Näin oli Savonlinna säilynyt Suomenmaan äärimmäisimpänä rajapylväänä uskonpuhdistukseen saakka. Linnan ala oli väkivallalla Venäjältä anastettu; linnan tulevaisuus oli siis ratkaisematta, kunnes Venäjä pakoitettiin varsinaisella rauhasovinnolla luopumaan siitä maanalasta, jolle linna oli perustettu. Tahdomme seuraavilla lehdillä huomauttaa mitä Savonmaa sai kärsiä ennenkun tuo tarkoitus saavutettiin v. 1595.
III. Savonlinna ja Savolaiset rajavartioina 1500-luvulla.
V. 1525 oli Kustaa Wasa antanut Wiipurin ja Savonlinnan langollensa
Juhanalle, Hoijan kreiville, läänitykseksi. Kun tämä v. 1534 lähti
Saksaan ja kapinoitsijana liittyi Ruotsin vihollisiin, niin Erkki
Fleming heti jollakin sukkelalla tempulla valloitti Savonlinnan kreivin
käskyläisiltä.[17]
Savonlinna läänineen oli tähän saakka aina ollut yhdistettynä Wiipurin kanssa saman hallituksen alla, vaikka nähtävästi linnassa joku Wiipurista nimitetty linnavouti isännöitsi. V:sta 1535 aikain nimitettiin Savonlinnaan erityinen linnan isäntä. Wiipurin linnan tänaikuinen päällikkö Niilo Grabbe kuitenkin vielä anoi kuninkaalta tuon yhdistyksen pysyttämistä ja pitikin aikanaan jotakin ylivaltaa Savon ylitse.[18]
Venäläiset alkoivat tähän aikaan taasen jokseenkin uhkaavalla tavalla vaatia uutta rajakäyntiä. Sen vuoksi ruvettiin jo v. 1537 Itäsuomessa varustuspuuhiin. Suvella 1542 ratsasti venäläinen parvikunta pitkin rajaa rajamerkkiä etsien ja poltti talon, joka muka heidän puolellensa rajaa oli rakennettu ja v. 1544 oli venäläisiä asukkaita alkanut tunkea Oulujärven seuduille. Tämä näkyy olleen syynä miksi Kustaa Wasa tästä lähin innokkaasti alkoi puuhata riidanalaisten erämaiden asuttamista varsinkin Savon puolelta.
V. 1545 käytiin Suomen puolelta raja Äyräpään sekä Jääsken kihlakuntien ja Venäjän välillä. Tuossa rajakäynnissä Venäläiset nähtävästi eivät olleet osallisia. Se päin vastoin näkyy heitä suututtaneen. He vaativat uutta rajakäyntiä. Siihen oltiin suostuvinaan, mutta lähettiläät saapuivat eri aikoina rajakäyntiin eivätkä ensinkään tavanneet toisiansa. Tämä tapahtui v. 1547 ja seurauksena siitä oli kaksi varsin rauhatointa vuotta. V. 1548 esim. tappoivat Venäläiset Särkilahdella 29 henkeä, polttivat Saukonsaaren ja Petäläissaaren kylät, polttivat ihmisiä puihin sidottuina pärevalkialla tai heittivät heitä elävinä kaivoihin; yöllä Pyhäinmiesten päivänä polttivat viisi taloa Pelkolan kylässä ja surmasivat 30 henkeä, Katrinpäivänä tapettiin Waristaipaleella 26 talonpoikaa. Kuningas kehoitti Savolaisia vaaran lähestyessä muuttamaan Wiipuriin ja pikemmin polttamaan omaisuutensa kun että jäisi Venäläisten ryöstettäväksi.
Ajat kuitenkin taasen rauhaantuivat kuudeksi vuodeksi, mutta 1555 syttyi jälleen sota ilmituleen Suomen ja Venäjän välillä. Kuningas kehoitti suomalaisella kirjeellä Savolaisia lujina pysymään ja joka viides mies Savon rahvaasta varustausi isänmaata vartioitsemaan. Niitä, joilla ei ole haarniskoita, kirjoitti kuningas, "käskekää tekemään kilpiä laudoista ja vahvistamaan niitä liimalla, niin luulemme että kyllä voivat karttaa niitä monia nuolia, joita Venäläisten on tapa käyttää". Tämän sodan raskaimmat kärsimykset kohtasivat Wiipurin lääniä, jossa varsinaiset sotajoukot kamppailivat. Mutta myöskin Savon puolella kesti vilkasta rajasotaa.
