Näitä ja muitaki muutoksia sai Martiinus Skytte aikanansa nähdä tapahtuvan, ja varsinki mahtoi, niinkuin Juusteniki sitä viittaa, se asia olla hänelle outoa, että koko paavilainen usko asetuksinensa ja laitoksinensa, jota nuoruudessansa oli nähnyt koko Kristikunnassa pidettävän suuressa arvossa ja kunniassa, hänen vanhoilla päivillä oli hävitettynä ja kadonnunna. Mutta hän oli itse kiitettävällä mielen vapaudella ja tahdon hyvyydellä semmoista muutosta vaikuttanut. Hän vaipui juuri vuoden 1550 lopulla kuoleman uneen, kun viimmeiseltä huolet ja murheet jo olivat hänen heikontaneet.
Mikhaeli Agrikola, jonka nuoremman ijän elämänvaiheista jo olemme puhuneet, oli Martiinus Skyten viimmeaikoina pispanvirkaa toimittanut ja taisi tehdä sitä heti hänen kuolemansaki jälestä. Tähän aikaan oli Kuningas ruvennut Ruotsissa jakamaan hiippakuntia. Suomesta oli yläisempiä pappeja kutsuttu Tukhulmiin ja kun he v. 1554 tulivat Kuninkaan puheelle, niin sanoi Gustavi pispain ei enää tarvitsevan Roomista hankkia itsellensä vahvistusta, jakoi silloin Suomen kahteen hiippakuntaan ja asetti Agrikolan pispaksi Turkuun, mutta Viipurin hiippakunnan pääksi (Ordinariukseksi) asetti hän Paulus Juustenin, jonka alle Karjala, Savo ja itäpuoli Hämettä ynnä Uusmasta tuli kuulumaan. Että pappein vihkiminen saatettaisiin juonnettaa ensimmäisestä Kristiseurakunnasta, antoi Kuningas vihkiä nämät eräältä pispalta, joka itse oli Paavilta tullut hengelliseen virkaan siunatuksi. Agrikolan paras työ- ja vaikutusaika oli ennen pispaksi tultuansa, sillä hänen pispanaika on alituisilta sodilta häiritetty, ett'ei ole enää rauhallisiin töihin tilaa.
Venäjällä oli Pääruhtinas Iivana III Vasileivitsa, 44 vuotta hallittuansa, kuollut v. 1505 ja poikansa Vasilei IV:jäs sen perästä hallinnut vuoteen 1533 asti. Sittä oli Vasilein mainio poika, Iivana IV Vasileivitsa, noussut Moskovan pääruhtinaalliselle istuimelle. Vasilein kanssa oli Gustavi v. 1524 Novgorodissa tehnyt sotilakon, joka v. 1537 oli tullut vahvistetuksi. Ainaki nousi ei kauan sen perästä tavallisia metelejä rajalla, jotka mieliä vihastuttivat. Siihen tulee vielä, että Pirkkalaiset olivat Lapissa kantaneet veroa Venäjän vallan alamaisilta ja että Ritariseura Livossa ja Puolan Kuningas tahtoi Gustavia kanssansa liittoon ja avuksi Venäjän Pääruhtinasta vasten, joka heidän maata halaili. Nämät asiat vaikuttivat sodan Venäjän kanssa, johonka Gustavilla ei ollut ollenkaan halua antauta, vaan hän tuli vähän väkiselläkin vedetyksi. Suomalaisten sanotaan kalastaneen, heinää tehneen ja kylväneen Venäjän puolella, ja Venäläisten polttaneen heidän touvot (Se paikka, josta nyt taisteltiin, kutsuttihin Riitamaaksi.), jonka perästä Suomalaiset v. 1554 polttavat kyliä Venäjällä ja tappavat ihmisiä. Seuraavan vuoden alulla tulee 8000 Venäläistä hävittäin Suomeen, piirittävät Viipuria, mutta ei heillä asiat onnistu. Keväimen tultua marssii isompi Venäjän armeia, johdatettu Iivana Gregorevitsa Bibikoffilta, Suomeen ja jakaupi neljään osaan, joista yksi voitetaan Jönssi Moonssonilta, mutta muu osa hävittää Karjalata ja Pohjanmaata. Rutonlaatuinen tauti tappaa tähän aikaan Ruotalaisten sotalaumassa. Amiraali