Puhuttuaan luonnollisen uskonnon totuuksista vastustaessaan materialismia, arvostelee hän positiivista uskontoa, etenkin ihmeitten ja ikuisen kadotuksen uskomista. Positiivinen uskonto perustuu historialliseen kertomukseen, pyhiin kirjoihin ja edellyttää sen vuoksi kovin paljon oppia. Tässäkin vetoaa Rousseau luontoon. Maapapin viimeinen neuvo nuorelle miehelle, jolle hän puhuu, on: Säilytä sydäntäsi semmoisessa tilassa, että sinä aina haluat Jumalan olemassaoloa, niin et koskaan epäile sitä!—
Painattaessaan pääteoksensa sai Rousseau apua ylhäisiltä ystäviltään. Vapaamielinen Malesherbes, joka oli senssuuriviraston esimies, ja vaarallisena hetkenä oli pelastanut Diderotin ensyklopedian, tarkasti hänelle käsikirjoitusta. Rousseau pysyi rauhallisena, vaikka eräs hänen ystävistään, jolle hän luki savoijalaisen maapapin tunnustukset, hämmästyneenä huudahti: "Mitä, kansalainen, se on kirjassa, joka painetaan Parisissa?" — Talvella 1761-62 tunsi hän itsensä levottomaksi ja huolestuneeksi, mutta siihen oli syynä, että hän ollen sairaloisessa tilassa (häntä vaivasi rakkotauti) oli hyvin ärttyinen, ja kun painattaminen satunnaisesti keskeytyi, otaksui hän, että jesuiitat, joiden kasvatusopilliset periaatteet olivat aivan vastakkaisia, koettivat vääristää kirjan sisällystä! Pelastaakseen kuitenkin tärkeimmän, talletti hän jäljennöksen savoijalaisen maapapin tunnustuksesta erään geneveläisen tuttavan huostaan. Että juuri siihen aikaan puhuttiin jesuiittiveljeskunnan hajoittamisesta, perustui hänen luulonsa mukaan, huhuun, jonka muka jesuiitit itse olivat panneet liikkeelle, tehdäkseen vihollisensa huolettomiksi! — On omituista Rousseaulle, että hän siten voi rakentaa kokonaisen järjestelmän pahan mielen ja satunnaisen tapahtuman perustukselle. Hänet saatiin rauhoittumaan, painatus jatkui pian taas säännöllistä menoaan, ja — mikä oli hyvin harvinaista Rousseaussa — hän käsitti, että väärä epäluulo oli vienyt hänet harhaan. Kirja ilmestyi sitten, kohta Contrat socialin jälkeen, keväällä 1762. Julkisesti puhuttiin siitä vähän, ja Rousseau luuli ystäviensäkin olevan hiukan välinpitämättömiä sen suhteen. Vain muutamat kiittivät häntä sydämmellisesti siitä, niin kuin matematiikan tutkija Clairault, joka selitti, että se oli lämmittänyt hänen vanhaa sydäntään. Silmiin pistävää oli, että Malesherbes kohta ilmestymisen jälkeen halusi kirjeitään takaisin; mutta Rousseau ei aavistanut mitään vaaraa. Vaino lähti juuri jesuiittain vastustajista. Mieleltään jansenistinen parlamentti, joka tahtoi osoittaa, että se koettaessaan masentaa jesuiittoja, ei tehnyt sitä siksi, että se olisi ollut laimea uskonasioissa, tuomitsi Emilen 9 p:nä Kesäk. 1762 poltettavaksi ja määräsi tekijän vangittavaksi. Hänen ystävänsä lähettivät Parisista edeltäpäin sanan Montmorencyyn. Keskellä yötä herätettiin Rousseau ja hän matkusti pois, juuri ennenkuin oikeudenpalvelijat tulivat. On mahdollista, että hänen ylhäiset suosijansa jouduttivat hänen pakoaan, koska heille olisi ollut epämukavaa, jos heidän suosikkinsa olisi tullut oikeuden eteen. Rousseau itse oli epäillyt, ettei kaikki ollut niin täyttä totta, kuin miltä se ensi pelästyksessä näytti. Kuitenkaan ei sen ajan Ranskassa, jossa epäilys ja fanatismi taistelivat ja vaihtelivat sekä hallitsevissa että kansassa, voinut olla varma mistään, joka nähdään monesta kuuluisasta oikeudenkäynnistä, niinkuin de la Barren, joka tapahtui kohta tämän jälkeen, ja joka herätti varovaisessa ja hyvin suojatussa Voltairessaki halun äkkiä matkustaa kylpemään Sveitsiin ja pyytämään Preussin kuninkaalta turvapaikkaa itselleen ja muille filosoofeille.
