Edistyvä varustustaito havaitsi pian tuon tasakulmaisen muodon heikkoudeksi, vieläpä alkoi hakea luonnolta tukea. Jopa Wiipurinkin linna rakennettiin vähäiselle vuoriselle saarelle. Saari varustettiin muurikehällä ja keskelle asetettiin itse pesälinna tornin juureen, jolle ylempänä annettiin kahdeksankulmainen muoto.
Myöskin Savonlinna rakennettiin vuoriselle saarelle, joka asema ehkä Wiipurin kokemuksesta oli havaittu edulliseksi. Linnan vanhimmat osat ovat enimmäksi osaksi varustetut kaksinkertaisilla pystysuorilla muureilla, jotka aina vähän takaa ovat välimuureilla toisiinsa kiinnitetyt. Ulompi muuri on sisempää noin toista syltää korkeampi ja ainoastaan ylimmällä osallaan varustettu tykki- tai ampumalävillä. Myöskin pituudeltaan ovat nuo vanhimmat suojamuurit suorat, mutta niiden tueksi ja sivaisemiseksi on, myöhempien bastionein tapaan, joko kulmiin tai muurijaksoon asetettu ulkonevia viiden- tai kuudenkertaisia pyöreitä torneja. Savonlinnan perustamisen aikana, jolloin tykit pohjoismaillakin alkoivat tulla tavallisiksi, katsottiin siis pyöreitä torneja kulmaisia kestävämmäksi.
Kirjallisia tietoja linnan rakennuksista keskiajalla on hyvin vähän säilynyt. Huoneista tavataan ainoastaan kappeli, linnatupa ja paistinhuone kalustoneen mainittuna.[29] Se Savonlinnan kuva, jonka Olaus Magnus on julkaissut, on ehkä paljaan kertomuksen mukaan tehty. Hän kertoo että linnan ainoalle portille vei rautaketjuilla vahvistettu silta, joka aina yöksi vedettiin köysillä virran rantaan. Mahtavassa virrassa, jonka syvyydestä ei ole tietoa, ovat kalat mustia. Jos joku vaara uhkaa linnan isäntää, taikka unelias ja huolimatoin vartija linnan sääntöjen mukaan on syöstettävä korkeilta muureilta virtaan, niin ilmaantuu virran laineille kanteletta soittava neitonen onnettomuutta ennustamaan.[30]
Jo alusta alkain näkyy Savonlinna käsittäneen ne linnaosat, jotka merkitään vanhan esilinnan ja suuren linnapihan nimellä.
Vanha esilinna on muodoltansa, jos emme ota erään muurin tekemää polvea lukuun, melkein kolmikulmainen. Sen kolmessa kulmassa seisoivat Tott'in rakentamat kolme tornia: luoteisessa kulmassa Kellotorni, joka sai nimensä tornin neljännessä kerrassa riippuvista kirkonkelloista, joista ainakin yksi oli Venäjältä ryöstetty, sekä n.s. "linnansanojasta" eli aikakellosta, jolla ainakin 16:lla sataluvulla oli varsinainen lauta-koppelinsa tornissa; pohjoisessa kulmassa Kirkkotorni, jolle tornin kolmannessa kerrassa oleva kappeli on antanut nimen, ja kaakkoiskulmassa Pyhän Erkin torni, jonka Tott luultavasti nimitti suojeluspyhänsä mukaan. Torneista on ainoastaan kaksi ensinmainittua jälillä.[31]
Selvyyden vuoksi sanomme Kellotornin ja Kirkkotornin välistä suojajaksoa Asuntokerraksi, koska sillä alalla nähtävästi alkuperäisen linnan tärkeimmät asunnot olivat. Kellotornia ja Pyhän Erkin tornia yhdistävää, polven tekevää muuria, johon Komendantti-kerta liittyy, sanomme Komendanttimuuriksi ja Kirkkotornin ja Pyhän Erkin tornin välillä olevaa kertaa Kirkkokerraksi, siinä löytyvän uuden kirkon vuoksi.
Suuri linnapiha, joka on monta vertaa isompi esilinnan pihaa, on muodoltansa likimmiten pitkäläntä neliskulma. Linnapihan läntisessä päässä vastaava kirkkokerta eroittaa pihan esilinnan pihasta. Mainitut Kirkkotorni ja Pyhän Erkin torni jäivät siten suuren linnapihan luoteiseen ja lounaiseen kulmaan. Linnapihan pohjoisessa ja kaakkoisessa kulmassa ei alkuansa torneja ollut. Pihaa arvattavasti ainoastaan ympäröitsivät kaksinkertaiset suojamuurit, jotka välimuureilla olivat toisiinsa kiinnitetyt.
Nuo vanhimman linnan osat eivät kuitenkaan ole monessa kohden alkuperäisessä muodossaan säilyneet.. Myöhemmän ajan muutoksiin ja lisärakennuksiin nähden Savonlinna ei ole pidettävä ainoastaan keskiaikuisena muinaisjäännöksenä, vaan pikemmin historiallisena rajalinnoituksena, jonka eriaikuisissa rakennuksissa voimme lukea muistoja linnan 400-vuotisesta historiasta.
Lähdemme noita muistoja Savonlinnan muureissa vuosisatojen vieriessä pikimältään kyselemään.
Jokseenkin alkuperäisessä muodossaan mahtoi Savonlinna säilyä uskonpuhdistuksen aikakauteen. Ainakaan ei ole tietoja varhemmista rakennuspuuhista säilynyt. Veronkantojen ohella v. 1539 mainitaan myöskin 143 syltää kiveä, josta voimme arvata että linnaa siihen aikaan rakennettiin. V. 1547, kun Kustaa Fincke asetettiin Savonlinnan isännäksi vanhentuneen voudin, "Suomalaisen Klemetin" sijaan, sai hän käskyn pitää huolta linnan korjaamisesta ja vahvistamisesta,[32] mutta vasta 1555-56 vuoden sota näkyy virittäneen rakennustuumat. V. 1556 kirjoittavat senaikuiset sotapäälliköt Ture Bjelke ja Gödik Fincke herttua Juhanalle linnan varustamisesta, arvellen että, kun vesi linnan ympärillä melkein läikkyy muureja vastaan, ei ole tilaisuutta varustuksiin linnan ulkopuolella, mutta sopisi vahvistaa linnaa vallituksilla muurin sisäpuolella.