Jaakko Bagge tulee syksypuoleen laivaston ja vereksen sotaväen kanssa Ruotsista Viipuriin, marssii Venäjän alustalle, lyöpi vastaan tulleen sotalauman ja piirittää Pähkinälinnaa (Syyskuussa 15-29 p.), mutta täytyy jättää piirittämisen, hätyytetään Venäläisiltä, jotka häneltä ajetaan takaperin, ja palaa tapolla Viipuriin. Kuningas Gustavi oli itse, poikansa Johanin kanssa, tullut Turkuun (13:ta Elok.) ja tavataan Viipurissa 25:na Syyskuuta. Hän asettaa siellä päämiehiä sotalaumalle, käskyllä ett'eivät kävisi vihollisiin käsiksi, vaan sotisivat ainoastaan vastustellen ja varustaisivat esihakkauksia soveliaille paikoille. Sen perästä lähtee Kuningas Turkuun. Venäläiset tulevat vuoden 1556 alulla Suomeen armeialla, jonka sanotaan nousseen 150,000:ten mieheen, ottavat Kivennavan linnan (Kivennavan pitäjässä löytyi silloin Kuninkaankartano linnoituksen kanssa, mahdollisesti sama paikka, jota nyt Pontuksen linnaksi kutsutaan.), polttavat ja hävittävät sen seudun, voittavat Ruotsalaiset, jotka pakenevat Viipuriin, joka piiritetään. Toinen joukko oli nakkautunut Savoon, hävittänyt Savonlinnan kaupungin ja palannut runsaalla voittosaaliilla. Pelko ja hämmästys oli Ruotsin leirissä vallallaan ja Gustavi aikoi jo paeta koko maasta, jonka arveli olevan menemässä. Mutta Viipuri tuli tapahuksesta pelastetuksi. Piiritys oli siellä kestänyt kolme päivää, kun Ruotsin sotaväki yönaikana veti heiniä linnaan. Kärryjen rätinästä puusillan yli luulivat Venäläiset vihollisen saaneen lisäväkeä ja nyt rupeavan kovasti heitä hätyttämään. Sentähden vetäysivät he pikaisesti sieltä, ja Bagge ajoi heitä takaa. Ainaki olivat Venäläiset saaneet suuren voittosaaliin ja ynnältä vankeja. Kuningas, jolle ei sota eikä maan asukkaatkaan olleet mieleen, oli tuskautunut koko oloonsa Suomessa ja tahtoi rauhaa. Sotilakko tehtiin, 4:nä Kesäkuuta, kuudeksi kuukaudeksi, ja Turun Kirkkoherra, Kanuutus Johaninpoika, lähetettiin Moskovaan suosiollista matkaa ja vastaanottamista Ruotsin lähettiläisille tahtomaan. Kun nämät paraaltaan tapahtuvat, tulee käsky ottaa joka kymmenes mies Ruotsissa ja Suomessa maalta, aseilla ja puolen vuoden monttumilla, ja kaupungeista niin paljo miehiä, kun vaan voitaisiin saada. Savossa ja Pohjanmaalla varustetaan joukko hiihtajoita, joitten pääksi Klaavu Fleminki asetetaan. Koko sotalauman yli saapi Herttua Johani, Kuninkaan toinen poika, esimiehyyden. Kuningas jätti nyt Johanille Herttuakunnaksi Turun läänin, Satakunnan ja Ahvenanmaan, ja hänen piti hoviansa Turussa pitämän. Nyt sanotaan myös Suomen tulleen Pääruhtinaskunnaksi. Kun Kanuutus Johaninpoika oli hyvällä vastuulla tullut Venäjältä kotiin, niin lähti miehiä, joitten seassa Upsalan Pääpispa Laurentius Petrinpoika ja Turun pispa Agrikola Moskovaan rauhasta keskustelemahan. Silloin, 2:nen p. Huhtikuuta v. 1557, asetettiin raja, niinkuin ennen Pähkinasaaressa, ja rauha 40:neksi vuodeksi sai aikaan, joka kesällä ristisuutelulla vahvistettiin. Paluumatmatkallansa Moskovasta kuoli Agrikola samana vuonna 1557 Kyröniemen kylässä, Uudenkirkon pitäjätä ja Viipurin lääniä. Hänellä oli jo ennen ollut heikko terveys. Hän oli ensimmäinen pispa Suomessa, joka oli nainut.