Kun Rousseau saapui Sveitsin rajalle, nousi hän vaunustaan ja suuteli maata posteljoonin suureksi hämmästykseksi. Mutta hän pettyi luullessaan tulevansa vapauden luvattuun maahan. Hän asettui toistaiseksi ystävän luo Yverduniin, Bernin alueelle. Genevessä jo 19 p:nä kesäk. oli poltettu Contrat social ja Emile ja oli käsketty vangitsemaan tekijä. Sinne hän ei siis saattanut mennä. Kohta sen jälkeen kielsi Bernin hallitus häntä oleskelemasta sen alueella. Hän turvautui silloin Neufchateliin, jota hallitsi Fredrik Suuri. Täällä vietti hän sitten muutaman vuoden ajan samanlaista idyllistä elämää maalaiskylässä Motiers, jota hän oli viettänyt Montmorencyssa. Näinä vuosina innostui hän kasvitieteeseen ja sai siten uutta aihetta luonnon helmassa kuljeksimiseen. Täällä oleskellessaan sepitti hän vastauksen Parisin arkkipiispalle joka oli lähettänyt paimenkirjan Emileä vastaan (Jean Jacques Rousseau, citoyen de Genève à Christophe de Beaumont, archevêque de Paris, duc de St. Cloud, pair de France etc. Amsterdam 1762). Tässä kirjoituksessa puhuu hän hyvin selvästi pedagoogisista ja uskonnollisista mielipiteistään. — Kun Genevessä ei tahdottu peruuttaa hänen silmissään laitonta kirousta hänen ja hänen kirjojensa ylitse, luopui hän geneveläisestä kansalaisoikeudestaan, josta hän oli ollut niin ylpeä, ja julkaisi vastaukseksi eräälle geneveläiselle lakimiehelle, joka koetti puolustaa kaupunkinsa menettelytapaa, teoksensa Lettres écrites de la Montagne (Amsterdam 1764). Uskonnollisten mielipiteiden perinpohjainen pohtiminen, etenkin ihmeitten arvosteleminen, tässä teoksessa herätti Neufchatelin papistossa suurta suuttumusta. Häntä vastaan saarnattiin, ei edes auttaneet Fredrik II:n yritykset saada innokkaita pappia pysymään levollisina. Alhaisoa yllytettiin häntä vastaan, ja häntä itseään pakotettiin pakenemaan. Pari kuukautta asui hän nyt pienellä, idyllisellä, Bielerjärvesssä sijaitsevalla St. Pierren saarella, jossa hän eli oikein mielensä mukaan. Hänen kuvauksensa elämästä täällä (katso etenkin Rêveries V) ovat parasta ja sominta, mitä hän on kirjoittanut. Hän olisi mielellään asunut koko loppuikänsä siellä, mutta saari kuului Berniin ja Bernin hallitus karkoitti hänet. Hän aikoi nyt hakea turvapaikkaa Korsikasta tai muuttaa Berliiniin. Hänet saatiin kumminkin taivutetuksi vastaanottamaan englantilaisen filosoofin David Humen tarjous seuraamaan häntä Englantiin, jossa hänestä oli pidettävä huolta. Hume ja Rousseau olivat hyvin erilaisia luonteiltaan,[18] mutta Hume tunsi todellista myötätuntoisuutta ranskalaista ystäväänsä kohtaan. Rousseau sai hyvän asunnon maalla, ja kaikki meni jonkun aikaa hyvin. Silloin kävi kivuloisuuden ja kestettyjen vainojen vaikutuksesta hänen mielensä kovin levottomaksi ja epäluuloiseksi, siinä määrässä että se yltyi melkein mielensairaudeksi, synnytti suorastaan ajoittaista hulluutta. Hän karkasi äkkiä Englannista, syytteli Humea ja muita mitä katkerimmin ja vietti nyt useamman vuoden kuluessa vaeltavaa elämää Pohjois- ja Etelä-Ranskassa. Hän luuli, että häntä hänen entiset ystävänsä oikein täyttä totta vainosivat. Kaikkialla mihin hän tuli, luuli hän huomaavansa jälkiä heidän juonistaan, joiden tarkoituksena oli panetella häntä ja tehdä hänet riippuvaiseksi. Tähän aikaan hänen Tunnustuksensa, joita hän monta vuotta sitten oli alkanut kirjoittaa, muuttuivat puolustuskirjoitukseksi. Käyttääkseen sitä aseena salaisia vihollisiaan vastaan, meni hän Parisiin 1770 ja luki siellä eri piireissä Tunnustuksiaan. Tämä teko tuotti hänelle vaan pettymystä; se mielenkiinto, joka omistettiin luennoille, ei tullut hänen asiansa osalle, vaan huvittavien tietojen ja juttujen. Lukemisen kielsi vihdoin (rouva d'Épinays'n kehoituksesta) poliisi. — Parisissa elätti hän itseään nyt, niinkuin ennenkin nuottien kirjoittamisella. Vapaa-aikoina hän sävelteli tai tutki kasvia. Ei hän kuitenkaan voinut luopua koettamasta selittää ja puhdista itseään. Oli, kuin olisi hän ymmärtänyt, kuinka käsittämätön hänen persoonallisuutensa mahtoi olla maailmalle, jollei hän tekisi kaikkea sen valaisemiseksi. Hän valmisti silloin kolme vuoropuhelua, joilla on yhteinen nimi Rousseau juge de Jean-Jacques (Rousseau tuomitsee Jean-Jacquesia). Ensimäistä niistä koetti hän turhaan sijoittaa Notre-Damen kirkon pääalttarille, saadakseen sen välttymään vihollistensa käsistä ja herättääkseen nuoren kuninkaan, Ludvig XVI:n huomiota. Viimeisissä muistiinpanoissa, joita hän valmisteli, Rêveries d'un promeneur solitaire (yksinäisen vaeltajan unelmia), vallitsee lempeä maltillisuus ja hyvin runollinen mieliala.
