Seurakuntalaisia, jotka olivat rikkoneet kirkonjärjestystä tai siveyden sääntöjä, rangaistiin julkisilla nuhteilla saarnastuolista ja sakoilla; useinkin tuomittiin syylliset pari, kolme pyhää peräkkäin kirkon ovella seisomaan taikka jalkapuussa istumaan. Välistä myös käytti Rothovius, vaikka hän muuten olikin niin suuri paavilaisuuden jäännösten perkaaja, vanhaa paavilaista "pannajulistusta", sulkien rikollisen seurakunnan kirkon lyhyemmäksi tai pitemmäksi ajaksi.
Saarnoissansa Rothovius aina erittäin varoitti kansaa noituudesta ja pyhäpäivän väärinkäyttämisestä. Hän kielsi väkevien juomien kaupan pyhäpäivinä, samoin myös kaikki muutkin työt, yksin käsikivien käyttämisen, joilla jokapäiväiset jauhotarpeet hankittiin. Kiivastelipa hän myös sitäkin "täällä Suomessa yleistä sian tapaa ja koiran elämää" vastaan, että kansa söi ja joi ennen kirkkoonmenoa. Luultavasti hän tahtoi sillä estää heitä humaltumasta väkevästä oluesta, vai lieneekö katsonut paastoovan vatsan Jumalalle otollisemmaksi? Samoin myös oli Herran ehtoolliselle aikovilta tupakanpoltto kielletty.
Varoituksilla, säännöillä ja rangaistuksilla yksin, sen Rothovius hyvin tiesi, ei voitu kuitenkaan kirkollista epäjärjestystä ja tapojen turmiota Suomessa poistaa. Pääsyy ja juuri kaikkeen pahuuteen oli opin ja sivistyksen puute. Paitsi paria pikkulastenkoulua oli hänen tullessaan ainoastaan Turun koulu voimassa, sekin pahasti rappiolla. Uuden piispan ensimäisiä toimia oli senvuoksi tämän koulun puuhaaminen kymnaasiksi, jommoisia oli jo Ruotsissa melkein kaikissa hiippakuntien pääkaupungeissa. Hänen pyyntöihinsä suostuen perustikin holhoojahallitus v. 1630 Turun kymnaasin. Tällä tavoin laskettuansa perustuksen pappien sekä muiden virkamiesten paremmalle sivistykselle, rupesi Rothovius myös kansanopetuksesta pitämään huolta. Kiertokirjeissään papistolle hän kehoitteli ahkerasti katkismuksen opettamiseen ja lukukinkereitten pitämiseen, vaikka hän ihme kyllä ei sallinut niitä muualla pidettäviksi kuin kirkoissa, johon pitkät matkat estivät monta seurakuntalaista saapumasta. Näihin lukukinkereihin piispa ankarasti vaati kaikkia säätyjä ja lähetti hallitukselle valituskirjeen siitä, että aateli monin paikoin osoitti vastahakoisuutta. Mutta valtionholhoojat pitivätkin tätä viimeksimainittua vaatimusta liikana; lukukinkerit, sanoivat he, ovat niitä varten, jotka eivät voi kotona hankkia itselleen oppia. Myöskin käski piispa, että lauvantaisin ennen niitä pyhiä, jolloin Herran ehtoollista jaettiin, oli kuulusteltava rippivieraitten katkismuksen taitoa, "joka asia.", sanoi hän, "tässä barbaarisuudessa on vallan tarpeellinen". Pian tuli sen lisäksi se sääntö, ettei kukaan katkismuksessaan taitamaton saisi päästä naimiseen eikä edes kummiksi.
Rothoviuksen aikana ja avulla ilmestyi nyt viimein koko raamattu suomenkielellä. Agricolan työn jatkamista ja täydentämistä varten oli Kaarle IX:nnen aikana komitea ollut asetettuna Eerikki Sorolaisen johdolla; mutta sen toimesta ei ole varmaa tietoa. Nyt toi Rothovius 1635:n ja 1638:n vuoden valtiopäivillä esille hiippakuntansa toiveet tästä asiasta, ja kaikki Suomen valtiopäivämiehet yhtyivät hänen pyyntöönsä. Hallitus otti työn huostaansa ja määräsi suomentajiksi Turun kymnaasin lehtorit Eskeli Petraeuksen ja Martti Stodiuksen sekä Maskun kirkkoherran Henrik Hoffmanin ja Piikkiön kirkkoherran Gregorius Favorinuksen. Näistä etevin, ensinmainittu Petraeus, oli, Tammelinuksen senaikuisen suomalaisen riimikronikan sanoilla puhuen, "Ruotsis syntynyt", mutta "Suomeen suostunut". Hän oli tänne tultuaan hyvin oppinut maan kielen, josta hän v. 1649 laati ensimäisen kieliopin. Hänen syvä ja laaja oppinsa sitä paitsi tekivät hänet vallan soveliaaksi tämän tärkeän työn johtajaksi. Suomalainen raamatunkäännös tuli näin olemaan aikansa paraita; kielensä puolesta se mukaili kuitenkin yhä vielä liiaksi muukalaisia puheenparsia, vaikka se olikin Agricolan yritystä puhtaampi.