Kuningas Gustavi oli elämänsä lopulla tullut hyvin kivuloiseksi ja kärtyseksi. Hän kuoli v. 1560 Syyskuussa, ja Erikki XIV nousi isänsä istuimelle. Mutta ennenkun heitämme Kuningas Gustavin, on kaupan ja muutamain muittenki sisämäisten asiain kohta hänen aikana katseltava. Suomen kauppa oli Paavinuskon aikana ollut kovissa siteissä, jotka sitä loistamasta estivät. Gustavi otti tämän seikan tarkalle silmälleen, mutta ne muutokset, joita hän sen edesauttamiseksi koki matkaansaattaa, eivät näytä siinä kohdassa suurempata vapautta vaikuttaneen. Hänen mielensä teki erinomattain saada Venäjän kartuttava kauppa, joka Novgorodista oli muuttaunut Narvaan, Reevaliin, Riigaan ja muihin senpuoleisihin kaupunkeihin, Suomeen vedetyksi ja talutetuksi. Viipuri näytti häneltä soveliaalta paikalta, jossa kaikki kaupan haarat juoksisivat yhteen. Sentähden kielti hän jo v. 1525 Savolaisia ja Viipurin läänin asujamia käymästä kauppaa muualle kun Viipurissa, ja varsinki kiellettiin kaikki kauppa suorastaan Venäjän kanssa. Myös antoi hän mainitulle kaupungille moninaisia muitaki vapauksia ja oikeuksia, niinkuin oikeuden pitää 4 vapaamarkkinata, nimittäin Äyräpäässä, Jääskessa, Lappvedessä ja Vekkelahdessa elikkä Viipurissa itsessään. Kaikella muotoa koki hän saada Viipurin voimassa ja rikkaudessa nousemaan. Mutta kun ei Venäjän kauppa, niinkuin hän oli toivonut, ruvennut ainakaan siellä loistamaan, niin päätti hän sen kaupungin syrjäisen tilan olevan siihen syynä ja rupesi Santahaminassa (Sandhamn) semmoista kauppapaikkaa laittamaan. Hän pakotti asukkaita Porvosta, Ekenääsistä, (jotka häneltä v. 1546 olivat saaneet kauppakaupungin oikeuden,) Raumasta ja Ulvilasta sinne muuttamaan. Santahamina on saari lähellä Helsingin kaupunkia, jonka Gustavi oli v. 1550 perustanut sillä paikalla, missä nyt Vanhakaupunki (Gammelstad) on tavattava. Saaren tila oli siis sangen soveliaalla paikalla. Mutta heti nousevat sodat Venäjän kanssa tekivät senki tuuman aikaansaamattomaksi, ja Ulvilasta sekä Raumasta sinne muuttamaan käsketyt asukkaat saivat jo v. 1557 luvan mennä takasin kotikaupunkiinsa asumaan. Semmoisia kaluja kun suola- ja kapakala, terva ja laudat ovat, kielti Kuningas kovasti muualle viemästä kun Tukhulmiin. Hänellä oli aikomisena saada kaikki kauppa ainoastaan kaupunkein asujamilta harjoitetuksi, jonka tähden talonpoikia, pappeja ja muita virkamiehiä Suomessa kiellettiin kauppaan ja laivankulkuun ryhtymästä. Pohjanmaalla ei saatu muualla harjoittaa kauppaa kun Tornion, Kemin, Iin ja Oulun satamoissa. Pirkkalaisten tila tuli myös nyt muuttumaan. Heitä tavataan tähän aikaan Pohjanlahden päässä asentoa pitämässä, jossa kantavat veroa Lappalaisilta ja kulkevat aina Jäämeren rannoille asti kalastamassa. He maksoivat vanhastaan jonkun vähän Kuninkaalle oikeuksistansa, vaan Gustavi enenti paljo sitä maksoa. Mutta ei he ainoastaan kantaneet veroa, vaan hallitsivat myös ja ratkasivat riitoja Lappalaisten seassa. Kun he sen valtansa kautta tulivat varsin rikkahaksi ynnä kovin kovasti ja ylpiästi Lappalaisten kanssa menettelivät, josta valituksia Kuninkaalle kannettiin, niin otti Gustavi heiltä (v. 1551) pois sen valtansa Lappalaisten yli, ja lähetti Lappiin omia hallitusmiehiänsä, jotka Lappalaisilta saivat nimen: Konunga Olmai s.o. Kuninkaan miehet. Pirkkalaisten vallan Lappalaisten yli herettyä, ei heidän kauppa vielä kuitenkaan tauvonnut, vaan he ostelivat jokein suilla löytyvillä kauppapaikoilla kaluja ulkonaisilta kauppiailta ja veivät niitä Lappalaisten tykö myötäväksi ja vaihetettavaksi. Semmoista kauppaa harjoittivat myös Pohjanmaan talonpojat, vaikka Kuningas oli heitä kaupankäynnistä kieltänyt. — Kuningas oli Suomessa käydessään nähnyt paljo puutoksia maamme hallituksessa ja tilassa. Erinomattain olivat kruunun virkamiehet ylimielisiä ja rasittivat talonpoikia. Matkoillansa vaativat he rahvaalta kyytiä ja ylöspitoa maksotta. Sitä vallattomuutta estääksensä käski Kuningas maanteitten varsilla laittaa kestikivareita, eikä sietänyt virkamiehiä ilman maksamatta kulkia, muuten kun virantoimituksillansa. Kato- ja nälkävuodet, taudit, tulipalot (e. m. Turussa) lisäsivät tälläki ajalla esivanhempaime tilan onnettomuutta. — Suomen luostareista oli Naantati ollut rikkahin. Mutta v. 1559 anasti kruunu sen tulot, jonka kautta hän tuli saamaan 105 taloa. Vanhoille ja kivuloisille luostariväästä annettiin kuitenki ruokko aina kuolinpäivään asti.
