Tuli kuitenkin vielä aika, jolloin linnan muinoinen varustusväki piirittäjänä asettui linnan edustalle. Se oli Savon 2500 lukuinen brigaadi, Hastfer'in johtamana. Heinäkuun 2 p. 1788 lähestyi Hastfer itse 1700:n miehen joukolla, 28:ssa veneessä Puumalasta tullen, Savonlinnaa. Rantasalmelta tulivat joukkoineen, eversti Steding myöskin vesitse, eversti Brunow maata myöden.
Kaupunki suuretta esteettä valloitettiin. Linnan piirittäminen alkoi. Ryntäystikat olivat unohtuneet, piiritystykistöä puuttui. Ahkerasta piirittämisestä oli siis ainoastaan voitto toivottavana. Linnan varustusväkenä oli vain kaksi venäläistä jääkärikomppaniaa, jotka olivat viisi viikkoa kärsineet suolan puutetta, muistamatta, kuten venäläinen tarina kertoo, että linnassa oli kyllältä salpetteria. Venäläisten päällikkö oli suvultansa turkkilainen. Piirityksen huonoa menestystä selitettiin sillä, että vähälukuinen piirittäjäjoukko oli kauan kestäneessä piirityksessä kadottanut voimiansa, apua ei ollut odottamista, piiritystykistön puute ei sallinut ankarampaa ampumista, syötävänä oli ainoastaan 15 jauhomattoa ja 2 tynnyriä suoloja, jotka kapteeni Lode oli piirityksen alussa Venäläisiltä valloittanut, armeijasta kuului synkeitä sanomia ja Punkasalmella kerrottiin vihdoin nähdyn venäläisen sotavoiman edelläkävijöitä, joka vapaaherra von Schultz'in johdolla muka lähestyi. Olipahan siinä esteitä. Peljäten Venäläisten katkaisevan sotajoukolta paluumatkan, Hastfer vetäysi Savonlinnan edustalta takaisin Rantasalmelle Elokuun 20 p..[40]
Tästä lähin näyttävät Venäläisten varsinaiset varustustoimet alkaneen kreivi Suvorow'in johtamina Katarina II:sen käskystä.[41] Tuo Venäjän mainioin soturi, jonka esi-isät sanotaan olleen Suomalaisia, oli jo Helmikuussa v. 1773 saanut käskyn tarkastella Suomenpuolista rajaa ja tiedustella mitä Suomessa ajateltiin vallankumouksesta Ruotsissa. Hän matkusti silloin Wiipurin, Käkisalmen ja Savonlinnan kautta Suomen rajalle, jossa piileskeli jonkun aikaa. Hän luuli havainneensa tyytymättömyyttä sekä aatelistossa, papeissa että talonpojissa ja palasi niillä tiedoilla Pietariin.[42] Hän oli siis johonkin määrin perehtynyt Suomen oloihin kun hän v. 1791 Suomeen palasi.
Savonlinnan viimeisen piirityksen aikana oli Kyrönniemeltä päin peräkkäin ammuttu jokainen mies, joka suurelta linnapihalta lähetettiin virralle vettä noutamaan. Sen vuoksi rakennettiin nykyinen läpijuoksevalla kanavalla varustettu ulkopiha Kyrönniemen kohdalle.
Samaan aikaan nähtävästi rakennettiin Vähäportin bastioni muinoisten Paksun ja Pyhän Erkin tornin väliselle alalle ja Vesiportin bastioni sille alalle, jolla v. 1602 rakennettu uusi esilinna seisoi.
Venäläisiä rakennuksia näinä eli myöhempinä aikoina ovat vihdoin Upseerikerrau ylikerros Vähäportin bastionin, edustalla, tiileistä muuratut kasarmit suurella linnapihalla, Adjutanttikerran ylikerros Asuntokerran edustalla vanhassa esilinnassa ja Komendanttimuuriin liittyvän Komendanttikerran ylikerros, josta löytyy kuva valtioarkistossa v.lta 1797.
Vaikeata on usein saada selville, minkä aikaisia kutkin muutokset linnan vanhemmissa rakennuksissa ovat; mutta nähtävästi ovat Venäläiset siihenkin nähden suuresti linnaa muodostaneet.
Venäläisten työtä ovat myöskin kruunaukset linnan torneissa. Erään vanhan miehen kertomuksen mukaan ne muurattiin hänen isänsä poikana ollessa. Linnan uusi kirkko muodostettiin jälkeen Turun rauhanteon venäläiseksi kirkoksi ja kirkkokerran katolle tehtiin pieni puinen kellotapuli, joka paloi v. 1869. Kun Venäläiset Nikolain hallituksen viime vuosina luopuivat linnasta vieden tykistön muassansa.[43] linnan myöhemmät asukkaat, suomalaiset vangit, varustivat kirkon uudella luterilaisella asulla, joka on säilynyt kahden tulipalon raivotessa. Jo v. 1859 vangitkin linnasta siirrettiin. Heidän viimeiset asuntonsa olivat entiset Messlöf'vi-sali ja Myllyhuone. Vankien linnasta siirrettyä linnan siltakin hävitettiin.
Savonlinnan viimeiset asukkaat olivat linnanvahti perheineen. Vaimo miehensä kuoltua jäi komendanttikertaan asumaan, näki höyrylaivojen säkenistä syntyneen tulipalon v. 1868 hävittävän suuren linnapihan aloja ja toisen v. 1869 raivoavan vanhassa ja uudessa esilinnassa, muun muassa hävittäen Komendanttikerran ainoat enää asutut suojat.
Siten oli Savonlinna vähitellen kadottanut merkityksensä ja oli nyt ainoastaan muinaisuuden haahmojen asuttavana. Se oli muuttunut Suomen kauniimmaksi muinaisjäännökseksi.