Viimeiset kuukaudet ikäänsä vietti hän taas maalla, Ermenonvillessä, ulkopuolella Parisia. Täällä kuoli hän äkkiä 2 p:nä Heinäk. 1778. — Huhu, että hän olisi surmannut itsensä, on aivan perätön.
Yhtä vähän kuin hän oli saanut rauhaa elämässä, yhtä vähän sai hän sitä haudassa. Vuonna 1794 muutettiin hänen ruumiinsa Pantheoniin ja asetettiin Voltairen viereen. Vuonna 1814 sanotaan hurjain klerikaalien ryöstäneen yöllä molemmat ruumiit ja heittäneen ne kuoppaan jossain kaupungin ulkoreunassa, virallisesti kuitenkin yhä vakuutetaan, että ruumiit ovat arkuissaan.[19] Arkut muutettiin 1821 Pantheonin kellariin, 1830 ylös jälleen, 1852 alas jälleen: niillä oli yhteiset vaiheet vallankumouksen aatteiden kanssa! Nyt ne — luultavasti tyhjinä ovat maanalaisessa kappelissa. —
Rousseau oli oman luonteensa vastakkaisuuksien marttyyri, ihanteidensa ja olevien olojensa vastakkaisuuden marttyyri. Mutta juuri näiden jyrkkien ulkonaisten ja sisäisten vastakkaisuuksien vuoksi se, mikä hänelle oli korkeinta, kuvastui voimakkaassa loistossa, ja hän on vastakohdan lain perustuksella paraimpina hetkinään, tuntenut innostusta ja autuutta jommoista ainoastaan harvat ihmiset ovat tunteneet. Sen vuoksi juuri "Jean Jacques parka" rakasti elämää ja uskoi elämään.
IV.
Rousseaun filosofia.
1. Rousseaun pääkäsitteet ja hänen ajattelemisensa muoto.
Filosoofisilla aatteilla on ensiksi se merkitys, että ne ovat sen ilmituojia, mitä kulloinkin ajattelevissa ihmisissä liikkuu ja pääsee tajuntaan, toiseksi ne antamat aihetta elämän ja maailman arvostelemiseen ja luomat otaksumissa elämän ja maailman yhteydestä. Rousseaun filosofian merkitys oli ehdottomasti edellistä laatua; me emme muuta voi odottaakaan sen jälkeen, mitä olemme oppineet tuntemaan hänen elämästään ja persoonallisuudestaan. Voidaan huomata perusmuoto, joka ilmenee hänen käyttämiensä pääkäsitteiden muodostuksessa, ja joka on huomattavassa sopusoinnussa hänen elämänsä, hänen luonteensa ja hänen lahjojensa kanssa. Hänen ajattelemisensa symptomaattinen eli subjektiivinen luonne ei suinkaan estä siinä vallitsemasta sisäistä yhteyttä. Rousseau on itse aivan oikein (kolmannessa dialoogissa kirjaa Rousseau juge de Jean-Jacques) väittänyt varmaan varman yhteyden olevan olemassa hänen teostensa välillä, joka näkyy siitä, että hän askel askeleelta kulkee takaisin niihin edellytyksiin, jotka ovat hänen mielipiteittensä perustuksina, mutta jotka hän vasta Emilessä saattaa selvästi tuoda esille. Yhteys näkyy juuri siinä, että samat pääkäsitteet vallitsevat hänen kaikissa tärkeämmissä teoksissaan ja vähitellen tulevat tarkemmin määrätyiksi ja rajoitetuiksi.