Agrikolan jälkeen oli Ruotsista kotoperäinen Maisteri, Petrus Follingius, tullut v. 1558 pannuksi Turkuun pispaksi. Hänen mainitaan olleen hyvin oppineen miehen; mutta mieleltänsä ja tavoiltaan oli hän kokonaan toista laatua, kun Agrikola. Siihen aikaan mahtoi löytyä Ruotsissa mahtavia miehiä, jotka eivät mielellään nähneet Suomen kieltä kirjoituksissa käytettävän ja jumalisuuden harjoitusten kieleksi nostettavan, vaan olisivat suoneet koko kielen hävenevän ja Ruotsinkielen tulevan siaan. Näitten pahansuopaisten juonista tuli tämä ummikko Ruotsalainen Suomeen pispaksi, ja hän taisiki voimiaan myöten kokia isänmaamme kieltä sortaa. Jos näitten tuuma olisi menestynyt, niin olisi Suomen kansa epäilemättäki vielä tänäkin aikana tietämättömyyden ja epäuskon pimeydellä sokaistu, niinkuin paavinuskon aikana; mutta toisin oli päätetty. Tämän pispan mainitaan muuten olleen kavalata ja viekasta luonnetta, ja papit valittivat paljo hänen itaruutta ja ahneutta. Lopulla joutui hän Kuningas Erikin vihaan, joka arveli hänen pitävän Herttua Johanin kanssa yhtä itseänsä vasten. Erikki laski hänen sentähden v. 1563 pois viralta, mutta asetti hänen kaksi vuotta jälempätä pispaksi Reevaliin. Vaan kun hän oli Turussa kapineitansa muuttamassa, niin tapasi hänen kuolema. — Paulus Juusteni muutettiin nyt pispaksi Turkuun. Viipuriin, jossa hän ennen oli ollut, asetettiin Kanuutus Johaninpoika pispaksi, mutta kun hän pian (v. 1564) kuoli, niin pantiin Erikki Härkäpää hänen siaan (v. 1568). Juusteni oli syntynyt Juustilan kartanossa, Viipurin pitäjässä, talonpoikaisista vanhemmista. Hän oli kotikaupunkinsa koulussa saanut ensimmäisen oppinsa. Sittä oli hän nautinnut Turun koulussa opetusta Thuomas Franssinpojalta, joka myös neuvoi ja juohdatti koulupoikia Kristinuskoon. Kaksi vuotta Turussa opeteltuansa, kutsui pispa Martiinus hänen tykönsä ja teki hänen esilukiaksi atriallansa; ja samalla sai hän opetustyötä Turun koulussaki. Sen perästä vihki Martiinus Skytte hänen (v. 1540) papiksi. Ehkä hänellä ei ei ollut vielä laviata oppia, pantiin hän kuitenki Viipurin koulun Rektoriksi. Siinä virassa oltuansa kaksi vuotta, lähetettiin hän Vittembergiin syvemmältä oppimaan, jossa hänellä oli tilaisuus kuunnella Lutherusta, Melankthonia ja muita mainioita opettajia. Sen jälkeen kävi hän muissaki Saksanmaan Korkiopistoissa. Palattuansa Suomeen, oli hän ensistä Rektorina Turussa, sittä pispana Viipurissa, josta hän tuli Turkuun. Hän oli taas Suomen kieltä taitava mies, ja on kirjoittanut sillä kielellä Kathekhismuksen, siinä suuressa vankeudessansa, josta heti tulemma puhumaan. Hän on Suomen ensimmäinen nimeltä tuttu historioitsia ja on koonnut aikakirjaan kaikki tiedot Suomen pispoista itseensä asti, kun hänellä oli tila saada.[10] Hänen aikana rakettiin Oulun linna v. 1570, tuli Pääpispan Laurentius Petrinpojan, meidänki maassa seurattu, Kirkonjärjestys valkeuteen (v. 1571) ja alkoi Kuningas Johani (v. 1574) tahtoa saada Paavinuskon jällensä maahan.