Niin perinpohjainen parannustyö kuin se, johon Rothovius oli ryhtynyt, ei tietysti onnistunut heti ensimäisellä iskulla. Yllä esiintuoduista esimerkeistä näkyy yltäkyllin, että myös Rothoviuksen loppuaikoina, vieläpä hänen kuoltuansakin, oli paljon kaikellaista säädyttömyyttä jäljellä. Suurena haittana papiston parantamiselle oli se seikka, ettei niiden virkaanasettaminen ollutkaan aina piispan vallassa. Usein tuli hänen luokseen pappeja, joilla oli kuninkaalta tai sittemmin valtionhoitajilta saatu käskykirja, että heille piti ensitilassa antaa virka. Sitä paitsi oli myös kaikilla aatelismiehillä oikeus siinä pitäjässä, missä heillä oli kartanonsa, valita papiksi, kenen tahtoivat. Vieläpä jäi tämä oikeus, jos isäntä itse muualla asui, raa'an, sivistymättömän pehtorin käsiin. Tällä lailla saivat usein aivan oppimattomat, kelvottomat miehet pappisvirkoja, kun vaan osasivat hallitusmiehien luona käydä kumartamassa, tai jossain aateliskartanossa kotipapin virkaa toimittaessaan olla herralle mieliksi, tai pehtorille kyllin hyväntekijäisiä tarjota. V. 1627 esim. valitti Rothovius, että eräs Hieronymus oli kuninkaallisen suosituskirjeen saanut, vaikka hän oli "juoppo kuin sika" ja muutamia vuosia sitten, jätettyään vaimonsa, oli piikansa kanssa karannut Liivinmaalle. Erittäin oli vastusta sotapapeista, jotka rykmenttiensä kanssa retkeillessä olivat tottuneet irstaisuuteen ja vallattomuuteen ja joilla oli ollut hyvä tilaisuus päästä mahtavien sotaherrojen suosioon. Vaikea oli sitä paitsi täyttää kaikki paikat täydesti kelvollisilla sielunpaimenilla. Vielä yliopiston perustamisen jälkeenkin oli puute niin suuri, että monasti täytyi ottaa papeiksi kymnaasilaisia, jopa koululaisiakin. Yliopiston konsistorio valitti v. 1643 tätä seikkaa ja pyysi piispaa, että kaikilta pappisvirkaan pyrkiviltä vaadittaisiin akatemiallinen todistus riittävästä opista ja hyvistä tavoista.
Vastusta oli Rothoviuksella myöskin usein kansan vastahakoisuudesta uusiin parannuksiin. Suomalaista silloinkin sanottiin itsepäiseksi; hän pysyi mielellään vanhoillansa. "Jos, Jumala auttakoon", valitti piispa v. 1633, "tätä hävytöntä kansaa tahtoo kurittaa ja Jumalan vihaa välttämään neuvoa, niin saapi ylenkatsetta ja pahoja, pilkallisia sanoja vastaukseksi. Julkiset aviorikkojat vastustavat häpeämättä kirkon isällistä rangaistusta." V. 1640 hän taas sanoi: "Julkisesti vastataan tutkimuskinkereillä rovasteille ja piispallekin, kun he noituutta moittivat, ettei Jumalan avulla yksin aina voi tulla aikaan, on tarvis myös käyttää suola- ja ihralukuja y.m."
Kansan luonnonomaista vastahakoisuutta enensi muuten vielä piispa itsekin omalla käytöksellään. Hänen, joka ei ollut maassa syntynyt, ei osannut kansan kieltä eikä tuntenut kansan luonnetta, olisi pitänyt olla hyvin varovainen, sillä muukalaisen moitteita aina kärsitään vähemmän kuin omamaalaisen miehen nuhteita. Mutta ajattelemattomassa, joskin hyvää tarkoittavassa innossaan, ei Rothovius vähääkään hillinnyt vihaansa päästessään täällä vallitsevan epäjärjestyksen perille, hän ei koskaan viitsinyt valikoida sanojansa moittiessaan tapoja, jotka todella tai hänen mielestään olivat moitittavia. Pappejansa rangaistessaan hän ei myöskään aina noudattanut kohtuutta ja liiassa tulisuudessaan hän joskus teki vääryyksiäkin, niin että kenraalikuvernööri Bjelken täytyi sekaantua asiaan ja määrätä, miten pappeja vastaan nostetut kanteet olivat konsistoriossa tutkittavat. Ja tämän lisäksi hän välistä puki moitteensa semmoiseen muotoon, että se loukkasi suomalaisten kansallistuntoa, joka siihen aikaan oli sangen arka.
