaan. Niillä oli siinä suhteessa sama kohtalo kuin kolmannella ja tärkeimmällä pääteoksella.
Emile ei Rousseaun omien sanain mukaan (kirjeessä Cramerille 1764) ole pedagooginen esitys, vaan filosoofinen teos, jossa koetetaan poistaa ristiriitaisuutta. Uskon, että ihminen luonnoltaan on hyvä, ja sen pahan välillä, jonka kokemus osoittaa. Kirjan tulee osoittaa, kuinka kaikki paheet tulevat ymmärrettäviksi, kun tutkii inhimillisen sydämmen historiaa, ja se kasvatusjärjestelmä, jota se esittää, on tässä ainoastaan kehyksenä.
Rousseau tahtoo, että tulee nojautua kokemukseen. Ja hän tahtoo rakentaa eikä repiä. Hän alkaa sanomalla, ettei ollenkaan tunneta lapsuutta. Ja se ihmisluonnon, etenkin lapsen luonnon tunteminen, jonka hänen kirjansa tahtoo antaa, on hänelle suuremmasta merkityksestä kuin se metoodi, jota hän neuvoo noudattamaan. Tärkeämmän kasvatuksen antaa luonto itse välittömästi kehittämällä voimia ja haluja; kaikki muut vaikutukset ja kaikki muu sekaantuminen on alistettava sen alle. Oppilaan on opittava oman kokemuksen kautta, itsetoiminnan kautta, hänen tulee olla luonnon eikä ihmisten oppilas. Kasvatuksen tulee ihmisten puolelta aluksi olla kielteisen, se on; sen tulee suojella turmiollisilta vaikutuksilta, ei positiivisen, ei suoranaisesti opettavan. Eikä Rousseau yksistään pane painoa kokemukselle yleensä. Hän väittää vielä, että kullakin ihmisellä on oma omituinen luontonsa, joka määrätköön, kuinka häntä on pideltävä. Senkin vuoksi siis on kasvatuksessa meneteltävä varovaisesti ja aluksi rajoituttava oppimaan tuntemaan luontoa. [17] — Kullakin aikakaudella jokaisen yksilön elämässä on omituinen luonteensa. Ei mitään elämä n aikaa, ei myöskään lapsuutta saa sen vuoksi tehdä pelkäksi keinoksi tuleville ikäkausille. Emile on lapsuuden evankeliumi. Se vakuuttaa, että lapsuus on itsenäinen osa elämää, ei ainoastaan valmistus täysikasvaneeksi tulemiselle. Tämä juuri määrää Rousseaun pedagogiikan. "Minun metoodini", sanoo hän "perustuu ihmisten voimien mittaamiseen sen eri ikäkausina ja niiden toimien valitsemiseen, jotka soveltuvat näille voimille".
Tämän luonnon prinsiippinsä panee Rousseau sekä valistusta että oikeauskoisuutta vastaan. Perusajatuksensa kautta saavuttaa hän tämän kaksinaisen aseman. Järjen harjoittamista samoinkuin erityisten dogmien tyrkyttämistä on vältettävä niin kauvan kun mahdollista. Luonnon hyvyys on juuri siinä, että alusta pitäen — ennenkuin mietiskely on herännyt, ja ennenkuin yhteiskunnan käskyt ja tavat pääsevät vaikuttamaan — on harmooninen suhde voimien ja halujen välillä. Tämä sopusointuinen suhde on nyt säilytettävä, sen jälkeen kun mietiskely, mielikuvitus ja yhteiskunta ovat alkaneet vaikuttaa. Luonnon kasvatus edistyy hitaasti, mutta ihmiset ovat taipuvaisia ennen aikojaan sekaantumaan, siihen. Sen vuoksi onkin tärkeintä vaatia hyvältä henkiseltä sivistykseltä, että se hidastuttaa kehitystä.
Locke, joka niin monessa kohdassa on Rousseaun edeltäjä, arveli, että lapsen kanssa oli keskusteltava niin paljon kuin mahdollista. Sitä vastustaa Rousseau jyrkästi. Järki ei hänen käsityksensä mukaan ole erityinen, alkuperäinen voima, vaan kehittyy vasta, kun muut voimat ovat kehittyneet. Kasvatuksen tarkoitus on muodostaa järkevä ihminen: ei siis voi alkaa pitämällä ihmistä järkevänä! Niin tehden alkaisi lopusta ja tekisi tuloksen omaksi välikappaleekseen. Meidän mietteemme tulevat ulkoapäin, jota vastoin tunne tulee sisästä ja sen vuoksi kehittyy ensiksi. Tunteen ja intohimon tulee koneistoa käyttää. Vain sen saattaa ihminen omistaa, joka saattaa herättää hänessä harrastusta, mutta harrastuksen mahdollisuus riippuu siitä kehitysasteesta, millä yksilö seisoo. Liian aikainen ymmärryksen kehittäminen synnyttää sana viisautta, eikä tietoja, ja heikontaa henkistä voimaa.
Ettei lapsi saisi mietteitä, joita se ei kykene käsittämään, ja jotka eivät vastaa sen todellisia voimia ja haluja, tahtoo Rousseau siirtää uskonnollisen kasvatuksen nuoruuden ikään. Tähän Rousseau sovittaa kuuluisan Savoijalaisen maapapin tunnustuksen osoittaakseen, missä hengessä uskonopetusta on annettava. Se panee tunteen ja sydämmen evankeeliumin selväksi vastakohdaksi kirkolle ja valistusfilosofialle. Lohdutuksen ja toivon kaipuu on ratkaiseva kriteeriumi. Se, jolla ei ole tunne-elämälle mitään merkitystä, lykätään syrjään, jollei sitä suorastaan hyljätä. Onko maailma ikuinen tai luotu, onko siinä yksi vai useampia periaatteita, siitä minä en tiedä mitään, ja mitä minulla on sen kanssa tekemistä! — Ainoastaan mikä koskee välitöntä suhdetta Jumalaan, sen tahtoo Rousseau vahvistaa dogmiksi, suurilla kosmillisilla kysymyksillä ei siinä ole mitään merkitystä.