Erikki XIV oli nyt Kuninkaaana Ruotsissa. Hänen veljet, Johani ja Kaarle, olivat isältänsä saaneet Herttuakunnaksi maata allensa. Johanin Herttuakunta oli Suomessa ja piti sisällänsä Turun läänin, Satakunnan ja Ahvenanmaan kanssa, joihin vielä tuli Raaseporin lääni. Arbogassa v. 1561 pidetyssä Riikinkokouksessa asetettiin Hertuitten kohta Kuninkaan ja riikin suhteen. Kun he saivat Kuninkaalta vähemmän perintöä isänsä perästä, kun olivat toivoneet, niin alkoi heidän mieli vierauta hänestä. Tähän aikaan ahdistettiin Viron ja Livon maata Puolan Kuninkaalta, ja Venäjän Pääruhtinaalla teki sitä myös mieli. Siinä hädässään antausi pian koko Viro Ruotsin alle, joka omaisuus tuotti Ruotsille koko Erikin hallitusajan ja vastaki puolitoista vuosisataa kestäviä sotia. Puola tuli sillä keinoin Erikin viholliseksi. Venäjän kanssa oli sama korppu tapahtumassa, vaan Erikki lähetti Pääruhtinaan tykö miehiä, jotka saivat sotilakon kahdeksi vuodeksi aikaan, ja se vahvistettiin v. 1564. Johani eli Herttuakunnassansa aivan omin päinsä, ei totellut missään Kuningasta, eikä sietänyt hänen sotaväen kulkea maansa läpi. Vielä lisäksi kävi hän Puolasta naimassa Kuninkaan sisaren, Kathariina Jagellonikan, ja lainasi langolleen suuren rahasumman. Erikki, suuttunut Herttuan ystävyydestä valtakunnan vihollisen kanssa, kutsui Riikinkokouksen yhteen, joka tuomitsi Herttuan hengeltä pois. Johani puolestansa kutsui Suomalaiset kokoukseen Turkuun, joka oli hänen asentopaikka, ja saiki ne kanssansa yhdistymään Erikkiä vasten. Kuningas lähetti nyt sotajoukon Suomeen, joka piiritti Johania Turun linnassa. Linna antausi kahden kuukauden perästä, 12:ta p. Elokuuta v. 1563, Kuninkaan puollukselle. Sen perästä vietiin Herttua vankina Ruotsiin ja pidettiin Griipsholman linnassa. Sittä oli Erikillä vielä sota Danskanki kansa käytävä. Vankeudestansa pääsi Johani v. 1567, jonka perästä hän yhdistyi Herttua Kaarlen ja monen mahtavan Herran kanssa Erikkiä vasten. Kuningas otettiin v. 1568 vankiksi, pidettiin Turun, Kastelholman ja monessa muussaki linnassa, siksikun hänen kurjat päivät v. 1577 myrkyllä lopetettiin. Hän oli alussa hallinnut hyvästi, mutta lopulla ruvennut kovasti, välistä mielipuoleisestaki, alamaistensa kanssa menettelemään, joita oli joskus omalla kädellänsäki murhannut. Johani III:mas, anastettuansa Kuninkaallisen istuimen, kävi ensistä sotaa Danmarkin kanssa, joka päätyi Stettinin rauhan kautta v. 1570, ja sen perästä oli Ruotsilla siltä puolen 40:nen vuotinen lepo. Mutta Venäjän kanssa tulivat asiat epätietoisemmiksi. Johanin ystävyys ja sukulaisuus Puolan Kuninkaan kanssa, jonka maan ja Venäjän välilla riita oli yhtynyt, teki hänen Iivana IV:neltä Vasileivitsalta vihatuksi. Iivana kehoitti häntä ainaki lähettämään miehiä Moskovaan, kanssansa kummanki valtakunnan rauhanasioista keskustelemaan. Lähetys tapahtuiki v. 1569. Pispa Paulus Juusteni oli sen päänä. Kun hän ja muut hänen kerallisensa tulivat Venäjälle, niin ryöstettiin heiltä tavarat ja he otettiin kiini vankeuteen, jossa saivat huonolla ruokolla ja korjuulla kitua kaksi vuotta. Vasta v. 1572 pääsivät he kotiinsa palaamaan. Tämän oli Pääruhtinas antanut tehdä heille, kostaaksensa sitä kun Venäjän lähettiläiset vähää ennen, Tukhulmin otettaissa Herttuilta, olivat Ruotsissa kärsineet sotaväeltä yhdenlaista menetystä ja heitä Turussa pidätetty 8 kuukautta. Sillä välillä oli jo sota noussut Venäjän ja Ruotsin kesken, ehkä se enimmiten telmi Virossa. Vuonna 1571 olivat Venäläiset karanneet Suomeen, hävittäneet Vironlahdessa ja muillaki paikoilla Helsingforsia myöten. Seuraavana vuotena olivat Venäläiset hävittämässä Äyräpään, Jääsken ja Lappveden tienoilla. Ruotsalaisilla ei ollut tarpeeksi miehiä, varsinki ratsumiehiä, ja kaikkinainen muuki puutet kävi päälle, eivätkä he sentähden voineet estää vihollisia eestymästä. Rutto oli samalla liikkumassa. Mutta v. 1575 tehtiin kaksivuotinen sotalakko Venäjän kanssa Suomen puolesta, jota vastoin sota vielä pauhasi Livossa, jossa Ruotsalaiset menettivät kaikki linnansa, paitsi Reevalia.