V. 1634 piispa täten, juhlallisena rukous- ja katumuspäivänä saarnatessaan Turun ruotsalaiselle seurakunnalle, haukkui suomalaisia luontokappaleitakin pahemmiksi, koska he muka suosivat enemmän vellipataa ja kaalivatia kuin Herran huonetta. Kirkkoon he, sanoi hän, vaan tavan vuoksi tulevat, kerran tai pari "Jumala! Jumala!" huutamaan ja sitten taas siirtyvät maallisiin toimiinsa. — Tämä julkinen soimaus, joka, vieraassa seurakunnassa lausuttuna, ei ollut sielunpaimenen ojennusta, vaan pikemmin pilkantekoa, nosti katkeraa vihaa Turun suomalaisissa porvareissa. Suuri joukko kokoontui Esko Kopparin taloon, jossa he Erkki Kokkapäällä kirjoituttivat ankaran valituskirjan, tuoden esiin yllämainitut piispan sanat ynnä vielä kaikellaisia muitakin kanteita, esim. epärehellisestä kirkonvarain käyttämisestä y.m. Kokkapää, joka taisi tietää, että nuo lisäkanteet olivat vähemmän luotettavia, koki varoitella sanoen: "Älkää, hyvät miehet, panko tähän paperiin enempää kuin mitä voitte todistaa." — Mutta vimma oli, niinkuin aina, silmitön ja korvaton. — "Kirjoita, kirjoita vaan", huusivat porvarit kaikki yhteen suuhun, "kyllä me siitä vastaamme!" — "Piispa on opetettava jättämään meidät rauhaan", lisäsi yksi heistä, Matti Seppä, "kuka tietää, mitä pahempaa hänestä muuten vasta voi lähteä." — Valituskirja lähetettiin Tukholmaan lehtori Martti Stodiukselle,[16] joka siellä oleskeli valtiopäivämiehenä. Aikomuksena oli antaa se valtionholhoojille, mutta luultavasti ei Stodiuksella ollut siihen uskallusta. Sittenkin Rothovius sai tiedon asiasta ja haastoi vastustajansa oikeuteen. Tässä hän näytti kanteet epärehellisyydestä y.m. perättömiksi, ja sanansa hän koetti selittää siten, ettei niissä olisi kansallistunnolle mitään loukkaavaa. Selitykseksi siihen, että hän, vaikka hän ruotsalaiselle seurakunnalle saarnasikin, oli ottanut suomalaisten pahat tavat puheeksi, sanoi hän sen, että hän oli asetettu kumpaistenkin piispaksi ja siis oli velvollinen valvomaan toisten kuin toistenkin elämää.[17] Ja sitä paitsi tiesi hän myös, että suurina juhlapäivinä, jolloin piispa itse saarnasi, kävi paljon suomalaisiakin ruotsalaisessa jumalanpalveluksessa. Syyttäjät, jotka muuten käyttäytyivät kovin pelkurimaisesti, lykäten syyn toinen toisensa päälle, tuomittiin suuriin sakkoihin.
Seuraavana vuonna syntyi Rothoviukselle suurisuisuutensa vuoksi taas toinen paha juttu. Hän oli jälleen saarnannut epäjärjestyksestä Suomessa, kertoen kuinka täällä tehtiin julkisia syntejä ja rikoksia ilman mitään rangaistusta. "Hovioikeuden assessorit", lausui hän, "istuvat täällä Jumalan sijassa ja heitä sanotaan jumaliksi; mutta hekin lahjojen tähden ummistavat silmänsä." — Pari päivää sen jälkeen lähetti hovioikeus kaksi jäsentä vaatimaan piispalta selitystä, muuten he uhkasivat valittaa hallitukselle. Rothovius taas koetti lieventää sanojansa: hän ei muka ollut sanonut assessorien ottavan lahjoja, vaan ainoastaan varoittanut heitä ottamasta. Siihen selitykseen lähettiläät viimein tyytyivät, vaikka inttivätkin: "Tietäväthän sen kaikki, miten sanat alkuaan kuuluivat."
Vielä v. 1650, vähän ennen kuolemaansa, sai Rothovius kolmannen syytteen. Turun koululaiset olivat hänelle käyneet valittamassa, että heidän rehtorinsa, joka oli ruotsalainen, aina teinirahain jaossa suosi enemmän omia kansalaisiansa kuin suomalaisia, ja sitä paitsi otti kaikilta laittomia koulumaksuja. Myös paheksivat he sitä, että piispa välistä määräsi osan heille aiottuja tuloja muihin tarkoituksiin. Koska Rothovius, niinkuin näyttää, ei ottanut asiaa korviinsa, lähettivät koulupojat kannekirjan itse valtionholhoojille, ja nyt tuli piispalle käsky korjata puheenalaiset vääryydet.