Kustaa Wasalie kirjoittavat samat miehet linnasta seuraavalla tavalla.
"Koko linna on hyvässä kunnossa varustuksiensa puolesta sekä sivaisemista että rinnakkaista puolustusta varten. Sen ohessa on esilinnan itäpuolella Venäjää vastaan kaksi tornia (Kirkkotorni ja Pyhän Erkin torni), jotka myös ovat sivaisemiseen kelvolliset, mutta toinen niistä (Pyhän Erkin torni) on jotenkin pilaantunut ja halkeilee huonon perustuksensa vuoksi; kuitenkin voi siitäkin antaa hyvää puolustusta vähemmällä tykistöllä, kaksinkertaisilla hakapyssyillä ja falkuuneilla. Mutta toinen torni on vahva ja hyvä sekä sivaisemaan että rinnakkaiseen puolustukseen. Onpa vihdoin kiertäviä suojavarustuksia ympäri kaiken linnan, osittain kaksinkertaisetkin. Kuitenkin ovat nuo suojavarustukset paikoin jotenkin rauenneita, jonka vuoksi ensi tilaisuudessa tulevat tarpeen mukaan parannettavaksi." Kellotornista ei kirjeessä puhuta, arvattavasti siitä syystä, että sen puolustuskoneet painuvat Vääräsaarelle päin.
Vaikka Fincke jo v. 1558 pyysi Henrik v. Köln'iä Hämeenlinnasta rakentajaksi, kului kuitenkin vielä pari vuotta ennenkun linnaa todenteolla ruvettiin vahvistamaan. Linnan rakentajaksi saatiin Sigfred niminen muurimestari, jolla työn kestäessä oli Listensaaren kartano Säämingillä käytettävänä veroista vapaana. Vuosina 1560-62 rakennutti Kustaa Fincke suuren linnapihan kaakkoiseen kulmaan, linnan vaarallisimmalle paikalle Kyrönniemen edustalla, vahvan pyöreän tornin, joka oli tunnettu nimellä Paksutörni ja, eräästä säilyneestä asemapiirroksesta nähden, mahtoi olla linnan muita torneja milt'ei toista paksumpi. Tornin varustamiseksi muun muassa raudoitettiin kahdeksantoista tykkivuodetta. Sen alimmaisia kertoja käytettiin varasto-, jyvä- ja suola-aitoiksi. Eräs pieni v. 1666 mainittu holvattu ja takalla varustettu kamari todistaa, että tornissa myöskin asuttiin. Kamarissa ehkä joku tykin-ampujain päällikkö tai joku tornin vahti majaili.
Myöskin Juhana III:nen hallituksen aikana, kun Savon rajoilla ja Karjalassa sodan liekki ehtimiseen leimusi, tuon tuostakin oltiin linnassa varustus- ja rakennuspuuhissa. Niinpä vv. 1576 ja 1577 sanotaan linnan ympäri rakennetun vallituksia kivellä ja kalkilla täytetyistä hirsisalvoksista. Nuo vallitukset kuitenkin jo v. 1583 kuninkaan käskystä revittiin. V:n 1580 paikoilla tilattiin Wiipurista rakentaja linnassa toimittelemaan. Silloin muun muassa rakennettiin linnan eteläpuolelle 36 kyynärää pitkä sali, jolla luultavasti tarkoitetaan kirkkokerrassa olevaa uutta kirkkoa, joka myöhemmän-aikuisella muurilla on kirkon porstuasta eroitettu. Ne niukat tiedot, jotka tilintekokirjat ylipäänsä antavat lisärakennuksista ja varsinkin niiden asemasta, tekevät löytyvien tietojen käsittämisen ja käyttämisen ylen vaikeaksi. Kuitenkin valitti Gödik Fincke vielä v. 1586 että Savonlinnan rakennus oli laiminlyöty, koska siitä rakentajasta, josta kuningas oli kirjoittanut, ei ole mitään kuulunut; paitsi sitä oli linnassa sellainen puute ja nälkä, että hänen oli täytynyt päästää paljon väkeä linnasta; niistä kolmesta pitäjäästä, joista oli linnalle eläkettä, käytettiin monia veroja muihin tarpeisin.