Pispa Juustenilla oli ollut senlainen onni ja luonnon sujuvaisuus, että hän oli voinut pysyä kahden niin kiukkuisen ja muutenki erimielisen Kuninkaan armoissa, knn Erikki ja Johani olivat. Hän kuoli v. 1576. Hänen perästä sanotaan Kirkkoherran Turussa, Henrikki Knuutinpojan, Superintendentin eli, niinkun toiset tahtovat, Tuomioprovastin (- hänen olisi pitänyt olla ensimmäisen sitä arvoa evangeliumisen opin aikana -) arvolla Turun hiippakunnan asioita toimittaneen. Kun Viipurin pispa, Maisteri Erikki Härkäpää, myös oli kuollut v. 1578, niin taisi senki hiippakunnan hallitus tulla häneltä toimitetuksi. Mutta kun Kuningas Johani koki saada Paavinuskon laatuisia kirkonmenoja valtakunnassansa otetuksi, ja Henrikki Knuutinpoika paneusi sitä tuumaa vastaan, niin laski Kuningas hänen ammatistansa. Sen perästä yhdistettiin taas v. 1583 Turun ja Viipurin hiippakunnat Erikki Erikinpojan[11] alla. Hän oli syntynyt Livosta kotoperäisestä mutta Laitilassa (Letalassa) pastorinvirkaa toimittavasta isästä, oli ulkomaalla tullut Maisteriksi ja sangen aikaisin pitänyt Ruotsissa paavinmessua eli lithurgiata. Geeflen kaupungin koulun Rektorista tuli hän pispaksi otetuksi, ja oli luvannut Kuninkaalle tehdä mainitun lithurgian Suomessa harjoitetuksi. Muuten ei ole paljo tietoja hänen hallituksesta, vaan ainaki näyttää kun olisi häntä ei aivan ilman syyttä tavarain liikanaisesta himosta laitettu. Tämän aikana eli Maisteri Jaakko Finno (noin v. 1580), joka on suomenkielisten virsien kirjoittamisesta tullut mainioksi.
Vuonna 1577, kun se vähää ennen käyty sotilakko jo oli lopulla, karkasivat 1200 Tatarista ratsumiestä Suomeen, mutta maan asukkaat kävivät niitten päälle ja tappoivat ne. Seuraavana vuotena tulivat Venäläiset Suomeen, samosivat Säkjärven ja Uusmaan kautta Helsingforsiin asti, sieltä jäätä myöten Viroon. Ruotsi yhdistyi nyt liittoon Puolan Kuninkaan Stephani Bathorin kanssa, Venäjän varalle. Henrikki Klaavunpoika Horni pitää nyt voitollista sotaa Livossa, ottaa monta linnaa ja käypi Inkerinmaata hävittämässä. Vuonna 1579 jakausi Ruotsin sotalauma kolmeen: yksi osa kävi Inkerinmaan kautta Novgorodia vasten, toinen Viipurista Pähkinälinnaa ottamaan, kolmas joukko meni Savonlinnasta Aunuksen maata hävittämään. Sillä keinoin oli sodittu ilman varsinaista mieltä ja päätarkoitusta. Mutta v. 1580 sai Franskasta kotoperäinen sankari, Pontus de la Gardie, Kuninkaalta esimiehyyden sodassa Venäjätä vasten. Heti ilmausi hän Käkisalmea piirittämässä, jonka linnan otti Marraskuussa samana vuonna. Sen perästä seurasi kohta koko Karjalan eli Pähkinälinnan läänin valloitus, johonka omituinen Maanherra asetettiin. Seuraavana vuonna kävi Pontus jään yli Narvaa kohen, otti monta linnaa, ja ennen vuoden loppua oli koko Inkerinmaa Ruotsin alla. Pähkinälinna tuli myös otetuksi, mutta menetettiin heti perästä. Novgorodi oli vielä valloitettavana, mutta teitten kehnous esti sinne pääsemästä. Nyt sattui Venäjän Valtialle tekemistä omassa riikissään, johonka hän tarvitsi kaikki sotavoimansa. Hän halusi siis rauhaa, joka myös sai v. 1583 aikaan kolmeksi vuodeksi, Plussajoen suulla lähellä Narvaa. Tämä sotilakko uudistettiin v. 1585 