Valitukset laittomasta palkankannosta jo kirkonkassan hävittämisestä hylkäsi piispa perusteettomina, piispa tiedusteli, mitkä ne loukkaavat lauseet olivat olleet, joita Laestadius saarnatuolista oli käyttänyt. Ei kukaan iljennyt niitä mainita, niin törkeitä ne olivat. Kun piispa närkästyi siitä, että oli tehty valitus loukkaavista lauseista, mutta ei mainittu mitkä nuo lauseet olivat, rohkasi vihdoin eräs ruukin isäntä itsensä ja lausui nuo lauseet. Piispa hämmästyi ja tiedusteli syytetyltä, oliko hän niitä käyttänyt. Tämä vastasi kiertävästi ja käski tiedustella seurakunnalta. Seurakunta jakautui kahdeksi puolueeksi: toiset sanoivat kuulleensa jonkun kerran saarnatuolista nuo sanat, toiset taas eivät sanoneet kuulleensa. Valitus jäi siksensä. Laestadius nähtävästi salasi totuuden, sillä myöhemmin tunnustaa hän aikakauskirjassaan omikseen nuo sanat ja sanoo niitä käyttäneensä, jotta asianomaisten (äpärälapsen tehneitten naisten) hävyttömyys sitä selvemmin näkyisi.

Tarkastustilaisuudessa teki vielä nimismies Stenudd muistutuksen Laestadiuksen oppia vastaan, jossa sanoi olevan paljon lutherilaisesta opista poikkeavaa, niinkuin esim. julkinen synnintunnustus. Mutta kun hän ei voinut likemmin selittää, mitä synnintunnustusta hän piti epälutherilaisena, raukeni sekin valitus.

Synnintunnustuksen suhteen on Laestadius myöhemmin selittänyt mielipiteensä, jotka tässä mainitsemme, koska juuri synnintunnustus ja sitä seuraava synninpäästö on tullut varsin tärkeäksi opinkappaleeksi laestadiolaisuudessa. Laestadius lausuu että se on kolmenlainen: 1:o Kovat omantunnon tuskat pakottamat katuvaisen syntisen tekemään julkisen synnintunnustuksen useampain eli harvempain kristittyin läsnäollessa, ja tämän julkisen synnintunnustuksen tarkoituksena on rasitetun omantunnon huojentaminen. Jos senlainen synnintunnustus on lutherilaista oppia vastaan, silloin on paljon ensimmäisen kristillisen seurakunnan tavoissa lutherilaista oppia vastaan. 2:o Kun katuvainen syntinen lähimmäiseltään pyytää anteeksi tekemänsä rikoksen ja se tapahtuu julkisesti muitten kristittyin saapuvilla ollessa, niin sekin on julkinen synnintunnustus, mutta tuo tunnustus on niin vähän sotiva lutherilaista oppia vastaan, että Luther varmaankin olisi pitänyt sitä oikean katumuksen merkkinä, jos senlaisessa toimituksessa olisi saapuvilla ollut. Semmoisia tunnustuksia tapahtuu usein meikäläisten heränneiden keskuudessa. 3:o Kun kristityt, nojaten siihen hengelliseen papinvirkaan, joka heillä on apostoli Pietarin opin mukaan: "Te olette hengellinen papisto", tutkivat toisen sielun tilaa, niin nousee ensin kysymys sen henkilön katumuksesta ja synnintunnosta. Jos oikea katumus todellakin on olemassa, niin tunnustaa katuvainen ne synnit, jotka enimmin raskauttavat hänen omaa tuntoansa; ja kysymyksiä voi tehdä sen mukaan kuin tunnetaan hänen entistä elämäänsä: esim. oletko huorannut? oletko varastanut? oletko ollut juovuksissa? Jos hän on katuvainen, niin hän tunnustaa rehellisesti, minkä synnin hän on tehnyt ja tämän tekee hän useampainkin kristittyin saapuvilla ollessa. Mutta jos hän on oikeita lutherilaisia, niin hän tavallisesti vastaa: ei se kuulu teihin, kuinka niiltä elän, minä vastaan itse töistäni. Eli vastaa hän näin: voitko sinä antaa syntini anteeksi, jos tunnustan ne.