Vuosina 1589 ja 1590 rakenteli linnassa vanha Pietari niminen rakennusmestari. Koska hänellä näkyy olleen työtä Käkisalmessa ja muillakin paikoilla, niin pyysi Gödik Fincke toista rakentajaa Savonlinnaan, toivoen ettei ruoka työmiehiltä loppuisi, sillä linnan vartijaväki ei ollut moneen vuoteen saanut vaatteita eikä muutakaan palkkaa.[33]
Nuijasodan Savossakin raivonneet myrskyt nähtävästi menivät ohitse jättämättä Savonlinnaan muita muistoja kuin ne kädet, jotka linnan isäntä antoi katkoa nuijaväen lähettiläiltä v. 1595. Savon asukkaat olivat näet yleensä ryhtyneet Nuijasodan kapinaan ja hävittäneet huovien ja kruununkäskyläisten taloja. Pohjalaisten päällikköjen johdolla he riensivät Rautalammelta Pieksämäen ja Joroisten kautta Savonlinnaa kohti. Ystävällisellä ruotsinkielisellä kirjeellä he ilmoittivat Gödik Finckelle tulleensa Kunink. Majesteetin käskystä etsimään ja rankaisemaan linnaleiri-väkeä ja Klaus Flemingin puoluelaisia. Fincke, jolta linnassa puuttui sotaväkeä, oli vaaran lähestyessä koonnut talonpoikia ympäristöiltä linnaa puolustamaan ja katkotti kädet kapinaväen lähettiläiltä. Pian sai hän sotaväkeäkin Wiipurista ja Käkisalmesta avukseen. Nuijamiesten hajalliset joukot joutuivat tuon tuostakin tappiolle. Viimeisessä tappelussa Suursavon pappilassa sai sotaväki petollisilla lupauksilla talonpojat antaumaan, jonka tehtyä koko nuijajoukko surmattiin. Nuijasodan melskeissä oli kaikkeastaan noin 500 Savolaista kaatunut. Heidän omaisuutensa ryösti kostonhimoinen sotaväki.[34]
Voimakkaan Kaarlo IX:nen hallitessa alkoivat taasen rakennustoimet Savonlinnassa. Jo vuosina 1602 ja 1603 rakennettiin vanhan esilinnan edustalle Uusi 'esilinna, josta vasta enemmän puhelemme. Jo edellisessä on mainittu, että myöskin Kaarlo kuningasta elähyttivät Juhana III:nen aatteet Itäkarjalaan nähden. Kaarlon toimittamista retkistä ja käskyistä päättäen, näyttää pyrkimyksensä olleen ennen kaikkea saada joko sotaisilla tai rauhallisilla keinoilla Turjaniemi ja Kantalahden seudut valtansa alle, voidaksensa sieltä tunkea Venäjän Karjalan eteläisemmille aloille. Noiden tuumien kanssa yhteydessä olivat ehkä tänaikuiset varustuspuuhat Savonlinnassakin. Linnan isäntänä oli vv. 1604-8 Niilo Kyhl. Hänen rakennuttamansa on suuren linnapihan pohjoiskulmassa vielä seisova torni, jonka nimi rakennuttajan nimen mukaan on muodostunut Kiilatorniksi. Torni on ja näyttää olleen yksinkertaisin kaikista torneista. Se on ainoastaan linnan pohjoisen kulman puolustukseksi varustettu, puuttuu kiertoportaitakin. Eri tiet ja holvatut käytävät vievät kuhunkin kertaan. Ainoastaan neljännestä kerrasta vievät ahtaat Venäjän-aikuiset kiviportaat tornin viidenteen kertaan. Tornin ulkomuoto ei kuitenkaan toisista eriä.
Vihdoin sanotaan mainitun linnan isännän rakentaneen linnaan kymmenkunta huonetta, joiden tarkempi määrääminen on milt'ei mahdotointa. Kuitenkin löytyy linnassa huonejaksoja, jotka arvaten ovat joko Juhana III:nen taikka pikemmin Niilo Kyhlin aikuisia. Niitä on se kaksikertainen harmaasta kivestä muurattu rakennus, joka Pyhän Erkin tornin muinoisen aseman ja esilinnan pihalta tulevan käytävän välillä ulkonee Kirkkokerrasta suurelle linnapihalle päin. Rakennuksen ylempi kerta, johon portaat vievät uuden kirkon porstuasta, on tilintekokirjoissa tunnettu oudolla nimellä Messlöf'vi-sali, sen alempi kerta nimellä Myllyhuone, jossa säilytettiin käsimyllykiviä, yhteen aikaan neljä paria. Myllyhuoneesta on epäilemättä joku tukittu ovi vienyt pimeään Kirkkokerrassa olevaan vankiluolaan, jota luultavasti tarkoitetaan tilikirjoissa mainitulla Helvetinluolalla. Puheessa olevan rakennuksen ikää arvostellessa on huomioon otettava vanhempi rakennuksen alla oleva kaunis kellari, jonka komerot ovat samaa tekoa kuin komerot Kellotornin toisessa kerrassa.
Toinen tämän-aikuinen huonejakso on se myöskin harmaasta kivestä muurattu, rakennus, joka, alkaen Kirkkokerrasta, liittyy Kirkkotornin ja Kiilatornin väliseen sisempään suojamuuriin ja seuraa sitä muurin puolelta pituudelta, kunnes Venäjän-aikuinen tiilestä rakennettu kasarmikerta edellisen jatkona alkaa. Tuo huonejakso, jonka tarkastamista Venäjän-aikuiset muutokset tekevät vaikeaksi, sisälsi luultavasti jo 16:lla sataluvulla linnan keittohuoneet ja tarjosi suojia linnan palvelusväelle ja käsityöläisille. Savonlinnan kaupungin perustettua Vääräsaarelle Pietari Brahen toimesta v. 1639 muuttivat arvattavasti käsityöläiset sinne.[35]
V. 1609 sanotaan Erkki Haren parantaneen linnan varustuksia muureilla ja valleilla. Kuningas kehoitti häntä vielä teettämään paaluaitaus vallien ympärille, että linna olisi täydelleen varustettu hyökkäystä vastaan, jos siksi tulisi, ja lupasi keväällä seuraavana vuonna lähettää tykkejä. Arvattavasti ovat ne paalut, jotka nähdään veden rajalla siellä täällä linnan ympäristöillä, jäännöksiä tuollaisista paaluaitauksista. Linnaa rakentaessa tuohon aikaan tuli jokaisen manttalin Savonlinnan läänissä tehdä kaksi päivätyötä.[36]