neljäksi vuodeksi, ja sitä toimittaissa hukkui myös Pontus de la Gardie. Puolan kanssa oli Venäläinen jo v. 1582 tehnyt rauhan. Pontuksen nimi elää vielä rahvaan muistossa koko Karjalassa ja Inkerissä, jossa muistomerkkejä hänestä vielä tavataan. Vuonna 1586 tuli lähettiläisiä Plussajoen suulla taas koolle, rauhaa Venäjän ja Ruotsin välillä tekemään, mutta kun ei ehdoista saatu sovituksi, niin vahvistettiin entinen sotilakko ainoastaan. Ainaki käyvät talonpojat Iistä, Pohjanmaalla, hävitäntäretkellä Kantalahdessa ja Vienameren tienoilla, ja Venäläiset puoleltansa heidän maassa, v. 1588. Seuraavana vuonna on 3000 Venäläistä Limingan seudulla hävittämässä, mutta Ruotsalaiset käyvät taasen, Kajaanan maasta pitäin, sitä Vienan ja Vardöhuusin (?) tienoilla kostamassa, jolla retkellä heidän sanotaan saaneen puolen miljuunaisen hopiarupiloita voittosaaliiksi. Nämät taisivat olla paremmin yksinäisten retkiä. Mutta v. 1590 tuli 300,000 Venäläistä Ruotsin valtaa vasten: osa hävittää Suomea Turkua myöten, toinen Vironmaata, ja kolmas valloittaa linnat Inkerinmaasa. Seuraavana vuonna kävivät Ruotsalaiset Venäjälle, hävittivät Jaaman, Koporin ja Novgorodin seuduilla, mutta kun kuulivat suuren armeian Venäläisiä olevan tulossa, niin palasivat he, ja paluumatkalla meneysi paljo heistä vilulta ja taudeilta. Toinen osa Ruotsalaisia karkasi Gdovin tienoille. Samana vuotena (1591) kävi myös lauma Ruotsalaisia Kajaanan maasta Venäjälle, otti Sumski-ostrogiksi (Suomen linnaksi) kutsutun linnan Vienameren tykönä, ja hävittää niillä paikoin muutamia luostareita. Mutta he ajettiin Venäläisiltä pakoon, jotka Kajaanan seuduilla nyt taas hävittivät. Vuonna 1592 tuhoivat Venäläiset Suomea ilman vastuksetta Turkua myöten, ja 8000 Venäläistä kävi Pohjanmaalla. Niin nähdään näistä, mikä veren paljous taasen oli vuotanut Suomessa ja sen likimailla. Viimmenimitettynä vuotena oli jo miehiä Plussajoelle lähetetty, rauhasta keskustelemaan. — Nyt kuoli Kuningas Johani III:mas v. 1592. Hän oli v. 1578 poisvannounut Evangeliumista ja ottanut katholisen uskon, jonka tahtoi saada Ruotsissaki jällensä tunnustetuksi. Hän vainosi siis niitä pappeja, jotka siihen eivät suostuneet. Mutta uskonsa tähden vihatut hengelliset otti Kaarle Herttua turviinsa. Vielä tahtoi Kuningas saada uuden messujärjestyksen Kaarlenki Herttuakuntaan. Mutta tästä ja muistaki asioista tuli riita Kuninkaan ja Herttuan välillä, josta yhden aikaa oli jo sotaki nousemassa, vaan ei kuitenkaan noussut. Venäjän kuuluisa Ruhtinas Iivana IV Vasileivitsa, joka oli kutsuttanut itseänsä Tsaariksi ja Kaiken Venäjän Itsevaltiaaksi, ja jonka aikana Kaasanin, Astrakhanin ja Siperian äärettömät maat pantiin Venäjän alle, oli kuollut v. 1584. Sitte tuli hänen poikansa, Feodori Ivanovitsa, Venäjän Valtiaksi. Puolan Kuningas Stephani Bathori oli myös kuollut, ja koska hän oli nainut Kuningas Johanin naon, niin otettiin hänen perästä Johanin katholiseen uskoon kasvatettu poika Sigismundi Puolan Kuninkaaksi. Tämä tuli myös isänsä kuoltua Ruotsin Kuninkaaksi, ehkä Kaarle Herttua, Sigismundin vielä poissa ollessa, Riikinhoitajana hallitsi Ruotsia. Niin olivat uudet miehet nyt hallituksessa.