Tuo merkillinen piispantutkinto Pajalan kirkossa päättyi siis onnellisesti Laestadiukselle. Muutamat heränneet mielistyivät niin piispaan, että syleilivät ja rutistelivat häntä. Vaikka piispa ei ymmärtänyt heidän kieltänsä, niin hän kuitenkin ymmärsi heidän hyvät tarkoituksensa.

Ei Laestadius sittenkään päässyt rauhaan. Kun valitukset eivät onnistuneet, alettiin parjauksilla häntä lannistaa. Hän oli muka saituri, joka pisti ne rahat, joita koulua varten oli koottu, omiin taskuihinsa; hän istui piikansa kanssa kyökin lattialla ja kaapi pataa; hänellä oli portto joka kylässä. Viimemainitun syytöksen sanoo Laestadius johtuneen siitä, että heränneet vaimot, jotka hänen toimestansa olivat tulleet autuuden tuntoon, tunsivat vastustamattoman halun saada kastella hänen rintaansa kiitollisuuden kyynelillä, niin pian kun tapasivat hänet. "Ihminen on" — sanoo hän itse — "niin heikko, että iskee kiinni lähimpään näkyväiseen kiitollisuutensa esineeseen, ja vaikka minä omasta puolestani olen ollut hämilläni noista rakkauden ja kiitollisuuden osoituksista, koska olen salaisesti pelännyt, että se muuttuisi jonkinlaiseksi epäjumalanpalvelukseksi, en ole kuitenkaan voinut sysätä heitä luotani, koska siten loukkaisin heidän pyhimpiä tunteitansa. Enkä minä ole ainoa, joka olen saanut kokea heidän nyyhkytyksiänsä ja syleilyjänsä, vieläpä tarmokkaita taputuksiansakin, vaan kaikki, jotka uskollisesti ovat työtä tehneet Herran viinitarhassa".

Laestadiuksen viimmeisetkään elämän vuodet eivät olleet entisiä valoisammat. Kaikesta näytti, että hänen elämänsä aurinko oli laskeumaisillaan. Heränneetkin alkoivat kyllästyä hänen lakisaarnoihinsa. Laestadius oli verraton parannussaarnaaja, mutta häneltä puuttui kykyä evankeliumin sanalla ravita uskon elämää. Häntä, jota ennen suuret kansan joukot olivat rientäneet kuulemaan, niinkuin juutalaiset muinoin Sakarian poikaa korvessa, ei tahdottu enää kuulla. Kirkossa käviät vähenivät niin suuressa määrässä, että Laestadius vuotta ennen kuolemaansa tarkastuksessa teki siitä valituksen. Tähän kuuliain vähenemiseen oli syynä sekin, että Laestadius viime vuosina alkoi kerrata itseänsä. Kun hän silmiensä sairauden takia ei voinut uusia saarnoja kirjoittaa, eikä myöskään luullut voivansa vapaasti saarnata, luki hän saarnatuolista vanhoja saarnojansa, jotka jo vuosikausia käsikirjoituksina olivat kierrelleet ympäri pitäjiä ja tulleet täysin tunnetuiksi. Juhani Raattamaa ja Erkki Antti Juhonpieti pitivät heränneiden kanssa kaikessa hiljaisuudessa kokouksen, jossa päätökseksi tuli, että Laestadiuksen saarnat olivat liian lainomaisia. Hänelle olisi ilmoitettava tuosta päätöksestä ja häntä kehoitettava saarnaamaan ehdotonta armoa, päätös saatettiinkin Laestadiuksen tietoon; mutta hän piti sitä syytöstä, että hän olisi liian yksipuolisesti saarnannut lakia, perusteettomana ja mainitsi puolustuksekseen useita raamatun lauseita.