Venäläiset Savon rajalla olivat tosin ehdotelleet että pysytettäisiin rauha sillä puolen sodan riehuessa Wiipurin seuduilla, mutta jo 1555 v:den lopulla karkasi 30 Venäläistä Tavisalmen eli Kuopion pitäjääsen, jossa polttivat neljä taloa, murhasivat, ryöstivät ja veivät mukaansa mitä voivat. Pian sen jälkeen kohtasi samallainen hävitys Jääsken pitäjää Karjalan puolella. Kuningas kehoitti Savon talonpoikia kostoon ja kun 1500 Venäläistä talvella v. 1556 jälleen ilmestyi Tavisalmella, niin Savolaiset tekivät kaksi retkeä Venäjän puolelle ja polttivat edellisellä retkellä 18 taloa ja myöhemmällä, Heluntain neljäntenä päivänä, 40 taloa Putkilahdella, ottivat karjaa ja surmasivat 13 henkeä. Linnan päällikkö Ture Bjelke kielsi rangaistuksen uhalla Savolaisia enempiä kostoretkiä tekemästä. Nuo veriset retket kohtasivat ymmärrettävästi likeisiä Suomalaisia kummallakin puolen rajaa. V. 1556 valitti Käkisalmen isäntä Feodor Karpow että Savolaiset Toukokuun 24 p. olivat polttaneet 20 taloa Kivijärvellä ja Rautalahdella Parikkalassa sekä että kolme Savonlinnan huovia oli polttanut Toukokuun 27 p. 35 taloa Purujärvellä ja tappanut 17 miestä. Tuohon vastasivat Savonlinnan päälliköt että Viinirantalaiset Liperistä olivat 14 päivää Puruveden välirauhan jälkeen murhanneet 8 miestä Syvärillä ja muutamia päiviä myöhemmin 4 miestä Juvajärvellä, sieltä menneet Orivedelle ja tappaneet 16 Haplahden ja Savilahden miestä, sieltä Jännenniemelle, jossa Helluntaipäivänä surmasivat 5 kalastajaa ja 12 talonpoikaa, sieltä vihdoin Puruvedelle, jossa viidentenä Helluntaipäivänä tappoivat 5 Jääskeläistä.[19]
Tuollaisia olivat tämän sodan vaiheet Savossa. Sill'aikaa oli Savon nostoväki, 2000 suksimiestä nuoren Lauri Flemingin johdolla, varsinaisen sodan melskeessä. Savonlinnaa ei tämän sodan aikana mikään vaara uhannut. Tuolloin tällöin, kuin linnaan tuli viesti venäläisten ryöstöjoukkojen tuhotöistä, eteni linnasta ruotuja vihollisia takaa ajamaan. Kun venäläiset talonpojat esim. Helluntaipäivänä olivat polttaneet pari kolme taloa Tavisalmella ja surmanneet 8 talonpoikaa sekä samaan aikaan linnan kalastajan ynnä 8 miestä, niin lähetti Bjelke neljä ruotua Venäläisiä hakemaan. Linnan varustamista kuitenkin jo tämän sodan aikana paljon mietittiin.
Linnan suojelemiseksi tarvittiin, kirjoittavat Ture Bjelke ja Gödik Fincke, 150 miestä, mutta jos pitäisi vihollisia hätyyttää ja olla rahvaalle avullinen, niin ei tultaisi toimeen vähemmällä kun 250:llä miehellä. Koska linna oli jokseenkin avara, niin tarvittaisiin neljä tykinampujaa; nyt oli vain kaksi, joista toinen Yrjö oli Juutilainen eikä suuresti luotettava mies. Hän olisi poistettava ja sijaan annettava pari kolme tykinampujaa, joista yksi voisi hoitaa uutta haulitykistöä; sitä varten olisi myös tarpeen tynnyri tai puoli rautapisaroita.[20]