Kuningas Sigismundin aikana tavataan kolme erityistä seuraa Ruotsin valtakunnassa. Yksi oli Jesuitain ja Paavinuskoisten Herrain seura, joka piti Kuninkaan puolta ja koki matkaansaattaa vihaa Raatin ja Herttuan välillä. Toinen oli Ruotsin ylimysten seura, jotka olivat valinneet Sigismundin Kuninkaaksi, saadaksensa hänen Puolan maassa elellessä omin päinsä hallita Ruotsia. Näitä kumpaistaki vasten oli Herttua Kaarle, joka piti Evangeliumin puolta, ja sentähden vääntiki Ruotsin rahvas yhtä köyttä hänen kanssa. Kun hän heti Kuningas Johanin kuoltua Riikinhoitajana hallitsi Ruotsia, oli se maa täynnä uskonsa tähden ajetuita eli vangituita pappeja. Nämät tahtoivat Kaarlea Kirkonkokouksessa uskon seikkaa vahvistamaan ja varjelemaan. Semmoinen kokous tapahtuiki Upsalassa v. 1593, jolloin evangeliumisen uskon puhdistaminen Ruotsissa ja Suomessa jällensä vaikutettiin. Suomesta oli siinä kokouksessa läsnä pispa Erikki Erikinpoika neljän Tuomiokapitulin jäsenen ja suuren joukon kanssa papillisesta säädystä. Paitsi sitä oli paljo maallisia virkamiehiä maastamme mainitun kokouksen päätöksessä. Silloin sai myös papisto jällensä sen menetetyn oikeutensa valita päämiehiänsä. Seuraavana vuonna tuli Kuningas itse Ruotsiin. Hän ei tahtonut mielellään vahvistaa edellämainitun kokouksen päätöksiä, mutta pakoitettiin siihen Kaarlelta ja Raatilta Upsalassa, jossa kaupungissa hän myös tuli kruunatuksi. Kun Sigismundi sen perästä lähti takasin Puolaan, niin jätti hän riikinhallituksen Ruotsissa Kaarlelle ja Raatille. Heti kävi kuitenki Herttua sovintoon Raatin kanssa, jota myöten hänen piti Riikihoitajana, perintöyhdistyksen, Kuningasvalan ja Upsalan kokouksen päätösten jälkeen, Ruotsissa hallitusta pitämän.
Jo on ennen mainittu, että Venäjältä ja Ruotsista oli Kuningas Johanin kuolinvuotena miehiä kokoontullut Plassajoella rauhaa tekemään. Niitten seassa oli Klaavu Fleminki. Saatua tiedon Kuninkaan kuolemasta oli tämä mies jättänyt rauhan toimitukset muitten käsiin ja Pää-Guvernöörin asemesta palannut Suomeen. Hän oli siellä asettanut teille ja lauttapaikoille sotamiehiä, ett'ei kukaan hänen tietämättä päässyt maassa liikkumaan, antanut sotaväen valalla vahvistaa uskollisuuttansa Sigismundille, johonka oli pyytänyt kirjoituksilla kehoittaa Ruotsalaisiaki; sillä ja kaikella tavalla kokenut puoltaa Kuninkaansa seikkaa ja sortaa Kaarle Herttuan häneltä kyllä havatuita aivoituksia. Seuraavan vuoden (1593) Tammikuussa oli Johani Sparre, Kuninkaan käskystä, tullut Turkuun, kokoutuneilta Suomen Säädyiltä ottamaan valaa uskollisuuteen Sigismundille, heitä uskonharjoitusten vapaudesta vakuuttamaan ja linnoja Kuninkaan puolta pitäville miehille antamaan. Samana vuotena Helmikuussa oli jo sotilakkoki kahdeksi vuodeksi saatu Venäjän kanssa aikaan. Myös oli Kaarle Steenbookki Herttualta tullut Suomeen lähetetyksi, Fleminkiä pakoittamaan itsellensä kuuliaiseksi, eli muussa tapahuksessa ottamaan laivaston ja sotalauman hänen hallusta; vaan tämä mies meni maahan tultuansa Flemingin puolelle, joka asetti hänen linnanhaltiaksi Käkisalmeen. Siitä pani Fleminki muutamia Kaarlen ystäviä vankeuteen Turun linnaan, piti laivaston ja sotalauman Suomessa, vaan täytyi niitten ylöspidon tähden rasittaa rahvasta korkioilla maksoilla, joka sentähden alkoi kapinoita, vaan saatiin asettumaan. Tämmöisillä toimillaan oli Fleminki saanut senlaisen luottamuksen Kuninkaaltansa, että Kuningas oli antanut hänelle täyden oikeuden tehdä Suomessa, mitä hänen, Kuninkaan, hyväksi olla mahtaisi. Fleminki oli myös laivastollansa tuonut Kuninkaan Ruotsiin, silloin kun hän kävi kruunautumassa, ja sieltä häntä jällensä kaimannut. Rauhan aikaansaminen Venäjän kanssa oli aina ollut tuumassa, ja sitä kiiruuttamaan oli armeiaki Viipuriin koottu. Vuonna 1595 saiki se aikaan Teusiinassa, lähellä Narvaa, niillä ehdoilla, että Ruotsi tuli pitämään Narvan ja Vironmaan, mutta Venäläinen saamaan takasin Käkisalmen lääninensä. Rauhan piti oleman ikuisen ja rajan vanhaa jälkeä myöten kulkeman. Seuraavana vuonna asetettiin pohjainen raja Pisanvuoresta, Nilsiällä, pohjaista suuntaa Keurittujärveen ja Tiilikanjärveen, sittä Maanselänmäen, Suomensuon ja Maanselänlammin kautta Tipasvaaraan, Sotkamassa, sittä Korpilammin. Selkäsuon, Kalliojärven ja Vuokinlatvan ynnä Savitaipaleen kautta Iivaaraan ja Inarijärveen niin Jäämereen asti.