Surukseen sai Laestadius vielä huomata, että hän vastustaessaan uutta katkismusta ja sen ulkoa lukemista oli, vaikkakin vasten tahtoansa, edistänyt taitamattomuutta nuorisossa nousevassa. Tarkastuksessa vuotta ennen kuolemaansa esittää hän luettelon täysikasvaneista, sisäluvun taitamattomista henkilöistä ja sen mukaan oli Pajalan pienessä seurakunnassa sata henkilöä, jotka eivät osanneet edes lukea sisältä. Laestadius oli luullut, että kun vanhemmat tulisivat herätetyiksi, he myöskin pitäisivät hyvää huolta lastensa opetuksesta. Niin ei kuitenkaan käynyt. Seuroissa käynnin takia jäi Jumalan sanan viljelys kotona sikseen. Kehoituksilla koettivat vanhemmat kyllä edistää lastensa hengellistä elämää; mutta kirjalle opettaminen niinkuin kirjan lukukin jäivät unhotuksiin. Kun sen lisäksi Laestadius oli hylyksi tuominnut uudet kirkolliset oppikirjat, ei tietysti kukaan hänen puoluelaisistansa siitäkään syystä tahtonut niitä lapsillensa opettaa. Tästä oli seurauksena, ei ainoastaan lukutaidon taantuminen, vaan lahkolaisuuden ja kirkosta erkautumisen siemen tuli siten kylvetyksi tuohon hengelliseen liikkeeseen, joka muutoin oli ollut suureksi siunaukseksi. Kun Laestadius huomasi erhetyksensä, koetti hän sitä korjata. Katkismus pääsi taas entiseen armoonsa. Ulko- ja sisälukua alettiin vaatia kinkereillä ja rippikoulussa. Nuoret ja vanhat saivat tulla kuulusteltaviksi. Ken ei hyvällä totellut, häntä kohtaan käytettiin pakkoa.

Vähän ehti hän enää vaikuttaa erhetystensä korjaamiseksi. Hänen päivätyönsä oli nyt päättymäisillään. Suruttomuuden ja synnin unessa nukkuvan kansan oli hän herättänyt ja siveettömyyden loasta kohottanut. Se näkyy olleen hänen elämänsä tehtävä. Tämän tehtävänsä hän toteutti tavalla, joka aina on herättävä jälkimaailman kunnioitusta ja ihmettelyä.

Taukoamaton työ, alituinen taistelu ja siitä seuraava sielunvoimain jännitys heikonsivat hänen ennestään heikonpuoleista ruumistansa. Intohimon tuli, joka paloi sielussa, jäyti hänen ruumiinsa vointia. Hänenlaisensa luonteet eivät tavallisesti ole pitkäikäisiä. Alussa vuotta 1861 vaivasi häntä ankara vatsatauti, joka tuotti suuria tuskia. Haaparannalle, likimpään paikkaan, mistä lääkärin hoitoa olisi saanut, oli Pajalasta 17 penikulmaa. Pelastuksen hetki näytti olevan lähellä tuolle väsyneelle työmiehelle. Sitä hän odottikin. 4 p. Helmikuuta, noin pari viikkoa ennen kuolemaansa, kirjoittaa hän muutamalle ystävälle: "Tässä minä makaan tuskien vuoteella, odotellen että kuoleman enkeli pian kirvoittaisi minut, ja rakkaan veljeni, joka jää vielä minun jälkeeni eloon, ei pitäisi jättää rukoilematta esirukouksia minun puolestani, sillä minun uskoni on usein heikko ja toivo usein kaukana; kuitenkin minä uskon, että suuri sovittaja ja orjantappuralla kruunattu kuningas ei ole hylkäävä minua". 21 p. Helmikuuta 1861 pääsi hänen henkensä elämän taisteluista ja rauhattomuuksista ijankaikkisuuden rauhaisaan rantaan. "Karhun taljalla maaten, kurjassa, tuulenhuokoisessa huoneessa heitti lappalaisten reformaattori, uudistaja, liiallisesta rasituksesta ja huonosta hoidosta henkensä, korutonna kuolemassa, niinkuin oli elämässäkin ollut. Uskonnolliset mielipiteensä hän säilytti kuolemaansa asti ja erosi elämästä sillä varmalla ijankaikkisuuden toivolla, joka häntä oli elähyttänyt läpi elämän".

"Suuri suru valtasi hänen ystävänsä, kun tämä kuolonsanoma kulovalkean nopeudella kulki paikasta toiseen näissä pohjoisissa seuduissa, eikäpä liene monta hautaa, jota niin monet vilpittömän kaipauksen kyyneleet ovat kastelleet, kuin tuota vaatimatonta turvetta, joka Pajalan kirkkomaalla peittää Laestadiuksen maalliset jäännökset ja hänen nimensä, vaikka suuressa maailmassa tuskin tunnettu, elää rakkaana muistona lappalaisten kodassa, uudisasukkaan matalassa mökissä ja suomalaisen salomajassa" [Korsblomman 1891.].